问个RNAseq检测mRNA变化的问题。# Biology - 生物学
E*e
1 楼
如果没有, 会有什么后果? 主要是弄个family room 或guest room, 方便双方父母过来
探亲.
如果必须办, 需要多长时间,要交什么费吗?多少?
谢谢
探亲.
如果必须办, 需要多长时间,要交什么费吗?多少?
谢谢
O*a
2 楼
细胞要从老鼠里面分出来，耗时很久；然后digest、FACS分选，最后到裂解细胞；要把
细胞折磨4－5h。
这个过程mRNA表达谱会有比较大的变动吧？
细胞折磨4－5h。
这个过程mRNA表达谱会有比较大的变动吧？
c*u
3 楼
具体问你们county或者city吧。
O*a
4 楼
正经问题，没人说说啊。
E*e
5 楼
其实我不想要permit. 弄个room就是方便自己, 住的舒服一点. 也不指望以后卖的话,
多卖钱.
谢谢.
【在 c*******u 的大作中提到】
: 具体问你们county或者city吧。
多卖钱.
谢谢.
【在 c*******u 的大作中提到】
: 具体问你们county或者city吧。
f*g
6 楼
肯定有影响，但是不可避免吧。只能尽快加快速度，别离开冰
c*o
7 楼
这个很烧钱的，想想再
s*y
8 楼
不能用那些RNA 保存试剂先处理一下细胞么？
【在 O**********a 的大作中提到】
: 细胞要从老鼠里面分出来，耗时很久；然后digest、FACS分选，最后到裂解细胞；要把
: 细胞折磨4－5h。
: 这个过程mRNA表达谱会有比较大的变动吧？
【在 O**********a 的大作中提到】
: 细胞要从老鼠里面分出来，耗时很久；然后digest、FACS分选，最后到裂解细胞；要把
: 细胞折磨4－5h。
: 这个过程mRNA表达谱会有比较大的变动吧？
H*7
9 楼
permit又不花钱，何乐而不搞？
【在 E**********e 的大作中提到】
: 其实我不想要permit. 弄个room就是方便自己, 住的舒服一点. 也不指望以后卖的话,
: 多卖钱.
: 谢谢.
【在 E**********e 的大作中提到】
: 其实我不想要permit. 弄个room就是方便自己, 住的舒服一点. 也不指望以后卖的话,
: 多卖钱.
: 谢谢.
a*g
10 楼
我听到的 一个 说法是在冰上，细胞的基因表达不大，估计也没人验证过。激光切割的
缺点也很明显。你提到的方法应该是目前主流的办法。
缺点也很明显。你提到的方法应该是目前主流的办法。
a*s
11 楼
好像婚姻之外搞个小三。
【在 E**********e 的大作中提到】
: 其实我不想要permit. 弄个room就是方便自己, 住的舒服一点. 也不指望以后卖的话,
: 多卖钱.
: 谢谢.
【在 E**********e 的大作中提到】
: 其实我不想要permit. 弄个room就是方便自己, 住的舒服一点. 也不指望以后卖的话,
: 多卖钱.
: 谢谢.
O*a
12 楼
就是从杀老鼠分离tissue到酶解，再到FACS获得细胞，最后能裂解细胞，动作快也需要
3-4h。
你说的RNA保存试剂是什么？
【在 s******y 的大作中提到】
: 不能用那些RNA 保存试剂先处理一下细胞么？
3-4h。
你说的RNA保存试剂是什么？
【在 s******y 的大作中提到】
: 不能用那些RNA 保存试剂先处理一下细胞么？
E*e
13 楼
但要收税啊.
【在 H******7 的大作中提到】
: permit又不花钱，何乐而不搞？
【在 H******7 的大作中提到】
: permit又不花钱，何乐而不搞？
h*6
14 楼
能不能先固定，再裂解？
：就是从杀老鼠分离tissue到酶解，再到FACS获得细胞，最后能裂解细胞，动作快也需
要3-4h。
：你说的RNA保存试剂是什么？
：就是从杀老鼠分离tissue到酶解，再到FACS获得细胞，最后能裂解细胞，动作快也需
要3-4h。
：你说的RNA保存试剂是什么？
s*y
15 楼
Such as RNAlater, DNA/RNA Shield, etc.?
【在 O**********a 的大作中提到】
: 就是从杀老鼠分离tissue到酶解，再到FACS获得细胞，最后能裂解细胞，动作快也需要
: 3-4h。
: 你说的RNA保存试剂是什么？
【在 O**********a 的大作中提到】
: 就是从杀老鼠分离tissue到酶解，再到FACS获得细胞，最后能裂解细胞，动作快也需要
: 3-4h。
: 你说的RNA保存试剂是什么？
n*7
16 楼
表达谱本来就不准，噪音很大
l*y
17 楼
放冰上几小时还好都是这么做的，但是要facs要处理就不好说了
得看要做的是什么，有个control做横向比较的话可能问题不大，比如说比较wt和mut老
鼠里同一种细胞，处理过程一样的话应该可以。如果就是把某种细胞sort出来看看啥表
达啥不表达，这个得想其他办法好好validate的
得看要做的是什么，有个control做横向比较的话可能问题不大，比如说比较wt和mut老
鼠里同一种细胞，处理过程一样的话应该可以。如果就是把某种细胞sort出来看看啥表
达啥不表达，这个得想其他办法好好validate的
O*a
18 楼
哎，我就是后者啊，sort出来看表达谱，没有KO对照。
怎么横向比较啊？同时测sort出来的negative细胞？感觉还是不行啊。
[在 liphy (liphy) 的大作中提到：]
：放冰上几小时还好都是这么做的，但是要facs要处理就不好说了
：得看要做的是什么，有个control做横向比较的话可能问题不大，比如说比较wt和mut
老鼠里同一种细胞，处理过程一样的话应该可以。如果就是把某种细胞sort出来看看啥
表达啥不表达，这个得想其他办法好好validate的
：...........
怎么横向比较啊？同时测sort出来的negative细胞？感觉还是不行啊。
[在 liphy (liphy) 的大作中提到：]
：放冰上几小时还好都是这么做的，但是要facs要处理就不好说了
：得看要做的是什么，有个control做横向比较的话可能问题不大，比如说比较wt和mut
老鼠里同一种细胞，处理过程一样的话应该可以。如果就是把某种细胞sort出来看看啥
表达啥不表达，这个得想其他办法好好validate的
：...........
r*m
19 楼
组织切出来后直接扔进液氮，然后加buffer RLT homogenize。。。
要sorting的话，那个过程无论如何对基因表达有影响，测到的是细胞在sorting这种非
自然的环境下的stress response。。。
要sorting的话，那个过程无论如何对基因表达有影响，测到的是细胞在sorting这种非
自然的环境下的stress response。。。
k*a
20 楼
大家都说有影响，但有不得不这么做，于是都假设没有影响了。。
y*i
21 楼
所有Buffer里面加 actinomycin
【在 O**********a 的大作中提到】
: 细胞要从老鼠里面分出来，耗时很久；然后digest、FACS分选，最后到裂解细胞；要把
: 细胞折磨4－5h。
: 这个过程mRNA表达谱会有比较大的变动吧？
【在 O**********a 的大作中提到】
: 细胞要从老鼠里面分出来，耗时很久；然后digest、FACS分选，最后到裂解细胞；要把
: 细胞折磨4－5h。
: 这个过程mRNA表达谱会有比较大的变动吧？
l*y
22 楼
neg的没什么用也得做，看看能不能去掉点处理产生的表达变化
重点是有没有想过表达谱里想看的是什么基因，有没有好的下游验证的手段
只是瞎蒙的话又不差钱的就先做了再说吧，再多想也是纸上谈兵
mut
【在 O**********a 的大作中提到】
: 哎，我就是后者啊，sort出来看表达谱，没有KO对照。
: 怎么横向比较啊？同时测sort出来的negative细胞？感觉还是不行啊。
: [在 liphy (liphy) 的大作中提到：]
: ：放冰上几小时还好都是这么做的，但是要facs要处理就不好说了
: ：得看要做的是什么，有个control做横向比较的话可能问题不大，比如说比较wt和mut
: 老鼠里同一种细胞，处理过程一样的话应该可以。如果就是把某种细胞sort出来看看啥
: 表达啥不表达，这个得想其他办法好好validate的
: ：...........
重点是有没有想过表达谱里想看的是什么基因，有没有好的下游验证的手段
只是瞎蒙的话又不差钱的就先做了再说吧，再多想也是纸上谈兵
mut
【在 O**********a 的大作中提到】
: 哎，我就是后者啊，sort出来看表达谱，没有KO对照。
: 怎么横向比较啊？同时测sort出来的negative细胞？感觉还是不行啊。
: [在 liphy (liphy) 的大作中提到：]
: ：放冰上几小时还好都是这么做的，但是要facs要处理就不好说了
: ：得看要做的是什么，有个control做横向比较的话可能问题不大，比如说比较wt和mut
: 老鼠里同一种细胞，处理过程一样的话应该可以。如果就是把某种细胞sort出来看看啥
: 表达啥不表达，这个得想其他办法好好validate的
: ：...........
t*5
23 楼
这个是真有影响的，如果看ribosome的谱在处理前与后明显有差别，但大家都默认这种
差别影响不大，可变的方法是有人用0.1% formaldehyde固定后再处理
【在 O**********a 的大作中提到】
: 细胞要从老鼠里面分出来，耗时很久；然后digest、FACS分选，最后到裂解细胞；要把
: 细胞折磨4－5h。
: 这个过程mRNA表达谱会有比较大的变动吧？
差别影响不大，可变的方法是有人用0.1% formaldehyde固定后再处理
【在 O**********a 的大作中提到】
: 细胞要从老鼠里面分出来，耗时很久；然后digest、FACS分选，最后到裂解细胞；要把
: 细胞折磨4－5h。
: 这个过程mRNA表达谱会有比较大的变动吧？
i*o
24 楼
用LCM吧，马上切片马上做RNA-seq
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