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Sequencing 还能热多久呢？

Sequencing 还能热多久呢？# Biology - 生物学

g*a2012-10-10 07:10

1 楼

【以下文字转载自 NewYork 讨论区】
发信人: gogopanda (您好), 信区: NewYork
标题: 谁有这只猫的照片？
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Apr 18 01:26:38 2010, 美东)
麻烦给我发更多好吗，谢谢

a*u2012-10-10 07:10

2 楼

前阵子版上热火朝天地讨论怎么转bioinformatics，今天惊闻一个朋友，生物土博，公
民，实验室的二老板，快五十岁的高龄了，最近去考了什么GRE之类的，准备去读个生
物统计
方面相关的master，理由是bioinformatics太容易找工作了。我听了真是目瞪口呆，我
是担心等他读完出来，也许这个热点已经过去了，值得这么折腾吗？不知道
bioinformatics还能风光几年呢？

P*o2012-10-10 07:10

3 楼

http://www.rayli.com.cn/0021/2007-01-29/L0021004_218273.html

【在 g*******a 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 NewYork 讨论区】
: 发信人: gogopanda (您好), 信区: NewYork
: 标题: 谁有这只猫的照片？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sun Apr 18 01:26:38 2010, 美东)
: 麻烦给我发更多好吗，谢谢

m*c2012-10-10 07:10

4 楼

别信他们。没几天好日子了。我知道一公司招sequencing分析的人，就收到无数CV, 包
括好多assistant professors.刚出道的就算了吧，电面都难得。

g*r2012-10-10 07:10

5 楼

真可怜长这么胖。

o*e2012-10-10 07:10

6 楼

50岁，半截身子都快入土了，没必要折腾

【在 m******c 的大作中提到】

: 别信他们。没几天好日子了。我知道一公司招sequencing分析的人，就收到无数CV, 包
: 括好多assistant professors.刚出道的就算了吧，电面都难得。

B*m2012-10-10 07:10

7 楼

从趋势来看，我认为还能热很久。现在测序技术的更新换代的节奏比摩尔定律还高，个
人基因组测序的时代马上就来了。如果你花上1000美元就能拿到自己或者亲人的基因组
分析、疾病风险预测报告以及健康建议，你会不会掏钱？我想我会掏这个钱。
深度测序有很多应用分支，数据分析也有很多层次。上游的分析比较容易些，基因组拼
合、read mapping啥的只需要跑一下软件就行，如果只会这点东西，应该是蛮难找工作
的。难点是下游的生物学分析，所以要想数据分析做得好也必须深刻理解生物过程。曾
经和做生物信息但是不懂我们领域的人合作，他们只能给我一长串基因而无法给出解释
，于是深感要在这个领域做到高手必须要主攻某一方向：发育、肿瘤、生物进化、病毒
学、肠道菌体等等。

a*m2012-10-10 07:10

8 楼

说收到好多CV还能信（当然很多要求必须有生信phd，估计大部分不满足，只是tech或
者半路出家），说好多AP去凑热闹就难以置信了。。。现在哪个没有bioinfo的学校不
在筹备开program。。。今天中午吃饭还说B大今年第一次招纯生信phd。
至于楼主所说，个人推测nanopore 3年之内会成熟，到时候data的容量较之现在就不是
几个几十个fold的增加了。。。
不过话说回来没绿卡bioinfo找工作应该也很有难度的

【在 m******c 的大作中提到】

: 别信他们。没几天好日子了。我知道一公司招sequencing分析的人，就收到无数CV, 包
: 括好多assistant professors.刚出道的就算了吧，电面都难得。

s*s2012-10-10 07:10

9 楼

nanopore出货了没有? 怎么年初印象里暑假就应该有了？

【在 a**m 的大作中提到】

: 说收到好多CV还能信（当然很多要求必须有生信phd，估计大部分不满足，只是tech或
: 者半路出家），说好多AP去凑热闹就难以置信了。。。现在哪个没有bioinfo的学校不
: 在筹备开program。。。今天中午吃饭还说B大今年第一次招纯生信phd。
: 至于楼主所说，个人推测nanopore 3年之内会成熟，到时候data的容量较之现在就不是
: 几个几十个fold的增加了。。。
: 不过话说回来没绿卡bioinfo找工作应该也很有难度的

s*92012-10-10 07:10

10 楼

Someone showed us the cartridge months ago. Although I don't expect much,
can't wait to see how robust it can be.

【在 s******s 的大作中提到】

: nanopore出货了没有? 怎么年初印象里暑假就应该有了？

s*n2012-10-10 07:10

11 楼

号称年底出，听JGI的人说只要一出他们就会拿到。
估计现在最大的问题可能是error rate太高

【在 s******s 的大作中提到】

: nanopore出货了没有? 怎么年初印象里暑假就应该有了？

D*a2012-10-10 07:10

12 楼

如果你花上1000美元就能拿到自己或者亲人的基因组分析、疾病风险预测报告以及健康
建议，我赶脚几年之后跟生物有关的律师这个行业会热起来，大家可以去转律师。

【在 B****m 的大作中提到】

: 从趋势来看，我认为还能热很久。现在测序技术的更新换代的节奏比摩尔定律还高，个
: 人基因组测序的时代马上就来了。如果你花上1000美元就能拿到自己或者亲人的基因组
: 分析、疾病风险预测报告以及健康建议，你会不会掏钱？我想我会掏这个钱。
: 深度测序有很多应用分支，数据分析也有很多层次。上游的分析比较容易些，基因组拼
: 合、read mapping啥的只需要跑一下软件就行，如果只会这点东西，应该是蛮难找工作
: 的。难点是下游的生物学分析，所以要想数据分析做得好也必须深刻理解生物过程。曾
: 经和做生物信息但是不懂我们领域的人合作，他们只能给我一长串基因而无法给出解释
: ，于是深感要在这个领域做到高手必须要主攻某一方向：发育、肿瘤、生物进化、病毒
: 学、肠道菌体等等。

l*12012-10-10 07:10

13 楼

那得会偏微分方程组即使是NGS 3.0 version 律师
pls refer
发信人: echowuhao (echo), 信区: Biology
标题: Re: 转还是不转？~~~真心求指点~
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 10 15:53:11 2012, 美东)

Thanks!

O*e2012-10-10 07:10

14 楼

前不久才听说一个50岁去做病理住院医生的。如果目的就是多挣钱改善生活，到退休还有
15年，其实也不算短了。

【在 o******e 的大作中提到】

: 50岁，半截身子都快入土了，没必要折腾

m*c2012-10-10 07:10

15 楼

呵呵，信不信由你。的确有很多AP的申请。还面试了一个。Funding难啊，日子不好过
呀。

【在 a**m 的大作中提到】

A*y2012-10-10 07:10

16 楼

A lot useless information is still useless.

e*o2012-10-10 07:10

17 楼

你要是把生信理解为Sequencing就太简单了。
core是数据分析。
你自己想想能热多久。

l*12012-10-10 07:10

18 楼

Alan Turing
最后一篇peer review 论文
那才叫生信呢指引math-bio 至少一百年
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31657487.html

【在 e*******o 的大作中提到】

: 你要是把生信理解为Sequencing就太简单了。
: core是数据分析。
: 你自己想想能热多久。

s*a2012-10-10 07:10

19 楼

at least by the end of this century.
But it doesn't mean everybody gets free lunch.

t*12012-10-10 07:10

20 楼

现在保险公司已经cover SNP的检测，Medicare,Medicaid and Tricare 都cover这方面
的检测。这方面会越来越热。医生现在也力推gene sequence的检测，来达到
personolize 给药。

m*e2012-10-10 07:10

21 楼

读个master就一年啊
这么快就过去了啊
那还是热点嘛。。。
哪位大牛展开讲讲

【在 a***u 的大作中提到】

: 前阵子版上热火朝天地讨论怎么转bioinformatics，今天惊闻一个朋友，生物土博，公
: 民，实验室的二老板，快五十岁的高龄了，最近去考了什么GRE之类的，准备去读个生
: 物统计
: 方面相关的master，理由是bioinformatics太容易找工作了。我听了真是目瞪口呆，我
: 是担心等他读完出来，也许这个热点已经过去了，值得这么折腾吗？不知道
: bioinformatics还能风光几年呢？

u*12012-10-10 07:10

22 楼

不晓得大家有没有看这个文章：
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2812%2900166-3
Personal Omics Profiling Reveals Dynamic Molecular and Medical Phenotypes
Michael Synder在14个月内各种genomics，transcriptome，proteomics，
metabolomics的数据叠加起来，最后准确的预测了他要得糖尿病
我觉得只要：
1.DNA测序技术本身质量足够高（比如更加准确，read更加长），价格足够低；那么需
求量会越来越大。你看几年前exome sequencing还是不多；而现在成百上千的exome
sequencing都满天飞了。DNA测序可以解决genomics和transcriptome这两样最重要的
omics
2.搞清楚这些sequences到底干啥的。coding protein到底什么作用；noncoding区域
regulatory function（比如ENCODE project），以及这些regulator如何同coding
region作用的。各种疾病或者phenotypes所对应的genome variation的数据库越来越健
全，我觉得自然可以一定程度上预测phenotype。毕竟我们每个人最根本根源的
variation还是来自DNA sequence本身。
而且，sequencing规模越来越大，做的越来越多，一方面迫使成本越来越低，同时促进
基础研究对genome本身的理解越来越深刻；我们对genome本身了解的越深刻，反过来会
刺激更疯狂的sequencing，不仅基础研究，而且是医学商业的运用，真正成为一个产业
。一个良性加速循环。
个人愚见。

【在 a***u 的大作中提到】

s*r2012-10-10 07:10

23 楼

准确是多准确？
某年还是某月。
没有这么多omics，就发现不了他的糖尿病？

【在 u*********1 的大作中提到】

: 不晓得大家有没有看这个文章：
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2812%2900166-3
: Personal Omics Profiling Reveals Dynamic Molecular and Medical Phenotypes
: Michael Synder在14个月内各种genomics，transcriptome，proteomics，
: metabolomics的数据叠加起来，最后准确的预测了他要得糖尿病
: 我觉得只要：
: 1.DNA测序技术本身质量足够高（比如更加准确，read更加长），价格足够低；那么需
: 求量会越来越大。你看几年前exome sequencing还是不多；而现在成百上千的exome
: sequencing都满天飞了。DNA测序可以解决genomics和transcriptome这两样最重要的
: omics

u*12012-10-10 07:10

24 楼

另外，不要把这个bioinformatics想的很狭隘，好像是生物学的一个分支。
在我看来，这就是未来生物医学的一个大方向———omics
就好比PCR，RNAi也不是用在一个领域里，而是可以运用在所有领域，彻底改变科学家
的技术手段或者思考方式。
我个人是非常看好的。我相信自己的眼光。
当然就像上面的人说的，不是每个人都有free lunch，具体到个人，要看机缘造化个人
的能力努力啊等等

【在 a***u 的大作中提到】

e*o2012-10-10 07:10

25 楼

明天要考试，太多，看不完。

【在 l**********1 的大作中提到】

: Alan Turing
: 最后一篇peer review 论文
: 那才叫生信呢指引math-bio 至少一百年
: http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31657487.html

b*82012-10-10 07:10

26 楼

Losers like you will never understand.

【在 o******e 的大作中提到】

: 50岁，半截身子都快入土了，没必要折腾

b*n2012-10-10 07:10

27 楼

big data是未来的趋势
sequencing data只是其中一个分支
就如同bioinfo只是CS的一个分支

u*i2012-10-10 07:10

28 楼

y*u2012-10-10 07:10

29 楼

有两个问题，
1。这个预测的准确性是多少
2。参考地震预测，提前知道的意义是什么。比如糖尿病那个，家族遗传就可以知道不
少，另外推广健康的生活饮食方式无论如何都很有必要。举个不恰当的例子，我从来不
打流感疫苗，但是锻炼身体，注意饮食和卫生。
我也很想知道以后的市场会是什么样子，除了价格，其他比如信息的有用程度，可能的
补救都有关系吧。

【在 u*********1 的大作中提到】

l*12012-10-10 07:10

30 楼

那就下周一以后有空闲再看

【在 e*******o 的大作中提到】

:
: 明天要考试，太多，看不完。