c*9
2 楼
我正在做一种固氮菌的酶切。chromosome材料应该没问题的,quantification是200ng/
ul.所以我用了5ul的chromosome, 1ul EcoR1, 4ul Eco buffer, 30ul diH2O.再分开
入4个小试管里面,保存在37度的水浴里面分别5MIN, 30MIN, 1H, 2H,然后移入65度的
水浴30分钟,再跑胶,但是做了2次,发现DNA都没有被切开。然后换了HindIII和NEB
Buffer2,结果也是没有切开。请教各位这个是哪个环节出问题了呢?是否有更好的办法
做酶切呢?谢谢。
ul.所以我用了5ul的chromosome, 1ul EcoR1, 4ul Eco buffer, 30ul diH2O.再分开
入4个小试管里面,保存在37度的水浴里面分别5MIN, 30MIN, 1H, 2H,然后移入65度的
水浴30分钟,再跑胶,但是做了2次,发现DNA都没有被切开。然后换了HindIII和NEB
Buffer2,结果也是没有切开。请教各位这个是哪个环节出问题了呢?是否有更好的办法
做酶切呢?谢谢。
k*c
4 楼
Let them run O/N
c*9
6 楼
Thanks. What's the meaning of O/N?
T*t
8 楼
O/N = overnight
c*9
9 楼
请问是放在水浴37度里面通宵吗?谢谢
m*7
10 楼
首先,你有没有确定这个菌的chromosome有多大?有没有你这两个酶的酶切位点?
其次,按照识别位点6个碱基来算,4096个bp才能随机出现一个EcoRI的位点,考虑正反
向的话减一半就是2048bp。你跑胶的浓度是否合适来区分切开和没切开的状态?
你的描述中并没有出现非酶切对照,你是如何判断没切开的?
另外,你的实验目的是什么?为啥要用这两个酶来切?
其次,按照识别位点6个碱基来算,4096个bp才能随机出现一个EcoRI的位点,考虑正反
向的话减一半就是2048bp。你跑胶的浓度是否合适来区分切开和没切开的状态?
你的描述中并没有出现非酶切对照,你是如何判断没切开的?
另外,你的实验目的是什么?为啥要用这两个酶来切?
s*s
12 楼
一般来说chromosome DNA overnight切完应该是smear。
200ng/
【在 c****9 的大作中提到】
: 我正在做一种固氮菌的酶切。chromosome材料应该没问题的,quantification是200ng/
: ul.所以我用了5ul的chromosome, 1ul EcoR1, 4ul Eco buffer, 30ul diH2O.再分开
: 入4个小试管里面,保存在37度的水浴里面分别5MIN, 30MIN, 1H, 2H,然后移入65度的
: 水浴30分钟,再跑胶,但是做了2次,发现DNA都没有被切开。然后换了HindIII和NEB
: Buffer2,结果也是没有切开。请教各位这个是哪个环节出问题了呢?是否有更好的办法
: 做酶切呢?谢谢。
200ng/
【在 c****9 的大作中提到】
: 我正在做一种固氮菌的酶切。chromosome材料应该没问题的,quantification是200ng/
: ul.所以我用了5ul的chromosome, 1ul EcoR1, 4ul Eco buffer, 30ul diH2O.再分开
: 入4个小试管里面,保存在37度的水浴里面分别5MIN, 30MIN, 1H, 2H,然后移入65度的
: 水浴30分钟,再跑胶,但是做了2次,发现DNA都没有被切开。然后换了HindIII和NEB
: Buffer2,结果也是没有切开。请教各位这个是哪个环节出问题了呢?是否有更好的办法
: 做酶切呢?谢谢。
s*s
13 楼
什么叫做chromosome应该没有问题?phenol再抽一遍再切看看
200ng/
【在 c****9 的大作中提到】
: 我正在做一种固氮菌的酶切。chromosome材料应该没问题的,quantification是200ng/
: ul.所以我用了5ul的chromosome, 1ul EcoR1, 4ul Eco buffer, 30ul diH2O.再分开
: 入4个小试管里面,保存在37度的水浴里面分别5MIN, 30MIN, 1H, 2H,然后移入65度的
: 水浴30分钟,再跑胶,但是做了2次,发现DNA都没有被切开。然后换了HindIII和NEB
: Buffer2,结果也是没有切开。请教各位这个是哪个环节出问题了呢?是否有更好的办法
: 做酶切呢?谢谢。
200ng/
【在 c****9 的大作中提到】
: 我正在做一种固氮菌的酶切。chromosome材料应该没问题的,quantification是200ng/
: ul.所以我用了5ul的chromosome, 1ul EcoR1, 4ul Eco buffer, 30ul diH2O.再分开
: 入4个小试管里面,保存在37度的水浴里面分别5MIN, 30MIN, 1H, 2H,然后移入65度的
: 水浴30分钟,再跑胶,但是做了2次,发现DNA都没有被切开。然后换了HindIII和NEB
: Buffer2,结果也是没有切开。请教各位这个是哪个环节出问题了呢?是否有更好的办法
: 做酶切呢?谢谢。
k*s
14 楼
gDNA酶切有几个注意事项
1. gDNA一定要干净,质量好。酶切之前要跑胶看看。
2. 酶切体积要大些,1ug的要50uL体积更好
3. 酶要多加些,一般要总体积的5%
4. 酶切反应时间可以延长到overnight. 一般在反应几个小时后,可以再加几ul酶继
续切。
5. 最后跑胶应该是很好的smear现象。
酶切gDNA一帮可用来做Southern blot.
200ng/
【在 c****9 的大作中提到】
: 我正在做一种固氮菌的酶切。chromosome材料应该没问题的,quantification是200ng/
: ul.所以我用了5ul的chromosome, 1ul EcoR1, 4ul Eco buffer, 30ul diH2O.再分开
: 入4个小试管里面,保存在37度的水浴里面分别5MIN, 30MIN, 1H, 2H,然后移入65度的
: 水浴30分钟,再跑胶,但是做了2次,发现DNA都没有被切开。然后换了HindIII和NEB
: Buffer2,结果也是没有切开。请教各位这个是哪个环节出问题了呢?是否有更好的办法
: 做酶切呢?谢谢。
1. gDNA一定要干净,质量好。酶切之前要跑胶看看。
2. 酶切体积要大些,1ug的要50uL体积更好
3. 酶要多加些,一般要总体积的5%
4. 酶切反应时间可以延长到overnight. 一般在反应几个小时后,可以再加几ul酶继
续切。
5. 最后跑胶应该是很好的smear现象。
酶切gDNA一帮可用来做Southern blot.
200ng/
【在 c****9 的大作中提到】
: 我正在做一种固氮菌的酶切。chromosome材料应该没问题的,quantification是200ng/
: ul.所以我用了5ul的chromosome, 1ul EcoR1, 4ul Eco buffer, 30ul diH2O.再分开
: 入4个小试管里面,保存在37度的水浴里面分别5MIN, 30MIN, 1H, 2H,然后移入65度的
: 水浴30分钟,再跑胶,但是做了2次,发现DNA都没有被切开。然后换了HindIII和NEB
: Buffer2,结果也是没有切开。请教各位这个是哪个环节出问题了呢?是否有更好的办法
: 做酶切呢?谢谢。
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