G*M
2 楼
【 以下文字转载自 TrustInJesus 讨论区 】
发信人: xwa (信望爱), 信区: TrustInJesus
标 题: 一节从现在来看，已经不起眼的经文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 7 00:57:55 2011, 美东)
早期门徒所处的环境，与当代基督徒有许多不同之处。但有一样，我想是差不多的。
那就是被四围不信的人所质问，嘲讽，和鄙夷。
当时他们所面对的所谓矛盾，所谓认知不协调，比现在的我们恐怕只多不少。
随手举一例：
启示录 11:9 从各民各族各方各国中、有人观看他们的尸首三天半、又不许把
尸首放在坟
墓里。
两千年前的中东，不要说民各族各方各国，就是住的稍微远点儿的亲戚，来回走动下，
可能都
需要月余的时间。生在这种环境，长在这种环境下的门徒，该怎样面对这么一句经文？
信，还
是不信？
我仿佛听到熟悉的声音响起：
—— 哼，这里与常识（……科学……）矛盾了！你还信？
—— 矛盾了矛盾了矛盾了，听见了吗！！！
—— 算啦，跟这帮基督徒说也无用，据统计，他们智商低下。
—— 还各方各国？真搞笑。尸体会飞？你们的神也不给自己来个容易点儿的……
—— 岂止会飞，还得按着网格进行巡回呢。要是万一漏了一小片地，圣经岂不成了笑
话？
—— 别担心，神会把那尸首变成几张大薄饼，铺在天上，这不就都看见了嘛。
—— 还吵！小心神的大拳头！就不许人家把所有没看见的国、族都灭了？看你还有话
说！
—— ……
直等了快两千年，终于有人发明了电视机、以及卫星。
在世界大众广得娱乐的同时，基督徒终于松了口气。
至少，单就这节经文而言，没人再提了。
终于可以信得没有压力了。
=================
求神怜悯，速速兴起有智慧的科学家们，更多探明宇宙的奥秘，使我们少受这类困扰于
无知的
试探。
也恳求主保守我们心怀意念，在启蒙之路上，谦卑学习，总不因各样暂时得着的知识而
武断、
骄傲。
科学也发展得太慢了。
发信人: xwa (信望爱), 信区: TrustInJesus
标 题: 一节从现在来看，已经不起眼的经文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 7 00:57:55 2011, 美东)
早期门徒所处的环境，与当代基督徒有许多不同之处。但有一样，我想是差不多的。
那就是被四围不信的人所质问，嘲讽，和鄙夷。
当时他们所面对的所谓矛盾，所谓认知不协调，比现在的我们恐怕只多不少。
随手举一例：
启示录 11:9 从各民各族各方各国中、有人观看他们的尸首三天半、又不许把
尸首放在坟
墓里。
两千年前的中东，不要说民各族各方各国，就是住的稍微远点儿的亲戚，来回走动下，
可能都
需要月余的时间。生在这种环境，长在这种环境下的门徒，该怎样面对这么一句经文？
信，还
是不信？
我仿佛听到熟悉的声音响起：
—— 哼，这里与常识（……科学……）矛盾了！你还信？
—— 矛盾了矛盾了矛盾了，听见了吗！！！
—— 算啦，跟这帮基督徒说也无用，据统计，他们智商低下。
—— 还各方各国？真搞笑。尸体会飞？你们的神也不给自己来个容易点儿的……
—— 岂止会飞，还得按着网格进行巡回呢。要是万一漏了一小片地，圣经岂不成了笑
话？
—— 别担心，神会把那尸首变成几张大薄饼，铺在天上，这不就都看见了嘛。
—— 还吵！小心神的大拳头！就不许人家把所有没看见的国、族都灭了？看你还有话
说！
—— ……
直等了快两千年，终于有人发明了电视机、以及卫星。
在世界大众广得娱乐的同时，基督徒终于松了口气。
至少，单就这节经文而言，没人再提了。
终于可以信得没有压力了。
=================
求神怜悯，速速兴起有智慧的科学家们，更多探明宇宙的奥秘，使我们少受这类困扰于
无知的
试探。
也恳求主保守我们心怀意念，在启蒙之路上，谦卑学习，总不因各样暂时得着的知识而
武断、
骄傲。
科学也发展得太慢了。
g*8
3 楼
【 以下文字转载自 SanFrancisco 讨论区 】
发信人: go88 (旧友重来), 信区: SanFrancisco
标 题: 最近这个将军小三小四事件中真正令人震惊的细节
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Nov 17 05:14:47 2012, 美东)
我本来对从前几日开始在媒体上闹得沸沸扬扬的中情局将军局长小三小四事件并没有太
过留意，因为觉得那不过是个花边新闻英雄美人的绯闻而已。就算后来看到新闻提到那
个小四居然还是韩国政府册封的所谓荣誉大使并且还帮助在美推动那个美韩FTA自贸协
定通过，我也只是觉得呵呵现在棒子在美国的势力和渗透还真是了得，不但积极通过院
外集团在美施加影响，甚至上层名媛社交界都全面铺垫到了，牛叉的一塌糊涂了。以这
样的覆盖能量，那个鸟人舞红遍YOUTUBE再全球实在不算什么。就此，我也只是感慨而
已，也因为在下过去韩黑议论得多了，最近上网热情也不高，就没做任何评论。
直到今晚看到YAHOO首页上的一篇新闻，看完我真的要惊呼了。
＝＝＝＝＝＝＝＝＝
Businessman: Jill Kelley Asked for $80M, Bragged of Petraeus Connection
http://news.yahoo.com/businessman-jill-kelley-asked-80m-bragged
A New York businessman who discussed a multi-billion-dollar Korean business
deal with Jill Kelley said the Tampa woman at the center of the Petraeus
scandal told him Gen. Petraeus had arranged for her to become an honorary
consul for South Korea and promote free trade, and then asked him for $80
million to complete the deal.
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
holy cow! HOLY COW!
自从Ｎ多年前我回国在北京看到国内无数的令人极度不解和愤怒的韩流怪相开始，我就
开始关注棒子的厚黑。不谦虚地说，因为在下推理分析特别是作为一个硅工严谨认真的
工科逻辑推理思维能力，我很早就从无数多个事情中判断分析出了不知多少棒子无耻的
"coding style"。直到前两天我还在一个重发的旧帖中痛骂北京现代，因为那涉及无耻
的棒子和ＴＧ最高层某官“贾”的勾当。我甚至也多次指出美韩FTA从签订到最终通过
的整个过程中，美国部分官员的言行明显也是有类似北京现代的问题。说穿了，棒子是
谁都敢收买，什么样的无耻下作收买手段都做得出来。但是我是千想万想也不曾想到居
然到如今米国中情局的局长居然可以直接参与为韩国FTA在美国的通过说项，而且还是
现在新闻里这样的方式。
如果作为一个世界最强大国家美国最强大政府部门之一的中情局局长可以这样直接为韩
国国家利益发挥私人影响，我只能说，棒子的无耻和恐怖已经超乎想象。
。。。
我所有韩黑的观察和分析的开端和契机，来自当年首都机场2０００年年底看到的一幅
入关处全韩文的韩国电信广告。
而说到这个美韩FTA, 2００7年4月他们刚刚签订的时候，我就发帖议论过，后来因为那
个协定里对美国的很多贸易方面其实非常不利，一托托到去年才国会通过。但是不论是
签订还是国会最终通过的时候，非常巧合的是都伴随着美国贸易代表（签订时）和国会
在同一时间突然对中国所谓贸易保护和人民币汇率的陡然升高的鼓噪。。。2００7年和
2０11年我都发帖说过，棒子通过他们在美国的势力，就是在拿中国说事护他们的自贸
协定过关，但是我从来不曾想到过，居然中情局的头子可以直接安排小四替棒子直接说
项。我靠。棒子太牛叉了。
。。。
再帖一遍2００7年4月我质疑美韩FTA谈判中美方代表的一个帖的开头部分
发自良心的疑问
(一) 序
1963年，日本每日新闻的记者千田夏光受命整理一些战时照片来制作一则关于太平洋战
争的特别报道。在整理过程中，他看到在一张照片上，有两位女性卷起裤管，随日军渡
河。照片说明是：日本军渡过黄河。这张在其他人来说，很可能一瞥而过的照片引起了
千田的极大兴趣。那是一个新闻记者的职业敏感。由此，他不断深入调查，经过长达五
年的努力，终于揭开了日军慰安妇问题的天窗。那也是战后日本，乃至全世界重新正视
日本从军慰安妇问题的开端。如果说对那张照片的兴趣是一个新闻记者的职业敏感，那
么千田后来锲而不舍的努力，则体现了一个新闻记者的良心。
很多时候，因为敏感，出于良心，我们会有这样需要向公众，大家报告发现的渴望。
。。。
＝＝＝＝＝＝
现在回过头看，我只想对大家说，棒子的无耻，千万别不信！
发信人: go88 (旧友重来), 信区: SanFrancisco
标 题: 最近这个将军小三小四事件中真正令人震惊的细节
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Nov 17 05:14:47 2012, 美东)
我本来对从前几日开始在媒体上闹得沸沸扬扬的中情局将军局长小三小四事件并没有太
过留意，因为觉得那不过是个花边新闻英雄美人的绯闻而已。就算后来看到新闻提到那
个小四居然还是韩国政府册封的所谓荣誉大使并且还帮助在美推动那个美韩FTA自贸协
定通过，我也只是觉得呵呵现在棒子在美国的势力和渗透还真是了得，不但积极通过院
外集团在美施加影响，甚至上层名媛社交界都全面铺垫到了，牛叉的一塌糊涂了。以这
样的覆盖能量，那个鸟人舞红遍YOUTUBE再全球实在不算什么。就此，我也只是感慨而
已，也因为在下过去韩黑议论得多了，最近上网热情也不高，就没做任何评论。
直到今晚看到YAHOO首页上的一篇新闻，看完我真的要惊呼了。
＝＝＝＝＝＝＝＝＝
Businessman: Jill Kelley Asked for $80M, Bragged of Petraeus Connection
http://news.yahoo.com/businessman-jill-kelley-asked-80m-bragged
A New York businessman who discussed a multi-billion-dollar Korean business
deal with Jill Kelley said the Tampa woman at the center of the Petraeus
scandal told him Gen. Petraeus had arranged for her to become an honorary
consul for South Korea and promote free trade, and then asked him for $80
million to complete the deal.
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
holy cow! HOLY COW!
自从Ｎ多年前我回国在北京看到国内无数的令人极度不解和愤怒的韩流怪相开始，我就
开始关注棒子的厚黑。不谦虚地说，因为在下推理分析特别是作为一个硅工严谨认真的
工科逻辑推理思维能力，我很早就从无数多个事情中判断分析出了不知多少棒子无耻的
"coding style"。直到前两天我还在一个重发的旧帖中痛骂北京现代，因为那涉及无耻
的棒子和ＴＧ最高层某官“贾”的勾当。我甚至也多次指出美韩FTA从签订到最终通过
的整个过程中，美国部分官员的言行明显也是有类似北京现代的问题。说穿了，棒子是
谁都敢收买，什么样的无耻下作收买手段都做得出来。但是我是千想万想也不曾想到居
然到如今米国中情局的局长居然可以直接参与为韩国FTA在美国的通过说项，而且还是
现在新闻里这样的方式。
如果作为一个世界最强大国家美国最强大政府部门之一的中情局局长可以这样直接为韩
国国家利益发挥私人影响，我只能说，棒子的无耻和恐怖已经超乎想象。
。。。
我所有韩黑的观察和分析的开端和契机，来自当年首都机场2０００年年底看到的一幅
入关处全韩文的韩国电信广告。
而说到这个美韩FTA, 2００7年4月他们刚刚签订的时候，我就发帖议论过，后来因为那
个协定里对美国的很多贸易方面其实非常不利，一托托到去年才国会通过。但是不论是
签订还是国会最终通过的时候，非常巧合的是都伴随着美国贸易代表（签订时）和国会
在同一时间突然对中国所谓贸易保护和人民币汇率的陡然升高的鼓噪。。。2００7年和
2０11年我都发帖说过，棒子通过他们在美国的势力，就是在拿中国说事护他们的自贸
协定过关，但是我从来不曾想到过，居然中情局的头子可以直接安排小四替棒子直接说
项。我靠。棒子太牛叉了。
。。。
再帖一遍2００7年4月我质疑美韩FTA谈判中美方代表的一个帖的开头部分
发自良心的疑问
(一) 序
1963年，日本每日新闻的记者千田夏光受命整理一些战时照片来制作一则关于太平洋战
争的特别报道。在整理过程中，他看到在一张照片上，有两位女性卷起裤管，随日军渡
河。照片说明是：日本军渡过黄河。这张在其他人来说，很可能一瞥而过的照片引起了
千田的极大兴趣。那是一个新闻记者的职业敏感。由此，他不断深入调查，经过长达五
年的努力，终于揭开了日军慰安妇问题的天窗。那也是战后日本，乃至全世界重新正视
日本从军慰安妇问题的开端。如果说对那张照片的兴趣是一个新闻记者的职业敏感，那
么千田后来锲而不舍的努力，则体现了一个新闻记者的良心。
很多时候，因为敏感，出于良心，我们会有这样需要向公众，大家报告发现的渴望。
。。。
＝＝＝＝＝＝
现在回过头看，我只想对大家说，棒子的无耻，千万别不信！
b*r
4 楼
如果能解决俺这个问题，五黄包答谢，困扰已久。不同方法越多越好，包子很多
我们做各种突变检查多态分析，经常要把目的位置（经常是1bp，最多几十bp）用PCR扩
增出来然后测序，但是目前总是只能用笨办法，先用UCSC标记好附近的SNP和repeat区
域，然后把周围几百bp拿出来扔到Primer3去设计primer，效率太低了，特别是有时候
要测几十个突变，能搞几天
我总觉得这种工作做遗传的人会经常要做，但是似乎搜不到这样的软件或者数据库提供
自动的引物设计。我觉得这样的软件相关引用率应该会非常高啊，而且不应该很难实现
我们做各种突变检查多态分析，经常要把目的位置（经常是1bp，最多几十bp）用PCR扩
增出来然后测序，但是目前总是只能用笨办法，先用UCSC标记好附近的SNP和repeat区
域，然后把周围几百bp拿出来扔到Primer3去设计primer，效率太低了，特别是有时候
要测几十个突变，能搞几天
我总觉得这种工作做遗传的人会经常要做，但是似乎搜不到这样的软件或者数据库提供
自动的引物设计。我觉得这样的软件相关引用率应该会非常高啊，而且不应该很难实现
g*8
5 楼
再帖一遍2０11年1０月我字字吐血的呼吁，呵呵，如果说当时还是替我们苦难的祖国中
国鸣不平的话，今天再回头看，我要说句抒情的话：米国，今夜我为你哭泣！ 哈哈哈
哈！！！！
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
（旧帖）
也就在美国国会全力鼓噪通过惩罚人民币法案的同时，因为内容过于有利于南韩而被激
烈争议搁置长达五年之久的美韩自由贸易协定（签署于2006年），却得以被搭着与巴拿
马等另外两国的双边贸易协定被提交国会讨论通过。看到那条新闻我终于忍无可忍要写
这个贴指出这种极度无耻的政治操作和对中国人和华人的欺人太甚的歧视与不公。因为
现在看来，人民币法案被高丽棒子影响的美国院外游说集团（比如那个一向反华亲韩被
棒子严重收买影响的美国传统基金会）当作了一个帮助美韩自贸协定过关的舆论伞。今
天我在NPR广播上听到新闻说南韩总统明天还要特意到美国国会对参众两院的议员进行
演讲游说。那个美韩自贸协定的主要内容对美国汽车和重工化学行业等极其不利（特别
是汽车行业），该法案在五年前布什政府期间签署后一直被各方杯葛而得不到通过，所
以这次连棒子总统都要亲自来游说。而如果通过，这个法案中有关美国对韩国汽车家电
重工化学产品的市场开放会给南韩带来巨大的贸易优势。2008年金融危机后和这次欧洲
危机期间，南韩每一次都是极为放肆地狂贬本国货币，而且这几年南韩对美贸易顺差也
是狂飙，但是美国的国会和政客们却对南韩的货币操控完全视而不见，而对中国极端的
歧视和不公。说得通俗一点：人民币法案最后造福的，是南韩的三星手机和现代汽车，
受损的，是苹果手机，戴尔电脑，在中国生产汽车配件和整车的通用等美国三大汽车企
业。简单了说：美国国会在事实上帮助三星战胜苹果，在帮助现代战胜福特。这次人民
币法案的后果都不是之前彩电空调行业的损人不利己了，是损人也损美国企业和美国品
牌自己，因为是跨行业一揽子的全部产品惩罚。南韩最近对谷歌公司在韩国的办公室进
行抄家搜查，任意没收源代码，对苹果公司发动南韩国民进行集体诉讼（都还不是三星
的专利官司），这些对美国企业，美国品牌，美国经济乃至美国文化的挑战和损害，为
什么美国从官方到民间，从政府到舆论，就是视而不见？
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
国鸣不平的话，今天再回头看，我要说句抒情的话：米国，今夜我为你哭泣！ 哈哈哈
哈！！！！
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
（旧帖）
也就在美国国会全力鼓噪通过惩罚人民币法案的同时，因为内容过于有利于南韩而被激
烈争议搁置长达五年之久的美韩自由贸易协定（签署于2006年），却得以被搭着与巴拿
马等另外两国的双边贸易协定被提交国会讨论通过。看到那条新闻我终于忍无可忍要写
这个贴指出这种极度无耻的政治操作和对中国人和华人的欺人太甚的歧视与不公。因为
现在看来，人民币法案被高丽棒子影响的美国院外游说集团（比如那个一向反华亲韩被
棒子严重收买影响的美国传统基金会）当作了一个帮助美韩自贸协定过关的舆论伞。今
天我在NPR广播上听到新闻说南韩总统明天还要特意到美国国会对参众两院的议员进行
演讲游说。那个美韩自贸协定的主要内容对美国汽车和重工化学行业等极其不利（特别
是汽车行业），该法案在五年前布什政府期间签署后一直被各方杯葛而得不到通过，所
以这次连棒子总统都要亲自来游说。而如果通过，这个法案中有关美国对韩国汽车家电
重工化学产品的市场开放会给南韩带来巨大的贸易优势。2008年金融危机后和这次欧洲
危机期间，南韩每一次都是极为放肆地狂贬本国货币，而且这几年南韩对美贸易顺差也
是狂飙，但是美国的国会和政客们却对南韩的货币操控完全视而不见，而对中国极端的
歧视和不公。说得通俗一点：人民币法案最后造福的，是南韩的三星手机和现代汽车，
受损的，是苹果手机，戴尔电脑，在中国生产汽车配件和整车的通用等美国三大汽车企
业。简单了说：美国国会在事实上帮助三星战胜苹果，在帮助现代战胜福特。这次人民
币法案的后果都不是之前彩电空调行业的损人不利己了，是损人也损美国企业和美国品
牌自己，因为是跨行业一揽子的全部产品惩罚。南韩最近对谷歌公司在韩国的办公室进
行抄家搜查，任意没收源代码，对苹果公司发动南韩国民进行集体诉讼（都还不是三星
的专利官司），这些对美国企业，美国品牌，美国经济乃至美国文化的挑战和损害，为
什么美国从官方到民间，从政府到舆论，就是视而不见？
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
g*3
6 楼
这种软件写了发不出去吧。
你这个问题shell script就应该能解决（repeat的primer可能不太好弄）：
把human genome fasta下载下来，然后准备好你的所有SNP的bed file，用
fastafrombed（类似这样的工具太多了）找出序列，直接在SNP左右加减比如300bp，随
机从两端选取20bp，countGC content。这样就足够了。
找个周围做bioinfo的，几分钟能帮你解决。
你这个问题shell script就应该能解决（repeat的primer可能不太好弄）：
把human genome fasta下载下来，然后准备好你的所有SNP的bed file，用
fastafrombed（类似这样的工具太多了）找出序列，直接在SNP左右加减比如300bp，随
机从两端选取20bp，countGC content。这样就足够了。
找个周围做bioinfo的，几分钟能帮你解决。
g*8
7 楼
说到一个硅工的工科逻辑推理，举几个例子。
第一个例子，比较直接简单。大家看这个我在网上新闻看到的图表。三星galaxy S-III
的出货统计，这个图表本来是三星自己发表的吹嘘新闻里贴出的，但是如果稍微多一些
逻辑的话，会有些我这里要提到的看法：
这里统计图表上，产品发售5０天的时候销量1０ＭＩＬ，1００天的时候2０ＭＩＬ，
157天的时候，3０ＭＩＬ。。。这里是一个完美线性的走势，大家可以拿苹果或者任何
其他畅销手机或者其他产品的销售作比较，看看是否有类似的可能，可能性估计只存在
理论可能。如果要我来分析，那就是三星在砸钱铺货上销量，人为制造市场占有率猛然
升高的声势，这样一来舆论和消费者心理就会受到影响。特别是作为运营商来说，更有
一个市场饱和的问题，放了那么多三星，再放ＨＴＣ等其他ＡＮＤＲＯＩＤ手机甚至苹
果ＩＰＨＯＮＥ的容量都要考虑考虑了。。。那么三星怎么做到说服运营商这样线性计
划经济般的5０天1０ＭＩＬ的放货？
参见主帖里关键人物的收买，再参见韩国政府到三星公司本身疯狂的资金砸入。更参见
现代ＫＩＡ虚报油耗的无耻。
again, 我只想对大家说，棒子的无耻，千万别不信！
第一个例子，比较直接简单。大家看这个我在网上新闻看到的图表。三星galaxy S-III
的出货统计，这个图表本来是三星自己发表的吹嘘新闻里贴出的，但是如果稍微多一些
逻辑的话，会有些我这里要提到的看法：
这里统计图表上，产品发售5０天的时候销量1０ＭＩＬ，1００天的时候2０ＭＩＬ，
157天的时候，3０ＭＩＬ。。。这里是一个完美线性的走势，大家可以拿苹果或者任何
其他畅销手机或者其他产品的销售作比较，看看是否有类似的可能，可能性估计只存在
理论可能。如果要我来分析，那就是三星在砸钱铺货上销量，人为制造市场占有率猛然
升高的声势，这样一来舆论和消费者心理就会受到影响。特别是作为运营商来说，更有
一个市场饱和的问题，放了那么多三星，再放ＨＴＣ等其他ＡＮＤＲＯＩＤ手机甚至苹
果ＩＰＨＯＮＥ的容量都要考虑考虑了。。。那么三星怎么做到说服运营商这样线性计
划经济般的5０天1０ＭＩＬ的放货？
参见主帖里关键人物的收买，再参见韩国政府到三星公司本身疯狂的资金砸入。更参见
现代ＫＩＡ虚报油耗的无耻。
again, 我只想对大家说，棒子的无耻，千万别不信！
i*e
8 楼
有软件multiple primer design的，但是多少不如意
我最后是自己写了一个小脚本
马马虎虎可以应付
发文章就算了，没多少含金量
【在 b****r 的大作中提到】
: 如果能解决俺这个问题，五黄包答谢，困扰已久。不同方法越多越好，包子很多
: 我们做各种突变检查多态分析，经常要把目的位置（经常是1bp，最多几十bp）用PCR扩
: 增出来然后测序，但是目前总是只能用笨办法，先用UCSC标记好附近的SNP和repeat区
: 域，然后把周围几百bp拿出来扔到Primer3去设计primer，效率太低了，特别是有时候
: 要测几十个突变，能搞几天
: 我总觉得这种工作做遗传的人会经常要做，但是似乎搜不到这样的软件或者数据库提供
: 自动的引物设计。我觉得这样的软件相关引用率应该会非常高啊，而且不应该很难实现
我最后是自己写了一个小脚本
马马虎虎可以应付
发文章就算了，没多少含金量
【在 b****r 的大作中提到】
: 如果能解决俺这个问题，五黄包答谢，困扰已久。不同方法越多越好，包子很多
: 我们做各种突变检查多态分析，经常要把目的位置（经常是1bp，最多几十bp）用PCR扩
: 增出来然后测序，但是目前总是只能用笨办法，先用UCSC标记好附近的SNP和repeat区
: 域，然后把周围几百bp拿出来扔到Primer3去设计primer，效率太低了，特别是有时候
: 要测几十个突变，能搞几天
: 我总觉得这种工作做遗传的人会经常要做，但是似乎搜不到这样的软件或者数据库提供
: 自动的引物设计。我觉得这样的软件相关引用率应该会非常高啊，而且不应该很难实现
p*h
9 楼
中国驻韩大使都曾经被棒子收买成他们的间谍，别的还有什么好说的
【在 g**8 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 SanFrancisco 讨论区 】
: 发信人: go88 (旧友重来), 信区: SanFrancisco
: 标 题: 最近这个将军小三小四事件中真正令人震惊的细节
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Nov 17 05:14:47 2012, 美东)
: 我本来对从前几日开始在媒体上闹得沸沸扬扬的中情局将军局长小三小四事件并没有太
: 过留意，因为觉得那不过是个花边新闻英雄美人的绯闻而已。就算后来看到新闻提到那
: 个小四居然还是韩国政府册封的所谓荣誉大使并且还帮助在美推动那个美韩FTA自贸协
: 定通过，我也只是觉得呵呵现在棒子在美国的势力和渗透还真是了得，不但积极通过院
: 外集团在美施加影响，甚至上层名媛社交界都全面铺垫到了，牛叉的一塌糊涂了。以这
: 样的覆盖能量，那个鸟人舞红遍YOUTUBE再全球实在不算什么。就此，我也只是感慨而
【在 g**8 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 SanFrancisco 讨论区 】
: 发信人: go88 (旧友重来), 信区: SanFrancisco
: 标 题: 最近这个将军小三小四事件中真正令人震惊的细节
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Nov 17 05:14:47 2012, 美东)
: 我本来对从前几日开始在媒体上闹得沸沸扬扬的中情局将军局长小三小四事件并没有太
: 过留意，因为觉得那不过是个花边新闻英雄美人的绯闻而已。就算后来看到新闻提到那
: 个小四居然还是韩国政府册封的所谓荣誉大使并且还帮助在美推动那个美韩FTA自贸协
: 定通过，我也只是觉得呵呵现在棒子在美国的势力和渗透还真是了得，不但积极通过院
: 外集团在美施加影响，甚至上层名媛社交界都全面铺垫到了，牛叉的一塌糊涂了。以这
: 样的覆盖能量，那个鸟人舞红遍YOUTUBE再全球实在不算什么。就此，我也只是感慨而
b*r
10 楼
这种效率也不高啊。一般就是每一两天出来两三个需要设计引物的位点要设计引物
而且人基因组太复杂，很容易出现非特异性扩增。你看primer3 考虑了多少因素，随机
选20bp那样效果肯定要打很多折扣，如果10个里面有一个因此要重复的话，那一个就要
多耽误好几天，不光说成本，光是耽误的时间对于临床检测可以说很致命，还不如现在
这样多花几十分钟手工设计算了
我觉得其实就是写个script，从UCSC网页帮你输入需要的位点，再扒下来标记好的SNP
，repeat，homopolymer等要避免的地方，然后帮你扔到primer3里去，再把primer3设
计的引物扒下来，这样应该是最理想的。我觉得每个临床遗传实验室都会需要这样的软
件的，别说引用文章里，哪怕要license fee都非常值得，起码我的lab会愿意掏钱买
【在 g*********3 的大作中提到】
: 这种软件写了发不出去吧。
: 你这个问题shell script就应该能解决（repeat的primer可能不太好弄）：
: 把human genome fasta下载下来，然后准备好你的所有SNP的bed file，用
: fastafrombed（类似这样的工具太多了）找出序列，直接在SNP左右加减比如300bp，随
: 机从两端选取20bp，countGC content。这样就足够了。
: 找个周围做bioinfo的，几分钟能帮你解决。
而且人基因组太复杂，很容易出现非特异性扩增。你看primer3 考虑了多少因素，随机
选20bp那样效果肯定要打很多折扣，如果10个里面有一个因此要重复的话，那一个就要
多耽误好几天，不光说成本，光是耽误的时间对于临床检测可以说很致命，还不如现在
这样多花几十分钟手工设计算了
我觉得其实就是写个script，从UCSC网页帮你输入需要的位点，再扒下来标记好的SNP
，repeat，homopolymer等要避免的地方，然后帮你扔到primer3里去，再把primer3设
计的引物扒下来，这样应该是最理想的。我觉得每个临床遗传实验室都会需要这样的软
件的，别说引用文章里，哪怕要license fee都非常值得，起码我的lab会愿意掏钱买
【在 g*********3 的大作中提到】
: 这种软件写了发不出去吧。
: 你这个问题shell script就应该能解决（repeat的primer可能不太好弄）：
: 把human genome fasta下载下来，然后准备好你的所有SNP的bed file，用
: fastafrombed（类似这样的工具太多了）找出序列，直接在SNP左右加减比如300bp，随
: 机从两端选取20bp，countGC content。这样就足够了。
: 找个周围做bioinfo的，几分钟能帮你解决。
g*8
11 楼
说到一个硅工的工科逻辑推理，再举一个例子。
这是一个很偶然发现的事情，但是如果仔细分析，会得出很有意思的判断。
大家知道GOOGLE搞这搞那，搞了很多东西，包括android什么的，也包括我这里说的这
个open cell-id project，这是一个全球各地主要移动运营商的基站位置数据库，这个
数据库是公开开放的，所以叫open-cell-id。。其他手机应用程序可以根据用户当前的
cell-id再查询搜索这个数据库得到大致位置。。。对很多做手机通讯方面的朋友来说
，或者说这些年大家玩各种手机多的朋友们估计都知道这基本的cell-id定位的道理。
。。很小儿科的一个事情。。。ＯＫ。。。但是就是这样一个事情，大家看看棒子是怎
么做的，呵呵。。。
先给出ＧＯＯＧＬＥ的完整数据库地址：
https://www.google.com/fusiontables/DataSource?dsrcid=14168/14168
在这个数据库里，可以根据国家（ＭＣＣ）搜索，如果搜的话，美国，日本，欧洲就不
说了，中国，印度都是成百上千页数十万计的结果，而韩国的结果，只有四个！哈哈，
而且其中第一个结果如果按ＬＡＴ/LONG查的话，在阿拉伯海里，明显是对付的测试数
据而已，后三条里面，经纬度对了但是有几个经／纬却反了，说明也就是些对付的测试
数据而已。。。作为对比，蒙古都是几万条结果。。。
说明什么？这要看这些数据是如何得到的。只可能有两种可能，第一种，当地用户上传
的，就是有某种手机程序在把每个手机的cell-id信息和ＧＰＳ得到的精确位置同时上
传到某个服务器上，然后做open-cell-id项目的人整理汇总，再有google发表。另一种
可能，就是各运营商有自己的公开公布的类似信息。更有可能的情况是此两种情况的混
合。。。好了，那么为什么南韩居然只有四个结果，实际是事实上的完全屏蔽了这个数
据库对南韩的覆盖呢？或者说他们如何做到的呢？
只有一种可能，韩国官方干预了google对这一结果中南韩数据的发表。否则从韩国如此
多的手机用户和国际访客的角度，这个结果都是不可能的。这个时候google和美国贸易
公平的声音呢？南韩抄google在南韩的办公室，google的傻叉们不但不敢说句话，还对
类似这个open-ceii-id的内容完全删除，如果中国这么做，闹翻天了吧，哈哈。
什么叫不公平? 这就叫不公平！！！
这是一个很偶然发现的事情，但是如果仔细分析，会得出很有意思的判断。
大家知道GOOGLE搞这搞那，搞了很多东西，包括android什么的，也包括我这里说的这
个open cell-id project，这是一个全球各地主要移动运营商的基站位置数据库，这个
数据库是公开开放的，所以叫open-cell-id。。其他手机应用程序可以根据用户当前的
cell-id再查询搜索这个数据库得到大致位置。。。对很多做手机通讯方面的朋友来说
，或者说这些年大家玩各种手机多的朋友们估计都知道这基本的cell-id定位的道理。
。。很小儿科的一个事情。。。ＯＫ。。。但是就是这样一个事情，大家看看棒子是怎
么做的，呵呵。。。
先给出ＧＯＯＧＬＥ的完整数据库地址：
https://www.google.com/fusiontables/DataSource?dsrcid=14168/14168
在这个数据库里，可以根据国家（ＭＣＣ）搜索，如果搜的话，美国，日本，欧洲就不
说了，中国，印度都是成百上千页数十万计的结果，而韩国的结果，只有四个！哈哈，
而且其中第一个结果如果按ＬＡＴ/LONG查的话，在阿拉伯海里，明显是对付的测试数
据而已，后三条里面，经纬度对了但是有几个经／纬却反了，说明也就是些对付的测试
数据而已。。。作为对比，蒙古都是几万条结果。。。
说明什么？这要看这些数据是如何得到的。只可能有两种可能，第一种，当地用户上传
的，就是有某种手机程序在把每个手机的cell-id信息和ＧＰＳ得到的精确位置同时上
传到某个服务器上，然后做open-cell-id项目的人整理汇总，再有google发表。另一种
可能，就是各运营商有自己的公开公布的类似信息。更有可能的情况是此两种情况的混
合。。。好了，那么为什么南韩居然只有四个结果，实际是事实上的完全屏蔽了这个数
据库对南韩的覆盖呢？或者说他们如何做到的呢？
只有一种可能，韩国官方干预了google对这一结果中南韩数据的发表。否则从韩国如此
多的手机用户和国际访客的角度，这个结果都是不可能的。这个时候google和美国贸易
公平的声音呢？南韩抄google在南韩的办公室，google的傻叉们不但不敢说句话，还对
类似这个open-ceii-id的内容完全删除，如果中国这么做，闹翻天了吧，哈哈。
什么叫不公平? 这就叫不公平！！！
i*e
12 楼
另外一个方法，就是Life Technologies的在线引物设计和直接order，估计很多人会喜欢
https://www.lifetechnologies.com/us/en/home/life-science/sequencing/sanger-
sequencing/pre-designed-primers-pcr-sanger-sequencing.html
SNP
【在 b****r 的大作中提到】
: 这种效率也不高啊。一般就是每一两天出来两三个需要设计引物的位点要设计引物
: 而且人基因组太复杂，很容易出现非特异性扩增。你看primer3 考虑了多少因素，随机
: 选20bp那样效果肯定要打很多折扣，如果10个里面有一个因此要重复的话，那一个就要
: 多耽误好几天，不光说成本，光是耽误的时间对于临床检测可以说很致命，还不如现在
: 这样多花几十分钟手工设计算了
: 我觉得其实就是写个script，从UCSC网页帮你输入需要的位点，再扒下来标记好的SNP
: ，repeat，homopolymer等要避免的地方，然后帮你扔到primer3里去，再把primer3设
: 计的引物扒下来，这样应该是最理想的。我觉得每个临床遗传实验室都会需要这样的软
: 件的，别说引用文章里，哪怕要license fee都非常值得，起码我的lab会愿意掏钱买
https://www.lifetechnologies.com/us/en/home/life-science/sequencing/sanger-
sequencing/pre-designed-primers-pcr-sanger-sequencing.html
SNP
【在 b****r 的大作中提到】
: 这种效率也不高啊。一般就是每一两天出来两三个需要设计引物的位点要设计引物
: 而且人基因组太复杂，很容易出现非特异性扩增。你看primer3 考虑了多少因素，随机
: 选20bp那样效果肯定要打很多折扣，如果10个里面有一个因此要重复的话，那一个就要
: 多耽误好几天，不光说成本，光是耽误的时间对于临床检测可以说很致命，还不如现在
: 这样多花几十分钟手工设计算了
: 我觉得其实就是写个script，从UCSC网页帮你输入需要的位点，再扒下来标记好的SNP
: ，repeat，homopolymer等要避免的地方，然后帮你扔到primer3里去，再把primer3设
: 计的引物扒下来，这样应该是最理想的。我觉得每个临床遗传实验室都会需要这样的软
: 件的，别说引用文章里，哪怕要license fee都非常值得，起码我的lab会愿意掏钱买
H*n
13 楼
别忘了吃药
b*r
14 楼
谢谢，这个还不错，不过似乎没有躲避SNP和repeat的功能啊。先请收俩包子
我刚才倒是自己搜到一个，在UCSC里其实已经整合好了，叫做ExonPrimer，纠正一下，
确实有躲开SNP和repeat的功能，有点可惜的是没有batch design的功能
喜欢
【在 i*e 的大作中提到】
: 另外一个方法，就是Life Technologies的在线引物设计和直接order，估计很多人会喜欢
: https://www.lifetechnologies.com/us/en/home/life-science/sequencing/sanger-
: sequencing/pre-designed-primers-pcr-sanger-sequencing.html
:
: SNP
我刚才倒是自己搜到一个，在UCSC里其实已经整合好了，叫做ExonPrimer，纠正一下，
确实有躲开SNP和repeat的功能，有点可惜的是没有batch design的功能
喜欢
【在 i*e 的大作中提到】
: 另外一个方法，就是Life Technologies的在线引物设计和直接order，估计很多人会喜欢
: https://www.lifetechnologies.com/us/en/home/life-science/sequencing/sanger-
: sequencing/pre-designed-primers-pcr-sanger-sequencing.html
:
: SNP
g*8
15 楼
有些朋友估计会说棒子不过是ＭＤ一条狗。。。yes and no...大原则上当然是的，但
是局部在经济上其实对美国来说，现在棒子明摆在那里对美国是比中国大得多的威胁。
而如果这样明火执仗地公然收买美国最具权威的政府部门头目，堂堂最高情报当局首脑
，这是比水门事件严重得多的巨大政治丑闻，是严重危害美国国家利益的动摇美国国本
和根本价值的灾难性丑闻！因为水门事件也好，克林顿当年的莱文斯基也好，最终涉及
的最大问题都是阻挠司法，但是都是只涉及美国国内事务而已，没有出现这样公然以堂
堂美国最高官员之尊，公然如此为一个外国政府和外国利益做出如此不当行为的更严重
丑闻。美国对棒子如此的袒护乃至丧失自己国家根本价值观和道德准绳而同时对中国和
中国人疯狂的敌视和歧视，实在是非常的讽刺。双重标准在这件事情上达到了登峰造极
的程度。
是局部在经济上其实对美国来说，现在棒子明摆在那里对美国是比中国大得多的威胁。
而如果这样明火执仗地公然收买美国最具权威的政府部门头目，堂堂最高情报当局首脑
，这是比水门事件严重得多的巨大政治丑闻，是严重危害美国国家利益的动摇美国国本
和根本价值的灾难性丑闻！因为水门事件也好，克林顿当年的莱文斯基也好，最终涉及
的最大问题都是阻挠司法，但是都是只涉及美国国内事务而已，没有出现这样公然以堂
堂美国最高官员之尊，公然如此为一个外国政府和外国利益做出如此不当行为的更严重
丑闻。美国对棒子如此的袒护乃至丧失自己国家根本价值观和道德准绳而同时对中国和
中国人疯狂的敌视和歧视，实在是非常的讽刺。双重标准在这件事情上达到了登峰造极
的程度。
i*e
16 楼
如果你关注的是一匹基因，而且也只在乎exons，那么有一套引物测试过，之后就不用
每次设计了
看上去BatchPD是有在设计引物做SNP QC的，你也可以看看
文章 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3346021/pdf/97320630008365.pdf
设计好的引物 http://www.fos.auckland.ac.nz/~dlai008/
【在 b****r 的大作中提到】
: 谢谢，这个还不错，不过似乎没有躲避SNP和repeat的功能啊。先请收俩包子
: 我刚才倒是自己搜到一个，在UCSC里其实已经整合好了，叫做ExonPrimer，纠正一下，
: 确实有躲开SNP和repeat的功能，有点可惜的是没有batch design的功能
:
: 喜欢
每次设计了
看上去BatchPD是有在设计引物做SNP QC的，你也可以看看
文章 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3346021/pdf/97320630008365.pdf
设计好的引物 http://www.fos.auckland.ac.nz/~dlai008/
【在 b****r 的大作中提到】
: 谢谢，这个还不错，不过似乎没有躲避SNP和repeat的功能啊。先请收俩包子
: 我刚才倒是自己搜到一个，在UCSC里其实已经整合好了，叫做ExonPrimer，纠正一下，
: 确实有躲开SNP和repeat的功能，有点可惜的是没有batch design的功能
:
: 喜欢
d*0
17 楼
薄将军是不是也用了三双手机？
b*r
18 楼
我主要关心的其实就是能不能躲开SNP，最好也能躲开homopolymer，repeats，这些都
是对Sanger结果很致命的。在一两个标本上的一两次测试不能解决这个问题啊
If there happens to be a SNP located at the 3’ end of the primer, the
primer will very likely to fail to amplify. For my purpose that is pretty
much lethal, as if I am trying to see if a heterozygous mutation is in a
patient’s DNA, but your primer happen to locate in one of the patient’s
SNP and mismatch, the PCR will probably only amplify the wildtype allele,
not the mutant allele. And SNPs are so common in the population, this kind
of events won’t be rare at all, and I may make a wrong diagnosis if based
on this result.
【在 i*e 的大作中提到】
: 如果你关注的是一匹基因，而且也只在乎exons，那么有一套引物测试过，之后就不用
: 每次设计了
: 看上去BatchPD是有在设计引物做SNP QC的，你也可以看看
: 文章 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3346021/pdf/97320630008365.pdf
: 设计好的引物 http://www.fos.auckland.ac.nz/~dlai008/
是对Sanger结果很致命的。在一两个标本上的一两次测试不能解决这个问题啊
If there happens to be a SNP located at the 3’ end of the primer, the
primer will very likely to fail to amplify. For my purpose that is pretty
much lethal, as if I am trying to see if a heterozygous mutation is in a
patient’s DNA, but your primer happen to locate in one of the patient’s
SNP and mismatch, the PCR will probably only amplify the wildtype allele,
not the mutant allele. And SNPs are so common in the population, this kind
of events won’t be rare at all, and I may make a wrong diagnosis if based
on this result.
【在 i*e 的大作中提到】
: 如果你关注的是一匹基因，而且也只在乎exons，那么有一套引物测试过，之后就不用
: 每次设计了
: 看上去BatchPD是有在设计引物做SNP QC的，你也可以看看
: 文章 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3346021/pdf/97320630008365.pdf
: 设计好的引物 http://www.fos.auckland.ac.nz/~dlai008/
a*m
19 楼
别忘了加大剂量。。。。怎么也要20倍。。。
【在 H****n 的大作中提到】
: 别忘了吃药
【在 H****n 的大作中提到】
: 别忘了吃药
i*e
20 楼
没有啥能100%万无一失的，BatchPD那个估计common SNPs都已经考虑了，rare的不清楚
，不过rare的话碰到的概率也小很多。此外individual个体还可能有未知的rare
variants，这个就更控制不了了。
看你之前所说，感觉是用来做validation不是detection的，所以万一有那么几个
readout不一致，换对引物或者用其他方法再验证一下。
我有可能记错，不错homopolymer和repeats在exons没有在3‘或者5’端频繁，有碰到
再分别单个手工设计引物好了。
我自己那个script，主要针对自己的实验目的，是WGS的variant validation，主要是
SNVs和小的Indels，也不单单是exonic，所以大多数面向exons的predesigned primers
就无用了，再说SNPs也没有被先排除。
设计引物的时候，input是VCF，已知的common和rare SNPs （dbSNP142）都有先
flagged，然后primer3的结果只取第一个output，之后in silico PCR再过一次，没过
的重新滚回去换个amplicon 长度设计另外一对。不过homopolymer和repeats我就不在
意了。
非常粗旷简陋的script，不过大体思路就是上面说的那样。
【在 b****r 的大作中提到】
: 我主要关心的其实就是能不能躲开SNP，最好也能躲开homopolymer，repeats，这些都
: 是对Sanger结果很致命的。在一两个标本上的一两次测试不能解决这个问题啊
: If there happens to be a SNP located at the 3’ end of the primer, the
: primer will very likely to fail to amplify. For my purpose that is pretty
: much lethal, as if I am trying to see if a heterozygous mutation is in a
: patient’s DNA, but your primer happen to locate in one of the patient’s
: SNP and mismatch, the PCR will probably only amplify the wildtype allele,
: not the mutant allele. And SNPs are so common in the population, this kind
: of events won’t be rare at all, and I may make a wrong diagnosis if based
: on this result.
，不过rare的话碰到的概率也小很多。此外individual个体还可能有未知的rare
variants，这个就更控制不了了。
看你之前所说，感觉是用来做validation不是detection的，所以万一有那么几个
readout不一致，换对引物或者用其他方法再验证一下。
我有可能记错，不错homopolymer和repeats在exons没有在3‘或者5’端频繁，有碰到
再分别单个手工设计引物好了。
我自己那个script，主要针对自己的实验目的，是WGS的variant validation，主要是
SNVs和小的Indels，也不单单是exonic，所以大多数面向exons的predesigned primers
就无用了，再说SNPs也没有被先排除。
设计引物的时候，input是VCF，已知的common和rare SNPs （dbSNP142）都有先
flagged，然后primer3的结果只取第一个output，之后in silico PCR再过一次，没过
的重新滚回去换个amplicon 长度设计另外一对。不过homopolymer和repeats我就不在
意了。
非常粗旷简陋的script，不过大体思路就是上面说的那样。
【在 b****r 的大作中提到】
: 我主要关心的其实就是能不能躲开SNP，最好也能躲开homopolymer，repeats，这些都
: 是对Sanger结果很致命的。在一两个标本上的一两次测试不能解决这个问题啊
: If there happens to be a SNP located at the 3’ end of the primer, the
: primer will very likely to fail to amplify. For my purpose that is pretty
: much lethal, as if I am trying to see if a heterozygous mutation is in a
: patient’s DNA, but your primer happen to locate in one of the patient’s
: SNP and mismatch, the PCR will probably only amplify the wildtype allele,
: not the mutant allele. And SNPs are so common in the population, this kind
: of events won’t be rare at all, and I may make a wrong diagnosis if based
: on this result.
c*c
21 楼
没用，药吃多了现在人都已经产生抗性了， 再多的药吃下去现在也就跟吃m&m似的
【在 a********m 的大作中提到】
: 别忘了加大剂量。。。。怎么也要20倍。。。
【在 a********m 的大作中提到】
: 别忘了加大剂量。。。。怎么也要20倍。。。
b*r
22 楼
赞动手能力！能写个script挺好的。而且你也考虑到了common SNP和repeat的情况，还
能自检错误，很牛逼！
我的情况和你很相似，很多时候不是在exon所以那个library并不好用。我经常也是NGS
的validation，也有new assay的设计，new assay的话就必须尽全力避免common SNP了
纠正一下，刚才发现前面提过的ExonPrimer其实是提供避免SNP和repeat的功能的，所
以理论上还挺好用的，暂时可以说解决我的部分问题。但是就是还是不能测deap
intronic的，也不能随意指定位置，只能 一次产出整个基因的CDS或者cDNA
又搜到一个，这次可以随意指定coordinates了
https://github.com/gantzgraf/autoprimer3
primers
【在 i*e 的大作中提到】
: 没有啥能100%万无一失的，BatchPD那个估计common SNPs都已经考虑了，rare的不清楚
: ，不过rare的话碰到的概率也小很多。此外individual个体还可能有未知的rare
: variants，这个就更控制不了了。
: 看你之前所说，感觉是用来做validation不是detection的，所以万一有那么几个
: readout不一致，换对引物或者用其他方法再验证一下。
: 我有可能记错，不错homopolymer和repeats在exons没有在3‘或者5’端频繁，有碰到
: 再分别单个手工设计引物好了。
: 我自己那个script，主要针对自己的实验目的，是WGS的variant validation，主要是
: SNVs和小的Indels，也不单单是exonic，所以大多数面向exons的predesigned primers
: 就无用了，再说SNPs也没有被先排除。
能自检错误，很牛逼！
我的情况和你很相似，很多时候不是在exon所以那个library并不好用。我经常也是NGS
的validation，也有new assay的设计，new assay的话就必须尽全力避免common SNP了
纠正一下，刚才发现前面提过的ExonPrimer其实是提供避免SNP和repeat的功能的，所
以理论上还挺好用的，暂时可以说解决我的部分问题。但是就是还是不能测deap
intronic的，也不能随意指定位置，只能 一次产出整个基因的CDS或者cDNA
又搜到一个，这次可以随意指定coordinates了
https://github.com/gantzgraf/autoprimer3
primers
【在 i*e 的大作中提到】
: 没有啥能100%万无一失的，BatchPD那个估计common SNPs都已经考虑了，rare的不清楚
: ，不过rare的话碰到的概率也小很多。此外individual个体还可能有未知的rare
: variants，这个就更控制不了了。
: 看你之前所说，感觉是用来做validation不是detection的，所以万一有那么几个
: readout不一致，换对引物或者用其他方法再验证一下。
: 我有可能记错，不错homopolymer和repeats在exons没有在3‘或者5’端频繁，有碰到
: 再分别单个手工设计引物好了。
: 我自己那个script，主要针对自己的实验目的，是WGS的variant validation，主要是
: SNVs和小的Indels，也不单单是exonic，所以大多数面向exons的predesigned primers
: 就无用了，再说SNPs也没有被先排除。
s*9
23 楼
这个应该发在菌斑吧。。发在这里算是抵制贴么？
抵制韩货的，无论如何也不会买棒子的东西；哈韩的或者扣扣索索有奶就是娘的，你再
怎么说别人也还是会去买的
【在 g**8 的大作中提到】
: 有些朋友估计会说棒子不过是ＭＤ一条狗。。。yes and no...大原则上当然是的，但
: 是局部在经济上其实对美国来说，现在棒子明摆在那里对美国是比中国大得多的威胁。
: 而如果这样明火执仗地公然收买美国最具权威的政府部门头目，堂堂最高情报当局首脑
: ，这是比水门事件严重得多的巨大政治丑闻，是严重危害美国国家利益的动摇美国国本
: 和根本价值的灾难性丑闻！因为水门事件也好，克林顿当年的莱文斯基也好，最终涉及
: 的最大问题都是阻挠司法，但是都是只涉及美国国内事务而已，没有出现这样公然以堂
: 堂美国最高官员之尊，公然如此为一个外国政府和外国利益做出如此不当行为的更严重
: 丑闻。美国对棒子如此的袒护乃至丧失自己国家根本价值观和道德准绳而同时对中国和
: 中国人疯狂的敌视和歧视，实在是非常的讽刺。双重标准在这件事情上达到了登峰造极
: 的程度。
抵制韩货的，无论如何也不会买棒子的东西；哈韩的或者扣扣索索有奶就是娘的，你再
怎么说别人也还是会去买的
【在 g**8 的大作中提到】
: 有些朋友估计会说棒子不过是ＭＤ一条狗。。。yes and no...大原则上当然是的，但
: 是局部在经济上其实对美国来说，现在棒子明摆在那里对美国是比中国大得多的威胁。
: 而如果这样明火执仗地公然收买美国最具权威的政府部门头目，堂堂最高情报当局首脑
: ，这是比水门事件严重得多的巨大政治丑闻，是严重危害美国国家利益的动摇美国国本
: 和根本价值的灾难性丑闻！因为水门事件也好，克林顿当年的莱文斯基也好，最终涉及
: 的最大问题都是阻挠司法，但是都是只涉及美国国内事务而已，没有出现这样公然以堂
: 堂美国最高官员之尊，公然如此为一个外国政府和外国利益做出如此不当行为的更严重
: 丑闻。美国对棒子如此的袒护乃至丧失自己国家根本价值观和道德准绳而同时对中国和
: 中国人疯狂的敌视和歧视，实在是非常的讽刺。双重标准在这件事情上达到了登峰造极
: 的程度。
D*e
24 楼
我记得Sequenom有专门的软件批量设计引物，不过是有限制的，PCR产物的大小只有100
多bp
【在 b****r 的大作中提到】
: 如果能解决俺这个问题，五黄包答谢，困扰已久。不同方法越多越好，包子很多
: 我们做各种突变检查多态分析，经常要把目的位置（经常是1bp，最多几十bp）用PCR扩
: 增出来然后测序，但是目前总是只能用笨办法，先用UCSC标记好附近的SNP和repeat区
: 域，然后把周围几百bp拿出来扔到Primer3去设计primer，效率太低了，特别是有时候
: 要测几十个突变，能搞几天
: 我总觉得这种工作做遗传的人会经常要做，但是似乎搜不到这样的软件或者数据库提供
: 自动的引物设计。我觉得这样的软件相关引用率应该会非常高啊，而且不应该很难实现
多bp
【在 b****r 的大作中提到】
: 如果能解决俺这个问题，五黄包答谢，困扰已久。不同方法越多越好，包子很多
: 我们做各种突变检查多态分析，经常要把目的位置（经常是1bp，最多几十bp）用PCR扩
: 增出来然后测序，但是目前总是只能用笨办法，先用UCSC标记好附近的SNP和repeat区
: 域，然后把周围几百bp拿出来扔到Primer3去设计primer，效率太低了，特别是有时候
: 要测几十个突变，能搞几天
: 我总觉得这种工作做遗传的人会经常要做，但是似乎搜不到这样的软件或者数据库提供
: 自动的引物设计。我觉得这样的软件相关引用率应该会非常高啊，而且不应该很难实现
g*8
25 楼
谢谢楼上两位支持的朋友们，我韩黑的原因上面几个帖子里都说了很多了。如果南宋末
年或者明朝后期有互联网，大家会看到我每个帖子都是蒙元满清黑，因为一个时代有一
个时代最大的地缘政治，如果看不到，如同甲午之前，就麻烦了。
现在这个将军情妇事件居然开始平息了，刚刚我在google的新闻版面不管是头条新闻还
是美国新闻里面，这个事情现在都很难找到，而且现在看来这个事情暴露出来的更加严
重一万倍的问题，根本都不是什么绯闻私情，而是以美国最高情报当局头目之尊，居然
可以这样私下为外国政府（棒子政府）直接谋利。说得最轻，这是极其严重的权责私利
不分，而以全球最大情报机构负责人之职这么做，问题的严重程度远高于水门事件！为
什么整个美国媒体全都默不作声了？
反过来更可以想象棒子在中国的渗透和无耻收买的程度，南韩人在中国任意犯法，北京
的警察完全不做任何处理，这也是刚刚发生的新闻。棒子的贪腐渗透，对每一个社会来
说都已是公敌了。
年或者明朝后期有互联网，大家会看到我每个帖子都是蒙元满清黑，因为一个时代有一
个时代最大的地缘政治，如果看不到，如同甲午之前，就麻烦了。
现在这个将军情妇事件居然开始平息了，刚刚我在google的新闻版面不管是头条新闻还
是美国新闻里面，这个事情现在都很难找到，而且现在看来这个事情暴露出来的更加严
重一万倍的问题，根本都不是什么绯闻私情，而是以美国最高情报当局头目之尊，居然
可以这样私下为外国政府（棒子政府）直接谋利。说得最轻，这是极其严重的权责私利
不分，而以全球最大情报机构负责人之职这么做，问题的严重程度远高于水门事件！为
什么整个美国媒体全都默不作声了？
反过来更可以想象棒子在中国的渗透和无耻收买的程度，南韩人在中国任意犯法，北京
的警察完全不做任何处理，这也是刚刚发生的新闻。棒子的贪腐渗透，对每一个社会来
说都已是公敌了。
b*r
26 楼
sequenom那是给他自己的assay设计引物的吧？
100
【在 D*********e 的大作中提到】
: 我记得Sequenom有专门的软件批量设计引物，不过是有限制的，PCR产物的大小只有100
: 多bp
100
【在 D*********e 的大作中提到】
: 我记得Sequenom有专门的软件批量设计引物，不过是有限制的，PCR产物的大小只有100
: 多bp
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