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问个docker做pipeline的基础问题
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问个docker做pipeline的基础问题# Programming - 葵花宝典
s*i
1
闷骚男人,不会油腔滑调、不擅长表达,但他的知性与冷静却能让女生折服。他们对待
感情的态度含糊不清,他们被动且定力实足,就是想死你了,也是一副可有可无的表情
。别指望闷骚男能明明白白地示爱,他们都不擅于表达感情,就像《过把瘾》中的王志
文一样,想听他说句“我爱你”,就跟要他命似的困难。所以闷骚男即使爱死你了,你
也觉得他压根不在乎你。闷骚男看上去很酷,骨子里却很骚。只有深入他的内心,你才
能感受到他炽热的爱。12星座中,哪些星座是这样的呢?
闷骚星座男生NO、1摩羯男
摩羯座男生是典型的“闷骚男”,显得木讷呆板,不易亲近。平常总是默默做事,“闷
”得让人窒息。其实,他有很风流浪漫的一面,只是拼命压抑着情感。爱上他,你只有
用耐心与真心才能打动他,千万别在他面前唠叨,默默支持他、协助他。当他在你面前
开始注意穿着打扮、培养品味、喜欢找机会亲近你时,他“闷骚”的一面将被你彻底击
破。
闷骚星座男生NO、2天蝎男
天蝎座男生“闷骚”的功夫了得,他有如冰一般冷漠的表情,正是这样的天蝎男,有一
股强烈的神秘魅力,让很多女生迷恋。他喜欢独自坐在角落里,用能看穿一切的眼神默
默观察形形色色的人。想抓住他的目光,请你注意言行举止,既要表现你的性感与妩媚
,又要不失内涵;有机会与他独处时,多用眼神传情,他的心会慢慢被你占据,内心的
热情开始外溢。
闷骚星座男生NO、3处女男
处女座男生深沉、谨慎,“闷骚”用在他的身上一点也不过分。他对爱情很慢热,即使
很爱很爱你,却还能一脸的平静,要他明明白白示爱不易。当他爱上你时,表现最冷静
,甚至歇斯底里地躲着你。此时,你只要用心默默为他付出,耐心等待他的回应就好。
他顽石般的心终会被你的真情软化,摆脱“闷骚”,露出智慧型好好先生的本来面目。
闷骚星座男生NO、4金牛男
金牛座男生羞涩内敛,即使一肚子柔情,脸上仍是一副傻乎乎的表情,真是个闷葫芦。
别被他的表象所迷惑,他其实很浪漫。在你面前他越表现得木讷、词不达意的时候,他
越是喜欢你。你只要用眼波给予他正面暗示,轻柔地握握他的手,他的信心就会被点燃
,越发显得感性,甜言蜜语脱口而出,“闷骚”在他身上慢慢不见了踪影。
闷骚星座男生NO、5天秤男
天秤座男生的“闷骚”不在“闷”,而在“骚”。他风度翩翩,在情场中总能展现无与
伦比的公关魅力,让一大片女生为他倾倒,但他却不会主动示爱。当他喜欢你时,会不
停地为你献殷勤。你可不能错过这样的机会,请你以感谢他为由,主动向他发出邀约,
与他到充满浪漫气氛的约会场所约会,时不时再给他一些惊喜,这样你就彻底抓住他的
心了。
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b*7
2
我和GF在大学认识,到目前已经第7个年头了。 我, 大学毕业,来美国,已经第三年
了。 也就是
说我和她LD的状态下坚持了3年。 出来前,本以为,她在国内好好发展几年,然后等我
读完回去。这
里说明下GF 是那种个人能力很强的人,属于可以做出点事业的。
我出来后的第一年,就这样平静的过去了。 第二年,遇到金融危机,GF职场不是特别
顺利,于是有
了出国的打算。在我的帮助下,只申请到了几个很差的学校的Ph.D.,我们决定在努力一
年。 今年
呢,情况有了好转,拿到了2个学校的OFFER。其实,GF她家条件应该是很不好的。很小
的时候父亲
过世,母亲把她和弟弟抚养大。这两年,母亲的生意不稳定,加上前面供2个孩子读完
大学,家里也没
什么结余。这也是,没有GF没有申请Ph.D. 的原因。 最近,她母亲投资被骗,我看GF
也跟着难
过,就把我国内的闲钱让她拿去救急,其实我就根本没想着要回来。为了缓解她家经济
压力,GF她
妈,把家里的房子重新贷款了下,这样GF每月要帮家里还3000的贷。这也是让我犹豫的
开始。
如果GF出来,她肯定要用她的奖学金的部分,帮家里还贷。可是这样的话,她的生活就
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m*e
3
go get it
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n*7
4
想dockerize手上的一些pipeline
保证结果的可重复性,以及pipeline的可移植性
对docker的使用经验仅限于tutorial
感觉有几个思路可以做这个事情,但是不知道那个好
1. 把这些pipeline里面用的工具做成image,然后每个pipeline就是一些image加上一
些胶水python code
这个最直接,但是还是有一些不是dockerize的code,似乎有些不纯
2.把每个pipeline做出一个image
这样最纯粹,但是缺乏灵活性,各个组件复用等于0,对pipeline做点改动就要再建一
个image
3. 类似方案1,把每个组件做成image,然后对每个pipeline,在把各个组件的image和
胶水code一起做成一个新的image
这个完美了,但是不知道这种image套image能搞不?
一般大家是怎么做的呢?
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t*c
5
我又想起那个桔子系列了,我要笑死了。
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e*r
6
其实是你自己受不了她家的贷款和担心以后成为包袱,不用找这么多借口,大家也是可
以理解的,既然你已经想到这份上了,注定也会离幸福越走越远,不过看在你们相好一
场的份上,能帮就帮吧,就算不结婚不生子,帮完了再分手也算对得起大家了
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b*z
7
how to unlock with cydia?
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r*a
9
爱的话,你不会想这么多,想这么清楚的。
所有的困难都会克服的,只要你要意愿去克服。
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H*g
10
where?
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s*s
11
当然是1. 不过中间不用python,你需要的是workflow language.
去查cwl 和 wdl

【在 n******7 的大作中提到】
: 想dockerize手上的一些pipeline
: 保证结果的可重复性,以及pipeline的可移植性
: 对docker的使用经验仅限于tutorial
: 感觉有几个思路可以做这个事情,但是不知道那个好
: 1. 把这些pipeline里面用的工具做成image,然后每个pipeline就是一些image加上一
: 些胶水python code
: 这个最直接,但是还是有一些不是dockerize的code,似乎有些不纯
: 2.把每个pipeline做出一个image
: 这样最纯粹,但是缺乏灵活性,各个组件复用等于0,对pipeline做点改动就要再建一
: 个image

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g*r
12
你是男人吗?
上海男人?

【在 b******7 的大作中提到】
: 我和GF在大学认识,到目前已经第7个年头了。 我, 大学毕业,来美国,已经第三年
: 了。 也就是
: 说我和她LD的状态下坚持了3年。 出来前,本以为,她在国内好好发展几年,然后等我
: 读完回去。这
: 里说明下GF 是那种个人能力很强的人,属于可以做出点事业的。
: 我出来后的第一年,就这样平静的过去了。 第二年,遇到金融危机,GF职场不是特别
: 顺利,于是有
: 了出国的打算。在我的帮助下,只申请到了几个很差的学校的Ph.D.,我们决定在努力一
: 年。 今年
: 呢,情况有了好转,拿到了2个学校的OFFER。其实,GF她家条件应该是很不好的。很小

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A*n
14
Bioinformatics的一些workflow应该是用选项1作的,用所谓的Common Workflow
Language把每一步串起来,重要的是定义好每一步的input/output。如果只是可重复性
的话,描述pipeline的json或者yaml文件就够用了。

【在 n******7 的大作中提到】
: 想dockerize手上的一些pipeline
: 保证结果的可重复性,以及pipeline的可移植性
: 对docker的使用经验仅限于tutorial
: 感觉有几个思路可以做这个事情,但是不知道那个好
: 1. 把这些pipeline里面用的工具做成image,然后每个pipeline就是一些image加上一
: 些胶水python code
: 这个最直接,但是还是有一些不是dockerize的code,似乎有些不纯
: 2.把每个pipeline做出一个image
: 这样最纯粹,但是缺乏灵活性,各个组件复用等于0,对pipeline做点改动就要再建一
: 个image

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E*7
15
首先,LZ在寻求帮助,把实际情况拿出来分析,并没有什么错。毕竟人家是在考虑婚姻
和未来,和恋爱不一样,婚姻是两家人的事,并非只是两个人是事。现在想清楚,总比
现在夸口,将来不能兑现来的负责吧。
其次,作为一个男人,为自己父母考虑,没什么错。但是人家女孩跟你跟了7年,没什
么对不起你的地方,做人就要有点腔调。To to honest to your self.尽可能地帮助GF
,并且是别人能接受的方式。不要去想GF小姨,姨夫生意好不好的事,和你没有关系。
不管是分是合,都不要显得小家子气。不要太自私就好。
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n*7
17
谢谢楼上两位
CWL以前看framework的review paper的时候看过
我个人比较讨厌没有必要的复杂性,所以没有仔细看
特别是之前用GO的时候碰过名字类似的OWL
感觉完全是一帮人闲得蛋疼弄的
除了增加了一些工作岗位,没有任何实际意义
不过看了下“CWL builds on technologies such as JSON-LD for data modeling and
Docker for portable runtime environments.”
还是好好看看
谢谢!
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y*g
18
If I were u, I would not leave a girl when she really needed your help,
especially a girl who had been with u for 7 years. But it seems like u are
not that into her.
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b*b
19
如果讨厌CWL的复杂,可以看看Script of Scripts ( http://vatlab.github.io/SOS/ ),用Python,支持Docker,remote execution。唯一的问题是还在beta。
SoS 的最大优点是提供一个从交互分析到批量执行都可以使用的平台,script的可读性
非常强,适合于需要经常修改的bioinformatics pipeline。Docker方面用起来也很简
单,具体就是有什么script,本地可以run,加上 docker_image=name 的option就可以
在docker中执行。我推荐你用SoS写pipeline,根据需要把其中几步放docker中去执行(
诸如说tophat,用python2,不用docker装起来很麻烦)。以后需要在cluster上run了,
只需要几个小的改动就可以了。
入门可以看看 http://vatlab.github.io/SOS/doc/presentations/SoS_BCB_Jan23_2017/index.html , 不过哪个讲的简单,没有提docker。

and

【在 n******7 的大作中提到】
: 谢谢楼上两位
: CWL以前看framework的review paper的时候看过
: 我个人比较讨厌没有必要的复杂性,所以没有仔细看
: 特别是之前用GO的时候碰过名字类似的OWL
: 感觉完全是一帮人闲得蛋疼弄的
: 除了增加了一些工作岗位,没有任何实际意义
: 不过看了下“CWL builds on technologies such as JSON-LD for data modeling and
: Docker for portable runtime environments.”
: 还是好好看看
: 谢谢!

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x*o
20
设定个底线吧,毕竟如果无限制的帮忙,她家就是无底洞,你要是年薪10万刀可以不太
在乎,但是靠奖学金,就有点扯淡了,而且还要找工作
她在国内8K,收入本来不错,但是一旦过来,这8K都没了,靠点奖学金,只能凑合
你还年轻,别被拖垮了,尤其是她家里人理所当然的想当然,帮帮她母亲还贷可以,她
弟弟再买房子轮不到你们掏钱。最后她小姨和小姨父跟她家没有任何关系,别琢磨了
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N*m
21
用airbnb的airflow吧,算是功能比较全的

【在 n******7 的大作中提到】
: 想dockerize手上的一些pipeline
: 保证结果的可重复性,以及pipeline的可移植性
: 对docker的使用经验仅限于tutorial
: 感觉有几个思路可以做这个事情,但是不知道那个好
: 1. 把这些pipeline里面用的工具做成image,然后每个pipeline就是一些image加上一
: 些胶水python code
: 这个最直接,但是还是有一些不是dockerize的code,似乎有些不纯
: 2.把每个pipeline做出一个image
: 这样最纯粹,但是缺乏灵活性,各个组件复用等于0,对pipeline做点改动就要再建一
: 个image

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h*o
22
为啥不直接面对自己的真实想法:你不想为了这个陪了你7年的女人把自己的美好生活
搭进去。洋洋洒洒写那么多,有必要吗。这年头没责任心的男人照样活得轻轻松松,你
也不必心理压力过大,来论坛寻求别人对你的“理性思考”的认同。
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n*7
23
谢谢
我喜欢简单直接的东西

行(

【在 b****b 的大作中提到】
: 如果讨厌CWL的复杂,可以看看Script of Scripts ( http://vatlab.github.io/SOS/ ),用Python,支持Docker,remote execution。唯一的问题是还在beta。
: SoS 的最大优点是提供一个从交互分析到批量执行都可以使用的平台,script的可读性
: 非常强,适合于需要经常修改的bioinformatics pipeline。Docker方面用起来也很简
: 单,具体就是有什么script,本地可以run,加上 docker_image=name 的option就可以
: 在docker中执行。我推荐你用SoS写pipeline,根据需要把其中几步放docker中去执行(
: 诸如说tophat,用python2,不用docker装起来很麻烦)。以后需要在cluster上run了,
: 只需要几个小的改动就可以了。
: 入门可以看看 http://vatlab.github.io/SOS/doc/presentations/SoS_BCB_Jan23_2017/index.html , 不过哪个讲的简单,没有提docker。
:
: and

avatar
S*e
24
"当然,如果跟她好,在她弟弟房子问题上,我也是责无旁贷。 "
这个是为什么。。。。 如果你的女朋友要你帮他弟弟买房子娶老婆的话, 太不讲道理
的了。。。。他弟弟没有本事买房子跟你有什么关系阿? 如果说你是百万富翁的话还
好,可是你还是靠PHD那点薪水。。。要是只是你自己这么想,你也想得太多了吧。自
己还搞不好(你跟你女朋友的事情-结婚生孩子),还想其他人干什么。。
"我的纠结就在于,是否要放弃GF,因为,我觉得她这样出来,给她家带来的压力实在
是太大了"
你指的放弃是要跟她分手吗? 没有那么严重吧? 个人觉得,如果你们年纪都不小,
感情很好的话,结婚生小孩没有什么问题,不过你女朋友要清楚你的经济情况,不要指
望你养得起她家人还有帮她家还债。 而且,无论怎么说这些事情(她家的债,她弟弟
的房子)也不应该要你父母去帮忙,老人家的钱怎么能用的安心?
还有的是你担心她家的压力大还是她自己的压力大?你不在她身边, 她精神压力也不
小啊。如果她选择出国跟你在一起, 就由她吧。只要她自己清楚你们俩的经济情况就
好。
当然,你也可以劝她留在国内等你,有好工作, 也可以帮她母亲怀债。就是相思苦一
下,可
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s*s
25
btw, 你做什么pipeline呀?NGS?

【在 n******7 的大作中提到】
: 想dockerize手上的一些pipeline
: 保证结果的可重复性,以及pipeline的可移植性
: 对docker的使用经验仅限于tutorial
: 感觉有几个思路可以做这个事情,但是不知道那个好
: 1. 把这些pipeline里面用的工具做成image,然后每个pipeline就是一些image加上一
: 些胶水python code
: 这个最直接,但是还是有一些不是dockerize的code,似乎有些不纯
: 2.把每个pipeline做出一个image
: 这样最纯粹,但是缺乏灵活性,各个组件复用等于0,对pipeline做点改动就要再建一
: 个image

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s*s
26
Auction也是做生物信息的么?biology版没见过呀

【在 A*****n 的大作中提到】
: Bioinformatics的一些workflow应该是用选项1作的,用所谓的Common Workflow
: Language把每一步串起来,重要的是定义好每一步的input/output。如果只是可重复性
: 的话,描述pipeline的json或者yaml文件就够用了。

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n*7
27
对,各种NGS

【在 s******s 的大作中提到】
: btw, 你做什么pipeline呀?NGS?
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A*n
28
是啊,大部分时间潜水中。这一段时间因为在考察Seven Bridge那一套东西,所以一直
在看Docker和CWL。

【在 s******s 的大作中提到】
: Auction也是做生物信息的么?biology版没见过呀
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s*s
29
楼上两位,有兴趣为治疗癌症奋斗终生么?!!!!
哈哈,其实我想说的是,Genomic Data Commons缺人,地方在芝加哥。

【在 A*****n 的大作中提到】
: 是啊,大部分时间潜水中。这一段时间因为在考察Seven Bridge那一套东西,所以一直
: 在看Docker和CWL。

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n*7
30
癌症是很有兴趣
我以前组的癌症研究方向就是我建议的
现在那个组里面都在做癌症了
我的当时做癌症诊断的文章也快publish了
不过non-profit的工资也就那样
你们那里估计跟我现在拿的差不多
最近被清洁工工资刺激了
我考虑不玩了

【在 s******s 的大作中提到】
: 楼上两位,有兴趣为治疗癌症奋斗终生么?!!!!
: 哈哈,其实我想说的是,Genomic Data Commons缺人,地方在芝加哥。

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s*s
31
加州清洁工肯定是追不上了
准备改行清洁工了?哈哈

【在 n******7 的大作中提到】
: 癌症是很有兴趣
: 我以前组的癌症研究方向就是我建议的
: 现在那个组里面都在做癌症了
: 我的当时做癌症诊断的文章也快publish了
: 不过non-profit的工资也就那样
: 你们那里估计跟我现在拿的差不多
: 最近被清洁工工资刺激了
: 我考虑不玩了

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n*7
32
现在改已经晚了十几年 哈哈

【在 s******s 的大作中提到】
: 加州清洁工肯定是追不上了
: 准备改行清洁工了?哈哈

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