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关于16s rRNA sequencing, 请大牛们给扫扫盲.
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关于16s rRNA sequencing, 请大牛们给扫扫盲.# Biology - 生物学
F*h
1 楼
还有几个月开始做新AP，这个U01加我总共四个faculties，我应该要求co-PI么。如果
有幸申请上是不是就没有NIH的New Investigator Status了。另外，这个Grant
submission会比我入职早一个礼拜左右，
应该没什么问题吧。
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G*t
2 楼
不要和周冬雨拍戏！
其实这个梗很有意思，周冬雨大家都很熟悉，她参演过的《山楂树之恋》、《同桌的你
》、《七月与安生》、《后来的我们》等等作品，相信很多人都耳熟能详。而且周冬雨
个人也获得了第53届台湾电影金马奖最佳女主角，这么出色的一位女演员，为什么说不
要和周冬雨拍戏呢！
其实道理很简单，因为和周冬雨合作过的演员，他们竟然都分手了。
1.马思纯和欧豪！
当初周冬雨和马思纯一起主演了《七月与安生》，两人也凭着这部电影获得了第53届台
湾电影金马奖的最佳女主角，后来拍完这部电影之后，马思纯和男朋友欧豪就分手了。
2.井柏然和倪妮！
《后来的我们》是周冬雨和井柏然一起合作的电影，当时井柏然还在和倪妮在一起谈恋
爱，可惜后来井柏然也跟倪妮分手了。
3.阚清子和纪凌尘！
阚清子和纪凌尘这对情侣相信大家都不陌生吧？当初在《亲爱的客栈》中也是大秀恩爱
，可惜后来也是分手了。而阚清子和周冬雨曾共同出演过电影《麻雀》，不得不说，还
真有点邪乎！
不要和黄渤喝酒！
大家都知道黄渤演技很好，但是却不知道其实黄渤作为一个青岛人，他的酒量也是非常
好的！
徐峥就曾经在综艺节目中吐槽过黄渤太能喝，他说他给黄渤取了一个名字叫“熬败”，
他能熬到你甘拜下风，喝到你感觉有点不胜酒力的时候，黄渤会说我们再来一瓶！
从徐峥的评论中，我们大概可以知道黄渤的酒量有多恐怖了！
当然，其实“不要和黄渤喝酒”这个梗更多的是开玩笑的而已，不过也是从侧面说明，
黄渤的酒量是真不错！
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x*g
3 楼
【 以下文字转载自 LeisureTime 讨论区 】
发信人: xuanyuanking (轩辕剑), 信区: LeisureTime
标 题: 习主席啥都看啊：不少谍战剧不尊重历史 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 16 10:43:37 2014, 美东)
发信人: hutuxian (糊涂仙), 信区: Military
标 题: 习主席啥都看啊：不少谍战剧不尊重历史
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Oct 16 10:00:19 2014, 美东)
习大大您可真是精力旺盛， 啥都看啊
作家麦家：习近平称现在不少谍战剧不尊重历史
人民网北京10月16日电（王鹤瑾）15日上午，习近平总书记在京主持召开文艺工作座谈
会并发表重要讲话。铁凝、尚长荣、阎肃、许江、李雪健、叶辛等文艺工作者参加了座
谈会并做发言。
当代作家麦家也参加了此次座谈会，他在接受人民网文化频道的采访时，告诉记者，“
这次座谈会上习大大多次脱稿，停下来，富有深情地回忆他年轻时阅读文学作品的经历
、感受、见解。他读书之多、感悟之深、感情之浓，让我这个‘专业读书人’都感到汗
颜，因为有些书至今我都没有读过，有些书虽然读过，但也没有他有见地。可以想见，
这些书曾经深深地感染过他，滋润过他，所以他相信文艺的力量，相信‘文化人’的重
要性也就不足为奇。”
“我们常说文学创作是个体劳动，这当然没错，但我们也得承认，每个人都有迷失的时
候。”当谈及如今文学领域存在的乱象时，麦家表示，虽然新时期以来，我国当代文学
涌现了一大批优秀的文学作品，其繁荣的景象大家有目共睹，“但在市场经济的冲击下
，文学这方净土也出现了不少乱象，不少作品因为表现欲望、寻求刺激、追求商业利益
，‘开卷有益’这一个古老成语，正在遭受前所未有的挑战和嘲弄。有些作品高举厚黑
旗帜，有些作品打着励志的名义愚弄人，更有些作品大肆渲染色情、暴力、恶俗……给
青少年读者造成了极大的伤害。这是最大的迷失！”麦家说，“文学是关乎心灵的事，
我们创作文学作品终归是为了暖人心田，启人心智，劝人从善向美，否则作家就不配被
称为‘灵魂工程师’。”
大家都知道麦家的创作一直扎根于军事特情领域，通过《解密》《暗算》《风声》等作
品，塑造了一批为国家安全事业默默奉献的无名英雄。他认为，“我的作品从小说到影
视，具有广泛的受众，这也说明时代需要崇高，人民需要英雄，需要正能量。”
最后，麦家告诉记者，自己在座谈会结束后，收获到一份惊喜，“我的作品也被习总书
记关注到了。”他说，“在会后，习总书记和大家一一握手的环节中，当总书记得知我
就是麦家时，他说：‘我看过你的《暗算》《风声》，你是谍战剧第一人，歌颂的是爱
国主义的精神，但是现在也有不少谍战影视剧不尊重历史，给观众造成了不良影响’。”
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C*y
4 楼
天气冷，公寓的heat pump效率不行，有点冷。牛牛在羽绒被上拼命地掘啊掘啊，掘出
个坑来，把自己暖暖呵呵地埋起来，就露个小脸儿在外面。
我和牛牛爸最爱做的事情就是，等牛牛起身上厕所或者吃饭的时候，两人抢着把手或脸
塞到牛牛躺的那个坑里，那个热乎啊～～
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m*i
5 楼
最近做的课题需要鉴别样品内的细菌变化,
据说16s rRNA sequencing 可以实现这个目的.
google后发现了两种: PCR-DGGE 或者 16s rRNA pyrosequencing.
好像还有用 mircoarray 什么的.
请问16s rRNA pyrosequencing 好做吗? 做一个样品要多少钱, 多长时间?
数据好分析吗?
老板说很难做. 我不是生物背景, 恳请板上大牛给科普一下.
不胜感激.
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F*h
6 楼
自己顶一下，新AP很迷茫啊，怕给人当postdoc使了又实在是很想要这个机会。希望版
里的前辈能给点建议。
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x*g
7 楼
麦家 NB
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f*n
8 楼
冬夏，如果想知道屋子里那块最暖和凉爽，看猫狗喜欢在哪里呆，那个点准保没错。
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t*d
9 楼
未知菌还是已知菌？
已知菌的话，如果菌不多，用几个pcr 不就可以了么？
如果多，点张个芯片，也很快，而且便宜。
如果有未知菌，只能测序了。不过如果菌不多，常规测序就可以了吧。
NGS 在metagenomcis 中的应用可能和你的需求有点相似。

【在 m******i 的大作中提到】
: 最近做的课题需要鉴别样品内的细菌变化,
: 据说16s rRNA sequencing 可以实现这个目的.
: google后发现了两种: PCR-DGGE 或者 16s rRNA pyrosequencing.
: 好像还有用 mircoarray 什么的.
: 请问16s rRNA pyrosequencing 好做吗? 做一个样品要多少钱, 多长时间?
: 数据好分析吗?
: 老板说很难做. 我不是生物背景, 恳请板上大牛给科普一下.
: 不胜感激.
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s*x
10 楼

Yes, co-PI counts as PI and you will lose the New Investigator Status.

【在 F********h 的大作中提到】
: 还有几个月开始做新AP，这个U01加我总共四个faculties，我应该要求co-PI么。如果
: 有幸申请上是不是就没有NIH的New Investigator Status了。另外，这个Grant
: submission会比我入职早一个礼拜左右，
: 应该没什么问题吧。
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M*u
11 楼
看来习总没看过潜伏，黎明。

【在 x**********g 的大作中提到】
: 麦家 NB
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p*p
12 楼
赞
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m*i
13 楼
感谢!
粪便样品,想知道哪些肠内细菌变化了,应该是菌很多的情况吧.
我们不知道哪些会变化.
这种情况该如何入手?
再次感谢!

【在 t*d 的大作中提到】
: 未知菌还是已知菌？
: 已知菌的话，如果菌不多，用几个pcr 不就可以了么？
: 如果多，点张个芯片，也很快，而且便宜。
: 如果有未知菌，只能测序了。不过如果菌不多，常规测序就可以了吧。
: NGS 在metagenomcis 中的应用可能和你的需求有点相似。
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G*y
14 楼
If the amount of money you will get from the U01 is smaller than an R01, I
wouldn't ask for a co-PI and lose the NIS.

【在 F********h 的大作中提到】
: 还有几个月开始做新AP，这个U01加我总共四个faculties，我应该要求co-PI么。如果
: 有幸申请上是不是就没有NIH的New Investigator Status了。另外，这个Grant
: submission会比我入职早一个礼拜左右，
: 应该没什么问题吧。
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I*s
15 楼
麦家拍马屁也是杠杠的：
“他读书之多、感悟之深、感情之浓，让我这个‘专业读书人’都感到汗
颜，因为有些书至今我都没有读过，有些书虽然读过，但也没有他有见地。可以想见，
这些书曾经深深地感染过他，滋润过他，”
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C*y
16 楼
是滴~ 我家床上好几床被子 （不好意思我俩都懒，最恨叠被子），牛牛从来都是把自
己裹在羽绒被里，从来没错过。

【在 f*********n 的大作中提到】
: 冬夏，如果想知道屋子里那块最暖和凉爽，看猫狗喜欢在哪里呆，那个点准保没错。
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t*d
17 楼
这个估计只能芯片或者NGS了。
芯片的难处在设计探针。探针设计完以后，操作比较简单些，便宜。NGS 的难处在建库
，操作比较复杂。
总的说来，NGS 可能更适合些。

【在 m******i 的大作中提到】
: 感谢!
: 粪便样品,想知道哪些肠内细菌变化了,应该是菌很多的情况吧.
: 我们不知道哪些会变化.
: 这种情况该如何入手?
: 再次感谢!
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M*k
18 楼
大牛们 能subcontract to合作者不？ 还qualify new investigator不？
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x*i
19 楼
说不定批评的就是这2个剧呢，尤其是潜伏，有批评TG的意思在里面

【在 M****u 的大作中提到】
: 看来习总没看过潜伏，黎明。
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d*y
20 楼
找对通用引物，P完了去测序不就得了。
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F*h
21 楼
是一个小U01，分给我最多150k每年吧，比R01少。那我是不是应该要求Co-I或
subcontract。这样还能分到这么多钱么，谢谢回复。

【在 G***y 的大作中提到】
: If the amount of money you will get from the U01 is smaller than an R01, I
: wouldn't ask for a co-PI and lose the NIS.
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N*n
22 楼
也许给归到“不尊重历史”那档里了

【在 M****u 的大作中提到】
: 看来习总没看过潜伏，黎明。
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m*i
23 楼
你的意思是:
找一个识别16s RNA sequence 某个区域的通用引物.
然后PCR, 再然后测这些放大的序列 (可能有几百种菌).
我的理解对吗?

【在 d***y 的大作中提到】
: 找对通用引物，P完了去测序不就得了。
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d*g
24 楼
new Investigator benefit does not mean the money. If you can count as a PI,
it is very helpful with your tenure. whatever, getting money in is the most
important. 150k per year is not a small money. if they just give a small
money, maybe just set you as co-investigator.
my personal opinion.
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s*r
25 楼
估计批判的是“借钱”，哦，不对是“借枪”
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m*i
26 楼
请问有没有公司的商业化芯片?
或者哪个公司能提供测序的服务?
另外您说的NGS建库指的什么? 我最简单的理解是测了序列之后,
和数据库比对, 就可以知道哪些变化了,请继续科普.
多谢多谢.
另外,我找到了一片相关的
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p

【在 t*d 的大作中提到】
: 这个估计只能芯片或者NGS了。
: 芯片的难处在设计探针。探针设计完以后，操作比较简单些，便宜。NGS 的难处在建库
: ，操作比较复杂。
: 总的说来，NGS 可能更适合些。
avatar
I*s
27 楼
习主席家喜欢搞文艺出身的，小彭的妯娌是张澜澜（习远平的媳妇）。
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r*r
28 楼
“细菌变化”到底是指细菌种类的变化，还是数量的变化？
由于你的样品是许多混合的细菌，所以不能直接以SANGER法测序混杂的PCR产物。可以
用DGGE、SSCP、克隆、或pyrosequencing等方法，各有利弊，具体要看你想解决什么问
题。

【在 m******i 的大作中提到】
: 最近做的课题需要鉴别样品内的细菌变化,
: 据说16s rRNA sequencing 可以实现这个目的.
: google后发现了两种: PCR-DGGE 或者 16s rRNA pyrosequencing.
: 好像还有用 mircoarray 什么的.
: 请问16s rRNA pyrosequencing 好做吗? 做一个样品要多少钱, 多长时间?
: 数据好分析吗?
: 老板说很难做. 我不是生物背景, 恳请板上大牛给科普一下.
: 不胜感激.
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t*d
29 楼
不知道有没有商业化的。你可以查查Affy 的 phylochip，还有其他的一些panchip，
greenchip，MDA等等。不过这些芯片都有些年纪了，可能赶不上现在的形势了（越来越
多的细菌被测序）。
对于 NGS 建库，我指的是吧16s RNA 序列变成测序仪器可用的DNA 短片段之间的操作
过程。可以问问 BGI 接不接这个活吧。版上不是有 BGI 的兄弟么。

【在 m******i 的大作中提到】
: 请问有没有公司的商业化芯片?
: 或者哪个公司能提供测序的服务?
: 另外您说的NGS建库指的什么? 我最简单的理解是测了序列之后,
: 和数据库比对, 就可以知道哪些变化了,请继续科普.
: 多谢多谢.
: 另外,我找到了一片相关的
: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
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m*i
30 楼
我们都想知道:
细菌种类的变化
还有数量的变化
我上次听了一个seminar, 他们用的是 pyrosequencing,
我老板说得到数据不困难, 困难在如何分析解释上.
您能不能给科普一下大致的过程,难点和相关信息.多谢

【在 r*********r 的大作中提到】
: “细菌变化”到底是指细菌种类的变化，还是数量的变化？
: 由于你的样品是许多混合的细菌，所以不能直接以SANGER法测序混杂的PCR产物。可以
: 用DGGE、SSCP、克隆、或pyrosequencing等方法，各有利弊，具体要看你想解决什么问
: 题。
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m*i
31 楼
请问探针设计的难度主要在哪里?
如果知道了序列,找出特异性的20-40碱基序列是不是就可以了呢?
如果这个可行,可以尝试着自己设计序列,然后找公司做芯片.
因为我们可能只关注几百到1000个种类.

【在 t*d 的大作中提到】
: 这个估计只能芯片或者NGS了。
: 芯片的难处在设计探针。探针设计完以后，操作比较简单些，便宜。NGS 的难处在建库
: ，操作比较复杂。
: 总的说来，NGS 可能更适合些。
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l*n
32 楼
16S rDNA amplicon sequencing
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t*d
33 楼
这个探针设计比较麻烦。
1）细菌16s RNA 的同源性很高，经常找不到非常特异的碱基序列。
2）芯片的分辨率不高，序列差异不太明显的话（比如相似性 > 80%)，可能都会出杂交
信号。
3）由于目标序列相似性太高，对于杂交条件要求比较严格，需要微调杂交液的组分、
杂交温度等参数。可是不同的探针适用的最佳杂交条件会有差异，所以设计探针的目标
之一是通过使用最少的探针来达到最大的分辨力。这时需要设计组合探针，最后通过几
十个探针的信号的来判读几千个菌种。
4）设计探针最好针对全长序列设计，但是NCBI数据中只有一部分所有的细菌的16s RNA
全长序列。

【在 m******i 的大作中提到】
: 请问探针设计的难度主要在哪里?
: 如果知道了序列,找出特异性的20-40碱基序列是不是就可以了呢?
: 如果这个可行,可以尝试着自己设计序列,然后找公司做芯片.
: 因为我们可能只关注几百到1000个种类.
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m*i
34 楼
虽然我的问题都很初级, 太感谢您的解答了.
探针设计,看来很复杂的东西, 比如说我想看1000个细菌, 如果
已知到他们的序列 (每个大概 3-400碱基序列),这种情况下,一般
您觉得需要多少个探针呢? 一般需要几个探针来确定一个细菌呢?
如果已知序列, 有没有什么软件,可以优化探针的设计?
另外的话,如果我们做454 pyrosequencing, 测序中心
给我的数据是什么格式的? 是fasta还是其他的呢?
是不是也会给出primer和barcode 的序列?
如果这些都有了, 有没有什么软件能比较样品组之间的细菌种类和强度的差别.
我听说有个东西叫Mothur,不知是干这个用的吗?
很抱歉,太多的问题,好不容易逮着您这个懂行的.

RNA

【在 t*d 的大作中提到】
: 这个探针设计比较麻烦。
: 1）细菌16s RNA 的同源性很高，经常找不到非常特异的碱基序列。
: 2）芯片的分辨率不高，序列差异不太明显的话（比如相似性 > 80%)，可能都会出杂交
: 信号。
: 3）由于目标序列相似性太高，对于杂交条件要求比较严格，需要微调杂交液的组分、
: 杂交温度等参数。可是不同的探针适用的最佳杂交条件会有差异，所以设计探针的目标
: 之一是通过使用最少的探针来达到最大的分辨力。这时需要设计组合探针，最后通过几
: 十个探针的信号的来判读几千个菌种。
: 4）设计探针最好针对全长序列设计，但是NCBI数据中只有一部分所有的细菌的16s RNA
: 全长序列。
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m*i
35 楼
请问得到数据好如何处理?
老板说得到数据没问题,
但是我们不知道处理数据的流程是什么样子的.
您能否科普一二?
谢谢.

【在 l******n 的大作中提到】
: 16S rDNA amplicon sequencing
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t*d
36 楼
16s RNA 的序列大概 1.6k 左右吧。如果过只有400左右多序列信息，很难设计探针。
比如说跟据A 菌的序列设计了一个探针 x，而且这个探针和 B 菌的400bp的序列不匹配
。但是我们不能说 探针x 和 B 菌不会杂交，因为也许探针x 和B菌的未知序列能匹配
上。所以探针 x 对于 B 菌就没有判读能力了。
测序最后拿到手的数据格式并不重要，因为肯定有方法转换成你想要的数据格式，这个
一点都不难。不过我对 NGS 的 metagenomics 不懂，希望班上牛人可以讲讲这方面的
东东。

【在 m******i 的大作中提到】
: 虽然我的问题都很初级, 太感谢您的解答了.
: 探针设计,看来很复杂的东西, 比如说我想看1000个细菌, 如果
: 已知到他们的序列 (每个大概 3-400碱基序列),这种情况下,一般
: 您觉得需要多少个探针呢? 一般需要几个探针来确定一个细菌呢?
: 如果已知序列, 有没有什么软件,可以优化探针的设计?
: 另外的话,如果我们做454 pyrosequencing, 测序中心
: 给我的数据是什么格式的? 是fasta还是其他的呢?
: 是不是也会给出primer和barcode 的序列?
: 如果这些都有了, 有没有什么软件能比较样品组之间的细菌种类和强度的差别.
: 我听说有个东西叫Mothur,不知是干这个用的吗?
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m*i
37 楼
那比如说设计多个探针来检测同一个细菌, 假设我有 X,Y,Z 三个探针同时针对A,
只有全部结合,才算识别A. 这样的话,会降低误判的可能. 当然效率也低.
但如果只关注几百的细菌的话, 有无可能呢?
谢谢

【在 t*d 的大作中提到】
: 16s RNA 的序列大概 1.6k 左右吧。如果过只有400左右多序列信息，很难设计探针。
: 比如说跟据A 菌的序列设计了一个探针 x，而且这个探针和 B 菌的400bp的序列不匹配
: 。但是我们不能说 探针x 和 B 菌不会杂交，因为也许探针x 和B菌的未知序列能匹配
: 上。所以探针 x 对于 B 菌就没有判读能力了。
: 测序最后拿到手的数据格式并不重要，因为肯定有方法转换成你想要的数据格式，这个
: 一点都不难。不过我对 NGS 的 metagenomics 不懂，希望班上牛人可以讲讲这方面的
: 东东。
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t*d
38 楼
恩，你的方法可以降低误判的可能，但是无法消除误判的可能。
极端情况，A 菌的400bp在16sRNA的5'，B菌的400bp在3' 。这样针对A 的3条探针还是
可能都会和 B 菌的16sRNA 的5’匹配。

【在 m******i 的大作中提到】
: 那比如说设计多个探针来检测同一个细菌, 假设我有 X,Y,Z 三个探针同时针对A,
: 只有全部结合,才算识别A. 这样的话,会降低误判的可能. 当然效率也低.
: 但如果只关注几百的细菌的话, 有无可能呢?
: 谢谢
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m*i
39 楼
是啊,消除不了误判阿.
那个phylochip是原理上怎么弄的呢?
他们自称可以识别几万种细菌, 他们还有个公司提供服务.

【在 t*d 的大作中提到】
: 恩，你的方法可以降低误判的可能，但是无法消除误判的可能。
: 极端情况，A 菌的400bp在16sRNA的5'，B菌的400bp在3' 。这样针对A 的3条探针还是
: 可能都会和 B 菌的16sRNA 的5’匹配。
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t*d
40 楼
我也不是很清楚 phylochip 怎么弄的。可能只做那些已有全长 16sRNA 的菌吧。有全
长或接近全长16sRNA的菌现在应该有好几十万株了。
另外，phylochip 也许不一定鉴定到种、亚种，也许鉴定到属就可以了？

【在 m******i 的大作中提到】
: 是啊,消除不了误判阿.
: 那个phylochip是原理上怎么弄的呢?
: 他们自称可以识别几万种细菌, 他们还有个公司提供服务.
avatar
t*m
41 楼
why look at rRNA, not rDNA?
有个 "second genome" 公司，干这个。
meta-genome seq, 找 BGI

【在 m******i 的大作中提到】
: 你的意思是:
: 找一个识别16s RNA sequence 某个区域的通用引物.
: 然后PCR, 再然后测这些放大的序列 (可能有几百种菌).
: 我的理解对吗?
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m*i
42 楼
测的是16S rRNA 的DNA序列?

【在 t*m 的大作中提到】
: why look at rRNA, not rDNA?
: 有个 "second genome" 公司，干这个。
: meta-genome seq, 找 BGI
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t*m
43 楼
yes. sequencing rDNA

【在 m******i 的大作中提到】
: 测的是16S rRNA 的DNA序列?
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C*e
44 楼
这个就是pyrotag sequencing
只不过pyrotag sequencing的通用引物上还放了barcode

【在 d***y 的大作中提到】
: 找对通用引物，P完了去测序不就得了。
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m*i
45 楼
请问放barcode序列是用来干什么?
数据处理时区分样品?

【在 C*******e 的大作中提到】
: 这个就是pyrotag sequencing
: 只不过pyrotag sequencing的通用引物上还放了barcode
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C*e
46 楼
对，就是用来区分样品的
另外也方便分拣出你的序列
比如有时候可以两个样品一起测
但是barcode不一样后期还是可以区分开来

【在 m******i 的大作中提到】
: 请问放barcode序列是用来干什么?
: 数据处理时区分样品?
avatar
m*i
47 楼
哦,原来是这样, 多谢.
那测完序的话, 他们会告诉你primer和barcode的序列,
然后,你就可以找出那些来自细菌的序列了,
但是,可不可能有相同序列来自多个测序片段, 如有, 那该怎么办呢?
另外,对测出来的序列,是不是有一定长度要求,比如说,50个碱基以下不考虑.
不好意思,问题太多,太蠢, 请多包含.

【在 C*******e 的大作中提到】
: 对，就是用来区分样品的
: 另外也方便分拣出你的序列
: 比如有时候可以两个样品一起测
: 但是barcode不一样后期还是可以区分开来
avatar
k*s
48 楼


【在 m******i 的大作中提到】
: 哦,原来是这样, 多谢.
: 那测完序的话, 他们会告诉你primer和barcode的序列,
: 然后,你就可以找出那些来自细菌的序列了,
: 但是,可不可能有相同序列来自多个测序片段, 如有, 那该怎么办呢?
: 另外,对测出来的序列,是不是有一定长度要求,比如说,50个碱基以下不考虑.
: 不好意思,问题太多,太蠢, 请多包含.
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k*s
49 楼
无论pyrosequencing 还是NGS，得到的数据都是整个基因组的信息，不是你想要的rDNA
序列。很浪费。
一个可行的办法，就是用PCR，直接PCR全长的rDNA,模板是样品直接提取的gDNA (粪便
样品），然后做subcloning，就可以分析。可能要测很多序列，比如几万个。优点是序
列干净，可靠，全长
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m*i
50 楼
16s rRNA pyrosequencing 之前不就是要用PCR 放大吗?
所以,需要特定的primer针对16s rRNA的某个区域,
然后得到pcr产物后,再测序, 我的理解对吗? 谢谢.

rDNA

【在 k*******s 的大作中提到】
: 无论pyrosequencing 还是NGS，得到的数据都是整个基因组的信息，不是你想要的rDNA
: 序列。很浪费。
: 一个可行的办法，就是用PCR，直接PCR全长的rDNA,模板是样品直接提取的gDNA (粪便
: 样品），然后做subcloning，就可以分析。可能要测很多序列，比如几万个。优点是序
: 列干净，可靠，全长
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C*e
51 楼
pyrotag sequencing怎么回事整个基因组的信息呢
都是用通用rDNA的primer先做PCR
放大variable region
然后再测的
做metagenomics之前一般也会先做个pyrotag 的trial
看看是不是值得做meta

rDNA

【在 k*******s 的大作中提到】
: 无论pyrosequencing 还是NGS，得到的数据都是整个基因组的信息，不是你想要的rDNA
: 序列。很浪费。
: 一个可行的办法，就是用PCR，直接PCR全长的rDNA,模板是样品直接提取的gDNA (粪便
: 样品），然后做subcloning，就可以分析。可能要测很多序列，比如几万个。优点是序
: 列干净，可靠，全长
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c*e
52 楼
请问你所说的做metagenomics之前做一个pyrotag的trial，看看是不是值得做
metagenomics，有什么参考文献吗？
我们最早的是PCR-单克隆-sanger，后来是PCR-454， 目前在考虑是不是做meta，因为
PCR的区域似乎不能提供我们希望的resolution，你所说的评价是否做meta是怎么一回
事啊？

【在 C*******e 的大作中提到】
: pyrotag sequencing怎么回事整个基因组的信息呢
: 都是用通用rDNA的primer先做PCR
: 放大variable region
: 然后再测的
: 做metagenomics之前一般也会先做个pyrotag 的trial
: 看看是不是值得做meta
:
: rDNA
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