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怎么从本质上确定一个蛋白确实是一个transcription factor? 跪求大牛帮忙
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怎么从本质上确定一个蛋白确实是一个transcription factor? 跪求大牛帮忙# Biology - 生物学
t*l
1
不知道我的思路对不对,欢迎指点。
bioinfo推断出domain, 感觉是个transcription factor.
首先要找到这个transcription factor 的promoter,用CHIP-SEQ就可以。(之前可以用
GEL SHIFT确认这是一个DNA binding protein?有无必要)
但是就算CHIP-SEQ出来来结果,也只能说明这个PROTEIN是个DNA-BINDING PROTEIN,并
不能证明是一个transcription factor?
如果一个细胞endogenously 不表达这个transcription factor,然后我用一个VECTOR引
用,表达了,microarray出来发现gene expression 变化了。但是也不能只能这个是一
个transcription factor,只能说明这个protein对这些pathway有影响。
难道必须用生化的cell free system来证明?有没有什么实验能证明一个新的蛋白是
transcription factor?
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H*g
2
Need demonstration of nuclear localization, also need in vitro transcription
assay to demonstrate its self-activation of transcription of downstream
genes, besides of your CHIP-seq & EMSA. Any homologs/conserved domains
already demonstrated in other species?
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