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不如说说具体哪个生物领域比较容易和数学结合起来吧？
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不如说说具体哪个生物领域比较容易和数学结合起来吧？# Biology - 生物学
f*8
1 楼
个人，硕博士欧洲top 20的学校，已经在瑞士做了4年pdf, 发表文章差不多45篇sci，
主编2本英文图书，投了美国的几个学校，连面试的机会都没有，也不知道为什么？哎
，那些学校和我的方向还是有点出入，没有特别合适的，挺郁闷的。
希望各位大牛给点建议。
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B*t
2 楼
大家看看有啥办法没有
Bogart这两天吃喝还正常，就是脾气暴躁。昨天才发现嘴唇肿了一大块，也不知道多久
了，今天也没消肿的样子。
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s*l
3 楼
既不慢又可以越狱．
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s*y
4 楼
在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
光学成像，
血液动力，
细胞运动，
微生物生态，
多信号通道的综合作用，
基因相关性分析。
而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
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c*i
5 楼
为啥不留在欧洲？

【在 f******8 的大作中提到】
: 个人，硕博士欧洲top 20的学校，已经在瑞士做了4年pdf, 发表文章差不多45篇sci，
: 主编2本英文图书，投了美国的几个学校，连面试的机会都没有，也不知道为什么？哎
: ，那些学校和我的方向还是有点出入，没有特别合适的，挺郁闷的。
: 希望各位大牛给点建议。
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p*i
6 楼
喷西瓜霜试试？我喷上挺管用的。
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m*n
7 楼
用电脑端升级iOS，然后越狱，速度不慢。我现在用mini 1，亲测。

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6

【在 s****l 的大作中提到】
: 既不慢又可以越狱．
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d*r
8 楼
I think the most interesting part of math-biology is in developmental
biology:
http://www.sciencemag.org/content/322/5900/399.short
but if you are referring 数学帮不了太多忙, of course, the current math is
too rudimentary to this most challenging topic. The other equally
challenging topic for math-biology is cognition.

【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
: 光学成像，
: 血液动力，
: 细胞运动，
: 微生物生态，
: 多信号通道的综合作用，
: 基因相关性分析。
: 而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
: 基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
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f*8
9 楼

感觉瑞士不是自己想要终老的地方，虽然ETH挺好的。

【在 c****i 的大作中提到】
: 为啥不留在欧洲？
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B*t
10 楼
我是怕西瓜霜这种很细的粉末，我要一喷，他一吸气不都跑鼻子里去了吗，不知道有没
有副作用

【在 p********i 的大作中提到】
: 喷西瓜霜试试？我喷上挺管用的。
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s*l
11 楼
电脑端是什么意思，用什么软件升？最好有教程
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s*y
12 楼
是的，生物发育是一个非常有意思的系统工程，但是我们所知的还太少，
所以数学帮不上什么忙。
数学能够用上场合的，大部分是那些比较成熟的，我们知道得已经比较清楚的
生物领域。

【在 d*****r 的大作中提到】
: I think the most interesting part of math-biology is in developmental
: biology:
: http://www.sciencemag.org/content/322/5900/399.short
: but if you are referring 数学帮不了太多忙, of course, the current math is
: too rudimentary to this most challenging topic. The other equally
: challenging topic for math-biology is cognition.
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z*8
13 楼
回国。

【在 f******8 的大作中提到】
: 个人，硕博士欧洲top 20的学校，已经在瑞士做了4年pdf, 发表文章差不多45篇sci，
: 主编2本英文图书，投了美国的几个学校，连面试的机会都没有，也不知道为什么？哎
: ，那些学校和我的方向还是有点出入，没有特别合适的，挺郁闷的。
: 希望各位大牛给点建议。
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p*i
14 楼
好像没啥事，吸点不要紧吧。
一个捏住鼻子，另一个喷。他怎么脾气暴躁了，是不是想念我了
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M*t
15 楼
iOS7是可以的，因为iPad2解析度低，iOS7跑的蛮顺畅。
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d*r
16 楼
the sad thing is, I didn't see any successful case that the data from
developmental bio or neurobiology has pushed the generation of new math.
Maybe the generation of new math has nothing to do with the real world data.
It's like the invention of non-Euclidean math has nothing to do with
Einstein's general relativity theory.

【在 s******y 的大作中提到】
: 是的，生物发育是一个非常有意思的系统工程，但是我们所知的还太少，
: 所以数学帮不上什么忙。
: 数学能够用上场合的，大部分是那些比较成熟的，我们知道得已经比较清楚的
: 生物领域。
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f*8
17 楼

不感兴趣

【在 z*****8 的大作中提到】
: 回国。
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d*g
18 楼
确认是口腔溃疡不是被蚊虫叮咬？
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u*d
19 楼
什么意思，难道你还有选择？
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s*y
20 楼
数学是一个逻辑工具而不是科学工具。而且目前的数学也有其局限性。
对了。数学现在能够处理微观世界的随机性，波动性和不连续性了么？

data.

【在 d*****r 的大作中提到】
: the sad thing is, I didn't see any successful case that the data from
: developmental bio or neurobiology has pushed the generation of new math.
: Maybe the generation of new math has nothing to do with the real world data.
: It's like the invention of non-Euclidean math has nothing to do with
: Einstein's general relativity theory.
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T*s
21 楼
如果人不在美国，基本不会找你。
建议先来美国当个博后，人先到了，然后再申请。

【在 f******8 的大作中提到】
: 个人，硕博士欧洲top 20的学校，已经在瑞士做了4年pdf, 发表文章差不多45篇sci，
: 主编2本英文图书，投了美国的几个学校，连面试的机会都没有，也不知道为什么？哎
: ，那些学校和我的方向还是有点出入，没有特别合适的，挺郁闷的。
: 希望各位大牛给点建议。
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d*g
22 楼
今天网络真慢啊。。回个帖子费死劲了。。。
我记得要点有卖cold sore的药膏，专门治人嘴唇上长大包的，不知道对狗狗有没有用。刚忘了说了，听说这个药膏涂上以后会消除很多不适的感觉。
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F*y
23 楼
我的也是，就是在放Netflix的时候load比较慢

【在 M********t 的大作中提到】
: iOS7是可以的，因为iPad2解析度低，iOS7跑的蛮顺畅。
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s*j
24 楼
光学成像，也就是会用几个公式而已.
有几个做confocal的知道abbe formula是怎么推出来的? 又有几个能说清楚为什么油
镜分辨率高的道理.

【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
: 光学成像，
: 血液动力，
: 细胞运动，
: 微生物生态，
: 多信号通道的综合作用，
: 基因相关性分析。
: 而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
: 基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
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e*g
25 楼
不知道是什么方向，文章数量多了不一定是好事，如果里面非常牛的文章没有什么的话
，在专业排名高点的系里，大家一看，就没有了新鲜感，对你的潜力会打个问号，
方向再不是非常匹配，真是不会有面试的机会

【在 f******8 的大作中提到】
: 个人，硕博士欧洲top 20的学校，已经在瑞士做了4年pdf, 发表文章差不多45篇sci，
: 主编2本英文图书，投了美国的几个学校，连面试的机会都没有，也不知道为什么？哎
: ，那些学校和我的方向还是有点出入，没有特别合适的，挺郁闷的。
: 希望各位大牛给点建议。
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B*t
26 楼
不知道啊，也有可能哦？这个蚊虫太厉害了，当中有个很大的洞的
不过我自己口腔溃疡有时候会不自觉去舔，然后那个洞会越来越大，不知道这个是不是
他自己舔出来的

【在 d******g 的大作中提到】
: 确认是口腔溃疡不是被蚊虫叮咬？
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m*n
27 楼
进dfu，然后iTunes刷firmware，只用ota升级的不能越狱

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6

【在 s****l 的大作中提到】
: 电脑端是什么意思，用什么软件升？最好有教程
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a*x
28 楼
其实我觉得最需要数学的是signal transduction。目前这个领域没有什么数学（big
pharma其实在做，有些很不错的结果，但是目前还没有人重视），但是如果这些signal
transduction可以量化的话，对各种signal transduction不正常引起的malfunction
会有很好的预测和理解的作用，就像那个生物学家修收音机的例子一样。
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s*y
29 楼
文章数目太多也不是一个好事情，他们可能会担心你尽在灌水。至少得有两三篇非常拿
得出手的文章作为代表作才行。

【在 f******8 的大作中提到】
: 个人，硕博士欧洲top 20的学校，已经在瑞士做了4年pdf, 发表文章差不多45篇sci，
: 主编2本英文图书，投了美国的几个学校，连面试的机会都没有，也不知道为什么？哎
: ，那些学校和我的方向还是有点出入，没有特别合适的，挺郁闷的。
: 希望各位大牛给点建议。
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B*t
30 楼
对，我买过那种
那个就是麻醉剂吧，我觉着舌头碰到会麻很久
主要Bogart的大舌头，涂啥，他搜搜两下就舔光了

用。刚忘了说了，听说这个药膏涂上以后会消除很多不适的感觉。

【在 d******g 的大作中提到】
: 今天网络真慢啊。。回个帖子费死劲了。。。
: 我记得要点有卖cold sore的药膏，专门治人嘴唇上长大包的，不知道对狗狗有没有用。刚忘了说了，听说这个药膏涂上以后会消除很多不适的感觉。
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s*y
31 楼
油镜分辨率高这个也太简单了！
其实根本不需要数学，用简单的光学物理就知道了：）

【在 s*****j 的大作中提到】
: 光学成像，也就是会用几个公式而已.
: 有几个做confocal的知道abbe formula是怎么推出来的? 又有几个能说清楚为什么油
: 镜分辨率高的道理.
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z*t
32 楼
SCI这个定义太广了
发文章要盯着你自己领域top的地方发
质量比数量有用
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a*t
33 楼
西瓜霜蘸上口水就变成黏稠的了,不会吸到鼻子里,但是需要在口腔里停留,我估计
bogart被喷了之后，两三口口水就把药掩埋了....

【在 B****t 的大作中提到】
: 我是怕西瓜霜这种很细的粉末，我要一喷，他一吸气不都跑鼻子里去了吗，不知道有没
: 有副作用
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d*r
34 楼

I think he is more talking about statistical analysis of biology data.
But this sounds more like Physics than Math...

【在 s*****j 的大作中提到】
: 光学成像，也就是会用几个公式而已.
: 有几个做confocal的知道abbe formula是怎么推出来的? 又有几个能说清楚为什么油
: 镜分辨率高的道理.
avatar
c*i
35 楼
在欧洲上学，提sci这个词本身就很奇怪，很适合回国混。

【在 z***t 的大作中提到】
: SCI这个定义太广了
: 发文章要盯着你自己领域top的地方发
: 质量比数量有用
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y*u
36 楼
不好还是去看一下吧，辣椒脑袋顶长过一个类似的，被我当青春豆给挤乐，结乐好大的
疤，1－2个月才完全下去。你这个嘴巴上的还是小心点好
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D*a
37 楼
如果这样的话，岂不是说，现在数学家做的事情其实是把自己会的东西往生物上套，因
此能套上的都是生物学中相对简单的系统。而不是分析生物现象来创造新的数学公式模
拟复杂系统。
呼唤数学家们的创造性啊，呵呵～

data.

【在 d*****r 的大作中提到】
: the sad thing is, I didn't see any successful case that the data from
: developmental bio or neurobiology has pushed the generation of new math.
: Maybe the generation of new math has nothing to do with the real world data.
: It's like the invention of non-Euclidean math has nothing to do with
: Einstein's general relativity theory.
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a*8
38 楼
对啊，这年头要stand out需要有亮点，文章数量不算。因为现在文章数量多的人不少
，大家还是看重有impact的工作，一般体现在好杂志上，虽然这种评判有失偏颇。瑞典
好学校其实也不错，如果你又有好文章，还拿不到interview，就可能是今年的opening
和你的研究方向差太多。因为除了好文章，研究方向也是一般考虑的因素。

【在 e****g 的大作中提到】
: 不知道是什么方向，文章数量多了不一定是好事，如果里面非常牛的文章没有什么的话
: ，在专业排名高点的系里，大家一看，就没有了新鲜感，对你的潜力会打个问号，
: 方向再不是非常匹配，真是不会有面试的机会
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B*t
39 楼
哈哈，狗狗还长青春痘啊

【在 y*********u 的大作中提到】
: 不好还是去看一下吧，辣椒脑袋顶长过一个类似的，被我当青春豆给挤乐，结乐好大的
: 疤，1－2个月才完全下去。你这个嘴巴上的还是小心点好
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D*a
40 楼
有几个搞bioinfo的又知道他们搞出来的一大堆显著性的基因说明了啥生物学问题的呢？

【在 d*****r 的大作中提到】
:
: I think he is more talking about statistical analysis of biology data.
: But this sounds more like Physics than Math...
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z*8
41 楼
你要卖一把菜刀，人家想买砍柴刀，没人问你价钱。对面大婶想买菜刀，你看人不顺眼
，不想卖给人家。这是不是就叫有价无市。ETH那么多文章应该能力不弱，但是各个国
家差别很大。

【在 f******8 的大作中提到】
:
: 不感兴趣
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a*t
42 楼
呵~~大家都曾青春过呀~
我记得蓉蓉身上有一个~~

【在 B****t 的大作中提到】
: 哈哈，狗狗还长青春痘啊
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d*r
43 楼
I think the 局限性 of math is constraint by the biology structure of human
brain. The subtlety of math cannot be more than the fine structure of the
neuronal network of the brain.
If we believe mind cannot be separated by body, the math, as a product of
mind, can't surpass the fine structure of body.
Random process is not that useful, at least to the eyes of biologists. I
personally know many big biologists don't give a shit to random process. And
I understand why, coz they don't touch the bottom of truth. If I always
tell you something with a probability and distribution, and never give you a
definite answer, you will be mad too...
So the conclusion is, we don't know how randomness is generated, e.g., the
major random number generator is based on chaotic formula, and chaotic
theory itself, is not very far from pseudo-science.

【在 s******y 的大作中提到】
: 数学是一个逻辑工具而不是科学工具。而且目前的数学也有其局限性。
: 对了。数学现在能够处理微观世界的随机性，波动性和不连续性了么？
:
: data.
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T*g
44 楼
欧洲华人呆着还是不舒服
瑞士本科课程还是德语的

【在 f******8 的大作中提到】
:
: 不感兴趣
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a*8
45 楼
屁屁以前也有过，我没当一回事，后来不知道什么时候自己就好了。
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M*P
46 楼
发育生物学是数学跟生物结合很紧密的一个方向。
著名的果蝇segmental polarity network不知发了多少重量级的数学模型。
另外花序发育的遗传网络结构也有很多好的文章。
当然要是你的想法只是想知道哪个KO会让鱼的眼睛变小这种事情，数学帮不上什么忙。

【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
: 光学成像，
: 血液动力，
: 细胞运动，
: 微生物生态，
: 多信号通道的综合作用，
: 基因相关性分析。
: 而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
: 基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
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h*0
47 楼
基本是明目张胆的歧视。要8-9年连续居住工作才能拿到 所谓的绿卡。
物价奇高，如果保持一个 decent 的生活， 工资基本被消耗掉。
很多有钱人也没什么豪车，以公交为主。
本科说什么语言取决于在哪个区，可以是德语，法语或意大利语。
在我看来， 华人最好的地方就是美国， 没有之二。

【在 T*******g 的大作中提到】
: 欧洲华人呆着还是不舒服
: 瑞士本科课程还是德语的
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a*o
48 楼
这么细微的小豆豆你是怎么发现的？太神奇了
蓉蓉有青春痘，vet每次都给挤挤
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s*j
49 楼
说一说.

【在 s******y 的大作中提到】
: 油镜分辨率高这个也太简单了！
: 其实根本不需要数学，用简单的光学物理就知道了：）
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f*8
50 楼

我的很多文章都是我們領域內的top tier期刊上面發的，我發這麼多不是灌水，是我拼
命辛苦做出來的。

【在 e****g 的大作中提到】
: 不知道是什么方向，文章数量多了不一定是好事，如果里面非常牛的文章没有什么的话
: ，在专业排名高点的系里，大家一看，就没有了新鲜感，对你的潜力会打个问号，
: 方向再不是非常匹配，真是不会有面试的机会
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B*t
51 楼
我最爱干的的事情就是等Bogart睡着了，掀他嘴唇玩嘛
蓉蓉这年纪还长痘痘？长哪儿了？

【在 a***o 的大作中提到】
: 这么细微的小豆豆你是怎么发现的？太神奇了
: 蓉蓉有青春痘，vet每次都给挤挤
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d*r
52 楼
I think Wendell Lim was working with Tang Chao on this topic for a long time
, and they managed to combine math and synthetic biol tools and published
one paper:
http://limlab.ucsf.edu/papers/pdfs/wm_2009.pdf
Defining network topologies that can achieve biochemical adaptation
Wenzhe Ma, Ala Trusina, Hana El-Samad, Wendell A. Lim, and Chao Tang
Cell 138, 760-73 (2009)

signal
malfunction

【在 a*****x 的大作中提到】
: 其实我觉得最需要数学的是signal transduction。目前这个领域没有什么数学（big
: pharma其实在做，有些很不错的结果，但是目前还没有人重视），但是如果这些signal
: transduction可以量化的话，对各种signal transduction不正常引起的malfunction
: 会有很好的预测和理解的作用，就像那个生物学家修收音机的例子一样。
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f*8
53 楼

我們專業，歐洲學校的知名度要高於美國的。
不是熱門學科，美國招的方向和我的還是有差別，很多都被韓國人拿去了，美國大部分
招design

【在 e****g 的大作中提到】
: 不知道是什么方向，文章数量多了不一定是好事，如果里面非常牛的文章没有什么的话
: ，在专业排名高点的系里，大家一看，就没有了新鲜感，对你的潜力会打个问号，
: 方向再不是非常匹配，真是不会有面试的机会
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y*u
54 楼
其实也不知道是不是青春豆，反正是个包

【在 B****t 的大作中提到】
: 哈哈，狗狗还长青春痘啊
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s*j
55 楼
现在做statistical analysis of biology data的也大多数就会用个软件而已.
稍微来点概率基础题, 一下就露馅了.

【在 d*****r 的大作中提到】
: I think Wendell Lim was working with Tang Chao on this topic for a long time
: , and they managed to combine math and synthetic biol tools and published
: one paper:
: http://limlab.ucsf.edu/papers/pdfs/wm_2009.pdf
: Defining network topologies that can achieve biochemical adaptation
: Wenzhe Ma, Ala Trusina, Hana El-Samad, Wendell A. Lim, and Chao Tang
: Cell 138, 760-73 (2009)
:
: signal
: malfunction
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f*8
56 楼

我這個方向美國的學校很少，就那麼幾所，現在招一般偏向design，我的不是。
其次，歐洲位置都是滿的，我和我副教授同事比較，teaching,publication,
professional activities等方面都很接近

【在 z*****8 的大作中提到】
: 你要卖一把菜刀，人家想买砍柴刀，没人问你价钱。对面大婶想买菜刀，你看人不顺眼
: ，不想卖给人家。这是不是就叫有价无市。ETH那么多文章应该能力不弱，但是各个国
: 家差别很大。
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a*o
57 楼
位置大概在侧腰上
我估计bogart这也是被虫子咬得，难不成是火蚁？

【在 B****t 的大作中提到】
: 我最爱干的的事情就是等Bogart睡着了，掀他嘴唇玩嘛
: 蓉蓉这年纪还长痘痘？长哪儿了？
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y*8
58 楼
Ecology and evolution.

【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
: 光学成像，
: 血液动力，
: 细胞运动，
: 微生物生态，
: 多信号通道的综合作用，
: 基因相关性分析。
: 而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
: 基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
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f*8
59 楼

接近70%多的都是journal citation reports裡面category I的，這樣還沒有質量？

【在 z***t 的大作中提到】
: SCI这个定义太广了
: 发文章要盯着你自己领域top的地方发
: 质量比数量有用
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h*n
60 楼
恩。我喷西瓜霜也管用。

【在 p********i 的大作中提到】
: 喷西瓜霜试试？我喷上挺管用的。
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a*x
61 楼
有兴趣的可以看一下：
http://www.amazon.com/Complexity-Biological-Information-Process
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/0470857897.ch9/summa

signal
malfunction

【在 a*****x 的大作中提到】
: 其实我觉得最需要数学的是signal transduction。目前这个领域没有什么数学（big
: pharma其实在做，有些很不错的结果，但是目前还没有人重视），但是如果这些signal
: transduction可以量化的话，对各种signal transduction不正常引起的malfunction
: 会有很好的预测和理解的作用，就像那个生物学家修收音机的例子一样。
avatar
f*8
62 楼

德語區，我感覺歐洲歧視還是很多的，一般優先給本國人，即使本國人的水平不怎樣，
甚至比外國人相差很大

【在 h********0 的大作中提到】
: 基本是明目张胆的歧视。要8-9年连续居住工作才能拿到 所谓的绿卡。
: 物价奇高，如果保持一个 decent 的生活， 工资基本被消耗掉。
: 很多有钱人也没什么豪车，以公交为主。
: 本科说什么语言取决于在哪个区，可以是德语，法语或意大利语。
: 在我看来， 华人最好的地方就是美国， 没有之二。
avatar
y*u
63 楼
LOL!

【在 h******n 的大作中提到】
: 恩。我喷西瓜霜也管用。
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s*y
64 楼
光学成像的图像分析有很大量的数据处理需求，加上现在领域有向高通量
自动化分析迁移的趋势，这个是我觉得数学处理最急需的方向之一。
但是很多编写图像处理的人都tmd不懂生物学，编进去的一些function 让我
看了哭笑不得。我在购买我的显微镜之前，看了很多公司的系统和他们吹嘘的
分析软件，然后让他们给我实现几个我们经常用的功能，发现几乎做不到，
或者要非常费劲。比方说Zeiss, 他们的硬件非常棒，但是数学分析功能几乎让我
吐血。里面放了很多我们根本用不上的function,但是一些我们在细胞生物学上
天天用的function 却没有。类似的分析软件中，几大公司都是差不多一样
的糟糕。单纯比软件的话，PerkinElmer Volocity 这个软件稍微好一些，
但是也没有强到那里去。有一次我忍不住向某做光学的ID抱怨了这个问题，
她的建议是让我直接去学matlab 自己去编程处理这些问题。

【在 d*****r 的大作中提到】
: I think Wendell Lim was working with Tang Chao on this topic for a long time
: , and they managed to combine math and synthetic biol tools and published
: one paper:
: http://limlab.ucsf.edu/papers/pdfs/wm_2009.pdf
: Defining network topologies that can achieve biochemical adaptation
: Wenzhe Ma, Ala Trusina, Hana El-Samad, Wendell A. Lim, and Chao Tang
: Cell 138, 760-73 (2009)
:
: signal
: malfunction
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e*g
65 楼
方向不匹配的话，那就很困难了，
除非有人对你这个方向大力支持。

【在 f******8 的大作中提到】
:
: 德語區，我感覺歐洲歧視還是很多的，一般優先給本國人，即使本國人的水平不怎樣，
: 甚至比外國人相差很大
avatar
a*t
66 楼
对阿 可能被咬得 然后毒水没及时挤出来，给化脓了？ 那个破了的洞里有液体没有？
现在花粉季节，各种蜂聚集，宝儿出门总爱招惹大马蜂，吓死我了.....她皮草肉厚的
，怎么就不念及我呢....

【在 a***o 的大作中提到】
: 位置大概在侧腰上
: 我估计bogart这也是被虫子咬得，难不成是火蚁？
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d*r
67 楼
well, 分析生物现象来创造新的数学公式 is extremely hard...what's the last
time that human being has achieved this? I am too outdated to know, I just
barely know the irrational number was invented to deal with real world
problems.
I personally feel the flooding of internet and Google has killed the
innovative math nature of young people...

【在 D*a 的大作中提到】
: 如果这样的话，岂不是说，现在数学家做的事情其实是把自己会的东西往生物上套，因
: 此能套上的都是生物学中相对简单的系统。而不是分析生物现象来创造新的数学公式模
: 拟复杂系统。
: 呼唤数学家们的创造性啊，呵呵～
:
: data.
avatar
e*g
68 楼
方向不匹配的话，那就很困难了，
除非有人对你这个方向大力支持。

【在 f******8 的大作中提到】
:
: 德語區，我感覺歐洲歧視還是很多的，一般優先給本國人，即使本國人的水平不怎樣，
: 甚至比外國人相差很大
avatar
B*t
69 楼
估计化脓了，要等脓自己消肿要很久吧
医生怎么挤的？这个挤一下要是Bogart发飙了，我手指就没了啊

【在 a********t 的大作中提到】
: 对阿 可能被咬得 然后毒水没及时挤出来，给化脓了？ 那个破了的洞里有液体没有？
: 现在花粉季节，各种蜂聚集，宝儿出门总爱招惹大马蜂，吓死我了.....她皮草肉厚的
: ，怎么就不念及我呢....
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d*r
70 楼
I think statistical analysis is always valid in itself.
Don't put too much expectation on the statistical analysis in bioinfo, just
think of them as a faster tool to analyze data than human eyes.
They don't have the obligation to predict new biology, although they would
like to.

呢？

【在 D*a 的大作中提到】
: 有几个搞bioinfo的又知道他们搞出来的一大堆显著性的基因说明了啥生物学问题的呢？
avatar
f*8
71 楼

嗯，是的，沒有其他的opening，這點挺鬱悶的。

【在 e****g 的大作中提到】
: 方向不匹配的话，那就很困难了，
: 除非有人对你这个方向大力支持。
avatar
a*t
72 楼
按人来说的话，估计化脓这么多天了
光挤是不行了，很疼得，要挑破了，再挤吧，然后再上消炎的....(但是上了药不能舔）
这bogart伤在嘴上，不舔怎么可能呢~~可怜了

【在 B****t 的大作中提到】
: 估计化脓了，要等脓自己消肿要很久吧
: 医生怎么挤的？这个挤一下要是Bogart发飙了，我手指就没了啊
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s*y
73 楼
因为大部分玻璃材料（比方说盖波片）的reflective index 是在 1.5左右，
用油镜的话，光线通过玻璃和油(reflective index is also aroun 1.5)的
界面的时候产生的折射不是很明显，大部分光线能够被收集进入镜头，
得到的numeric Aperture 大，成像质量高。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 现在做statistical analysis of biology data的也大多数就会用个软件而已.
: 稍微来点概率基础题, 一下就露馅了.
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h*0
74 楼
没错。 瑞士找教授基本是潜规则。只招本国人，甚至本校人。
他门以前的策略都是先去美国工作若干年， 一旦瑞士有位置
出现， 空投回去。外国人当一辈子高级薄后的很多。

【在 f******8 的大作中提到】
:
: 嗯，是的，沒有其他的opening，這點挺鬱悶的。
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s*M
75 楼
我记得人类口腔溃疡是软的
被虫子咬，有时候那个包有点硬，或者硬头
从我自身经历上，以身试法的结果
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s*j
76 楼
这正好说明那些大公司都看清楚了搞生物的数学水平都是什么样子的.

【在 s******y 的大作中提到】
: 光学成像的图像分析有很大量的数据处理需求，加上现在领域有向高通量
: 自动化分析迁移的趋势，这个是我觉得数学处理最急需的方向之一。
: 但是很多编写图像处理的人都tmd不懂生物学，编进去的一些function 让我
: 看了哭笑不得。我在购买我的显微镜之前，看了很多公司的系统和他们吹嘘的
: 分析软件，然后让他们给我实现几个我们经常用的功能，发现几乎做不到，
: 或者要非常费劲。比方说Zeiss, 他们的硬件非常棒，但是数学分析功能几乎让我
: 吐血。里面放了很多我们根本用不上的function,但是一些我们在细胞生物学上
: 天天用的function 却没有。类似的分析软件中，几大公司都是差不多一样
: 的糟糕。单纯比软件的话，PerkinElmer Volocity 这个软件稍微好一些，
: 但是也没有强到那里去。有一次我忍不住向某做光学的ID抱怨了这个问题，
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R*C
77 楼
我感觉是虫子咬的。。。NICOLE屁股上也有一块。过一星期左右就好了。
或者可能是上火。我觉得没有破的话，上西瓜霜没啥用。给他吃点西瓜之类的凉性的水
果？
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d*r
78 楼
I don't know why 概率题 is so favorable now, everywhere is asking this, in
all big companies and all quantitative positions..
It's still a data analysis tool, and has absolutely no power to tell
tomorrow's stock is up or down.

【在 s*****j 的大作中提到】
: 这正好说明那些大公司都看清楚了搞生物的数学水平都是什么样子的.
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p*i
79 楼
溃疡像个小火山,虫子咬的感觉那个口没那么大.
干脆上点虫子叮咬的药试试?
估计过几天就好了,别太担心.
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s*y
80 楼
我觉得要处理到单分子这种问题的时候（比方说一个核酸和一个蛋白），
不连续性和随机性是无法避免的一个问题。

And
a

【在 d*****r 的大作中提到】
: I think the 局限性 of math is constraint by the biology structure of human
: brain. The subtlety of math cannot be more than the fine structure of the
: neuronal network of the brain.
: If we believe mind cannot be separated by body, the math, as a product of
: mind, can't surpass the fine structure of body.
: Random process is not that useful, at least to the eyes of biologists. I
: personally know many big biologists don't give a shit to random process. And
: I understand why, coz they don't touch the bottom of truth. If I always
: tell you something with a probability and distribution, and never give you a
: definite answer, you will be mad too...
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w*t
81 楼
不知道狗狗能吃维他命B族不？我口腔溃疡的话吃一粒第二天就好。
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s*y
82 楼
被你说中了！！！！
就是因为我们的数学水平不够，所以就只好被他们欺负。说不定他们就想，
哼，反正你还是要来求我们，有本事你自己去编个函数啊～

【在 s*****j 的大作中提到】
: 这正好说明那些大公司都看清楚了搞生物的数学水平都是什么样子的.
avatar
d*r
83 楼
Just learn some Matlab, :)
Believe me, it will be some fun, and I know you have more spare time now, Mr
. faculty sunnyday, haha

【在 s******y 的大作中提到】
: 光学成像的图像分析有很大量的数据处理需求，加上现在领域有向高通量
: 自动化分析迁移的趋势，这个是我觉得数学处理最急需的方向之一。
: 但是很多编写图像处理的人都tmd不懂生物学，编进去的一些function 让我
: 看了哭笑不得。我在购买我的显微镜之前，看了很多公司的系统和他们吹嘘的
: 分析软件，然后让他们给我实现几个我们经常用的功能，发现几乎做不到，
: 或者要非常费劲。比方说Zeiss, 他们的硬件非常棒，但是数学分析功能几乎让我
: 吐血。里面放了很多我们根本用不上的function,但是一些我们在细胞生物学上
: 天天用的function 却没有。类似的分析软件中，几大公司都是差不多一样
: 的糟糕。单纯比软件的话，PerkinElmer Volocity 这个软件稍微好一些，
: 但是也没有强到那里去。有一次我忍不住向某做光学的ID抱怨了这个问题，
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s*j
84 楼
不对呀. 什么叫"大部分光线能够被收集进入镜头"?
dry objective 就不是"大部分光线能够被收集进入镜头"了?
另外NA= n * sin(alpha). 你这个"大部分光线能够被收集进入镜头"最多也就是说
alpha 变大了. 为什么跟 n 有关呢?

【在 s******y 的大作中提到】
: 因为大部分玻璃材料（比方说盖波片）的reflective index 是在 1.5左右，
: 用油镜的话，光线通过玻璃和油(reflective index is also aroun 1.5)的
: 界面的时候产生的折射不是很明显，大部分光线能够被收集进入镜头，
: 得到的numeric Aperture 大，成像质量高。
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s*j
85 楼
只能说概率题是很能考查一个人的数学素质的.

【在 d*****r 的大作中提到】
: I don't know why 概率题 is so favorable now, everywhere is asking this, in
: all big companies and all quantitative positions..
: It's still a data analysis tool, and has absolutely no power to tell
: tomorrow's stock is up or down.
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d*r
86 楼
Believe me, even you used the current stochastic analysis tools, you will
still have not much idea about this 随机性.
They were just transferring one question to another question and then
another question..., there's no magic clean solution here. So just stay
with biology at this point.

【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得要处理到单分子这种问题的时候（比方说一个核酸和一个蛋白），
: 不连续性和随机性是无法避免的一个问题。
:
: And
: a
avatar
s*y
87 楼
如果用dry lens，光源发出的光线通过盖波片进入空气的时候，由于reflective index
的差别，光线会往外侧弯曲，所以最后被lens收集到的光线会有损失。
对此补救的方法是用大孔径的lens, 或者把lens 往盖波片靠近。前者会增加成本，
后者会降低working distance, 都有其局限性。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 只能说概率题是很能考查一个人的数学素质的.
avatar
s*j
88 楼
如果我就把lens 往盖波片靠近, 靠的非常近. 所有的光线都收集到.
为什么还是分辨率比油镜低呢?
或者我不用盖波片, 不就没有"光线会往外侧弯曲"吗?

index

【在 s******y 的大作中提到】
: 如果用dry lens，光源发出的光线通过盖波片进入空气的时候，由于reflective index
: 的差别，光线会往外侧弯曲，所以最后被lens收集到的光线会有损失。
: 对此补救的方法是用大孔径的lens, 或者把lens 往盖波片靠近。前者会增加成本，
: 后者会降低working distance, 都有其局限性。
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d*r
89 楼
Mathematicians won't like this statement...
Well, companies will like this statement, like banks, hedge funds, xxx
technologies. They wish to find some magician for stocks, but the best is
just find some data analysis.

【在 s*****j 的大作中提到】
: 如果我就把lens 往盖波片靠近, 靠的非常近. 所有的光线都收集到.
: 为什么还是分辨率比油镜低呢?
: 或者我不用盖波片, 不就没有"光线会往外侧弯曲"吗?
:
: index
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D*a
90 楼
自学大概需要多长时间？按一个生物学博士生的数学水平估计（LOL）

Mr

【在 d*****r 的大作中提到】
: Just learn some Matlab, :)
: Believe me, it will be some fun, and I know you have more spare time now, Mr
: . faculty sunnyday, haha
avatar
s*y
91 楼
其实没有什么空，这个月要写三个大grant.
这两天因为热带风暴，学校关门，所以趁机疯狂灌水而已。呵呵。
Matlab有空的时候我还是硬着头皮学一学吧。说到这个，前一阵子某ID让我
去学这个的时候说得那么轻描淡写的，就说，这个很容易的，没什么难学的，
让我当场气了个半死。然后不巧的是，过了几天她向我哭诉说她的学生
（以及她自己）不会做molecular cloning 连质粒都提不利索，问我怎么办，
我很奇怪的回应她说：随便拿个manual 看一眼不就知道怎么用了？有那么难么？
结果把她气得半天回不过气来，问我说是不是在报复前几天她建议我学Matlab
的仇？可是当时我是真心的觉得molecular cloning 这种东西有什么难的？
是不是你们这些经常用这种工具的人看着Matlab就跟我们看着分子克隆一样
的觉得轻巧？

Mr

【在 d*****r 的大作中提到】
: Just learn some Matlab, :)
: Believe me, it will be some fun, and I know you have more spare time now, Mr
: . faculty sunnyday, haha
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d*r
92 楼
Depends on how complicated you want.
Several days is more than enough for some simple analysis, but for more
complicated analysis, you may need pick up some math, then that will take
much longer, but still doable.

【在 D*a 的大作中提到】
: 自学大概需要多长时间？按一个生物学博士生的数学水平估计（LOL）
:
: Mr
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s*j
93 楼
大公司都是很现实的, 不会"wish to find some magician for stocks".

【在 d*****r 的大作中提到】
: Mathematicians won't like this statement...
: Well, companies will like this statement, like banks, hedge funds, xxx
: technologies. They wish to find some magician for stocks, but the best is
: just find some data analysis.
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D*a
94 楼
把你的学生/博后/技术员派出去一个月学学就好啦～

【在 s******y 的大作中提到】
: 其实没有什么空，这个月要写三个大grant.
: 这两天因为热带风暴，学校关门，所以趁机疯狂灌水而已。呵呵。
: Matlab有空的时候我还是硬着头皮学一学吧。说到这个，前一阵子某ID让我
: 去学这个的时候说得那么轻描淡写的，就说，这个很容易的，没什么难学的，
: 让我当场气了个半死。然后不巧的是，过了几天她向我哭诉说她的学生
: （以及她自己）不会做molecular cloning 连质粒都提不利索，问我怎么办，
: 我很奇怪的回应她说：随便拿个manual 看一眼不就知道怎么用了？有那么难么？
: 结果把她气得半天回不过气来，问我说是不是在报复前几天她建议我学Matlab
: 的仇？可是当时我是真心的觉得molecular cloning 这种东西有什么难的？
: 是不是你们这些经常用这种工具的人看着Matlab就跟我们看着分子克隆一样
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N*n
95 楼
生物数据的特殊性，比如高通量，high dimensional data对数学方法有很大的促进作
用。

data.

【在 d*****r 的大作中提到】
: the sad thing is, I didn't see any successful case that the data from
: developmental bio or neurobiology has pushed the generation of new math.
: Maybe the generation of new math has nothing to do with the real world data.
: It's like the invention of non-Euclidean math has nothing to do with
: Einstein's general relativity theory.
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d*r
96 楼
Neither matlab or molecular cloning is very difficult. It's just outsiders
and insiders, and you need some time to get familiar with some terminology
some words, then the rest is all follow the steps..
But people like to create this "Chinese walls" of jargon. But in fact, it's
all about communications.

【在 s******y 的大作中提到】
: 其实没有什么空，这个月要写三个大grant.
: 这两天因为热带风暴，学校关门，所以趁机疯狂灌水而已。呵呵。
: Matlab有空的时候我还是硬着头皮学一学吧。说到这个，前一阵子某ID让我
: 去学这个的时候说得那么轻描淡写的，就说，这个很容易的，没什么难学的，
: 让我当场气了个半死。然后不巧的是，过了几天她向我哭诉说她的学生
: （以及她自己）不会做molecular cloning 连质粒都提不利索，问我怎么办，
: 我很奇怪的回应她说：随便拿个manual 看一眼不就知道怎么用了？有那么难么？
: 结果把她气得半天回不过气来，问我说是不是在报复前几天她建议我学Matlab
: 的仇？可是当时我是真心的觉得molecular cloning 这种东西有什么难的？
: 是不是你们这些经常用这种工具的人看着Matlab就跟我们看着分子克隆一样
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s*y
97 楼
我上面已经说过了，把lens 往盖波片靠近和增大实际的lens size 是提高
dry lens 分辨的可行方法，Zeiss dry lens　可以达到N.A. 0.95，已经
接近一些低档油镜的水平了。（注：记错成1.2了）
如果你不用盖波片，那还有一个你的样品所泡在的溶液的R.I.的问题。
因为大部分我们用的mounting medium (glycerol based) 的R.I. 也是
1.4~1.6　（故意这样的，是为了减少对光路的不对称弯曲产生的成像歪曲）
但是如果你用了一个干燥样品的话，而且不用盖波片的话，在我的理解中，
是否用油镜是没有差别的。（如果我的理解错了，专家们可以来纠正一下）
另外，对于样品泡在水溶液里的情况，其实反而不推荐用油镜，而是用水镜。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 大公司都是很现实的, 不会"wish to find some magician for stocks".
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b*y
98 楼
The syntax of Matlab is very similar to C. The manual of Matlab is very
extensive and you will find yourself constantly searching manual while using
it. It doesn't take long to be able to use it (although it does take a long
time to master it.)

【在 s******y 的大作中提到】
: 其实没有什么空，这个月要写三个大grant.
: 这两天因为热带风暴，学校关门，所以趁机疯狂灌水而已。呵呵。
: Matlab有空的时候我还是硬着头皮学一学吧。说到这个，前一阵子某ID让我
: 去学这个的时候说得那么轻描淡写的，就说，这个很容易的，没什么难学的，
: 让我当场气了个半死。然后不巧的是，过了几天她向我哭诉说她的学生
: （以及她自己）不会做molecular cloning 连质粒都提不利索，问我怎么办，
: 我很奇怪的回应她说：随便拿个manual 看一眼不就知道怎么用了？有那么难么？
: 结果把她气得半天回不过气来，问我说是不是在报复前几天她建议我学Matlab
: 的仇？可是当时我是真心的觉得molecular cloning 这种东西有什么难的？
: 是不是你们这些经常用这种工具的人看着Matlab就跟我们看着分子克隆一样
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d*r
99 楼
at the beginning they will, but of course not after 2008.
The initiall success of LTCM had stimulated the whole street as a group of
magicians many years ago, and the whole street were thrilled at the time, a
lot of rocket scientists from like LOS ALAMOS of JPL were hired then and
many mathematicians jumped in.
and now of course the hype is gone, and a lot of quants were cut off, and
this whole business is transferring to "data-analysis + information system".

【在 s*****j 的大作中提到】
: 大公司都是很现实的, 不会"wish to find some magician for stocks".
avatar
d*r
100 楼
Sunnyday could say the same thing to e.g. Sarah (no offense):
"The syntax of Molecular Cloning is very similar to Cooking. The manual of
Molecular Cloning is very extensive and you will find yourself constantly
searching manual while using it. It doesn't take long to be able to use it (
although it does take a long time to master it)."

extensive and you will find yourself constantly searching manual while using
it. It doesn't take long to be able to use it (although it does take a long
time to master it.)

【在 b******y 的大作中提到】
: The syntax of Matlab is very similar to C. The manual of Matlab is very
: extensive and you will find yourself constantly searching manual while using
: it. It doesn't take long to be able to use it (although it does take a long
: time to master it.)
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s*y
101 楼
好的，我就是以前大学学C语言的时候学怕了，有时候一不小心写错一个符号，
结果debug了两三天才查出来，所以对计算机编程有敬畏感。不知道Matlab 的界面
到底是怎么样的。如果也是象C这样一开始就要麻麻烦烦定义一堆东西的话还会
让我很头痛的。

using
long

【在 b******y 的大作中提到】
: The syntax of Matlab is very similar to C. The manual of Matlab is very
: extensive and you will find yourself constantly searching manual while using
: it. It doesn't take long to be able to use it (although it does take a long
: time to master it.)
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d*r
102 楼
don't think it as C, they are totally different type of language.. people
tends to over-complicate something when they want to explain something, just
find some simple examples of matlab on internet, and play with it from the
very simple one.

【在 s******y 的大作中提到】
: 好的，我就是以前大学学C语言的时候学怕了，有时候一不小心写错一个符号，
: 结果debug了两三天才查出来，所以对计算机编程有敬畏感。不知道Matlab 的界面
: 到底是怎么样的。如果也是象C这样一开始就要麻麻烦烦定义一堆东西的话还会
: 让我很头痛的。
:
: using
: long
avatar
b*y
103 楼
Matlab is much more user-friendly than C. Rarely need to define anything a
prior. As long as your calculation is not very intensive, Matlab is a good
choice.

【在 s******y 的大作中提到】
: 好的，我就是以前大学学C语言的时候学怕了，有时候一不小心写错一个符号，
: 结果debug了两三天才查出来，所以对计算机编程有敬畏感。不知道Matlab 的界面
: 到底是怎么样的。如果也是象C这样一开始就要麻麻烦烦定义一堆东西的话还会
: 让我很头痛的。
:
: using
: long
avatar
s*y
104 楼
谢谢你和小熊的建议：）
等下个月我有空的时候先在网上找几个matlab 程序，看看大概是什么样子的。

just
the

【在 d*****r 的大作中提到】
: don't think it as C, they are totally different type of language.. people
: tends to over-complicate something when they want to explain something, just
: find some simple examples of matlab on internet, and play with it from the
: very simple one.
avatar
l*1
105 楼
definitely
Xiao-Wei Zhuang tube link:
//www.youtube.com/watch?v=w2Qo__sppcI&feature=g-all-u
showes that diffraction abbe limit 200 nm of noraml LM

【在 d*****r 的大作中提到】
: don't think it as C, they are totally different type of language.. people
: tends to over-complicate something when they want to explain something, just
: find some simple examples of matlab on internet, and play with it from the
: very simple one.
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p*l
107 楼
It's time to learn Matlab!
很多时候，图像数据分析方法需要根据具体试验制定，不可能有软件完全满足你的要求
。自力更生才是解决问题的根本方法。

【在 s******y 的大作中提到】
: 光学成像的图像分析有很大量的数据处理需求，加上现在领域有向高通量
: 自动化分析迁移的趋势，这个是我觉得数学处理最急需的方向之一。
: 但是很多编写图像处理的人都tmd不懂生物学，编进去的一些function 让我
: 看了哭笑不得。我在购买我的显微镜之前，看了很多公司的系统和他们吹嘘的
: 分析软件，然后让他们给我实现几个我们经常用的功能，发现几乎做不到，
: 或者要非常费劲。比方说Zeiss, 他们的硬件非常棒，但是数学分析功能几乎让我
: 吐血。里面放了很多我们根本用不上的function,但是一些我们在细胞生物学上
: 天天用的function 却没有。类似的分析软件中，几大公司都是差不多一样
: 的糟糕。单纯比软件的话，PerkinElmer Volocity 这个软件稍微好一些，
: 但是也没有强到那里去。有一次我忍不住向某做光学的ID抱怨了这个问题，
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l*1
108 楼
那两本还是21世纪的
1892的 PhD Dissertation by
Alexandr Mihailovich Lyapunov (1857–1918)
“The general problem of the stability of motion,”
(1892)
pdf link:
//www.control.lth.se/media/Education/DoctorateProgram/2012/NonlinearControl/
fu_lec01_2006eight.pdf
or
//www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/00207179208934253
Sunnyday 为代表的 wet Ap/PI
能看懂里边的 哪怕一个3X3 常(偏)微分 行列式 不?
当然用用mathworks code simulaiton 下的话 那就敢情更近一步
以下的美国某学会的board members 日常搞的那啥
//www.smb.org


【在 a*****x 的大作中提到】
: 有兴趣的可以看一下：
: http://www.amazon.com/Complexity-Biological-Information-Process
: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/0470857897.ch9/summa
:
: signal
: malfunction
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a*x
109 楼
你说的只是增加照明度的一方面，极限是全反射显微镜TIRF。
油镜的主要优点在于增加numeric aperture （NA）。
分辨率为λ/2NA，λ为波长。所以NA越大分辨率越高。

【在 s******y 的大作中提到】
: 我上面已经说过了，把lens 往盖波片靠近和增大实际的lens size 是提高
: dry lens 分辨的可行方法，Zeiss dry lens　可以达到N.A. 0.95，已经
: 接近一些低档油镜的水平了。（注：记错成1.2了）
: 如果你不用盖波片，那还有一个你的样品所泡在的溶液的R.I.的问题。
: 因为大部分我们用的mounting medium (glycerol based) 的R.I. 也是
: 1.4~1.6　（故意这样的，是为了减少对光路的不对称弯曲产生的成像歪曲）
: 但是如果你用了一个干燥样品的话，而且不用盖波片的话，在我的理解中，
: 是否用油镜是没有差别的。（如果我的理解错了，专家们可以来纠正一下）
: 另外，对于样品泡在水溶液里的情况，其实反而不推荐用油镜，而是用水镜。
avatar
y*n
110 楼
感觉lz提的几个用的都是物理而非数学撒。。。
avatar
l*1
111 楼
Conti:
以下的PIs 都能看明白那本1892的PhD thesis
不然 不用混这一行了
Biology/Biochemistry Researchers
Member Affiliation Research Interests
Judy Armitage University of Oxford Bacterial networks and protein
dynamics
Ian Stansfield University of Aberdeen The mechanism of protein
synthesis in eukaryote cells, and in the control of gene expression at the
level of mRNA translation, both using the yeast Saccharomyces as a model
system
David Fell Oxford Brookes University General principles governing
the organization, regulation and control of metabolism
Alex Webb University of Cambridge The physiological benefits of the
circadian clock and the signalling mechanisms by which the circadian clock
regulates cell physiology
Peter Swain University of Edinburgh Systems biology
Ian Thompson University of Oxford
Lee Sweetlove University of Oxford Regulation and engineering of the
plant metabolic network
Mark Roberts University of Oxford/BBSRC Biological signalling
circuits, bacterial transcription
more PIs full name
pls go to
link:
//sysos.eng.ox.ac.uk/control/RoSBNet/index.php/Member_List
from
//sysos.eng.ox.ac.uk/control/RoSBNet/index.php/Main_Page
or
//www.rosbnet.org/

【在 l**********1 的大作中提到】
: 那两本还是21世纪的
: 1892的 PhD Dissertation by
: Alexandr Mihailovich Lyapunov (1857–1918)
: “The general problem of the stability of motion,”
: (1892)
: pdf link:
: //www.control.lth.se/media/Education/DoctorateProgram/2012/NonlinearControl/
: fu_lec01_2006eight.pdf
: or
: //www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/00207179208934253
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s*y
112 楼
我觉得你和我说的就是一回事啊。
油镜之所以能够提高N.A. ，其物理基础就是因为油的R.I.和玻璃的相近，所以
不产生对光路的弯曲。
另外，TIRF和N.A.没有关系啊。

【在 a*****x 的大作中提到】
: 你说的只是增加照明度的一方面，极限是全反射显微镜TIRF。
: 油镜的主要优点在于增加numeric aperture （NA）。
: 分辨率为λ/2NA，λ为波长。所以NA越大分辨率越高。
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a*x
113 楼
NA = n sin(a). a 是被观察物体发射光中能进入物镜的角度的一半。n越大NA越大，和
你观察的物体是否干燥无关。

【在 a*****x 的大作中提到】
: 你说的只是增加照明度的一方面，极限是全反射显微镜TIRF。
: 油镜的主要优点在于增加numeric aperture （NA）。
: 分辨率为λ/2NA，λ为波长。所以NA越大分辨率越高。
avatar
p*l
114 楼
哈哈，sunnyday说的不是sarah，是我。
怎么说呢，我能自己从最基本的元件开始搭装置，能自己写所有的硬件软件程序，但是
基本只要面前有三个以上的管子，就晕头转向，基本属wet lab手脑双残。不过我可没
有怪sunnyday的意思，我可以理解sunny同学面对Matlab界面的感受，就如我看着几
十个管子一样。
不过我也相信，逼急了Sunny同学会学会matlab的。

(
using
long

【在 d*****r 的大作中提到】
: Sunnyday could say the same thing to e.g. Sarah (no offense):
: "The syntax of Molecular Cloning is very similar to Cooking. The manual of
: Molecular Cloning is very extensive and you will find yourself constantly
: searching manual while using it. It doesn't take long to be able to use it (
: although it does take a long time to master it)."
:
: extensive and you will find yourself constantly searching manual while using
: it. It doesn't take long to be able to use it (although it does take a long
: time to master it.)
avatar
l*1
115 楼
不用找啦 我们论文接受后 俺就发源matlab code 给你
到时侯 会预先站内 PM 你 免得当骚扰attachment mail 给你deleted 哈

【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢你和小熊的建议：）
: 等下个月我有空的时候先在网上找几个matlab 程序，看看大概是什么样子的。
:
: just
: the
avatar
a*x
116 楼
TIRF是跟NA无关，但是和你说的不对光路产生折射，增加照射有关。
油镜提高N.A不是因为不对光路产生折射，而是因为它折射率大，N.A. = n sin (a)

【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得你和我说的就是一回事啊。
: 油镜之所以能够提高N.A. ，其物理基础就是因为油的R.I.和玻璃的相近，所以
: 不产生对光路的弯曲。
: 另外，TIRF和N.A.没有关系啊。
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s*y
117 楼
如果物体不是浸泡在甘油中(R.I~1.45)而是干燥条件或者水溶液的话，强行使用
油镜反而会引进artifact而降低实际分辨率. 所以不要尽信数学公式，要看公式
推导的物质基础。

【在 a*****x 的大作中提到】
: NA = n sin(a). a 是被观察物体发射光中能进入物镜的角度的一半。n越大NA越大，和
: 你观察的物体是否干燥无关。
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s*j
118 楼
"但是如果你用了一个干燥样品的话，而且不用盖波片的话，在我的理解中，
是否用油镜是没有差别的."
你显然错了. 你说了半天都是在说abberation correction. abbe formula 出来之前
, 就已经有油镜了. 跟提高分辨率没关系, 只是后来才知道油是提高分辨率的.
"Zeiss dry lens　可以达到N.A. 1.2" ? Zeiss 的salesman跟你说得?

【在 s******y 的大作中提到】
: 我上面已经说过了，把lens 往盖波片靠近和增大实际的lens size 是提高
: dry lens 分辨的可行方法，Zeiss dry lens　可以达到N.A. 0.95，已经
: 接近一些低档油镜的水平了。（注：记错成1.2了）
: 如果你不用盖波片，那还有一个你的样品所泡在的溶液的R.I.的问题。
: 因为大部分我们用的mounting medium (glycerol based) 的R.I. 也是
: 1.4~1.6　（故意这样的，是为了减少对光路的不对称弯曲产生的成像歪曲）
: 但是如果你用了一个干燥样品的话，而且不用盖波片的话，在我的理解中，
: 是否用油镜是没有差别的。（如果我的理解错了，专家们可以来纠正一下）
: 另外，对于样品泡在水溶液里的情况，其实反而不推荐用油镜，而是用水镜。
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s*y
119 楼
好啊。。。。不过是什么内容啊？不会是matrix 的源码吧？如果是的话我怕会被追杀
什么呢的。

【在 l**********1 的大作中提到】
: 不用找啦 我们论文接受后 俺就发源matlab code 给你
: 到时侯 会预先站内 PM 你 免得当骚扰attachment mail 给你deleted 哈
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y*i
120 楼
神经系统。
因为
1. 基本单元简单，主要特性了解得非常透彻，基本活动（神经冲动）非常容易数学模拟
2. 数量非常庞大
3. 它的主要功能必然是通过群体行为实现，而且蕴藏在神经元的连接方式中，而不是
通过细胞内不同基因的相互调节实现。这个非常适合数学和计算机研究。
4. 神经系统如何实现功能，几乎还是未知（比如最基本的功能，记忆是怎么回事）
所以很早就有大把的人做，可惜到现在都还做不出来。

【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
: 光学成像，
: 血液动力，
: 细胞运动，
: 微生物生态，
: 多信号通道的综合作用，
: 基因相关性分析。
: 而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
: 基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
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s*j
121 楼
在这个问题上他懂的显然比你多.

【在 s******y 的大作中提到】
: 如果物体不是浸泡在甘油中(R.I~1.45)而是干燥条件或者水溶液的话，强行使用
: 油镜反而会引进artifact而降低实际分辨率. 所以不要尽信数学公式，要看公式
: 推导的物质基础。
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s*j
122 楼
问题就是为什么NA里面会有n在里面.

【在 a*****x 的大作中提到】
: TIRF是跟NA无关，但是和你说的不对光路产生折射，增加照射有关。
: 油镜提高N.A不是因为不对光路产生折射，而是因为它折射率大，N.A. = n sin (a)
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p*l
123 楼
期待着你到这个版发问Matlab问题，那肯定更热闹！

【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢你和小熊的建议：）
: 等下个月我有空的时候先在网上找几个matlab 程序，看看大概是什么样子的。
:
: just
: the
avatar
s*y
124 楼

镜头上标的：）我们已经在用了，的确很亮。
另外，有句话说的是，尽信书不如无书。关于这个分辨率的问题，你和 aardlbx
说的那个分辨率 和波长 以及　N.A.　什么什么关系这个公式我当然知道。
但是这个也是很容易让人误会的一个公式。如果盲目照搬的话（比方说如果
对泡在水溶液里的活体细胞使用油镜的话），反而是要出乱子的。
这个不如让pll来说吧。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 问题就是为什么NA里面会有n在里面.
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s*y
125 楼

这句话我没有理解。。。
TIRF 难道不是利用evanescent wave来激发的一种技术么？跟增加照射量貌似
没有关系啊！

【在 a*****x 的大作中提到】
: TIRF是跟NA无关，但是和你说的不对光路产生折射，增加照射有关。
: 油镜提高N.A不是因为不对光路产生折射，而是因为它折射率大，N.A. = n sin (a)
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s*j
126 楼
你把镜头上标的都打上来, 我倒想看看是什么镜头.
你也不用说什么"尽信书不如无书". 你是不知道为什么油镜分辨率高的. 你显然也不
知道abbe formula是怎么推出来的. index mismatch 和理论上的分辨率没有关系, 因
为推导的时候是墨认均匀介质的.
当然, 这并不是说你不会用显微镜. 至少你知道"泡在水溶液里的活体细胞使用油镜
的话反而是要出乱子的". 虽然你的理解是不完全正确的.

【在 s******y 的大作中提到】
:
: 这句话我没有理解。。。
: TIRF 难道不是利用evanescent wave来激发的一种技术么？跟增加照射量貌似
: 没有关系啊！
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d*r
127 楼
oh.. Sarah must hate me now, :)
Biology research really welcomes people with your background. I am sure 逼急
了 you can also get molecular cloning done with no problem. I came from
engineering background in undergrad, and learned all the biology courses and
labs in last year of college. It's not hard, and with much fun.

【在 p*l 的大作中提到】
: 哈哈，sunnyday说的不是sarah，是我。
: 怎么说呢，我能自己从最基本的元件开始搭装置，能自己写所有的硬件软件程序，但是
: 基本只要面前有三个以上的管子，就晕头转向，基本属wet lab手脑双残。不过我可没
: 有怪sunnyday的意思，我可以理解sunny同学面对Matlab界面的感受，就如我看着几
: 十个管子一样。
: 不过我也相信，逼急了Sunny同学会学会matlab的。
:
: (
: using
: long
avatar
s*y
128 楼
呵呵，这个不是我和你们抬杠，你先想一想，N.A. 这个缩写的全称是什么？
Aperture 的英文意思又是什么？

【在 s*****j 的大作中提到】
: 你把镜头上标的都打上来, 我倒想看看是什么镜头.
: 你也不用说什么"尽信书不如无书". 你是不知道为什么油镜分辨率高的. 你显然也不
: 知道abbe formula是怎么推出来的. index mismatch 和理论上的分辨率没有关系, 因
: 为推导的时候是墨认均匀介质的.
: 当然, 这并不是说你不会用显微镜. 至少你知道"泡在水溶液里的活体细胞使用油镜
: 的话反而是要出乱子的". 虽然你的理解是不完全正确的.
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s*j
129 楼
"这个不如让pll来说吧"
pll 有没有兴趣来说说?

【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵，这个不是我和你们抬杠，你先想一想，N.A. 这个缩写的全称是什么？
: Aperture 的英文意思又是什么？
avatar
s*j
130 楼
知道NA的全称, 不错呀.

【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵，这个不是我和你们抬杠，你先想一想，N.A. 这个缩写的全称是什么？
: Aperture 的英文意思又是什么？
avatar
s*j
131 楼
N.A. =n * sin(alpha)
Aperture 说明有 alpha, 但是, 为什么会有n在里面呢?
你先想一想

【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵，这个不是我和你们抬杠，你先想一想，N.A. 这个缩写的全称是什么？
: Aperture 的英文意思又是什么？
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p*l
132 楼
Dry lens不可能到NA 1.2的，你用的是不是dry/immersion两用的objective?这种上面
标的NA一般是immersion下的NA。

【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵，这个不是我和你们抬杠，你先想一想，N.A. 这个缩写的全称是什么？
: Aperture 的英文意思又是什么？
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s*j
133 楼
但愿这位没在文章里写"我们用的dry lens with NA 1.2, 很好很亮"

【在 p*l 的大作中提到】
: Dry lens不可能到NA 1.2的，你用的是不是dry/immersion两用的objective?这种上面
: 标的NA一般是immersion下的NA。
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s*y
134 楼
抱歉，我不小心把水镜的指数和干镜的记混了。我们的干镜应该是0.95。
上面的已更正。

【在 p*l 的大作中提到】
: Dry lens不可能到NA 1.2的，你用的是不是dry/immersion两用的objective?这种上面
: 标的NA一般是immersion下的NA。
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d*r
135 楼
sunnyday, you are so popular on this board! Whenever you have a question on
this board, many 女科学家 will jump in correcting you, :)
add oil!

【在 s******y 的大作中提到】
: 抱歉，我不小心把水镜的指数和干镜的记混了。我们的干镜应该是0.95。
: 上面的已更正。
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l*1
136 楼
这不碍事
术业有专攻 你师姐的PhD专业就是光学物理
KO mouse 的话还是sunny 内行
PhD AP/PI 不可能拿到360行的各行的PhD degree 哪怕拿三个 包括1 MD 2 PhD 的
只有不到一百人吧 且大都有欧美或以色列的高帅富的家庭背景


【在 s******y 的大作中提到】
: 抱歉，我不小心把水镜的指数和干镜的记混了。我们的干镜应该是0.95。
: 上面的已更正。
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s*j
137 楼
我真有点受不了了.
"入射光的能量都可以被detect到"? TIRF看的是fluorescence. 你detect入射光干
嘛?

【在 a*****x 的大作中提到】
: TIRF是跟NA无关，但是和你说的不对光路产生折射，增加照射有关。
: 油镜提高N.A不是因为不对光路产生折射，而是因为它折射率大，N.A. = n sin (a)
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d*r
138 楼
hey, I really like your guys "correcting" sunnyday, keep going on, :)
I will Mark your guys posts' with BaoZi when I finish work in company.
haha.

【在 s*****j 的大作中提到】
: 我真有点受不了了.
: "入射光的能量都可以被detect到"? TIRF看的是fluorescence. 你detect入射光干
: 嘛?
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a*x
139 楼
er, 是我弄错了。抱歉！

【在 s*****j 的大作中提到】
: 我真有点受不了了.
: "入射光的能量都可以被detect到"? TIRF看的是fluorescence. 你detect入射光干
: 嘛?
avatar
s*j
140 楼
为什么要用引号呢?

【在 d*****r 的大作中提到】
: hey, I really like your guys "correcting" sunnyday, keep going on, :)
: I will Mark your guys posts' with BaoZi when I finish work in company.
: haha.
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s*y
141 楼
我刚才回过头来想了一下，我发现我和你以及shangj 说的是成像里面的两个不同
的指标。你们说的其实是指那个镜头对两个光子在空间上的理论分辨率(spatial
resolution),而我说的是图像分辨率（image quality）。这两者有关系但是不
完全一回事。
抱歉一大早起来头脑还不是很清醒，和你们白吵半天了。呵呵

【在 a*****x 的大作中提到】
: er, 是我弄错了。抱歉！
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s*j
142 楼
你这个借口是说不通的. 不过不和你说了.
哪位能解释一下NA里面为什么会有n? 我一直都没有搞清楚的.

【在 s******y 的大作中提到】
: 我刚才回过头来想了一下，我发现我和你以及shangj 说的是成像里面的两个不同
: 的指标。你们说的其实是指那个镜头对两个光子在空间上的理论分辨率(spatial
: resolution),而我说的是图像分辨率（image quality）。这两者有关系但是不
: 完全一回事。
: 抱歉一大早起来头脑还不是很清醒，和你们白吵半天了。呵呵
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d*r
143 楼
this question really sounds like a math/phy-background people asking...
引号 here is to show emotion in post, and to catch eyes, nothing logical or
reasoning related. I know math people have an instinct to detect logic flaws
all the time, written and oral...

【在 s*****j 的大作中提到】
: 你这个借口是说不通的. 不过不和你说了.
: 哪位能解释一下NA里面为什么会有n? 我一直都没有搞清楚的.
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s*y
144 楼
大学时候学光学的时候好像看老师推导过，但是现在统统还给老师了。
大概的印象是因为推导光通过界面的时候有一个n1 * sin a1 =n2 * sin a2
的关系。如果你说的是一个均匀系统而不涉及界面的话，那就是因为有效波长
在一个系统里面是lambda/n
（另外：Abbe equation 在我有限的记忆里没有你说的那么玄乎。当然你现在
要逼我去推导我肯定是推不出来了）

【在 s*****j 的大作中提到】
: 你这个借口是说不通的. 不过不和你说了.
: 哪位能解释一下NA里面为什么会有n? 我一直都没有搞清楚的.
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s*j
145 楼
其实只是突然想起了"大话西游"里的"为什么要说'又'呢".

or
flaws

【在 d*****r 的大作中提到】
: this question really sounds like a math/phy-background people asking...
: 引号 here is to show emotion in post, and to catch eyes, nothing logical or
: reasoning related. I know math people have an instinct to detect logic flaws
: all the time, written and oral...
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b*y
146 楼
I want it, too. Thanks in advance.

【在 l**********1 的大作中提到】
: 不用找啦 我们论文接受后 俺就发源matlab code 给你
: 到时侯 会预先站内 PM 你 免得当骚扰attachment mail 给你deleted 哈
avatar
l*1
147 楼
of course, send to you too.
my pleasure.

【在 b******y 的大作中提到】
: I want it, too. Thanks in advance.
avatar
a*x
148 楼
由折射定律以及平行线内错角相等， sin(a in)/sin (a out) = 1/ n (oil)
Therefore sin (a out) = n (oil) sin (a in)

【在 s*****j 的大作中提到】
: 其实只是突然想起了"大话西游"里的"为什么要说'又'呢".
:
: or
: flaws
avatar
p*l
149 楼
从数理和生物结合的角度讲，能两边都有很好基础的人太少，绝大多数人都是从搞合作
开始，半路出家。我经历过也见过很多失败的合作，搞生物的觉得你们数理不过提供给
我一个工具，生物一点都不懂，自己又提不出来科学问题，搞数理的觉得没我这个工具
，光靠你那些瓶瓶罐罐的纯生物手段，这个问题你想都不敢想。最后一拍两散。互相了
解交流真得很重要，可惜的有这样兴趣的人不多。所以，对sunnyday这样的生物背景，
但是对数理这么感兴趣的同学，我们还是应该和风细雨一点的。反过来，我们这些数理
背景的人，去做生物，也会犯很多同样的错误。我和一个有n篇CNS的前辈合作，当初查
着wiki看完人家的review paper，就和人讨论问题，前辈还是很耐心的和我谈了很久，
让我很感动。
搞数理，往往把生物想得太简单，以为有天才想法就能革命生物。殊不知，生物发展了
这么久，这么多做生物的人，也不是傻子，也不乏有很强数理背景的人。只是任何事都
要有基础，在现在的生物知识以及数理技术基础上，有些事可以做，有些事还是镜花水
月，这是由生物的复杂性决定的。
数理的基本思路是对一个复杂问题进行简化归纳，这种归纳的前提是你对这个问题已经
由了一定理解。面对未知的复杂系统，盲人摸象是免不了的。做数理的跳生物坑，往往
以为自己有2.0的视力就不用盲人摸象了。到了象前面才发现，象太大了，象头象尾在
哪里都搞不清，还是得顺滕摸瓜慢慢摸。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 其实只是突然想起了"大话西游"里的"为什么要说'又'呢".
:
: or
: flaws
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g*1
150 楼

I think that your definition and understanding of "Math" are too narrow.

【在 s******y 的大作中提到】
: 数学是一个逻辑工具而不是科学工具。而且目前的数学也有其局限性。
: 对了。数学现在能够处理微观世界的随机性，波动性和不连续性了么？
:
: data.
avatar
G*y
151 楼
Well said! This post should be marked.

【在 p*l 的大作中提到】
: 从数理和生物结合的角度讲，能两边都有很好基础的人太少，绝大多数人都是从搞合作
: 开始，半路出家。我经历过也见过很多失败的合作，搞生物的觉得你们数理不过提供给
: 我一个工具，生物一点都不懂，自己又提不出来科学问题，搞数理的觉得没我这个工具
: ，光靠你那些瓶瓶罐罐的纯生物手段，这个问题你想都不敢想。最后一拍两散。互相了
: 解交流真得很重要，可惜的有这样兴趣的人不多。所以，对sunnyday这样的生物背景，
: 但是对数理这么感兴趣的同学，我们还是应该和风细雨一点的。反过来，我们这些数理
: 背景的人，去做生物，也会犯很多同样的错误。我和一个有n篇CNS的前辈合作，当初查
: 着wiki看完人家的review paper，就和人讨论问题，前辈还是很耐心的和我谈了很久，
: 让我很感动。
: 搞数理，往往把生物想得太简单，以为有天才想法就能革命生物。殊不知，生物发展了
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p*l
152 楼
个人觉得Debug能力可能是科研实验中最重要的。我比较畏惧molecular cloning也是这
个原因，我当然可以按manual做，但是如果结果不好我一点Debug的能力都没有。
编程有个良好的习惯Debugging会容易的多，比如说变量名起的完整点（相对wet lab就
是每个管子标签写长点），每行对齐（样品码整齐），不要反复把一个变量用在不同的
地方（不要省pipette tip)，多写comment（lab note要完整）。

【在 s******y 的大作中提到】
: 好的，我就是以前大学学C语言的时候学怕了，有时候一不小心写错一个符号，
: 结果debug了两三天才查出来，所以对计算机编程有敬畏感。不知道Matlab 的界面
: 到底是怎么样的。如果也是象C这样一开始就要麻麻烦烦定义一堆东西的话还会
: 让我很头痛的。
:
: using
: long
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s*y
153 楼
另外，在我对abbe equation 的理解中，这个公式有两项，一个是视椎角度，
这个就是我说的那个光线弯曲的问题（就是用油当介质可以增加有效的视椎
角度，这个是我给你的第一个回答的意思）。
另外一个是你问的这个n. 这个在物理学的角度可以这样理解，镜头通过介质和
盖薄片在看一个Airy disk的虚像，如果玻璃两侧的介质是一样的话，那么
这个Airy disk 的像的有效半径就应该是lambda/2n。
另外你说的那个abberation correction其实是误会我在说spherical
aberration　correction吧？这个和油有关，但是和我所说的那个并不是完全
一会事。有些时候，因为镜头本身不够圆而出现光线折射角度不对的问题的时候，
人们会故意调节油的折射率来引入额外的折射度来纠正这个问题。这个和N.A.
以及我一直说的问题没有关系。我一直强调的就是，在我的印象中（很模糊的，
大学时候学光学得到的印象了，不一定准确）这个N.A.推导的时候是用玻璃
两面介质一样的情况下得到的公式，不可以直接套用不同介质的情况。
我举出这个水溶液中的活体细胞就是为了说明这个事情。就是说，假如玻璃另外
一面其实是水的话，这一面用油会引入artifact,其实是不能真正增加分辨率的
（也就是说Abbe Equation 在这个场合下失效）。希望你现在能明白我是什么
意思。
另外，这个Abbe Equation　的推导过程， 我的印象中是在大部分光学教科书上
都有（起码当年我那个变态大学逼我看了，虽然我统统还给老师了），如果你
真的那么感兴趣的话，去图书馆借本书来看看就好了。我因为不是直接研究这个
的，所以只知道一些皮毛而已。有时候说错一些是非常有可能的。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 其实只是突然想起了"大话西游"里的"为什么要说'又'呢".
:
: or
: flaws
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s*j
155 楼
说实话, 我最烦这样的大实话写一堆.
你有这空不如说说你怎么理解 n 是怎么到 N.A. 里面去的.

【在 p*l 的大作中提到】
: 从数理和生物结合的角度讲，能两边都有很好基础的人太少，绝大多数人都是从搞合作
: 开始，半路出家。我经历过也见过很多失败的合作，搞生物的觉得你们数理不过提供给
: 我一个工具，生物一点都不懂，自己又提不出来科学问题，搞数理的觉得没我这个工具
: ，光靠你那些瓶瓶罐罐的纯生物手段，这个问题你想都不敢想。最后一拍两散。互相了
: 解交流真得很重要，可惜的有这样兴趣的人不多。所以，对sunnyday这样的生物背景，
: 但是对数理这么感兴趣的同学，我们还是应该和风细雨一点的。反过来，我们这些数理
: 背景的人，去做生物，也会犯很多同样的错误。我和一个有n篇CNS的前辈合作，当初查
: 着wiki看完人家的review paper，就和人讨论问题，前辈还是很耐心的和我谈了很久，
: 让我很感动。
: 搞数理，往往把生物想得太简单，以为有天才想法就能革命生物。殊不知，生物发展了
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s*y
156 楼
我已经在两个地方给你回答了

【在 s*****j 的大作中提到】
: 说实话, 我最烦这样的大实话写一堆.
: 你有这空不如说说你怎么理解 n 是怎么到 N.A. 里面去的.
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s*j
157 楼
你是回答不了着个问题的. 不用试了.

【在 s******y 的大作中提到】
: 另外，在我对abbe equation 的理解中，这个公式有两项，一个是视椎角度，
: 这个就是我说的那个光线弯曲的问题（就是用油当介质可以增加有效的视椎
: 角度，这个是我给你的第一个回答的意思）。
: 另外一个是你问的这个n. 这个在物理学的角度可以这样理解，镜头通过介质和
: 盖薄片在看一个Airy disk的虚像，如果玻璃两侧的介质是一样的话，那么
: 这个Airy disk 的像的有效半径就应该是lambda/2n。
: 另外你说的那个abberation correction其实是误会我在说spherical
: aberration　correction吧？这个和油有关，但是和我所说的那个并不是完全
: 一会事。有些时候，因为镜头本身不够圆而出现光线折射角度不对的问题的时候，
: 人们会故意调节油的折射率来引入额外的折射度来纠正这个问题。这个和N.A.
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s*y
158 楼
哎，那我也不要在这个问题上浪费我的时间了。
你去问你们学校里的光学成像的人吧。
我有信心他们的答案和我说的是类似的。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 你是回答不了着个问题的. 不用试了.
avatar
s*j
159 楼
我就是不明白, 你能说出 dry lens NA 1.2 提醒你一下还不知道有什么问题.
然后有胡编个借口说你说的是什么图像分辨率 (image quality ???)
这信心是哪来的呢?

【在 s******y 的大作中提到】
: 哎，那我也不要在这个问题上浪费我的时间了。
: 你去问你们学校里的光学成像的人吧。
: 我有信心他们的答案和我说的是类似的。
avatar
s*y
160 楼
我已经告诉你了：我把水镜的标数记成干镜的了，干镜的是0.95，就此我已经
道歉过了，不是很明白你在纠缠什么？
另外，我说的关于图像分辨率的那些话一点问题都没有（你可以向其他人
去求证）。我已经明确说过一次了，这里可以再重复一次：Abbe equation
里面有两项，我一开始说的那个角度问题是视锥角度，你们说的那个n是airy disk
size. 两者都是Abbe equation里的元素。你一开始问我说为什么用油，
又不是问我直接问我这个n 的问题。我当然是挑个最简单的来回答了。后来
意识到你不是问这个，我就已经回答了你两次了。（注：这里只是一个免费
的自由论坛，大家的发言都只能作为参考，我不能保证我的所有发言都
正确，实际上我经常出错）
年轻人，火气不要那么大。不信的话你可以去问问你们学校做成像的人。
我虽然不是亲自做光学成像的人，好歹也算是个用户。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 我就是不明白, 你能说出 dry lens NA 1.2 提醒你一下还不知道有什么问题.
: 然后有胡编个借口说你说的是什么图像分辨率 (image quality ???)
: 这信心是哪来的呢?
avatar
C*e
161 楼
鼓掌鲜花
顶

【在 p*l 的大作中提到】
: 从数理和生物结合的角度讲，能两边都有很好基础的人太少，绝大多数人都是从搞合作
: 开始，半路出家。我经历过也见过很多失败的合作，搞生物的觉得你们数理不过提供给
: 我一个工具，生物一点都不懂，自己又提不出来科学问题，搞数理的觉得没我这个工具
: ，光靠你那些瓶瓶罐罐的纯生物手段，这个问题你想都不敢想。最后一拍两散。互相了
: 解交流真得很重要，可惜的有这样兴趣的人不多。所以，对sunnyday这样的生物背景，
: 但是对数理这么感兴趣的同学，我们还是应该和风细雨一点的。反过来，我们这些数理
: 背景的人，去做生物，也会犯很多同样的错误。我和一个有n篇CNS的前辈合作，当初查
: 着wiki看完人家的review paper，就和人讨论问题，前辈还是很耐心的和我谈了很久，
: 让我很感动。
: 搞数理，往往把生物想得太简单，以为有天才想法就能革命生物。殊不知，生物发展了
avatar
k*1
162 楼
基本的编程一个周末就够了。MATLAB就像是相机当中的傻瓜相机。
然后就是从网上找一些你需要的sample程序自己改改。

【在 D*a 的大作中提到】
: 自学大概需要多长时间？按一个生物学博士生的数学水平估计（LOL）
:
: Mr
avatar
r*t
163 楼
很牛了，我记得几何光学是光学第一部分，考试都不考的跳过了，老师说你们中学学过
了。

【在 s******y 的大作中提到】
: 另外，在我对abbe equation 的理解中，这个公式有两项，一个是视椎角度，
: 这个就是我说的那个光线弯曲的问题（就是用油当介质可以增加有效的视椎
: 角度，这个是我给你的第一个回答的意思）。
: 另外一个是你问的这个n. 这个在物理学的角度可以这样理解，镜头通过介质和
: 盖薄片在看一个Airy disk的虚像，如果玻璃两侧的介质是一样的话，那么
: 这个Airy disk 的像的有效半径就应该是lambda/2n。
: 另外你说的那个abberation correction其实是误会我在说spherical
: aberration　correction吧？这个和油有关，但是和我所说的那个并不是完全
: 一会事。有些时候，因为镜头本身不够圆而出现光线折射角度不对的问题的时候，
: 人们会故意调节油的折射率来引入额外的折射度来纠正这个问题。这个和N.A.
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s*j
164 楼
问题是你根本没有意识到 dry lens NA 是不可能超过 1 的. 我提醒了你一下, 你还
是没有意识到. 这根本不是有没有记错的问题, 而是你对 NA 缺乏基本的理解.
"你们说的那个n是airy disk size.", n 就是 refractive index, 怎么会变成airy
disk size了?
"你一开始问我说为什么用油，又不是问我直接问我这个n 的问题。" 看来你连这个 n
就是指的油的 refractive index 都没看懂.


【在 s******y 的大作中提到】
: 我已经告诉你了：我把水镜的标数记成干镜的了，干镜的是0.95，就此我已经
: 道歉过了，不是很明白你在纠缠什么？
: 另外，我说的关于图像分辨率的那些话一点问题都没有（你可以向其他人
: 去求证）。我已经明确说过一次了，这里可以再重复一次：Abbe equation
: 里面有两项，我一开始说的那个角度问题是视锥角度，你们说的那个n是airy disk
: size. 两者都是Abbe equation里的元素。你一开始问我说为什么用油，
: 又不是问我直接问我这个n 的问题。我当然是挑个最简单的来回答了。后来
: 意识到你不是问这个，我就已经回答了你两次了。（注：这里只是一个免费
: 的自由论坛，大家的发言都只能作为参考，我不能保证我的所有发言都
: 正确，实际上我经常出错）
avatar
D*r
165 楼
Matlab是解释型语言
另外很多关于矩阵（向量）函数在设计时得到了优化
所以要尽量少用循环，多用矩阵的函数
最简单的例子，如果要把一个矩阵A里的元素都平方
直接用A.^2比你自己写个嵌套的循环运算速度要快很多很多
这个是跟写C程序不同的地方

【在 k*****1 的大作中提到】
: 基本的编程一个周末就够了。MATLAB就像是相机当中的傻瓜相机。
: 然后就是从网上找一些你需要的sample程序自己改改。
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s*y
166 楼
拜托你回过头去仔细看看上面的贴子！我都要被你弄崩溃了！
我早就对此纠正了！而且还在原贴里声明了！而且还有独立的一个贴子对次
纠正了!!你还想要怎么样？我都说了这个是个免费的论坛，我又没有收你的钱
来回答你的问题。我偶尔出个错有什么大不了的？你从来不出错的么?
至于你说的n, 你自己翻翻你自己的贴子，看看你是在第几个帖子的时候
才提出这个问题的？

n

【在 s*****j 的大作中提到】
: 问题是你根本没有意识到 dry lens NA 是不可能超过 1 的. 我提醒了你一下, 你还
: 是没有意识到. 这根本不是有没有记错的问题, 而是你对 NA 缺乏基本的理解.
: "你们说的那个n是airy disk size.", n 就是 refractive index, 怎么会变成airy
: disk size了?
: "你一开始问我说为什么用油，又不是问我直接问我这个n 的问题。" 看来你连这个 n
: 就是指的油的 refractive index 都没看懂.
:
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s*j
167 楼
你难道还没有懂, 问 n 跟问油是一个问题吗?
你现在有非要把"airy disk"扯近来. 说我问的 n 是"airy disk size"
还airy disk的"有效半径", airy disk 的"虚像".


【在 s******y 的大作中提到】
: 拜托你回过头去仔细看看上面的贴子！我都要被你弄崩溃了！
: 我早就对此纠正了！而且还在原贴里声明了！而且还有独立的一个贴子对次
: 纠正了!!你还想要怎么样？我都说了这个是个免费的论坛，我又没有收你的钱
: 来回答你的问题。我偶尔出个错有什么大不了的？你从来不出错的么?
: 至于你说的n, 你自己翻翻你自己的贴子，看看你是在第几个帖子的时候
: 才提出这个问题的？
:
: n
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a*x
168 楼
根据瑞利判据，分辨率和爱里斑半径成反比。 爱里斑的大小和折射率无关，但是油的
折射率改变了透镜所成的像的焦平面和透镜的距离(乘以n)，研究导致了两个点光源的
爱里斑中心的距离和点光源本身的距离的比例乘以n，因此改变了分辨率。

n

【在 s*****j 的大作中提到】
: 你难道还没有懂, 问 n 跟问油是一个问题吗?
: 你现在有非要把"airy disk"扯近来. 说我问的 n 是"airy disk size"
: 还airy disk的"有效半径", airy disk 的"虚像".
:
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s*y
169 楼
至于我提到airy disk.
如果你不知道这个的话，那也难怪你一直不知道我在说什么。
这么说吧，光学分辨率是由Airy disk 的尺寸决定的。Airy disk
可以简单认为是波长的一半，而在介质里传播的光的有效波长是lambda/n
这下明白了没有？　就算不明白，我也懒得再回答这个问题了。

n

【在 s*****j 的大作中提到】
: 你难道还没有懂, 问 n 跟问油是一个问题吗?
: 你现在有非要把"airy disk"扯近来. 说我问的 n 是"airy disk size"
: 还airy disk的"有效半径", airy disk 的"虚像".
:
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D*a
170 楼
那你自己去查书不就完了，还问个什么劲

【在 s*****j 的大作中提到】
: 你难道还没有懂, 问 n 跟问油是一个问题吗?
: 你现在有非要把"airy disk"扯近来. 说我问的 n 是"airy disk size"
: 还airy disk的"有效半径", airy disk 的"虚像".
:
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s*j
171 楼
我本来就是感慨一下搞生物的做confocal没几个真正了解成像原理的.
你跳出来说你懂, 我就看看你是不是真懂.
你还觉得你懂?

【在 s******y 的大作中提到】
: 拜托你回过头去仔细看看上面的贴子！我都要被你弄崩溃了！
: 我早就对此纠正了！而且还在原贴里声明了！而且还有独立的一个贴子对次
: 纠正了!!你还想要怎么样？我都说了这个是个免费的论坛，我又没有收你的钱
: 来回答你的问题。我偶尔出个错有什么大不了的？你从来不出错的么?
: 至于你说的n, 你自己翻翻你自己的贴子，看看你是在第几个帖子的时候
: 才提出这个问题的？
:
: n
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s*j
172 楼
书上公式推这推着, 这 n 就到resolution formula 里去了.
我是想有没有从物理直观上来解释的.

【在 D*a 的大作中提到】
: 那你自己去查书不就完了，还问个什么劲
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s*j
173 楼
怎么, 查查 microscopy primer, microscopyU, 就觉得自己懂了?
"Airy disk可以简单认为是波长的一半，"
我先问你, 这个airy disk 是在像方还是在物方?

【在 s******y 的大作中提到】
: 至于我提到airy disk.
: 如果你不知道这个的话，那也难怪你一直不知道我在说什么。
: 这么说吧，光学分辨率是由Airy disk 的尺寸决定的。Airy disk
: 可以简单认为是波长的一半，而在介质里传播的光的有效波长是lambda/n
: 这下明白了没有？　就算不明白，我也懒得再回答这个问题了。
:
: n
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G*m
174 楼
more and more scientist are using Python now. LoL

,

【在 s******y 的大作中提到】
: 其实没有什么空，这个月要写三个大grant.
: 这两天因为热带风暴，学校关门，所以趁机疯狂灌水而已。呵呵。
: Matlab有空的时候我还是硬着头皮学一学吧。说到这个，前一阵子某ID让我
: 去学这个的时候说得那么轻描淡写的，就说，这个很容易的，没什么难学的，
: 让我当场气了个半死。然后不巧的是，过了几天她向我哭诉说她的学生
: （以及她自己）不会做molecular cloning 连质粒都提不利索，问我怎么办，
: 我很奇怪的回应她说：随便拿个manual 看一眼不就知道怎么用了？有那么难么？
: 结果把她气得半天回不过气来，问我说是不是在报复前几天她建议我学Matlab
: 的仇？可是当时我是真心的觉得molecular cloning 这种东西有什么难的？
: 是不是你们这些经常用这种工具的人看着Matlab就跟我们看着分子克隆一样
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s*j
175 楼
爱里斑的大小显然和折射率是有关的.

【在 a*****x 的大作中提到】
: 根据瑞利判据，分辨率和爱里斑半径成反比。 爱里斑的大小和折射率无关，但是油的
: 折射率改变了透镜所成的像的焦平面和透镜的距离(乘以n)，研究导致了两个点光源的
: 爱里斑中心的距离和点光源本身的距离的比例乘以n，因此改变了分辨率。
:
: n
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s*y
176 楼
真是麻烦啊。这么说吧，如果是玻璃两侧都是同一介质，可以近似认为是
真实物体的光斑。如果是不同介质，那就做为虚像处理，在光路图上很简单
一个事情。
查microscopyU那个是我研究生院的时候的了。
那个图只不过是我随手从google image 抽来给示意什么是Airy Disk 而已
你不说我还真没有注意到是什么来源的。
我没有那么多空，请你高抬贵手去问别人吧。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 爱里斑的大小显然和折射率是有关的.
avatar
D*a
177 楼
年轻人，你说话能不能好好说，你知道答案就说说答案
你觉得microscopyU不够，就说说什么才够不就完了？

【在 s*****j 的大作中提到】
: 爱里斑的大小显然和折射率是有关的.
avatar
s*j
178 楼
"玻璃两侧", 玻璃指什么? 盖波片, 还是lens?
问你个简单的, 10x N.A 0.3 dry lens, 点光源 (500nm) 放在focal point 上. airy
disk 的半径是多少. 没有"玻璃", 真空环境.


【在 s******y 的大作中提到】
: 真是麻烦啊。这么说吧，如果是玻璃两侧都是同一介质，可以近似认为是
: 真实物体的光斑。如果是不同介质，那就做为虚像处理，在光路图上很简单
: 一个事情。
: 查microscopyU那个是我研究生院的时候的了。
: 那个图只不过是我随手从google image 抽来给示意什么是Airy Disk 而已
: 你不说我还真没有注意到是什么来源的。
: 我没有那么多空，请你高抬贵手去问别人吧。
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s*j
179 楼
对这中不懂装懂的有什么好说的. 还硬撑.

【在 D*a 的大作中提到】
: 年轻人，你说话能不能好好说，你知道答案就说说答案
: 你觉得microscopyU不够，就说说什么才够不就完了？
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a*x
180 楼
看这里：
http://lqcc.ustc.edu.cn/cui/content/4.4.htm
我是已经弄懂了。你再不懂得话去复习一下波的衍射。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 对这中不懂装懂的有什么好说的. 还硬撑.
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a*x
181 楼
关键是光程差为半波长奇数倍时相消。半波长和折射率成反比。

【在 a*****x 的大作中提到】
: 看这里：
: http://lqcc.ustc.edu.cn/cui/content/4.4.htm
: 我是已经弄懂了。你再不懂得话去复习一下波的衍射。
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s*j
182 楼
你这是望远镜里的airy disk, 假定 n=1.

【在 a*****x 的大作中提到】
: 看这里：
: http://lqcc.ustc.edu.cn/cui/content/4.4.htm
: 我是已经弄懂了。你再不懂得话去复习一下波的衍射。
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G*m
183 楼
很同情在一个话题的某个细节上一根筋死磕到底的人。。。
得承认，我以前看事情跟你很像。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 你这是望远镜里的airy disk, 假定 n=1.
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s*j
184 楼
今天比较闲而已.

【在 G*****m 的大作中提到】
: 很同情在一个话题的某个细节上一根筋死磕到底的人。。。
: 得承认，我以前看事情跟你很像。
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D*a
185 楼
你辩论赢了高兴不？

【在 s*****j 的大作中提到】
: 今天比较闲而已.
avatar
s*j
186 楼
谁说我赢了?

【在 D*a 的大作中提到】
: 你辩论赢了高兴不？
avatar
m*y
187 楼
因为你感兴趣的、要收集的是界面另一头的光啊
界面这头的n X sina=界面另一头的 n' X sina'
最终目的是让a'尽量大，为此可以提高n，a或者降低n'
a是由镜头到样品的距离和镜头直径决定的

【在 s*****j 的大作中提到】
: 谁说我赢了?
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N*n
188 楼
你这个基础主要是侧重那个方面的？ 即使是计算的专家，也是有侧重点的。 就好象计
算机，统计，和EE的人做生物，着眼点也不一样。

【在 p*l 的大作中提到】
: 从数理和生物结合的角度讲，能两边都有很好基础的人太少，绝大多数人都是从搞合作
: 开始，半路出家。我经历过也见过很多失败的合作，搞生物的觉得你们数理不过提供给
: 我一个工具，生物一点都不懂，自己又提不出来科学问题，搞数理的觉得没我这个工具
: ，光靠你那些瓶瓶罐罐的纯生物手段，这个问题你想都不敢想。最后一拍两散。互相了
: 解交流真得很重要，可惜的有这样兴趣的人不多。所以，对sunnyday这样的生物背景，
: 但是对数理这么感兴趣的同学，我们还是应该和风细雨一点的。反过来，我们这些数理
: 背景的人，去做生物，也会犯很多同样的错误。我和一个有n篇CNS的前辈合作，当初查
: 着wiki看完人家的review paper，就和人讨论问题，前辈还是很耐心的和我谈了很久，
: 让我很感动。
: 搞数理，往往把生物想得太简单，以为有天才想法就能革命生物。殊不知，生物发展了
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a*x
189 楼
关键是光程差为半波长奇数倍时相消。半波长和折射率成反比。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 谁说我赢了?
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s*j
190 楼
你这不明明是在说斑的大小和折射率有关吗?

【在 a*****x 的大作中提到】
: 关键是光程差为半波长奇数倍时相消。半波长和折射率成反比。
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y*i
191 楼
估计在实验室被学生物的轻视了。所以这里面下意识要找回来。

【在 D*a 的大作中提到】
: 年轻人，你说话能不能好好说，你知道答案就说说答案
: 你觉得microscopyU不够，就说说什么才够不就完了？
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s*j
192 楼
我不懂你们为什么我无理.
我说的就是 sunnyday 在光学成像这个问题的理解上是一团浆糊. 他的那些发言已经
证明了这一点.

搞生物的被搞数理的轻视, 也是有原因的.

【在 y***i 的大作中提到】
: 估计在实验室被学生物的轻视了。所以这里面下意识要找回来。
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a*x
193 楼
我觉得挺好啊。平时懒得很，数理都丢了，以前自己写的数学论文现在自己看不懂。最
好有个人天天逼我去复习点数理知识。
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y*i
194 楼
呵呵，你说的那点光学知识，不要说是无非是高中水平，就是不知道又如何？丝毫不
妨碍使用显微镜不对么。知道又如何？老板给你长工资？还是你用显微镜用得比别人强
了？拿这个东西来轻视别人，也真亏你。我能把pi背到小数点后面30位呢。我轻视你一
下好不好？呵呵呵。。。真比较幼稚。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 我不懂你们为什么我无理.
: 我说的就是 sunnyday 在光学成像这个问题的理解上是一团浆糊. 他的那些发言已经
: 证明了这一点.
:
: 搞生物的被搞数理的轻视, 也是有原因的.
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s*j
195 楼
为什么"最终目的是让a'尽量大"? 分辩率由镜头能收集到光的信息决定. 这点上应该
说最终目的是让物方的a尽量大.

【在 m*******y 的大作中提到】
: 因为你感兴趣的、要收集的是界面另一头的光啊
: 界面这头的n X sina=界面另一头的 n' X sina'
: 最终目的是让a'尽量大，为此可以提高n，a或者降低n'
: a是由镜头到样品的距离和镜头直径决定的
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b*r
196 楼
楼主竟然把生统/流行病 漏了
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c*0
197 楼
"Resolution" is determined by FWHM of lateral excitation profile which is
usually called "diffraction limit" = 0.61*lambda(ex)/N.A.
For confocal system, this becomes as 0.61*lambda(ex)/N.A*(2^1/2)
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s*j
198 楼
你看清楚, 明明是他要先拽, 还来问我 aperture的英文是什么意思. 就陪他玩玩了.
今天闲, 网上斗斗嘴罢了. 现在你又把他扁得说是高中水平都没有.
你能把pi背到小数点后面30位呢, 算你牛. 我又不跟你斗背PI., 你轻视我干嘛? 你
这才叫幼稚.


【在 y***i 的大作中提到】
: 呵呵，你说的那点光学知识，不要说是无非是高中水平，就是不知道又如何？丝毫不
: 妨碍使用显微镜不对么。知道又如何？老板给你长工资？还是你用显微镜用得比别人强
: 了？拿这个东西来轻视别人，也真亏你。我能把pi背到小数点后面30位呢。我轻视你一
: 下好不好？呵呵呵。。。真比较幼稚。
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z*t
199 楼
and population genetics

【在 b****r 的大作中提到】
: 楼主竟然把生统/流行病 漏了
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b*k
200 楼
(俺这个只是纯碎的显微镜使用问题的请教,汗)
您这是说切片还在PBS里的时候(比如说一般的IHC,显色完成,还没有脱水),用油镜的len
s碰着PBS看吗?

【在 s******y 的大作中提到】
: 我上面已经说过了，把lens 往盖波片靠近和增大实际的lens size 是提高
: dry lens 分辨的可行方法，Zeiss dry lens　可以达到N.A. 0.95，已经
: 接近一些低档油镜的水平了。（注：记错成1.2了）
: 如果你不用盖波片，那还有一个你的样品所泡在的溶液的R.I.的问题。
: 因为大部分我们用的mounting medium (glycerol based) 的R.I. 也是
: 1.4~1.6　（故意这样的，是为了减少对光路的不对称弯曲产生的成像歪曲）
: 但是如果你用了一个干燥样品的话，而且不用盖波片的话，在我的理解中，
: 是否用油镜是没有差别的。（如果我的理解错了，专家们可以来纠正一下）
: 另外，对于样品泡在水溶液里的情况，其实反而不推荐用油镜，而是用水镜。
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b*r
201 楼
生统的很大一块就是这玩意呀
现在光是几个demographic variables玩不转了

【在 z*t 的大作中提到】
: and population genetics
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w*r
202 楼
数学其实本来都是没什么用的。。。
生物里能用的上的基本都是概率统计和编程，而且都是比较浅的东西

【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
: 光学成像，
: 血液动力，
: 细胞运动，
: 微生物生态，
: 多信号通道的综合作用，
: 基因相关性分析。
: 而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
: 基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
avatar
s*y
203 楼
不是这个意思，水镜是指用纯水作为盖玻片和镜头之间的immersion liquid。
不是直接把镜头泡到样品里面去（虽然也有为专门这种设计的镜头）。
因为假如你的成像对象是泡在水性溶液里，而你如果对于分辨率非常在意的话
（比方说如果要做小于１微米的物体的成像）应该用水镜，而不能用油镜，
因为油镜用的油的折射率和物体所在的环境（水）差得太远，所以不能直接
套用Abbe equation 来推测系统的分辨率。事实上，如果用了油镜，反而会
引入额外的distortion导致实际分辨率低于水镜，尽管油镜上的N.A.标度比较高。
但是，对于一般的成像应用来说，比方说你只想看看一个细胞，或者细胞核
这样的尺寸的话，用什么镜头都随便你。一般来讲，油镜的有效视角大，
所以成象比较明亮，是大部分人做荧光成像的首选。

len

【在 b******k 的大作中提到】
: (俺这个只是纯碎的显微镜使用问题的请教,汗)
: 您这是说切片还在PBS里的时候(比如说一般的IHC,显色完成,还没有脱水),用油镜的len
: s碰着PBS看吗?
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b*s
204 楼
你们这都是在较啥劲呢？吵架单开个主题吵好了。难为sunny开了这么好一个主题。兴
冲冲跑进来一看，全在歪楼吵架。
avatar
a*n
205 楼
最大的问题大概目前的生物实验方法没法获得high quality的data来validate
avatar
b*s
206 楼
其实很多做生物的在生物性状的界定上都非常粗放。更不用说涉及到整体系统的生物过
程的准确描述。

【在 a*******n 的大作中提到】
: 最大的问题大概目前的生物实验方法没法获得high quality的data来validate
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s*s
207 楼
这个没办法。你做物理化学，今天这个结果，过半年拿出来，结果还这样。
生物的，不说养动物，就算养点细胞，这个thaw和那个thaw还不太一样，精确
量化了，那variation也太多了。

【在 b******s 的大作中提到】
: 其实很多做生物的在生物性状的界定上都非常粗放。更不用说涉及到整体系统的生物过
: 程的准确描述。
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y*t
208 楼
原则上只要有dynamic的，就可以数学建模，就会用到数学。 不过我知道的确实在你所
提到的范围内。
我的理解是有些领域喜欢跟搞EE或者Math的人交流，就开始有一些数学的引入。 似乎
无论什么领域硬要交叉合作搞基金的话，马上就会冒出不少数学公式。 但是真正生物
和数学都能懂的人很少。

【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
: 光学成像，
: 血液动力，
: 细胞运动，
: 微生物生态，
: 多信号通道的综合作用，
: 基因相关性分析。
: 而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
: 基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
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B*m
209 楼
前面有兄弟讲到python，能不能多讲几句它跟matlab的比较？最近做RNA-seq的数据分
析，深感自己的统计和编程功底太差，打算恶补。感觉python简洁清楚，很喜欢基于
python的一系列软件比如pymol、blender。我们实验室也有大量的组织图像，人工分析
起来很慢。如果能用python搭建起我们的系统把图像分析自动化一些，我们老板肯定很
高兴。
avatar
a*n
210 楼
图像分析数据量大的话还是用C或C++吧
python是解释语言，不难
matlab是更高level的语言，灵活性没有python高

【在 B****m 的大作中提到】
: 前面有兄弟讲到python，能不能多讲几句它跟matlab的比较？最近做RNA-seq的数据分
: 析，深感自己的统计和编程功底太差，打算恶补。感觉python简洁清楚，很喜欢基于
: python的一系列软件比如pymol、blender。我们实验室也有大量的组织图像，人工分析
: 起来很慢。如果能用python搭建起我们的系统把图像分析自动化一些，我们老板肯定很
: 高兴。
avatar
B*m
211 楼
自学过c,但是除非迫不得已，真的不想再碰它。宁愿用高级语言比如python，这样编写
的时间投入少。至于计算速度，慢的话就升级配置。我们的时间比计算机的时间宝贵，
这是一个俄罗斯大哥说的。他做数据分析和处理的，用的是Java。
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d*u
212 楼
科学计算的话，matlab的函数比python全
而且因为是收钱的软件，所以稳定性更好
python最初就不是为科学计算设计的
后来又出来scipy之类的数学package，但因为没人专门维护，经常有bug
计算机系一些研究生课都用matlab
不过开发软件的话，当然是python好

【在 B****m 的大作中提到】
: 自学过c,但是除非迫不得已，真的不想再碰它。宁愿用高级语言比如python，这样编写
: 的时间投入少。至于计算速度，慢的话就升级配置。我们的时间比计算机的时间宝贵，
: 这是一个俄罗斯大哥说的。他做数据分析和处理的，用的是Java。
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J*a
213 楼
这位同学谦虚一点吧。。。。。
术业有专攻，衡量一个人牛的程度，我以为是看他最擅长的方面能走到什么地步。你如
果是光学背景的，光学是你最擅长的话，那你的牛度也着实让人汗颜。还是多一点包容。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 你看清楚, 明明是他要先拽, 还来问我 aperture的英文是什么意思. 就陪他玩玩了.
: 今天闲, 网上斗斗嘴罢了. 现在你又把他扁得说是高中水平都没有.
: 你能把pi背到小数点后面30位呢, 算你牛. 我又不跟你斗背PI., 你轻视我干嘛? 你
: 这才叫幼稚.
:
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l*1
214 楼
three women one drama

【在 b******s 的大作中提到】
: 你们这都是在较啥劲呢？吵架单开个主题吵好了。难为sunny开了这么好一个主题。兴
: 冲冲跑进来一看，全在歪楼吵架。
avatar
l*1
215 楼
pls try R if you want to do rna-seq assembly more better
below online free books:
'An Introduction to R'
by Venables and Smith
//www.e-booksdirectory.com/details.php?ebook=1791
PDF link:
//cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf
or
'R Graphics'
by Paul Murrell
//www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html
PDF link:
//e-reading.by/bookreader.php/137370/C486x_APPa.pdf
BTW,
for Python pls refer below online Books:
Bioinformatics Programming Using Python (2009)
by O´Reilly
link:
//www.docin.com/p-312970584.html
or
Book
Python For Bioinformatics (2009)
by Bassi
link:
//www.docin.com/p-408026470.html
plus ppt powerpoint file (now converted to pdf format)
link:
//www.ics.uci.edu/~xhx/courses/CS174/lectures/python_tutorial.pdf

【在 a*******n 的大作中提到】
: 图像分析数据量大的话还是用C或C++吧
: python是解释语言，不难
: matlab是更高level的语言，灵活性没有python高
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s*j
216 楼
好吧.

容。

【在 J**a 的大作中提到】
: 这位同学谦虚一点吧。。。。。
: 术业有专攻，衡量一个人牛的程度，我以为是看他最擅长的方面能走到什么地步。你如
: 果是光学背景的，光学是你最擅长的话，那你的牛度也着实让人汗颜。还是多一点包容。
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s*j
217 楼
"一般来讲，油镜的有效视角大，所以成象比较明亮，是大部分人做荧光成像的首选。"
荧光成像强度由NA 和 放大倍数一起决定. 正比于 N.A.^4 / M^2
油镜不一定亮, 要算的.

【在 s******y 的大作中提到】
: 不是这个意思，水镜是指用纯水作为盖玻片和镜头之间的immersion liquid。
: 不是直接把镜头泡到样品里面去（虽然也有为专门这种设计的镜头）。
: 因为假如你的成像对象是泡在水性溶液里，而你如果对于分辨率非常在意的话
: （比方说如果要做小于１微米的物体的成像）应该用水镜，而不能用油镜，
: 因为油镜用的油的折射率和物体所在的环境（水）差得太远，所以不能直接
: 套用Abbe equation 来推测系统的分辨率。事实上，如果用了油镜，反而会
: 引入额外的distortion导致实际分辨率低于水镜，尽管油镜上的N.A.标度比较高。
: 但是，对于一般的成像应用来说，比方说你只想看看一个细胞，或者细胞核
: 这样的尺寸的话，用什么镜头都随便你。一般来讲，油镜的有效视角大，
: 所以成象比较明亮，是大部分人做荧光成像的首选。
avatar
D*a
218 楼
你这不是挑刺么，我开个灯泡比显微镜还更亮呢。。。

。"

【在 s*****j 的大作中提到】
: "一般来讲，油镜的有效视角大，所以成象比较明亮，是大部分人做荧光成像的首选。"
: 荧光成像强度由NA 和 放大倍数一起决定. 正比于 N.A.^4 / M^2
: 油镜不一定亮, 要算的.
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s*j
219 楼
我不知道你要说什么? 没见过 100倍油镜比20倍空气镜 暗的情况?
"我开个灯泡比显微镜还更亮呢", 当然亮呀, 因为这种情况下你的M是1呀.

【在 D*a 的大作中提到】
: 你这不是挑刺么，我开个灯泡比显微镜还更亮呢。。。
:
: 。"
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s*j
220 楼
而且我要挑刺的话, 我会说 如果油镜比空气镜亮的话, 主要不是由于视角大, 主要是
用了油, n 比较大而已.

【在 D*a 的大作中提到】
: 你这不是挑刺么，我开个灯泡比显微镜还更亮呢。。。
:
: 。"
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s*e
221 楼
悲剧了
不是做生物的却在做楼主说的前两项

【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
: 光学成像，
: 血液动力，
: 细胞运动，
: 微生物生态，
: 多信号通道的综合作用，
: 基因相关性分析。
: 而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
: 基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
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e*s
222 楼
最经典的酶动力学好像艳阳天老大和大家都没提到啊。
经典，而且还很有用。
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m*n
223 楼
说得好.
怎么样才算是两边都通呢? 有没有这样的大牛让我们学习膜拜?

【在 p*l 的大作中提到】
: 从数理和生物结合的角度讲，能两边都有很好基础的人太少，绝大多数人都是从搞合作
: 开始，半路出家。我经历过也见过很多失败的合作，搞生物的觉得你们数理不过提供给
: 我一个工具，生物一点都不懂，自己又提不出来科学问题，搞数理的觉得没我这个工具
: ，光靠你那些瓶瓶罐罐的纯生物手段，这个问题你想都不敢想。最后一拍两散。互相了
: 解交流真得很重要，可惜的有这样兴趣的人不多。所以，对sunnyday这样的生物背景，
: 但是对数理这么感兴趣的同学，我们还是应该和风细雨一点的。反过来，我们这些数理
: 背景的人，去做生物，也会犯很多同样的错误。我和一个有n篇CNS的前辈合作，当初查
: 着wiki看完人家的review paper，就和人讨论问题，前辈还是很耐心的和我谈了很久，
: 让我很感动。
: 搞数理，往往把生物想得太简单，以为有天才想法就能革命生物。殊不知，生物发展了
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B*m
224 楼
这位兄弟，我宣布你在这贴里吵架赢了。如果想让更多人看到你的学识，请开帖详细讲
一下显微镜技术。如果想更牛逼的话，发点牛文到牛杂志上，像小薇似的。不要用你的
强处攻击别人的不足，因为我们不是在战斗，而是在交流，重在补充和提高自己。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 而且我要挑刺的话, 我会说 如果油镜比空气镜亮的话, 主要不是由于视角大, 主要是
: 用了油, n 比较大而已.
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c*0
225 楼
大部分做生物的三成精力用来观察现象，七成精力来憋一个自圆其说的解释，美其名曰
brain storm，说白了就是大家用经验来猜嘛。基本很少有人能严谨地用物理、化学的
规律来描述现象（私以为物理、化学才是自然科学的基础灵魂所在）；这一点也正衬托
出了Xiaowei Zhuang，Sunney Xie这些物理出身转做生物的优势，人家的工作能
reproducible，能commercialize啊；反观生物，大部分不能重复、不可预计的实验结
果坑了多少人，多少票子。数学是重要的，但不是方法，而是其思维模式，举个例子，
像拓扑学这种东西，如果做遗传的都能稍微懂一点，这个领域的进展相信会快得多。说
一千道一万，还是因为生物学的门槛太低，什么背景的都能包装一下往cancer，stem
cell，neuroscience，immunology里跳；生物学跟医学一样应该也弄个精英教育，本科
4年数理化背景，然后生物PHD，毕业了考罩上岗，年薪200K起，或许会有点希望。
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d*r
226 楼
其实所有top school的bioengineering program里面都是生物和工程两边都通的人。
Feng Zhang:
http://zlab.mit.edu/team.html
再次感慨一下，他的实验室怎么转眼就这么多人了。。
清华生物现在都可以exchange到MIT了？有眼光啊，还知道去这个实验室。

【在 m****n 的大作中提到】
: 说得好.
: 怎么样才算是两边都通呢? 有没有这样的大牛让我们学习膜拜?
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u*d
227 楼
re
胚胎发育过程能够精确地一再重现，细胞内外组分的剂量控制是非常重要的。
现在面临的问题可能更主要是实验方法的限制，不能提供足够多的有效数据来建立模型
，也不能有效地验证模型。

【在 d*****r 的大作中提到】
: I think the 局限性 of math is constraint by the biology structure of human
: brain. The subtlety of math cannot be more than the fine structure of the
: neuronal network of the brain.
: If we believe mind cannot be separated by body, the math, as a product of
: mind, can't surpass the fine structure of body.
: Random process is not that useful, at least to the eyes of biologists. I
: personally know many big biologists don't give a shit to random process. And
: I understand why, coz they don't touch the bottom of truth. If I always
: tell you something with a probability and distribution, and never give you a
: definite answer, you will be mad too...
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u*d
228 楼
关于“big pharma”部分有更多的料么？

signal
malfunction

【在 a*****x 的大作中提到】
: 其实我觉得最需要数学的是signal transduction。目前这个领域没有什么数学（big
: pharma其实在做，有些很不错的结果，但是目前还没有人重视），但是如果这些signal
: transduction可以量化的话，对各种signal transduction不正常引起的malfunction
: 会有很好的预测和理解的作用，就像那个生物学家修收音机的例子一样。
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u*d
229 楼
数学模型不光用来描述解释，最好还要能够帮助解决更多的问题。

【在 M*P 的大作中提到】
: 发育生物学是数学跟生物结合很紧密的一个方向。
: 著名的果蝇segmental polarity network不知发了多少重量级的数学模型。
: 另外花序发育的遗传网络结构也有很多好的文章。
: 当然要是你的想法只是想知道哪个KO会让鱼的眼睛变小这种事情，数学帮不上什么忙。
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s*j
230 楼
我已经接受大家建议要谦虚了.
这里只是说他那句话(油镜亮是因为视角大)是错的. 为什么是错的, 我也说明了. 还
不行呀?

【在 B****m 的大作中提到】
: 这位兄弟，我宣布你在这贴里吵架赢了。如果想让更多人看到你的学识，请开帖详细讲
: 一下显微镜技术。如果想更牛逼的话，发点牛文到牛杂志上，像小薇似的。不要用你的
: 强处攻击别人的不足，因为我们不是在战斗，而是在交流，重在补充和提高自己。
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u*d
231 楼
长期记忆不好说是不是依赖基因表达的调控吧

模拟

【在 y***i 的大作中提到】
: 呵呵，你说的那点光学知识，不要说是无非是高中水平，就是不知道又如何？丝毫不
: 妨碍使用显微镜不对么。知道又如何？老板给你长工资？还是你用显微镜用得比别人强
: 了？拿这个东西来轻视别人，也真亏你。我能把pi背到小数点后面30位呢。我轻视你一
: 下好不好？呵呵呵。。。真比较幼稚。
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s*u
232 楼
National Academies Press刚出了一本小册子“Fueling Innovation and Discovery:
The Mathematical Sciences in the 21st Century”。很有意思，建议大家去看看。
可以在下面这个网址免费下载：
http://www.nap.edu/catalog.php?record_id=13373
我曾经做过一个生态系统碳储量和干扰的问题。最开始的时候，包括现在，两者的相互
作用是一团乱麻，大家都用模拟模型来“数数”，就是一块地方一块地方的看，一个干
扰事件一个干扰事件往里面加，这样最后数下来，看看是什么样子。可能个就跟生物学
家数细胞差不多。我当时也是无聊，用随机数做了一个“ensemble modeling”，发现
最终是可以convergent，这就说明有数学解。但是只能模拟，怎么解我不知道。后来我
去上了们随机过程的数学课，发现有个方法是可以解的。最后费尽周折，发现用一个很
简单的方法就可以解：先解一个简单的干扰-恢复方程，再设定一个干扰事件的概率分
布方程，做积分，就出来了。最后解析解的结构竟然是酶促动力学方程（米氏方程）。
我们当时很是激动了一阵子。但是同行们还是禁锢在仿真模拟的套子里面，发表的时候
很费周折。不过上个月底终于出来了。
因为这个方程，老板还申请了一笔钱，组织了一个workshop，请来了应用数学和干扰生
态学的大牛，但是在会上基本各说各的话。所以，我的体会是生物学家一定要有一定的
数学功底，可以从很抽象的方面思考问题，把复杂的生物学现象归纳成数学问题，然后
数学家就可以看得懂，然后从他们的专业技能中发现规律，再反馈给生态学家。
关于生物学，我不懂，但是我觉得一定要有抽象思考。“社会网络”方面的数学知识可
能会很有用。想想，那么多“全能”细胞组织成一个个体，其中的信息交换，肯定会符
合最简单的数学规律。
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p*l
233 楼
搞数理和搞生物的，思维方式和语言是很不一样的，要做两者结合的研究，必须补基础
课。在某些生物领域，技术条件已经达到了能大规模全方位的收集数据，这时候必然需
要好的数学模型去解释貌似复杂的数据。但是有些领域，还处于好不容易才能做几只老
鼠看看的阶段，数学就不怎么有用了。

【在 s********u 的大作中提到】
: National Academies Press刚出了一本小册子“Fueling Innovation and Discovery:
: The Mathematical Sciences in the 21st Century”。很有意思，建议大家去看看。
: 可以在下面这个网址免费下载：
: http://www.nap.edu/catalog.php?record_id=13373
: 我曾经做过一个生态系统碳储量和干扰的问题。最开始的时候，包括现在，两者的相互
: 作用是一团乱麻，大家都用模拟模型来“数数”，就是一块地方一块地方的看，一个干
: 扰事件一个干扰事件往里面加，这样最后数下来，看看是什么样子。可能个就跟生物学
: 家数细胞差不多。我当时也是无聊，用随机数做了一个“ensemble modeling”，发现
: 最终是可以convergent，这就说明有数学解。但是只能模拟，怎么解我不知道。后来我
: 去上了们随机过程的数学课，发现有个方法是可以解的。最后费尽周折，发现用一个很
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b*k
234 楼
多谢

【在 s******y 的大作中提到】
: 不是这个意思，水镜是指用纯水作为盖玻片和镜头之间的immersion liquid。
: 不是直接把镜头泡到样品里面去（虽然也有为专门这种设计的镜头）。
: 因为假如你的成像对象是泡在水性溶液里，而你如果对于分辨率非常在意的话
: （比方说如果要做小于１微米的物体的成像）应该用水镜，而不能用油镜，
: 因为油镜用的油的折射率和物体所在的环境（水）差得太远，所以不能直接
: 套用Abbe equation 来推测系统的分辨率。事实上，如果用了油镜，反而会
: 引入额外的distortion导致实际分辨率低于水镜，尽管油镜上的N.A.标度比较高。
: 但是，对于一般的成像应用来说，比方说你只想看看一个细胞，或者细胞核
: 这样的尺寸的话，用什么镜头都随便你。一般来讲，油镜的有效视角大，
: 所以成象比较明亮，是大部分人做荧光成像的首选。
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s*y
235 楼
鉴于你终于同意好好说话了，那么我来指出你为什么是错的吧。 、
我和你吵架的过程吧,主要原因就是因为我们对那个Abbe equation 的不同理解.Abbe
Equation 简单来说,就是用来标示一个显微系统的理论分辨率的方程,大致是 d= lamba
/(2n * sin a). Abbe equation我们在大学的时候学光学的时候学过,推导过程很麻烦,
我早就忘得干干净净.但是其中的物理意义我大致还是记得一点的, sin a这个值大致代
表镜头的有效光学视角, lamba/2n 则是Airy Disk 在某个均匀介质里的尺寸. 这个公
式貌似很简单,但是其中有很多暗藏机关.关键就是,生物学的大部分显微样品不是在均
匀介质里的,而是在样品和成像用的介质之间有一个盖玻片.这个就引入了两个问题,一
个就是盖玻片对光路的折射,另外一个就是盖玻片两侧的介质的不均匀.
你现在做了一个在生物成像里几乎是完全错误的近似，就是你以为镜头和盖玻片的那个
介质是决定系统分辨率的关键。这个在本质上是错的。 而我强调的那个油镜改善光通
路的那一点，反而才是正确的。你可能觉得我是个搞传统生物的人所以一定不懂数学和
物理？那么你误会了。我作为一个老用户，对于这些东西一向都是很认真的去了解的。
虽然我的能力有限不会推公式给你看，但是不等于我对里面的物理原理真的一无所知。
如果我昨天和你唐僧那么多话，你能听进十分之一，你可能现在就知道为什么我一直坚
持说你和另外一个ID 搞错了。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 我已经接受大家建议要谦虚了.
: 这里只是说他那句话(油镜亮是因为视角大)是错的. 为什么是错的, 我也说明了. 还
: 不行呀?
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s*y
236 楼

lamba
烦,
对于这个盖玻片引入的两个问题，
前一个问题,盖玻片对光路的折射的解决方案比较简单,各个显微镜的厂家针对盖玻片的
厚度在光路里放一些修正的东西(具体怎么做可就远远超出我的知识范围了).
但是一开始各个厂家用的盖玻片厚度是不一样的,修正也不一样.这个让做生物的人感到
很混乱很困扰.后来各大厂家就统一规定默认用1.5号的盖玻片,大家都针对这个系数来
修正.这个事情我后面再详细讲两句.
后一个问题,.如果盖玻片两侧的介质的折射系数n的问题, 生物学里的因地制宜的解决
方法就是把两边的介质的n值尽量弄一致.　但是如果万一两边的n值真的不一样怎么办?
这种情况下到底是看样品这边还是镜头那边的n? 我和你的分歧大概就是在这里产生的
. 其实这个分辨率是由样品这边的介质决定的. 盖玻片的另外一边到底是油还是空气还
是水还有到底用什么镜头, 对于系统的真实Airy disk 的尺寸是没有任何贡献的. 也就
是说,假如盖玻片样品的一侧有靠得很紧的两个光斑因为太胖而紧贴成一大团的话,不管
你在盖玻片另外一侧做什么手脚涂什么东西,只要你的系统是线性的话,就不能真的把那
个大胖一团光斑还原成两个小点。 你就算用个特别牛的油镜，看到的也就是一个很亮
的大胖斑而已，决不会因为你在玻璃片的着一侧放了什么高级油，就能把镜头通过盖玻
片看到的那个大胖斑虚像突然变成两个分离的点了。
因为显微镜是线性放大的，一个胖斑放得再大也是一个胖斑。
不然的话你想想，假如你的理解方式是对的话，那么super resolution显微镜也太容易
做了,尽情的在盖玻片和镜头之间放些n值特别高的介质不就完了? 所以严格的说,这
个光斑分辨率,和用什么镜头和涂什么油,本质上是丝毫, 根本, 完全无关的. 比方说要
是把样品放在干燥环境里用盖玻片封起来, 然后拿去上油镜或者上干镜， 这两种处理
方式里，油镜真的能产生更小的Airy Disk 么？当然不会！ 对此另外一个ID本来也和
我意见不一致，后来突然不出声好像赞同我了, 但是他对这个公式的理解,貌似还是可
能有误差,不过我就不多说了.

【在 s******y 的大作中提到】
: 鉴于你终于同意好好说话了，那么我来指出你为什么是错的吧。 、
: 我和你吵架的过程吧,主要原因就是因为我们对那个Abbe equation 的不同理解.Abbe
: Equation 简单来说,就是用来标示一个显微系统的理论分辨率的方程,大致是 d= lamba
: /(2n * sin a). Abbe equation我们在大学的时候学光学的时候学过,推导过程很麻烦,
: 我早就忘得干干净净.但是其中的物理意义我大致还是记得一点的, sin a这个值大致代
: 表镜头的有效光学视角, lamba/2n 则是Airy Disk 在某个均匀介质里的尺寸. 这个公
: 式貌似很简单,但是其中有很多暗藏机关.关键就是,生物学的大部分显微样品不是在均
: 匀介质里的,而是在样品和成像用的介质之间有一个盖玻片.这个就引入了两个问题,一
: 个就是盖玻片对光路的折射,另外一个就是盖玻片两侧的介质的不均匀.
: 你现在做了一个在生物成像里几乎是完全错误的近似，就是你以为镜头和盖玻片的那个
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p*l
237 楼
我觉得经典的生物文章，故事比较象Agatha Christie的小说，几乎全是基
于间接证据 Circumstantial Evidence 的推理猜测比较多，最后把所有证据摆
在一起，故事收官。我不觉得这有什么错，Agatha Christie的那个时代，没
DNA鉴定什么的，破案就只能这么破。当然有些文章的故事太眩了，和Agatha
有得一比。
数理近百年来已经形成了个比较完善的理论体系和实验手段，所以文章比较象
CSI，要求有直接Physical Evidence，但是就像破案一样，在找到Physical
Evidence以前，还是需要花大量时间和精力顺着 Circumstantial
Evidence摸找Suspect。找Suspect的过程种，数理研究可以利用模型分析大
量数据，人为的猜测少一些。找到了Suspect，最后搞数理的人必须做DNA鉴
定，否则文章不可能发出去的。我觉得生物研究，总有一天也会进展到这个程
度的。
开个玩笑，Sunnyday同学最近发的那篇文章，不是Agatha也不是CSI，整个
故事象几个月前的媒体对薄谷海事件的报道，full of smoking gun，最后结论是
薄谷和海的暴死一定脱不了干系，其中猫腻很大。非常抓眼球，非常悬疑。

【在 c*******0 的大作中提到】
: 大部分做生物的三成精力用来观察现象，七成精力来憋一个自圆其说的解释，美其名曰
: brain storm，说白了就是大家用经验来猜嘛。基本很少有人能严谨地用物理、化学的
: 规律来描述现象（私以为物理、化学才是自然科学的基础灵魂所在）；这一点也正衬托
: 出了Xiaowei Zhuang，Sunney Xie这些物理出身转做生物的优势，人家的工作能
: reproducible，能commercialize啊；反观生物，大部分不能重复、不可预计的实验结
: 果坑了多少人，多少票子。数学是重要的，但不是方法，而是其思维模式，举个例子，
: 像拓扑学这种东西，如果做遗传的都能稍微懂一点，这个领域的进展相信会快得多。说
: 一千道一万，还是因为生物学的门槛太低，什么背景的都能包装一下往cancer，stem
: cell，neuroscience，immunology里跳；生物学跟医学一样应该也弄个精英教育，本科
: 4年数理化背景，然后生物PHD，毕业了考罩上岗，年薪200K起，或许会有点希望。
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s*y
238 楼

办?
不过话说回来，我们做生物的人,当然不想给自己没事找事,所以我们会把样品制备在和
盖玻片外面的介质n 值非常相近的环境里,　含糊的把这个作为一个均匀系统来处理，
所以才让这个Abbe Equation 能够近似地取外面的介质的n 值.但是我们要是突然犯别
扭了,或者要搞破坏的话,如果故意把样品制备在一个n 值和盖玻片外面的介质相差很远
的环境里,那么这个Abbe Equation就直接失效了, 在这个情况下讨论外面的油的n值变
得毫无意义. 所以你们那些做光学的人不要因为我们做生物的人的乖乖配合就以为涂在
外面的油真的能够增加分辨率. 不要把这个因果关系搞反了， 要记得是我们在迁就你
们. 这个分辨率的增加是因为我们把样品封在n 值比较高的介质里来和外面的油匹配，
所以让你可以近似的去使用这个方程。而不是你在外面涂了一个油就真的让这个光斑分
辨率突然一下子平白无故的升高了

【在 s******y 的大作中提到】
:
: lamba
: 烦,
: 对于这个盖玻片引入的两个问题，
: 前一个问题,盖玻片对光路的折射的解决方案比较简单,各个显微镜的厂家针对盖玻片的
: 厚度在光路里放一些修正的东西(具体怎么做可就远远超出我的知识范围了).
: 但是一开始各个厂家用的盖玻片厚度是不一样的,修正也不一样.这个让做生物的人感到
: 很混乱很困扰.后来各大厂家就统一规定默认用1.5号的盖玻片,大家都针对这个系数来
: 修正.这个事情我后面再详细讲两句.
: 后一个问题,.如果盖玻片两侧的介质的折射系数n的问题, 生物学里的因地制宜的解决
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s*y
239 楼
不过话说回来，我们做生物的人,当然不想给自己没事找事,所以我们会把样品制备在和
盖玻片外面的介质n 值非常相近的环境里,　含糊的把这个作为一个均匀系统来处理，
所以才让这个Abbe Equation 能够近似地取外面的介质的n 值.但是我们要是突然犯别
扭了,或者要搞破坏的话,如果故意把样品制备在一个n 值和盖玻片外面的介质相差很远
的环境里,那么这个Abbe Equation就直接失效了, 在这个情况下讨论外面的油的n值变
得毫无意义. 所以你们那些做光学的人不要因为我们做生物的人的乖乖配合就以为涂在
外面的油真的能够增加分辨率. 不要把这个因果关系搞反了， 要记得是我们在迁就你
们. 这个分辨率的增加是因为我们把样品封在n 值比较高的介质里来和外面的油匹配，
所以让你可以近似的去使用这个方程。而不是你在外面涂了一个油就真的让这个光斑分
辨率突然一下子平白无故的升高了。

办?

【在 s******y 的大作中提到】
:
: 办?
: 不过话说回来，我们做生物的人,当然不想给自己没事找事,所以我们会把样品制备在和
: 盖玻片外面的介质n 值非常相近的环境里,　含糊的把这个作为一个均匀系统来处理，
: 所以才让这个Abbe Equation 能够近似地取外面的介质的n 值.但是我们要是突然犯别
: 扭了,或者要搞破坏的话,如果故意把样品制备在一个n 值和盖玻片外面的介质相差很远
: 的环境里,那么这个Abbe Equation就直接失效了, 在这个情况下讨论外面的油的n值变
: 得毫无意义. 所以你们那些做光学的人不要因为我们做生物的人的乖乖配合就以为涂在
: 外面的油真的能够增加分辨率. 不要把这个因果关系搞反了， 要记得是我们在迁就你
: 们. 这个分辨率的增加是因为我们把样品封在n 值比较高的介质里来和外面的油匹配，
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s*y
240 楼
哈哈哈哈哈哈。 你对我的那个文章评价很有意思啊。
的确就象你说的那样，到处充满了可疑之处，但是就是还没有任何铁证。
不过对于我们这种做出一个和传统结论几乎完全相反的文章，一开始就要我们呈现铁证
不公平啊。他们其他领域早就有那么多的积累了，而我们这个根本就是摸着石头过河的
一个文章。

【在 p*l 的大作中提到】
: 我觉得经典的生物文章，故事比较象Agatha Christie的小说，几乎全是基
: 于间接证据 Circumstantial Evidence 的推理猜测比较多，最后把所有证据摆
: 在一起，故事收官。我不觉得这有什么错，Agatha Christie的那个时代，没
: DNA鉴定什么的，破案就只能这么破。当然有些文章的故事太眩了，和Agatha
: 有得一比。
: 数理近百年来已经形成了个比较完善的理论体系和实验手段，所以文章比较象
: CSI，要求有直接Physical Evidence，但是就像破案一样，在找到Physical
: Evidence以前，还是需要花大量时间和精力顺着 Circumstantial
: Evidence摸找Suspect。找Suspect的过程种，数理研究可以利用模型分析大
: 量数据，人为的猜测少一些。找到了Suspect，最后搞数理的人必须做DNA鉴
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s*y
241 楼
鉴于有不少人来问我这个关于光学成像的问题，这个我作为一个老用户来说两句我的体
验吧:
1. 对于尺寸比较大的东西,比方说有5个微米那么大的,不管你的样品封在什么介质里，
你爱用什么镜头都无所谓,　因为那个由于镜头引入的偏差对于你关心的尺寸根本就无
足道.但是因为生物成像时要考虑到暴光过度会损伤样品,所以应该尽量用比较明亮的系
统,也就是,首选油镜，来减少暴光时间.
对于特别细微的东西,比方说酵母里面一个endocytic site 那么大小的东西,那就要非
常注意,如果你的样品制备在甘油或者那些常见的mounting medium 里那就用油镜,
如果你不小心是制备在PBS 里,那就尽量用水镜. 对于浸泡在培养液里的活细胞,如果必
须看非常细微的东西的话, 同样推荐用水镜.
至于干镜, 没有特别理由就尽量不要用来做精细成像,除非你们要做自动高通量多孔板
成像,镜头要在不同的孔之间反复挪来挪去, 那就只好用干镜.
2., 要注意你们用的盖玻片的厚度,除非你们的显微镜或者镜头的手册明确指明用
其他厚度,否则必须按默认值用1.5号. 这个事情很多人都搞错.我见过好几个物理出身
的人(但不是搞光学成像的)就是乱用,比方居然用1号的玻璃片,因为他们自以为玻璃薄
一些成像质量会比较好.我好心好意的和他们指出这个问题, 他们不但不信,还挺不以为
然的觉得我这个人不是学物理的,讲的都肯定是胡说八道.　所以可见那个和我吵了半天
的ID, 在他的领域里未必就是一个少数例子。象他那种态度的人可能不少。
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s*y
242 楼
至于为什么说把样品封在n 值比较高的环境里能够提高分辨率？这个其实非常简单，因
为光波在介质里的有效波长是lambda/n. 所以封在这种环境里会产生一个比较小的Airy
disk, 而这个产生Airy disk 的过程仅仅与样品的当地封装环境有关，也就是说，这
个n必须是取样品侧的那个n, 和盖玻片外面涂什么东西到底是什么n无任何关系。只不
过我们做生物的人为了不产生那么多额外的因素，就会故意把样品封装的n 和外面的那
个n做成一致的，结果倒让他们做光学的以为他们那个油真的就有那么大的威力。
所以油镜与否，本身不是决定Airy disk的因素。油镜唯一能直接改善的就是那个视角
，就是样品看起来到底有多亮这么一个因素。说到这里，我希望大家都能明白了。

【在 s******y 的大作中提到】
: 不过话说回来，我们做生物的人,当然不想给自己没事找事,所以我们会把样品制备在和
: 盖玻片外面的介质n 值非常相近的环境里,　含糊的把这个作为一个均匀系统来处理，
: 所以才让这个Abbe Equation 能够近似地取外面的介质的n 值.但是我们要是突然犯别
: 扭了,或者要搞破坏的话,如果故意把样品制备在一个n 值和盖玻片外面的介质相差很远
: 的环境里,那么这个Abbe Equation就直接失效了, 在这个情况下讨论外面的油的n值变
: 得毫无意义. 所以你们那些做光学的人不要因为我们做生物的人的乖乖配合就以为涂在
: 外面的油真的能够增加分辨率. 不要把这个因果关系搞反了， 要记得是我们在迁就你
: 们. 这个分辨率的增加是因为我们把样品封在n 值比较高的介质里来和外面的油匹配，
: 所以让你可以近似的去使用这个方程。而不是你在外面涂了一个油就真的让这个光斑分
: 辨率突然一下子平白无故的升高了。
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d*r
243 楼
The ultimate goal of cell biology tool, is an imaging system like a
helicopter or a submarine, that can take you inside the live cells, and see
all the genes, proteins, and organelles interacting with each other.

【在 p*l 的大作中提到】
: 我觉得经典的生物文章，故事比较象Agatha Christie的小说，几乎全是基
: 于间接证据 Circumstantial Evidence 的推理猜测比较多，最后把所有证据摆
: 在一起，故事收官。我不觉得这有什么错，Agatha Christie的那个时代，没
: DNA鉴定什么的，破案就只能这么破。当然有些文章的故事太眩了，和Agatha
: 有得一比。
: 数理近百年来已经形成了个比较完善的理论体系和实验手段，所以文章比较象
: CSI，要求有直接Physical Evidence，但是就像破案一样，在找到Physical
: Evidence以前，还是需要花大量时间和精力顺着 Circumstantial
: Evidence摸找Suspect。找Suspect的过程种，数理研究可以利用模型分析大
: 量数据，人为的猜测少一些。找到了Suspect，最后搞数理的人必须做DNA鉴
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s*j
244 楼
你就不要胡乱说我犯了什么你想象的错误了.
公式的推导跟有没有盖拨片一点关系都没有. 跟生物样品也没有关系. 我要问的是如
何理解纯理想条件下油为什么会提高分辨率. 你说你懂, 简单的很. 我就说你来侃一侃
, 结果你上来说一通"盖玻片对光路的折射", 根本就没有弄清楚问的是什么. 然后越扯
越多. 不断往外蹦各种 term, "airy disk 的虚像", "airy disk 的像的有效半径",
都是你说的吧? 现在成了"Airy Disk 在某个均匀介质里的尺寸". 我都不知道你哪
看来的, 还是自己造出来的.
你在这个问题上的很多概念不清楚. 包括那个油镜亮是因为视角大. 我昨天闲着跟你
斗斗嘴也是无聊. 结果现在一堆人说我mean.
【 在 sunnyday (胖头鱼。按斤卖就赚了) 的大作中提到: 】
lamba
烦,
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l*1
245 楼
sure
almost hand writing within this 酶动力学 field:
pls go to
//dls.ym.edu.tw/sa/dls/dls02/dls02-3/dls2-3-1/newssig.asp?id=13
then
10/08
Prof. 王廷方
講義 icon click here then got compressed rar folder
next decompress that folder
then open that 'Enzyme kinetics (TFW)-2' dot pdf
then Go Go to look a lo 酶动力学how to 和数学结合起来?

【在 e****s 的大作中提到】
: 最经典的酶动力学好像艳阳天老大和大家都没提到啊。
: 经典，而且还很有用。
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s*j
246 楼
我要问的问题和盖玻片一点关系都没有, 你就不要在这自问自答了.

办?

【在 s******y 的大作中提到】
: 至于为什么说把样品封在n 值比较高的环境里能够提高分辨率？这个其实非常简单，因
: 为光波在介质里的有效波长是lambda/n. 所以封在这种环境里会产生一个比较小的Airy
: disk, 而这个产生Airy disk 的过程仅仅与样品的当地封装环境有关，也就是说，这
: 个n必须是取样品侧的那个n, 和盖玻片外面涂什么东西到底是什么n无任何关系。只不
: 过我们做生物的人为了不产生那么多额外的因素，就会故意把样品封装的n 和外面的那
: 个n做成一致的，结果倒让他们做光学的以为他们那个油真的就有那么大的威力。
: 所以油镜与否，本身不是决定Airy disk的因素。油镜唯一能直接改善的就是那个视角
: ，就是样品看起来到底有多亮这么一个因素。说到这里，我希望大家都能明白了。
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s*y
247 楼
你先好好看完我的帖子再发言。
你犯了好几个在生物成像里面的低档错误。
这个共识的推导当然本身和盖玻片是没有关系的，但是你现在抬头看看，你是不是在生
物版里? 你既然在这个版问，我当然就会就这个版的情况来和你解释。如果你不满意的
话请移步物理版。不过我可以打赌他们会告诉你 （就象我早就告诉你很多次的那样）
，这个n就是和这个有效波长有关，从而导致当地激发的Airy Disk 的尺寸不同而造成
的本质光斑分辨率。如果我说得那么露骨了你还是不明白。我就只好认为你其实根本就
没有弄懂基本的光学成象原理。

,

【在 s*****j 的大作中提到】
: 我要问的问题和盖玻片一点关系都没有, 你就不要在这自问自答了.
:
: 办?
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s*y
248 楼
我现在和你解释的档次，已经是用初级光学的水平来和你解释了。
如果你以为我是一个做传统生物学的人所以肯定不懂这个问题，
那么你就大错特错了。我好歹在个专业的成像专家手下做过两年，我对光学的理解坦白
来说肯定不如pll, 但是是比你高一些是没有问题的。所以你在不了解你的对手的底细
前提下，要谦虚一点。
你问的那些问题，我就不同角度已经反复解释了很多次了。如果你还是不明白，
那我也就不浪费时间了。

【在 s******y 的大作中提到】
: 你先好好看完我的帖子再发言。
: 你犯了好几个在生物成像里面的低档错误。
: 这个共识的推导当然本身和盖玻片是没有关系的，但是你现在抬头看看，你是不是在生
: 物版里? 你既然在这个版问，我当然就会就这个版的情况来和你解释。如果你不满意的
: 话请移步物理版。不过我可以打赌他们会告诉你 （就象我早就告诉你很多次的那样）
: ，这个n就是和这个有效波长有关，从而导致当地激发的Airy Disk 的尺寸不同而造成
: 的本质光斑分辨率。如果我说得那么露骨了你还是不明白。我就只好认为你其实根本就
: 没有弄懂基本的光学成象原理。
:
: ,
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s*j
249 楼
你还要撑? 那就来问你一下. 下面是你的原话.
"另外一个是你问的这个n. 这个在物理学的角度可以这样理解，镜头通过介质和
盖薄片在看一个Airy disk的虚像，如果玻璃两侧的介质是一样的话，那么
这个Airy disk 的像的有效半径就应该是lambda/2n。"
1. airy disk 在哪? 像方空间还是物芳空间?
2. 什么叫Airy disk的虚像? 这个虚像成在哪? 是放大的像还是缩小的像.
3. "这个Airy disk 的像" 的半径是多大? "有效半径就应该是lambda/2n", 这个"
有效"半径有是怎么算出来的?




【在 s******y 的大作中提到】
: 你先好好看完我的帖子再发言。
: 你犯了好几个在生物成像里面的低档错误。
: 这个共识的推导当然本身和盖玻片是没有关系的，但是你现在抬头看看，你是不是在生
: 物版里? 你既然在这个版问，我当然就会就这个版的情况来和你解释。如果你不满意的
: 话请移步物理版。不过我可以打赌他们会告诉你 （就象我早就告诉你很多次的那样）
: ，这个n就是和这个有效波长有关，从而导致当地激发的Airy Disk 的尺寸不同而造成
: 的本质光斑分辨率。如果我说得那么露骨了你还是不明白。我就只好认为你其实根本就
: 没有弄懂基本的光学成象原理。
:
: ,
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s*j
250 楼
我从不在我不懂的方面乱放. 这点你要向我学习.

【在 s******y 的大作中提到】
: 我现在和你解释的档次，已经是用初级光学的水平来和你解释了。
: 如果你以为我是一个做传统生物学的人所以肯定不懂这个问题，
: 那么你就大错特错了。我好歹在个专业的成像专家手下做过两年，我对光学的理解坦白
: 来说肯定不如pll, 但是是比你高一些是没有问题的。所以你在不了解你的对手的底细
: 前提下，要谦虚一点。
: 你问的那些问题，我就不同角度已经反复解释了很多次了。如果你还是不明白，
: 那我也就不浪费时间了。
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s*j
251 楼
我看这个pll要不要出来说句话, 昨天他帮了你以下, 要不然你那个"dry lens NA 1.
2" 还很亮的笑话还不会结束的那么快.

【在 s******y 的大作中提到】
: 我现在和你解释的档次，已经是用初级光学的水平来和你解释了。
: 如果你以为我是一个做传统生物学的人所以肯定不懂这个问题，
: 那么你就大错特错了。我好歹在个专业的成像专家手下做过两年，我对光学的理解坦白
: 来说肯定不如pll, 但是是比你高一些是没有问题的。所以你在不了解你的对手的底细
: 前提下，要谦虚一点。
: 你问的那些问题，我就不同角度已经反复解释了很多次了。如果你还是不明白，
: 那我也就不浪费时间了。
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s*j
252 楼
这个是你昨天找借口的原话,
"我刚才回过头来想了一下，我发现我和你以及shangj 说的是成像里面的两个不同
的指标。你们说的其实是指那个镜头对两个光子在空间上的理论分辨率(spatial
resolution),而我说的是图像分辨率（image quality）。这两者有关系但是不
完全一回事。
抱歉一大早起来头脑还不是很清醒，和你们白吵半天了。呵呵"
1. 什么叫图像分辨率（image quality), 最好中英文对照.
2. 你现在头脑还清醒不?

【在 s******y 的大作中提到】
: 我现在和你解释的档次，已经是用初级光学的水平来和你解释了。
: 如果你以为我是一个做传统生物学的人所以肯定不懂这个问题，
: 那么你就大错特错了。我好歹在个专业的成像专家手下做过两年，我对光学的理解坦白
: 来说肯定不如pll, 但是是比你高一些是没有问题的。所以你在不了解你的对手的底细
: 前提下，要谦虚一点。
: 你问的那些问题，我就不同角度已经反复解释了很多次了。如果你还是不明白，
: 那我也就不浪费时间了。
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s*j
253 楼
我就奇怪, 大家还觉得我比较而言mean.

【在 s******y 的大作中提到】
: 我现在和你解释的档次，已经是用初级光学的水平来和你解释了。
: 如果你以为我是一个做传统生物学的人所以肯定不懂这个问题，
: 那么你就大错特错了。我好歹在个专业的成像专家手下做过两年，我对光学的理解坦白
: 来说肯定不如pll, 但是是比你高一些是没有问题的。所以你在不了解你的对手的底细
: 前提下，要谦虚一点。
: 你问的那些问题，我就不同角度已经反复解释了很多次了。如果你还是不明白，
: 那我也就不浪费时间了。
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O*e
254 楼
厉害！一年半的时间就网罗了这么多人。。。。

【在 d*****r 的大作中提到】
: 其实所有top school的bioengineering program里面都是生物和工程两边都通的人。
: Feng Zhang:
: http://zlab.mit.edu/team.html
: 再次感慨一下，他的实验室怎么转眼就这么多人了。。
: 清华生物现在都可以exchange到MIT了？有眼光啊，还知道去这个实验室。
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O*e
255 楼
你的表现是不好。有目共睹。
如果想好好讨论问题，就一次把话说清楚。藏着掖着的光弄些反问句摆在那里没用。

【在 s*****j 的大作中提到】
: 我就奇怪, 大家还觉得我比较而言mean.
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v*r
256 楼
Population genetics,
Ecology,
Stat Genet

【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
: 光学成像，
: 血液动力，
: 细胞运动，
: 微生物生态，
: 多信号通道的综合作用，
: 基因相关性分析。
: 而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
: 基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
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v*r
257 楼
This book may be fun:
mathematical models in biology
Edelstein-Keshet

【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，数学工具用的上的，大概是这几个领域吧？
: 光学成像，
: 血液动力，
: 细胞运动，
: 微生物生态，
: 多信号通道的综合作用，
: 基因相关性分析。
: 而有一些领域，基本上不怎么用得上数学的，比方说我比较熟悉的发育生物学，
: 基本上就是必须眼见为实的实验科学，数学帮不了太多忙。
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l*1
258 楼
Sent,
please check your official mail inbox.
------
Update:
sunnyday already got it. Lol
发信人: sunnyday (胖头鱼。按斤卖就赚了), 信区: Biology
标 题: Re: 不如说说具体哪个生物领域比较容易和数学结合起来吧？
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Aug 27 12:36:36 2012, 美东)
好啊。。。。不过是什么内容啊？不会是matrix 的源码吧？如果是的话我怕会被追杀
什么呢的。

【在 l**********1 的大作中提到】
: 不用找啦 我们论文接受后 俺就发源matlab code 给你
: 到时侯 会预先站内 PM 你 免得当骚扰attachment mail 给你deleted 哈
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l*1
259 楼
通俗点讲
Brain Tumor Cytoskeleton Dynamic Microtubules likes Tublin Myosin Action etc
. projects
要借助数学 和工程计算学 生化学
药学 医学 至少 5 个实验组的co-Fundings.
比如以下 生化数学计算方面的 论文
Margolin G. at al. (2012)
The mechanisms of microtubule catastrophe and rescue: implications from
analysis of a dimer-scale computational model
Mol Biol Cell. 23: 642-56.
link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22190741
引用它的论文 是应用药学方面的
Bouazza N et al. (2011)
Population pharmacokinetics and pharmacodynamics of cysteamine in
nephropathic cystinosis patients.
Orphanet J Rare Dis. 6:86.
link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22195601
plus one 医学方面的综述,
by
Stanton RA et al. (2011)
Drugs that target dynamic microtubules: a new molecular perspective.
Med Res Rev. 31: 443-81.
link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21381049
Ps: more detials sunny pls check your mail inbox.
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