RNA-seq map工具# Biology - 生物学
A*e
1 楼
现在有RNA seq的data， 有一个比较好的reference genome sequence. 请问现在有什
么比较好的工具能快速的分析该数据， 要求map 然后定量分析。 硬件： 8GB 内存的
linux。 多谢。
么比较好的工具能快速的分析该数据， 要求map 然后定量分析。 硬件： 8GB 内存的
linux。 多谢。
n*7
2 楼
什么平台？
solexa的话 就是 tophat --> cufflinks吧
solexa的话 就是 tophat --> cufflinks吧
e*e
3 楼
artemis
g*h
4 楼
bowtie or bwa
j*p
5 楼
if illumina, and if only interested in annotated transcripts' expression,
just try
(1) map to genome using tophat
(2) run cufflinks to get FPKM
FPKM estimation at transcript level is not as good as that at gene level.
just try
(1) map to genome using tophat
(2) run cufflinks to get FPKM
FPKM estimation at transcript level is not as good as that at gene level.
l*1
6 楼
LZ pls refer
Koren S. and Jarvis ED et al. (2012)
Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing
reads
Nature Biotechnology. 10. 1038/nbt.2280.
full text PDF link:
//jarvislab.net/Publications/Koren_et_al_2012.pdf
or
//wap.creaders.net/newsViewer.php?nid=523980&id=1170990&aid=13&fontsizetype=
large&ipage=2
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31697345_0_7.html
135th floor
【在 A*******e 的大作中提到】
: 现在有RNA seq的data， 有一个比较好的reference genome sequence. 请问现在有什
: 么比较好的工具能快速的分析该数据， 要求map 然后定量分析。 硬件： 8GB 内存的
: linux。 多谢。
Koren S. and Jarvis ED et al. (2012)
Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing
reads
Nature Biotechnology. 10. 1038/nbt.2280.
full text PDF link:
//jarvislab.net/Publications/Koren_et_al_2012.pdf
or
//wap.creaders.net/newsViewer.php?nid=523980&id=1170990&aid=13&fontsizetype=
large&ipage=2
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31697345_0_7.html
135th floor
【在 A*******e 的大作中提到】
: 现在有RNA seq的data， 有一个比较好的reference genome sequence. 请问现在有什
: 么比较好的工具能快速的分析该数据， 要求map 然后定量分析。 硬件： 8GB 内存的
: linux。 多谢。
相关阅读
有多少小鼠基因被成功knockout 了。誰是孟山都(Monsanto) ?─ 印度篇 I (by Ideolotopia) (转载)又有兩篇bullshit science文章在...microRNA 能做tissue specific KO吗？Windows7下 用什么设计引物华裔的试管婴儿之父——张民觉（转）求paper Methods Molecular Biology 2009求paper2010 生理医学诺奖:Robert Geoffrey Edwards恳求RA position 一坑请教DTT能打开链间二硫键吗？Equal variance or unequal variance.有人测过细胞内DAG/IP3含量吗？把自己review过的文章贴在自己主页里是不是违反职业道德的？我觉得Robert Geoffrey Edwards十年前就该得炸药奖了有人做过从肿瘤转移的宿主器官上分离肿瘤细胞的实验吗请教alignment的问题a postdoc position available算两个蛋白identity生物薄厚什么时候申请呢