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NGS生物信息工作

NGS生物信息工作# Biology - 生物学

x*72015-01-28 08:01

1 楼

本公司OPT挂靠名额有剩余，需要者可联系 x********[email protected]

b*n2015-01-28 08:01

2 楼

每个月各个用户开销最大的前五项都给5%
不像现在都是每个季度chase指定的几个选项才给5%
话说这个政策是啥时候改的？

s*s2015-01-28 08:01

3 楼

http://cdis.uchicago.edu/careers/
各种level的都要，需要Linux底下做过基本的NGS分析，从来没做过NGS想过来练手的就
算了。
Project叫做Genomic Data Commons，google一下就知道了。

s*d2015-01-28 08:01

4 楼

请问生化专业可以挂靠吗？收费多少？

t*j2015-01-28 08:01

5 楼

不知道，没用过。
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

r*02015-01-28 08:01

6 楼

大侠是公司性质的还是研究所？谢谢啊

d*w2015-01-28 08:01

7 楼

coask, what about finance major? how much it cost?

u*r2015-01-28 08:01

8 楼

现在没刷一笔给10个点，有兴趣就刷2.5刀以下的单。

【在 b******n 的大作中提到】

: 每个月各个用户开销最大的前五项都给5%
: 不像现在都是每个季度chase指定的几个选项才给5%
: 话说这个政策是啥时候改的？

s*s2015-01-28 08:01

9 楼

芝大。

【在 r******0 的大作中提到】

: 大侠是公司性质的还是研究所？谢谢啊

s*p2015-01-28 08:01

10 楼

请问任何专业都可以挂靠吗？如何收费？谢谢！

【在 x******7 的大作中提到】

: 本公司OPT挂靠名额有剩余，需要者可联系 x********[email protected]

E*z2015-01-28 08:01

11 楼

这样刷的话，以后又没了

c*e2015-01-28 08:01

12 楼

希望能有好的API.

【在 s******s 的大作中提到】

: http://cdis.uchicago.edu/careers/
: 各种level的都要，需要Linux底下做过基本的NGS分析，从来没做过NGS想过来练手的就
: 算了。
: Project叫做Genomic Data Commons，google一下就知道了。

m*k2015-01-28 08:01

13 楼

楼主记错了。当年FREEDOM这个叫EXCLUSIVE。是给当月自己消费最多的5个类目的3%。

s*82015-01-28 08:01

14 楼

正在上一门bioinformatics的课，在linux下分析NGS数据，两个月之后学会了能要我么
，呵呵.很想转bioinformatics.

【在 s******s 的大作中提到】

s*s2015-01-28 08:01

15 楼

如果你linux，python很熟的话，我看没问题，NGS pipeline这东西其实很简单的，
就是几个tool连起来，网上多看看，会装程序编程其实很容易上手。
不过，如果只靠一门两个月bioinfo的课学linux，编程，ngs，我看没啥戏。招来
是负责干活的，不是带研究生可以慢慢学。

【在 s********8 的大作中提到】

: 正在上一门bioinformatics的课，在linux下分析NGS数据，两个月之后学会了能要我么
: ，呵呵.很想转bioinformatics.

g*y2015-01-28 08:01

16 楼

UChicago有个CRI http://cri.uchicago.edu/，我师兄在那里。
这个和CRI有关联吗？ CRI应该有各种pipeline吧。

s*s2015-01-28 08:01

17 楼

你师兄是谁啊？
CDIS是一个center，这个center刚成立，只有一个lab叫做LAC。GDC是LAC做的若干
project之一。
CRI是给学校做生物信息service的。
LAC和CRI没有大关系，唯一的关联是LAC的PI正好兼职管着CRI的director。

【在 g**********y 的大作中提到】

: UChicago有个CRI http://cri.uchicago.edu/，我师兄在那里。
: 这个和CRI有关联吗？ CRI应该有各种pipeline吧。

g*y2015-01-28 08:01

18 楼

我师兄 Lei Huang。我在UIC。
都是做bioinformatics的。

g*y2015-01-28 08:01

19 楼

我师兄 Lei Huang。我在UIC。
都是做bioinformatics的。

g*y2015-01-28 08:01

20 楼

我写的一个在cluster上并行运行pipeline的工具：
======================================================

../tools/run_cmd_pbs/run_cmd_pbs.py pipeline_rnaseq_gene_exp.sh -s 1-2 -p 2:
mem=10gb
PBS setting when it starts running the commands:

mem = 16gb

nodes = 1

ppn = 6

walltime = 20:00:00

base dir is: /cri/home2/zlei2/McLachlan

pipeline log file is: /cri/home2/zlei2/McLachlan/pipeline_log/pipeline_log.
20150129_182335.log
======================================================

2015-01-29 18:23:35 STEP1

2015-01-29 18:23:35 JOB_SUMMIT(19584) cuffquant -p 6 -o cq_B6312T -b /cri/
opinal/reference/m
2015-01-29 18:23:35 JOB_SUMMIT(19585) cuffquant -p 6 -o cq_B6585T -b /cri/
opinal/reference/m
2015-01-29 18:23:35 JOB_SUMMIT(19586) cuffquant -p 6 -o cq_B6839T -b /cri/
opinal/reference/m
2015-01-29 18:23:35 JOB_SUMMIT(19587) cuffquant -p 6 -o cq_B6312 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:23:35 JOB_SUMMIT(19588) cuffquant -p 6 -o cq_B6585 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:23:35 JOB_SUMMIT(19589) cuffquant -p 6 -o cq_B6839 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:23:35 JOB_SUMMIT(19590) cuffquant -p 6 -o cq_B6500 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:23:35 JOB_SUMMIT(19591) cuffquant -p 6 -o cq_B6591 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:24:05 JOB_RUN (19585) cuffquant -p 6 -o cq_B6585T -b /cri/
opinal/reference/m
2015-01-29 18:24:05 JOB_RUN (19588) cuffquant -p 6 -o cq_B6585 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:24:05 JOB_RUN (19590) cuffquant -p 6 -o cq_B6500 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:24:05 JOB_RUN (19584) cuffquant -p 6 -o cq_B6312T -b /cri/
opinal/reference/m
2015-01-29 18:24:05 JOB_RUN (19587) cuffquant -p 6 -o cq_B6312 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:24:05 JOB_RUN (19586) cuffquant -p 6 -o cq_B6839T -b /cri/
opinal/reference/m
2015-01-29 18:24:05 JOB_RUN (19591) cuffquant -p 6 -o cq_B6591 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:24:05 JOB_RUN (19589) cuffquant -p 6 -o cq_B6839 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:44:45 JOB_FINISH(19584) cuffquant -p 6 -o cq_B6312T -b /cri/
opinal/reference/m
2015-01-29 18:44:51 JOB_FINISH(19588) cuffquant -p 6 -o cq_B6585 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:45:14 JOB_FINISH(19586) cuffquant -p 6 -o cq_B6839T -b /cri/
opinal/reference/m
2015-01-29 18:45:16 JOB_FINISH(19589) cuffquant -p 6 -o cq_B6839 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:46:14 JOB_FINISH(19591) cuffquant -p 6 -o cq_B6591 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:46:14 JOB_FINISH(19590) cuffquant -p 6 -o cq_B6500 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:47:09 JOB_FINISH(19585) cuffquant -p 6 -o cq_B6585T -b /cri/
opinal/reference/m
2015-01-29 18:47:13 JOB_FINISH(19587) cuffquant -p 6 -o cq_B6312 -b /cri/
opinal/reference/mm
2015-01-29 18:47:14 STEP2

2015-01-29 18:47:14 JOB_SUMMIT(19592) cuffnorm -o gene_exp_test /cri/
opinal/reference/mm10/M
2015-01-29 18:47:36 JOB_RUN (19592) cuffnorm -o gene_exp_test /cri/
opinal/reference/mm10/M
2015-01-29 18:58:20 JOB_FINISH(19592) cuffnorm -o gene_exp_test /cri/
opinal/reference/mm10/M

n*72015-01-28 08:01

21 楼

这种批量submit job的小玩意基本每个用pbs的学生都会写一个
发出来是欺负别人不懂这个吗...
我用pbs_array，连这都省了

2:

【在 g**********y 的大作中提到】

: 我写的一个在cluster上并行运行pipeline的工具：
: ======================================================
:
: ../tools/run_cmd_pbs/run_cmd_pbs.py pipeline_rnaseq_gene_exp.sh -s 1-2 -p 2:
: mem=10gb
: PBS setting when it starts running the commands:
:
: mem = 16gb
:
: nodes = 1