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请问：如何查找CpG site , 用什么software?

请问：如何查找CpG site , 用什么software?# Biology - 生物学

s*52012-10-16 07:10

1 楼

刚开始做methlyation 有关的课题。我看有的文献上明确指出CpG site (cg05016953)
and CpG(cg22584138) .看上去，每个CpG site 有自己的序号，不知该去那里查找？我
给作者写信也没回，自己在 UCSC genome Browser 上查，也有没找到类似的位点。
请教前辈们，如何查找已知基因的CpG位点？以及可能的甲基化位点。
万分感谢！！！

s*52012-10-16 07:10

2 楼

自己顶一下。有没有知道的大侠？

l*12012-10-16 07:10

3 楼

那是probe的名称 Affymetrix microarray 用的
对应的是 gene 'SLC6A4'的CapG sites microarray
ps: 其它从未peer review journal published CapG probe 和Human Genome Gene的
对应
需要付费的
询问 Affymetrix dot com
web link:
http://www.affymetrix.com/estore/
References:
a)
xls table web link:
http://www.plosone.org/article/fetchSingleRepresentation.action
b)
UCSC Genome Browser web link:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?position=chr17:28523378
c)
HUGO/HUNC Human Genome Gene Nomeclature Committee
用 'SLC6A4' 一搜就啥都有了
http://www.genenames.org/

【在 s***5 的大作中提到】

: 自己顶一下。有没有知道的大侠？

s*52012-10-16 07:10

4 楼

非常感谢！
我知道这是gene 'SLC6A4，在UCSC genome browser 上我也找到了它的CpG island 区
，但是就是找不到文献上的那个"cg"号,现在明白了,我会去你建议的网站上好好研究研
究.有不明白的,可能还得来请教你.
再次感谢!!!

【在 l**********1 的大作中提到】

: 那是probe的名称 Affymetrix microarray 用的
: 对应的是 gene 'SLC6A4'的CapG sites microarray
: ps: 其它从未peer review journal published CapG probe 和Human Genome Gene的
: 对应
: 需要付费的
: 询问 Affymetrix dot com
: web link:
: http://www.affymetrix.com/estore/
: References:
: a)