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Microarray 分析求指点下下
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s*s
2
【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: flourishwing (峥嵘之翼), 信区: Faculty
标 题: 怎样回国自我介绍显得气派
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Aug 28 00:08:25 2010, 美东)
一个做assistant professor的朋友最近回国,见到亲戚朋友邻居自我介绍说是助理教
授,结果常被人误以为是给某教授做助理。搞得他很不爽,每次还得和人解释助理教授
是教授的一种。后来想了一个气派的自我介绍方法:助理教授+博士生导师。后来每次
介绍完了人们都表示崇敬。
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l*o
3
很正宗的狗刨!
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s*u
4
A5X里CPU还是原来的,频率都没升。
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k*n
5
把几个病人和对照组的样品做了几个microarray,通过pattern检索(就是把病人表达选
高对照表达选低,或者反过来)得到了一些基因的list (Probe lists), 请问怎样把这
些基因做一个批量的分析, (信号通路相关的聚类分析,比如细胞生长,细胞爬行,
或者细胞骨架相关,生长因子调节相关 等等)这样的类比分析,希望知道这些病人的
样品中哪一组基因表达改变了。
请指点用什么样的软件,以及简单的建议
谢谢
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f*u
6
支了
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w*g
7
靠. 直接说是讲师好了

【在 s***s 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
: 发信人: flourishwing (峥嵘之翼), 信区: Faculty
: 标 题: 怎样回国自我介绍显得气派
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Aug 28 00:08:25 2010, 美东)
: 一个做assistant professor的朋友最近回国,见到亲戚朋友邻居自我介绍说是助理教
: 授,结果常被人误以为是给某教授做助理。搞得他很不爽,每次还得和人解释助理教授
: 是教授的一种。后来想了一个气派的自我介绍方法:助理教授+博士生导师。后来每次
: 介绍完了人们都表示崇敬。

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b*y
8
真是狗刨艾。要是有个水下摄像机就会看得更清楚了。可惜我家两狗都怕水,真正白白
浪费了我家的游泳池了。
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n*7
9
第一天就知道了。不过果轮不管,反正GPU升级了就能意淫,不管玩不玩3D游戏。
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K*4
10
常见的方法是 GO enrichment 分析
问题就是出来的结果往往很乱,也不可靠

【在 k****n 的大作中提到】
: 把几个病人和对照组的样品做了几个microarray,通过pattern检索(就是把病人表达选
: 高对照表达选低,或者反过来)得到了一些基因的list (Probe lists), 请问怎样把这
: 些基因做一个批量的分析, (信号通路相关的聚类分析,比如细胞生长,细胞爬行,
: 或者细胞骨架相关,生长因子调节相关 等等)这样的类比分析,希望知道这些病人的
: 样品中哪一组基因表达改变了。
: 请指点用什么样的软件,以及简单的建议
: 谢谢

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s*s
12
讲师是lecturer好不好。 称自己是非终身教授+博导比较合适。

【在 w*******g 的大作中提到】
: 靠. 直接说是讲师好了
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t*n
13
春天河水冷不冷......她在捡什么?真听话,这就是赴汤蹈火中的赴汤了吧
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r*y
14
opengl shader的游戏性能主要取决于GPU。

【在 n******7 的大作中提到】
: 第一天就知道了。不过果轮不管,反正GPU升级了就能意淫,不管玩不玩3D游戏。
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k*n
15
除了 Go Enrichment 外还有没有啥别的分析方法,谢谢

【在 K**4 的大作中提到】
: 常见的方法是 GO enrichment 分析
: 问题就是出来的结果往往很乱,也不可靠

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o*y
16
这就去
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t*9
17
终身教授候选人
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q*u
18


【在 l*****o 的大作中提到】
: 很正宗的狗刨!
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s*u
19
在手机/平板上玩3D game就是蛋疼。
玩玩鸟,切切水果之类的,要不了啥gpu

【在 r******y 的大作中提到】
: opengl shader的游戏性能主要取决于GPU。
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B*m
20
你想分析得快的话,就用Ingenuity IPA,一两个小时就可以把你的数据分析完。
虽说它是收费的在线软件,但是你可以注册试用帐号,能管用几天。
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l*i
21
Did
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w*h
22
国内好像自动给翻译成副教授。
但我看来,美国的助理教授在国内其实应该翻译成教授。
国内的教授也不是每个人都是博导。
但美国研究型大学有博士program的助理教授肯定是博导。
tenure这种东西,和目前状态无关。
除了博士头衔,其他的啥都会变,教授还会下岗、辞职呢
拿不到tenure后教授title都不能说了,
但只要一天带博士,就应该叫教授。

【在 s***s 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
: 发信人: flourishwing (峥嵘之翼), 信区: Faculty
: 标 题: 怎样回国自我介绍显得气派
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sat Aug 28 00:08:25 2010, 美东)
: 一个做assistant professor的朋友最近回国,见到亲戚朋友邻居自我介绍说是助理教
: 授,结果常被人误以为是给某教授做助理。搞得他很不爽,每次还得和人解释助理教授
: 是教授的一种。后来想了一个气派的自我介绍方法:助理教授+博士生导师。后来每次
: 介绍完了人们都表示崇敬。

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c*a
23
就看见两只前腿扑棱扑棱
我都没见过贪狗游泳
小狗崽子死活不肯下水
就只肯在水边玩一玩
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g*i
24
我觉得现在cpu已经过剩了,尤其是android,搞成1.5G 2G的干啥用
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l*g
25
免费的可以试试panther
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h*g
26
avatar
p*d
27
两个不同的系统, 非要对应起来, 纯属有病

【在 w********h 的大作中提到】
: 国内好像自动给翻译成副教授。
: 但我看来,美国的助理教授在国内其实应该翻译成教授。
: 国内的教授也不是每个人都是博导。
: 但美国研究型大学有博士program的助理教授肯定是博导。
: tenure这种东西,和目前状态无关。
: 除了博士头衔,其他的啥都会变,教授还会下岗、辞职呢
: 拿不到tenure后教授title都不能说了,
: 但只要一天带博士,就应该叫教授。

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Z*i
28
很专业
我家的游泳还非常笨,前爪弄得水花四溅
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z*r
29
你这样想的?真的假的?别说干点什么大的了,就是随便安装程序的时候,CPU USAGE
动辄就8、90%了,你装个CPU MONITOR看看

【在 g***i 的大作中提到】
: 我觉得现在cpu已经过剩了,尤其是android,搞成1.5G 2G的干啥用
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c*n
31
咋整?
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x*u
32
以后就应该这样翻译:
Assistant P 待副教授
Associate P 副教授
Full P 教授
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R*C
33
ID和NICOLE一样,游泳的时候耳朵是耷拉着的,为啥呀。。。如果是他们是因为害怕,
但也不像。。。
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c*n
34
现在不是PALM时代了, OS都挺大的, CPU不会过剩的, 只会不够, 这些CPU跑WIN8都
够呛, 强烈不看好。
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k*n
35
thank you guys very much
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m*l
36
多谢各位

【在 h**********g 的大作中提到】
: 顶
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w*h
37
没办法,只要有交流就得被人对应和误解。
有的甚至圈子里的人也不尽然了解,
几年前拿到ap位置,国内的老板说相当于国内的讲师。
呵呵,开玩笑啊,国内的讲师是PI么?是指导博士么?硕士都不能吧。

【在 p***d 的大作中提到】
: 两个不同的系统, 非要对应起来, 纯属有病
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q*u
38
立着耳朵游不是兜一耳朵水?

【在 R*C 的大作中提到】
: ID和NICOLE一样,游泳的时候耳朵是耷拉着的,为啥呀。。。如果是他们是因为害怕,
: 但也不像。。。

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g*g
39
不是要做游戏平台吗,玩3D游戏的时候就不那么想了。
业界卖CPU从来是升级一个价格卖,没有说不动减价的。
硬件公司也要吃饭。

USAGE

【在 z**r 的大作中提到】
: 你这样想的?真的假的?别说干点什么大的了,就是随便安装程序的时候,CPU USAGE
: 动辄就8、90%了,你装个CPU MONITOR看看

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d*u
40
IPA分析出来的是所谓的“网络”,我个人觉得实际意义不大。IPA最强大的功能还是基
因功能数据库。
GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)如果样本数量多的话出来的结果还可能有意义,
而且数据库里面的Gene Sets也不是那么的丰富。
DAVID和PANTHER原理类似,但出来的结果需要加入比较多的主观判断。
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a*d
41
done
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w*h
42
以后就应该这样翻译:
whatever P without tenure 教授
Associate P with tenure 终身教授
Full P with tenure 终身正教授

【在 x***u 的大作中提到】
: 以后就应该这样翻译:
: Assistant P 待副教授
: Associate P 副教授
: Full P 教授

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l*o
43
呵呵, 捡一个网球

【在 t******n 的大作中提到】
: 春天河水冷不冷......她在捡什么?真听话,这就是赴汤蹈火中的赴汤了吧
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t*y
44
俺觉得还是单核高频靠谱,什么4核8核,都是浪费,GPU4核8核还靠谱些。
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l*1
45
LZ can try ‘Netpath dot org’
http://en.wikipedia.org/wiki/Netpath
more pls go to 考古本版
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31707055.html
5th floor post
-----
OR
pls go to
http://www.genenames.org/
http://www.avatar.se/xref/wr/index
Google intra 考古本版
link:
http://www.google.com/search?ie=UTF-8%2F&oe=UTF-8%2F&q=David+KE
then you can find both of those links:
likes above and below:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31649343.html
16th floor post

【在 k****n 的大作中提到】
: 除了 Go Enrichment 外还有没有啥别的分析方法,谢谢
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p*d
46
从讲师 -> 副教授 -> 教授的角度看, 没什么不对的。
美国这边teaching school的教授也带不了博士, 这样笼统的讲美国/中国本身就是
50步笑百步。

【在 w********h 的大作中提到】
: 没办法,只要有交流就得被人对应和误解。
: 有的甚至圈子里的人也不尽然了解,
: 几年前拿到ap位置,国内的老板说相当于国内的讲师。
: 呵呵,开玩笑啊,国内的讲师是PI么?是指导博士么?硕士都不能吧。

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h*n
47
艾迪游得很稳健嘛。
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O*n
48
你别搞笑了行不
我用笔记本上网都经常觉得网页越来越重量级,cpu不够用了。
什么时候ipad的cpu开网页的速度能比上我06年的dell双核d620再来吹牛吧。
提示:该笔记本sunspider得分约600ms。 ipad2要1800ms。

【在 g***i 的大作中提到】
: 我觉得现在cpu已经过剩了,尤其是android,搞成1.5G 2G的干啥用
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w*h
49
呵呵。。。从那个角度,就是故意贬低美国的教职。。。
teaching school真的有很多正教授么?
你自己去查?有带博士的资格和实际上去带博士或者有博士带,
还是有很大区别的吧。。。

【在 p***d 的大作中提到】
: 从讲师 -> 副教授 -> 教授的角度看, 没什么不对的。
: 美国这边teaching school的教授也带不了博士, 这样笼统的讲美国/中国本身就是
: 50步笑百步。

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d*g
50
哈哈,游的很欢快。
avatar
f*l
51
D620看来很经典阿

【在 O******n 的大作中提到】
: 你别搞笑了行不
: 我用笔记本上网都经常觉得网页越来越重量级,cpu不够用了。
: 什么时候ipad的cpu开网页的速度能比上我06年的dell双核d620再来吹牛吧。
: 提示:该笔记本sunspider得分约600ms。 ipad2要1800ms。

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p*d
52
讨论对应就很傻,根本不用谈什么细节。
不同的体系,国内的党委书记来了,你给他对应什么职位/职称?一样的事情,
美国的AP就是美国的AP,不需要对应到中国的任何职称,因为没有对应性。

【在 w********h 的大作中提到】
: 呵呵。。。从那个角度,就是故意贬低美国的教职。。。
: teaching school真的有很多正教授么?
: 你自己去查?有带博士的资格和实际上去带博士或者有博士带,
: 还是有很大区别的吧。。。

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j*6
53
哇,游得很好呀! 顺便问一句,狗狗游泳后耳朵是不是要擦一下?
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w*n
54
intel i5 i7或许过剩了,arm的。。。。。。

【在 g***i 的大作中提到】
: 我觉得现在cpu已经过剩了,尤其是android,搞成1.5G 2G的干啥用
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T*e
55
国内讲师不能带博士

理教
教授
每次

【在 w*******g 的大作中提到】
: 靠. 直接说是讲师好了
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p*9
56
现在这些网页及其sb啊,我的safari,chrome动辄占1G,2G内存,CPU拼命转,不知道
都干啥了。

【在 O******n 的大作中提到】
: 你别搞笑了行不
: 我用笔记本上网都经常觉得网页越来越重量级,cpu不够用了。
: 什么时候ipad的cpu开网页的速度能比上我06年的dell双核d620再来吹牛吧。
: 提示:该笔记本sunspider得分约600ms。 ipad2要1800ms。

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c*e
57
当年在国内,一个长辈吹他当associate的儿子是美国“终身副教授”(终身两字重读
)。我听起来的感觉是终身不得升职的位子,还特骄傲。

【在 w********h 的大作中提到】
: 以后就应该这样翻译:
: whatever P without tenure 教授
: Associate P with tenure 终身教授
: Full P with tenure 终身正教授

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y*n
58
flash呗。

【在 p******9 的大作中提到】
: 现在这些网页及其sb啊,我的safari,chrome动辄占1G,2G内存,CPU拼命转,不知道
: 都干啥了。

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l*x
59
这年头,居然还有嫌cpu太快的啊
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f*g
60
if apple upgrade cpu to 4 core, all guo lun will celebrate...
if not, it is simply a piece of crap
that's always true...
such as >4'' LCD for cell phone
such as 7'' pad
such as..

【在 l***x 的大作中提到】
: 这年头,居然还有嫌cpu太快的啊
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p*s
61
CPU没变 真够省的 成本控制得很好 最近iphone4s new ipad外观设计也省了不少 外设
还能继续用
个人觉得双核不够快 特别是上网的时候
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y*g
62

苹果说cpu够了,果轮就觉得够了

【在 l***x 的大作中提到】
: 这年头,居然还有嫌cpu太快的啊
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d*a
63
果黑们和三爽一样,有点失去理智啊
新iPAD最强的,不就是变态的2048x1536分辨率吗
别的都是点缀

【在 y****g 的大作中提到】
:
: 苹果说cpu够了,果轮就觉得够了

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y*g
64

我用ipad2看720P的MKV,如果码率高了就卡得一顿一顿的了,真不知道不升级CPU怎么看
1080P,分辨率这么高只是看网页pdf文档嘛?

【在 d***a 的大作中提到】
: 果黑们和三爽一样,有点失去理智啊
: 新iPAD最强的,不就是变态的2048x1536分辨率吗
: 别的都是点缀

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d*a
65
视频解码是GPU做的事情。

【在 y****g 的大作中提到】
:
: 我用ipad2看720P的MKV,如果码率高了就卡得一顿一顿的了,真不知道不升级CPU怎么看
: 1080P,分辨率这么高只是看网页pdf文档嘛?

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a*e
66
靠,好马配好鞍
大家就是不满果子拿头骡子配了个好鞍
你倒好,过来劝人说鞍不错,好歹不是头驴
这话说不到一块去不是

【在 d***a 的大作中提到】
: 果黑们和三爽一样,有点失去理智啊
: 新iPAD最强的,不就是变态的2048x1536分辨率吗
: 别的都是点缀

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m*t
67
cpu现在升级了, ipad4还靠什么赚钱啊。
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w*c
68
估计是升不起,升了就不能保持499了

【在 a***e 的大作中提到】
: 靠,好马配好鞍
: 大家就是不满果子拿头骡子配了个好鞍
: 你倒好,过来劝人说鞍不错,好歹不是头驴
: 这话说不到一块去不是

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a*g
69
要控制成本啊
做生意容易么
一分一毫都得抠
avatar
M*n
70
其实包装盒可以再简陋一些,比如联想,就省得很到位,
还有那些说明书,估计从来没人看,不知道是不是规定的,其实可以省掉,
或者加入选配栏,想要的就选,不然真是不环保,纯属浪费,

【在 a*********g 的大作中提到】
: 要控制成本啊
: 做生意容易么
: 一分一毫都得抠

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d*a
71
呵呵,这里的分歧是,倒底哪个算马哪个算鞍 :)
我觉得那个Display才是马吧,CPU/GPU是鞍

【在 a***e 的大作中提到】
: 靠,好马配好鞍
: 大家就是不满果子拿头骡子配了个好鞍
: 你倒好,过来劝人说鞍不错,好歹不是头驴
: 这话说不到一块去不是

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a*e
72
正常人的理解是拉着别的东西跑的那个叫马,或者是发动机
俺还真不知道果子的CPU是display驱动的

【在 d***a 的大作中提到】
: 呵呵,这里的分歧是,倒底哪个算马哪个算鞍 :)
: 我觉得那个Display才是马吧,CPU/GPU是鞍

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d*u
73
haha...look at his ID... then save your time...

【在 a***e 的大作中提到】
: 正常人的理解是拉着别的东西跑的那个叫马,或者是发动机
: 俺还真不知道果子的CPU是display驱动的

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e*y
74
其实还好, pad就是个消费内容的玩具, 牛排的升级, 如果只能在display resolution*
2和cpu*2上二选一, 我还是认为前者更有用些. 当然, "只能二选一"也只是个伪命题,
果子不升cpu, 不过是因为有大批粉和轮捧场, 随便升级一项就够他们high了, 所以一
贯实行挤牙膏策略 罢了

【在 a***e 的大作中提到】
: 正常人的理解是拉着别的东西跑的那个叫马,或者是发动机
: 俺还真不知道果子的CPU是display驱动的

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d*a
75
呵呵,这个就随你怎么扯了。
三爽搞了个长长的单子来比较新iPad和Galaxy Tab 10.1
比了近十条feature,唯独不提分辨率
果黑们有同样的问题,十几个帖子下来
没有一个人提到那个变态的2048x1536分辨率,以及相配套的GPU提高
黑成这个样子,就失去理智了
Apple上这个分辨率,对整个Pad市场意义重大
从长远来看,对Android板子也是很有促进意义的

【在 a***e 的大作中提到】
: 正常人的理解是拉着别的东西跑的那个叫马,或者是发动机
: 俺还真不知道果子的CPU是display驱动的

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d*a
76
什么东东...

【在 d********u 的大作中提到】
: haha...look at his ID... then save your time...
avatar
d*a
77
嗯...说实话,不管是黑还是粉都容易失去理智
新iPad电池容量加大了整整70%,battery life却一点没有提高,并且重量还增加了
很明显这款iPad还有设计上的不足,说不定还有过热的问题
Apple这是在CPU和GPU上make trade-off,估计已经有点力不从心了
这一款的iPad,有抢占市场的考虑
如果能等,等真正的iPad 3出来,其实比买这个新iPad要好
计划A6处理器会用Cortex-A15的核,据说两个Cortex-A15顶四个Cortex-A9
另外Qualcomm二合一的3G/4G芯片也会出来
那时的iPad,性能,能耗和重量都会更好一些

resolution*
,

【在 e***y 的大作中提到】
: 其实还好, pad就是个消费内容的玩具, 牛排的升级, 如果只能在display resolution*
: 2和cpu*2上二选一, 我还是认为前者更有用些. 当然, "只能二选一"也只是个伪命题,
: 果子不升cpu, 不过是因为有大批粉和轮捧场, 随便升级一项就够他们high了, 所以一
: 贯实行挤牙膏策略 罢了

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s*u
78
android的下一代pad早就确定是1920x1200起了,
怎么又成了apple促进的了?

【在 d***a 的大作中提到】
: 呵呵,这个就随你怎么扯了。
: 三爽搞了个长长的单子来比较新iPad和Galaxy Tab 10.1
: 比了近十条feature,唯独不提分辨率
: 果黑们有同样的问题,十几个帖子下来
: 没有一个人提到那个变态的2048x1536分辨率,以及相配套的GPU提高
: 黑成这个样子,就失去理智了
: Apple上这个分辨率,对整个Pad市场意义重大
: 从长远来看,对Android板子也是很有促进意义的

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d*a
79
谁说的?
IT业里光说不练的多了。做了再说的,很少。

【在 s**u 的大作中提到】
: android的下一代pad早就确定是1920x1200起了,
: 怎么又成了apple促进的了?

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a*m
80
if apple upgrade cpu to 4 core, all guo lun will celebrate...
if not, ....hmm.., all guo lun will celebrate...

【在 f****g 的大作中提到】
: if apple upgrade cpu to 4 core, all guo lun will celebrate...
: if not, it is simply a piece of crap
: that's always true...
: such as >4'' LCD for cell phone
: such as 7'' pad
: such as..

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x*o
81
果轮just celebrating all the time,no matter good or bad. 这叫optimistic (嗑
药),你们懂吗?
你们实在太pessimistic了
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y*g
82

据我所知,PSvita是有一个专门的芯片解码视频的。GPU不管的。
如果不是硬件支持的H264编码的话,其他视频编码比如bink什么的,其实都是CPU解码

【在 d***a 的大作中提到】
: 视频解码是GPU做的事情。
avatar
c*o
83
你用什么播放器?我用AirVideo和StreamToMe,在ipad1上放720P从来都是流畅得一塌
糊涂。

【在 y****g 的大作中提到】
:
: 据我所知,PSvita是有一个专门的芯片解码视频的。GPU不管的。
: 如果不是硬件支持的H264编码的话,其他视频编码比如bink什么的,其实都是CPU解码

avatar
y*g
84

腾讯影音,自己考进去的一套冰与火之歌的MKV连续剧,码率比较高,效果很清晰,每
集大概2个G。ipad2完全放不动啊
你看的720P 码率是多少的?

【在 c****o 的大作中提到】
: 你用什么播放器?我用AirVideo和StreamToMe,在ipad1上放720P从来都是流畅得一塌
: 糊涂。

avatar
k*0
85
not true

【在 d***a 的大作中提到】
: 视频解码是GPU做的事情。
avatar
p*r
86
Agree!
三星should have released 720P 7" tablet earlier.
Apple HD display push, will force all other tablet manufacturers go with
HD resolution.
Samsung has all the components, it just doesn't know drive the market.
avatar
c*o
87
AirVideo和StreamToMe都是实时通过ffmpeg转码的。我硬盘上的电影,720P、1080P各
种码率的都有,经过转码之后的720P,不知道码率是多少,效果很清晰就是了。

【在 y****g 的大作中提到】
:
: 腾讯影音,自己考进去的一套冰与火之歌的MKV连续剧,码率比较高,效果很清晰,每
: 集大概2个G。ipad2完全放不动啊
: 你看的720P 码率是多少的?

avatar
d*a
88
主流的视频编码,是可以用GPU来解的
用GPU解比用CPU效率更高
如果有专用的硬件解码IP,更节能
但似乎Apple A5芯片里并没有用...TI的OMAP 5是用了的。

【在 y****g 的大作中提到】
:
: 腾讯影音,自己考进去的一套冰与火之歌的MKV连续剧,码率比较高,效果很清晰,每
: 集大概2个G。ipad2完全放不动啊
: 你看的720P 码率是多少的?

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k*0
89
GPU accelerated video decoding
Most GPUs made since 1995 support the YUV color space and hardware overlays,
important for digital video playback, and many GPUs made since 2000 also
support MPEG primitives such as motion compensation and iDCT. This process
of hardware accelerated video decoding, where portions of the video decoding
process and video post-processing are offloaded to the GPU hardware, is
commonly referred to as "GPU accelerated video decoding", "GPU assisted
video decoding", "GPU hardware accelerated video decoding" or "GPU hardware
assisted video decoding".
More recent graphics cards even decode high-definition video on the card,
offloading the central processing unit. The most common APIs for GPU
accelerated video decoding are DxVA for Microsoft Windows operating system,
VDPAU, VAAPI, XvMC, and XvBA for Linux and UNIX based operating-system. All
except XvMC are capable of decoding videos encoded with MPEG-1, MPEG-2, MPEG
-4 ASP (MPEG-4 Part 2), MPEG-4 AVC (H.264 / DivX 6), VC-1, WMV3/WMV9, Xvid /
OpenDivX (DivX 4), and DivX 5 codecs, while XvMC is only capable of
decoding MPEG-1 and MPEG-2.
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