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请推荐Bioinformatics入门读物

请推荐Bioinformatics入门读物# Biology - 生物学

g*g2011-01-06 08:01

1 楼

【以下文字转载自 shopping 讨论区】
发信人: gengwg (megaOr), 信区: shopping
标题: 移动硬盘盒子
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 27 18:56:32 2010, 美东)
http://www.meritline.com/2-5-sata-ide-hard-drive-enclosure-silver---p-22673.aspx

S*M2011-01-06 08:01

2 楼

理论化学博士，考虑转行ing
想了解一下bioinfo到底是干吗的
不知道这行有没有公认的比较全面的入门书
谢谢
另外，看到很多地方招bioinfo博后，都明确要求相关背景
不知道我这种既不是生物，也不是CS的
有没有可能找到bioinfo的博后

d*e2011-01-06 08:01

3 楼

这个方向既多且杂，而且没什么系统，我也曾经想学过，看过十几本，到目前没见到比
较合适的。我觉得取决于你要搞的方向，然后根据方向看paper。
但是总的说来，几个基本要求是要有的，比如
1 简单编程的能力，perl/python/R至少会用一个
2 基本的生物知识，完全没有也可以，但是会非常痛苦
3 基本的统计基础
4 至少average水平的自学能力

【在 S*M 的大作中提到】

: 理论化学博士，考虑转行ing
: 想了解一下bioinfo到底是干吗的
: 不知道这行有没有公认的比较全面的入门书
: 谢谢
: 另外，看到很多地方招bioinfo博后，都明确要求相关背景
: 不知道我这种既不是生物，也不是CS的
: 有没有可能找到bioinfo的博后

t*s2011-01-06 08:01

4 楼

I think bioinformatics is a tool for biomedical research. We do need those,
although this field may be too crowded now.

S*M2011-01-06 08:01

5 楼

thanks
不成我就找review看看吧
我现在连这个field具体有哪些方向都不知道
也在考虑转sysbio
不过好像bioinfo更好找工作
你说的这四条里
我好像也就只有4,哈哈
平时干活都是编程，不过用的是fortran
唯一生物背景来自俩学期的本科生化
统计一窍不通，有啥比较适合的教科书推荐么？
谢谢

【在 d*******e 的大作中提到】

: 这个方向既多且杂，而且没什么系统，我也曾经想学过，看过十几本，到目前没见到比
: 较合适的。我觉得取决于你要搞的方向，然后根据方向看paper。
: 但是总的说来，几个基本要求是要有的，比如
: 1 简单编程的能力，perl/python/R至少会用一个
: 2 基本的生物知识，完全没有也可以，但是会非常痛苦
: 3 基本的统计基础
: 4 至少average水平的自学能力

e*t2011-01-06 08:01

6 楼

fortran is old le ba~~~~
but if you are really good at fortran, C would not be a problem for you.
if you can handle C++, python/perl/R is a piece of cake for you.
it just takes a while to be familiar with their sepecific functions.

【在 S*M 的大作中提到】

: thanks
: 不成我就找review看看吧
: 我现在连这个field具体有哪些方向都不知道
: 也在考虑转sysbio
: 不过好像bioinfo更好找工作
: 你说的这四条里
: 我好像也就只有4,哈哈
: 平时干活都是编程，不过用的是fortran
: 唯一生物背景来自俩学期的本科生化
: 统计一窍不通，有啥比较适合的教科书推荐么？

w*32011-01-06 08:01

7 楼

http://www.bioinformatics.ca/workshops/2010/course-content
http://www.bioinformatics.ca/workshops
有一些入门讲座的video

S*M2011-01-06 08:01

8 楼

我是做simulation的
平时干的事情，说白了就是把一堆数字放一起做加减乘除，呵呵
所以fortran77就够用了
没碰过C++这么高级的东西

【在 e*****t 的大作中提到】

: fortran is old le ba~~~~
: but if you are really good at fortran, C would not be a problem for you.
: if you can handle C++, python/perl/R is a piece of cake for you.
: it just takes a while to be familiar with their sepecific functions.

S*M2011-01-06 08:01

9 楼

very nice
多谢！

【在 w*****3 的大作中提到】

: http://www.bioinformatics.ca/workshops/2010/course-content
: http://www.bioinformatics.ca/workshops
: 有一些入门讲座的video

e*t2011-01-06 08:01

10 楼

不过做bioinfo,要不断的学习，像fortran这种古老的语言，现在几乎没什么人用了。
simulation的话，我用R比较多，如果是modeling的话

【在 S*M 的大作中提到】

: 我是做simulation的
: 平时干的事情，说白了就是把一堆数字放一起做加减乘除，呵呵
: 所以fortran77就够用了
: 没碰过C++这么高级的东西

f*e2011-01-06 08:01

11 楼

you were just like me 9 years ago...
1. start with Python. you'll like it
2. read the book "Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer
Science and Computational Biology"
http://www.amazon.com/Algorithms-Strings-Trees-Sequences-
Computational/dp/0521585198
3. confidence booster: 1-D biological sequences are much easier to handle
than 3-D protein structures or N-dim Hilbert space (quantum). believe in
yourself.

【在 S*M 的大作中提到】

: 我是做simulation的
: 平时干的事情，说白了就是把一堆数字放一起做加减乘除，呵呵
: 所以fortran77就够用了
: 没碰过C++这么高级的东西

S*M2011-01-06 08:01

12 楼

多谢！非常有帮助

【在 f**********e 的大作中提到】

: you were just like me 9 years ago...
: 1. start with Python. you'll like it
: 2. read the book "Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer
: Science and Computational Biology"
: http://www.amazon.com/Algorithms-Strings-Trees-Sequences-
: Computational/dp/0521585198
: 3. confidence booster: 1-D biological sequences are much easier to handle
: than 3-D protein structures or N-dim Hilbert space (quantum). believe in
: yourself.

d*o2011-01-06 08:01

13 楼

In short, bioinformatics needs PCR skills:
P: Perl or Python to manipulate and integrate data;
C: SQL to store and query data;
R: R to model and visualize data.

p*a2011-01-06 08:01

14 楼

good point!

【在 d*******o 的大作中提到】

: In short, bioinformatics needs PCR skills:
: P: Perl or Python to manipulate and integrate data;
: C: SQL to store and query data;
: R: R to model and visualize data.

f*e2011-01-06 08:01

15 楼

very good points!
I will use the exact phrase in my oral defense, although I only know about R
and still a rookiee

【在 d*******o 的大作中提到】

: In short, bioinformatics needs PCR skills:
: P: Perl or Python to manipulate and integrate data;
: C: SQL to store and query data;
: R: R to model and visualize data.