ZT为什么HBV的受体文章没有在Nature、Science等超一流刊物上发表# Biology - 生物学
n*y
1 楼
http://blog.sciencenet.cn/blog-560938-637501.html
为什么HBV的受体文章没有在Nature、Science等超一流刊物上发表 精选
已有 1361 次阅读 2012-11-29 18:59 |系统分类:科研笔记|关键词:的 bb normal 文章
首先我是怀着一种崇敬和敬佩的心情来写这篇文章的，因为这个工作实在是太重要、也
太出色了。虽
然我也是做HBV的，并且做HBV也有5年多的时间了(其实基本上也是在混的)，但是我做
的基本上都是
对HBV没有什么实质性贡献的工作，因此我也是怀着一种学习的心态来写这篇文章的。
李文辉博士的
HBV受体文章发表已经有一个多月了，期间得到了很多人的关注。其中饶毅教授重点谈
到了科研体制
的改革对科学研究的重要性（http://blog.sciencenet.cn/home.php?
mod=space&uid=2237&do=blog&id=633211）；从孔晓飞博士
http://blog.sciencenet.cn/home.php?
mod=space&uid=219944&do=blog&id=633582) 和徐文博士
http://blog.sciencenet.cn/blog-200233-633692.html的博文中我们也看到了一些质
疑的声音。本想早点在科学网上写点东西，无奈一直忙于自己的课题，但是最终在兴趣
的驱动下研究
了几个晚上。下面我谈谈我自己的一些看法，就算一篇读后感吧。
病毒与受体的结合是病毒进入细胞完成自身复制增殖的第一步，病毒受体的发现对病毒
感染细胞和动
物模型的建立有重要意义，这些模型的建立对研究病毒的复制和致病机制，以及抗病毒
药物的开发具
有重要的意义，同时病毒受体本身也是设计抗病毒药物的重要靶点。因此发现病毒受体
的工作是一个
很重要的工作，一般病毒受体的发现的工作做得好的话都能在Nature、Science等超一
流刊物上发
表，比如HIV，HCV，CMV，Influenza virus等。
HIV的受体部分文章:
1、 Wu, L., N. P. Gerard, R. Wyatt, H. Choe, C. Parolin, N. Ruffing, A.
Borsetti, A. A. Cardoso, E. Desjardin, W. Newman, C. Gerard, and J.
Sodroski. 1996. CD4-induced interaction of primary HIV-1 gp120
glycoproteins with the chemokine receptor CCR-5. Nature 384:179-83.
2、 Feng, Y., C. C. Broder, P. E. Kennedy, and E. A. Berger. 1996. HIV-
1 entry cofactor: functional cDNA cloning of a seven-transmembrane, G
protein-coupled receptor. Science 272:872-7.
3、 Choe, H., M. Farzan, Y. Sun, N. Sullivan, B. Rollins, P. D. Ponath,
L. Wu, C. R. Mackay, G. LaRosa, W. Newman, N. Gerard, C. Gerard, and J.
Sodroski. 1996. The beta-chemokine receptors CCR3 and CCR5 facilitate
infection by primary HIV-1 isolates. Cell 85:1135-48.
4、 Doranz, B. J., J. Rucker, Y. Yi, R. J. Smyth, M. Samson, S. C.
Peiper, M. Parmentier, R. G. Collman, and R. W. Doms. 1996. A dual-
tropic primary HIV-1 isolate that uses fusin and the beta-chemokine
receptors CKR-5, CKR-3, and CKR-2b as fusion cofactors. Cell 85:1149-58.
5、 Alkhatib, G., C. Combadiere, C. C. Broder, Y. Feng, P. E. Kennedy,
P. M. Murphy, and E. A. Berger. 1996. CC CKR5: a RANTES, MIP-1alpha,
MIP-1beta receptor as a fusion cofactor for macrophage-tropic HIV-1.
Science 272:1955-8.
按理作为HBV的第一个“functional receptor”无疑是可以在这种级别的文章上发表的
，但是为
什么只是在eLIFE这种新杂志上发表呢？当然本人丝毫不怀疑这个杂志的日后影响力，
也知道好的工
作其实最终和发表在什么级别的文章上好像关系不太大，能发表在主流的权威刊物上就
可以了。但是
国内现在讲究文章影响因子，相信现在谁都想往高的发，虽说高的并不一定比低的好。
我们组一位年
轻老师的工作做得非常好、很基础，发的文章都是在基础的权威刊物上，影响因子不高
，单篇没有过
10的，但是在我看来远比一些高影响因子的刊物上的文章比如Hepatology，Gut等要出
色很多，但
是就在今天学院的副教授的公示名单上没有他的名字。这是题外话。
言归正传。这个工作有不少巧妙的设计，比如利用了一种近零距离光交联技术（near
zero
distance photo-cross-linking），这应该是他们能找到NTCP的关键所在，其他方法比
如GST
pulldown，Co-IP，yeast two-hybrid，噬菌体展示，蛋白质组找差异蛋白的方法被很
多科学
家采用，但是都得到了一大堆数据，最后真假难辨。利用树鼩肝细胞，解决了肝细胞来
源问题，以前
很多人就用一些肝癌细胞比如HepG2来做明显是不明智的。用好了HDV这个天然的HBV假
病毒模型，
虽然有一定的争议。
从结果来讲，HBV preS1与NTCP的结合做得很扎实，这个没有什么多说的。但是在NTCP
介导HBV进
入细胞的机制方面和在病毒复制方面不是很明确。分述如下，不分先后。
1. HBV以multiplicities of genome equivalents（mge）of 100感染NTCP稳定转染的
HepG2细胞后大约只有不到10%的细胞感染。注意100的mge是很高的病毒量了，一般的病
毒MOI为个
位数就很高了。重要的是HepG2细胞本身就能完整地支持HBV生活周期post-entry的所有
步骤，比
如把HBV的基因组转染入HepG2细胞后是能产生很强的复制的，一般上清都能检测到10的
5到6次方左
右的病毒量。虽然作者一直在NTCP稳定转染的HepG2细胞和原代肝细胞之间比较感染效
率，但是原代
肝细胞即便用腺病毒HBV(Ad-HBV)去感染复制也是低的。另外，NTCP其实在HepG2细胞上
表达并不
低，还是有一定的蛋白表达的。因此NTCP介导HBV进入HepG2细胞的能力是很弱的。这应
该是这个工
作的硬伤，无论你的课题起点有多高，但是如果结果不足够显著还是不行的，这取决于
运气。当然他
们已经足够幸运了。
2. 虽然一些针对preS1的抑制剂和单克隆抗体能抑制HBV/HDV的感染，但是NTCP的中和
抗体能否
阻断HBV/HDV的感染没有数据，这应该是一个问题的两个方面。因为preS1的抑制剂和单
克隆抗体能
抑制HBV/HDV的感染也可能是抑制了和其他未知受体的结合而非NTCP。
3. NTCP是介导病毒的吸附（attachment）还是进入（entry）文章中没有阐述。我想这
是一个关
键的问题。只是笼统地得出NTCP是一个functional receptor是不够的。这个实验其实
很容易
做。利用4°C条件下HBV只能吸附而不能进入细胞就可以区分。好像这个实验也要用到
NTCP的中和抗
体才行。
4. NTCP在HBV进入细胞过程中到底有多重要没有完全阐明。虽然NTCP能使部分支持HBV
复制的
HepG2细胞变成完全支持HBV复制的细胞（虽然有一定的差别），但是能使完全不怎么支
持HBV复制
的非肝细胞比如HeLa，293T变成支持HBV进入的细胞吗？如果行那说明NTCP是独一无二
的，如果不
行那就还有一些co-receptor。总之需要阐明，不能模糊。
5. 文章没有完全排除NTCP在HBV进入细胞后也起作用，比如DNA的复制，病毒的装配和
释放，甚至
RNA的转录等环节。虽然作者在AAV8-HBV系统中通过检测HBV的HBeAg来阐明这个问题，
但是这是
很不够的。作者检测到的一些病毒RNA和复制中间体的升高或者降低可能是NTCP对这些
环节的直接作
用，说不清楚。
6. 文章中在检测HBV复制的时候主要用的都是一些间接的方法，比如ELISA，IF，qPCR
。这是很不
够的。HBV的RNA必须要利用Northern botting来检测，不能只是qPCR，病毒的复制中间
体DNA
必须要利用Southern blotting来检测，也不能只是qPCR。因为HBV的RNA和复制中间体
DNA有几
种或者几种形式，用qPCR笼统地去检测是不太科学的，尤其对于这么重要的科学问题。
7. 文章用ELISA检测了HBV的HBsAg和HBeAg，最好同时检测core蛋白。因为病毒感染的
时候带了
很多外来的HBsAg和HBeAg。虽然做了时间动力学曲线，但是说不清楚。
8. 文章中用Southern blotting检测到了cccDNA的形成。cccDNA是HBV转录的膜板，被
认为是
HBV持续感染的关键因素。从结果来看cccDNA的形成时间与HBV蛋白、RNA和DNA相比比较
早，尤其
量很高。其实对于HBV来说哪怕是CMV启动的HBV（比如pCMV-HBV）cccDNA的量都是很低
的，更不
要说是自身启动子启动的了。在NTCP介导的HBV复制水平整体很低的情况下，具有高水
平的cccDNA
形成，让人怀疑作者检测到的cccDNA是否是真的cccDNA，所以作者必须证明他们所指示
的条带是真
的是cccDNA，必须用EcoRI酶切（cccDNA能被EcoRI线性化）和加热煮沸cccDNA（沸腾后
不会被
解成单链）来确证，同时必须要有阳性对照。当然对于鸭乙肝病毒（DHBV）来说cccDNA
比较高，所
以研究cccDNA的人比较喜欢用DHBV来研究。
9. 细胞中NTCP的表达只是检测了其mRNA水平，必须用流式细胞仪检测其蛋白在细胞膜
表面的表达
情况。
10. NTCP的 siRNA实验没有用siRNA resistant NTCP做回复实验，有可能其现象是脱靶
效应
造成。
11. 如果这个工作能和做HBV复制比较厉害的实验室合作的话，可能会有所改善。
不管怎么样这都是一个很好的工作，并且据说结果已经被一些实验室重复出来了，我也
正在重复了，
呵呵。这个工作无疑给暮气沉沉的HBV研究添加了新的动力。虽然我提出了这些问题，
但是我只是从
学习的角度来谈一下我的看法，丝毫没有其他意思。相反对他们五年如一年的科学态度
和科学精神特
别钦佩，所以希望我的博文不要引起大家的误会。我自己最近一篇文章已经被拒过四次
了，现在还在
努力，深知要在超一流刊物上发表论文谈何容易。由于自己水平和时间有限，我的观点
估计很多是错
的和不全的，大家看看就好了。
但愿困扰中国人的乙肝问题能被中国人自己解决，靠老外是没有用了，老外不怎么做
HBV了，同志们
努力吧
为什么HBV的受体文章没有在Nature、Science等超一流刊物上发表 精选
已有 1361 次阅读 2012-11-29 18:59 |系统分类:科研笔记|关键词:的 bb normal 文章
首先我是怀着一种崇敬和敬佩的心情来写这篇文章的，因为这个工作实在是太重要、也
太出色了。虽
然我也是做HBV的，并且做HBV也有5年多的时间了(其实基本上也是在混的)，但是我做
的基本上都是
对HBV没有什么实质性贡献的工作，因此我也是怀着一种学习的心态来写这篇文章的。
李文辉博士的
HBV受体文章发表已经有一个多月了，期间得到了很多人的关注。其中饶毅教授重点谈
到了科研体制
的改革对科学研究的重要性（http://blog.sciencenet.cn/home.php?
mod=space&uid=2237&do=blog&id=633211）；从孔晓飞博士
http://blog.sciencenet.cn/home.php?
mod=space&uid=219944&do=blog&id=633582) 和徐文博士
http://blog.sciencenet.cn/blog-200233-633692.html的博文中我们也看到了一些质
疑的声音。本想早点在科学网上写点东西，无奈一直忙于自己的课题，但是最终在兴趣
的驱动下研究
了几个晚上。下面我谈谈我自己的一些看法，就算一篇读后感吧。
病毒与受体的结合是病毒进入细胞完成自身复制增殖的第一步，病毒受体的发现对病毒
感染细胞和动
物模型的建立有重要意义，这些模型的建立对研究病毒的复制和致病机制，以及抗病毒
药物的开发具
有重要的意义，同时病毒受体本身也是设计抗病毒药物的重要靶点。因此发现病毒受体
的工作是一个
很重要的工作，一般病毒受体的发现的工作做得好的话都能在Nature、Science等超一
流刊物上发
表，比如HIV，HCV，CMV，Influenza virus等。
HIV的受体部分文章:
1、 Wu, L., N. P. Gerard, R. Wyatt, H. Choe, C. Parolin, N. Ruffing, A.
Borsetti, A. A. Cardoso, E. Desjardin, W. Newman, C. Gerard, and J.
Sodroski. 1996. CD4-induced interaction of primary HIV-1 gp120
glycoproteins with the chemokine receptor CCR-5. Nature 384:179-83.
2、 Feng, Y., C. C. Broder, P. E. Kennedy, and E. A. Berger. 1996. HIV-
1 entry cofactor: functional cDNA cloning of a seven-transmembrane, G
protein-coupled receptor. Science 272:872-7.
3、 Choe, H., M. Farzan, Y. Sun, N. Sullivan, B. Rollins, P. D. Ponath,
L. Wu, C. R. Mackay, G. LaRosa, W. Newman, N. Gerard, C. Gerard, and J.
Sodroski. 1996. The beta-chemokine receptors CCR3 and CCR5 facilitate
infection by primary HIV-1 isolates. Cell 85:1135-48.
4、 Doranz, B. J., J. Rucker, Y. Yi, R. J. Smyth, M. Samson, S. C.
Peiper, M. Parmentier, R. G. Collman, and R. W. Doms. 1996. A dual-
tropic primary HIV-1 isolate that uses fusin and the beta-chemokine
receptors CKR-5, CKR-3, and CKR-2b as fusion cofactors. Cell 85:1149-58.
5、 Alkhatib, G., C. Combadiere, C. C. Broder, Y. Feng, P. E. Kennedy,
P. M. Murphy, and E. A. Berger. 1996. CC CKR5: a RANTES, MIP-1alpha,
MIP-1beta receptor as a fusion cofactor for macrophage-tropic HIV-1.
Science 272:1955-8.
按理作为HBV的第一个“functional receptor”无疑是可以在这种级别的文章上发表的
，但是为
什么只是在eLIFE这种新杂志上发表呢？当然本人丝毫不怀疑这个杂志的日后影响力，
也知道好的工
作其实最终和发表在什么级别的文章上好像关系不太大，能发表在主流的权威刊物上就
可以了。但是
国内现在讲究文章影响因子，相信现在谁都想往高的发，虽说高的并不一定比低的好。
我们组一位年
轻老师的工作做得非常好、很基础，发的文章都是在基础的权威刊物上，影响因子不高
，单篇没有过
10的，但是在我看来远比一些高影响因子的刊物上的文章比如Hepatology，Gut等要出
色很多，但
是就在今天学院的副教授的公示名单上没有他的名字。这是题外话。
言归正传。这个工作有不少巧妙的设计，比如利用了一种近零距离光交联技术（near
zero
distance photo-cross-linking），这应该是他们能找到NTCP的关键所在，其他方法比
如GST
pulldown，Co-IP，yeast two-hybrid，噬菌体展示，蛋白质组找差异蛋白的方法被很
多科学
家采用，但是都得到了一大堆数据，最后真假难辨。利用树鼩肝细胞，解决了肝细胞来
源问题，以前
很多人就用一些肝癌细胞比如HepG2来做明显是不明智的。用好了HDV这个天然的HBV假
病毒模型，
虽然有一定的争议。
从结果来讲，HBV preS1与NTCP的结合做得很扎实，这个没有什么多说的。但是在NTCP
介导HBV进
入细胞的机制方面和在病毒复制方面不是很明确。分述如下，不分先后。
1. HBV以multiplicities of genome equivalents（mge）of 100感染NTCP稳定转染的
HepG2细胞后大约只有不到10%的细胞感染。注意100的mge是很高的病毒量了，一般的病
毒MOI为个
位数就很高了。重要的是HepG2细胞本身就能完整地支持HBV生活周期post-entry的所有
步骤，比
如把HBV的基因组转染入HepG2细胞后是能产生很强的复制的，一般上清都能检测到10的
5到6次方左
右的病毒量。虽然作者一直在NTCP稳定转染的HepG2细胞和原代肝细胞之间比较感染效
率，但是原代
肝细胞即便用腺病毒HBV(Ad-HBV)去感染复制也是低的。另外，NTCP其实在HepG2细胞上
表达并不
低，还是有一定的蛋白表达的。因此NTCP介导HBV进入HepG2细胞的能力是很弱的。这应
该是这个工
作的硬伤，无论你的课题起点有多高，但是如果结果不足够显著还是不行的，这取决于
运气。当然他
们已经足够幸运了。
2. 虽然一些针对preS1的抑制剂和单克隆抗体能抑制HBV/HDV的感染，但是NTCP的中和
抗体能否
阻断HBV/HDV的感染没有数据，这应该是一个问题的两个方面。因为preS1的抑制剂和单
克隆抗体能
抑制HBV/HDV的感染也可能是抑制了和其他未知受体的结合而非NTCP。
3. NTCP是介导病毒的吸附（attachment）还是进入（entry）文章中没有阐述。我想这
是一个关
键的问题。只是笼统地得出NTCP是一个functional receptor是不够的。这个实验其实
很容易
做。利用4°C条件下HBV只能吸附而不能进入细胞就可以区分。好像这个实验也要用到
NTCP的中和抗
体才行。
4. NTCP在HBV进入细胞过程中到底有多重要没有完全阐明。虽然NTCP能使部分支持HBV
复制的
HepG2细胞变成完全支持HBV复制的细胞（虽然有一定的差别），但是能使完全不怎么支
持HBV复制
的非肝细胞比如HeLa，293T变成支持HBV进入的细胞吗？如果行那说明NTCP是独一无二
的，如果不
行那就还有一些co-receptor。总之需要阐明，不能模糊。
5. 文章没有完全排除NTCP在HBV进入细胞后也起作用，比如DNA的复制，病毒的装配和
释放，甚至
RNA的转录等环节。虽然作者在AAV8-HBV系统中通过检测HBV的HBeAg来阐明这个问题，
但是这是
很不够的。作者检测到的一些病毒RNA和复制中间体的升高或者降低可能是NTCP对这些
环节的直接作
用，说不清楚。
6. 文章中在检测HBV复制的时候主要用的都是一些间接的方法，比如ELISA，IF，qPCR
。这是很不
够的。HBV的RNA必须要利用Northern botting来检测，不能只是qPCR，病毒的复制中间
体DNA
必须要利用Southern blotting来检测，也不能只是qPCR。因为HBV的RNA和复制中间体
DNA有几
种或者几种形式，用qPCR笼统地去检测是不太科学的，尤其对于这么重要的科学问题。
7. 文章用ELISA检测了HBV的HBsAg和HBeAg，最好同时检测core蛋白。因为病毒感染的
时候带了
很多外来的HBsAg和HBeAg。虽然做了时间动力学曲线，但是说不清楚。
8. 文章中用Southern blotting检测到了cccDNA的形成。cccDNA是HBV转录的膜板，被
认为是
HBV持续感染的关键因素。从结果来看cccDNA的形成时间与HBV蛋白、RNA和DNA相比比较
早，尤其
量很高。其实对于HBV来说哪怕是CMV启动的HBV（比如pCMV-HBV）cccDNA的量都是很低
的，更不
要说是自身启动子启动的了。在NTCP介导的HBV复制水平整体很低的情况下，具有高水
平的cccDNA
形成，让人怀疑作者检测到的cccDNA是否是真的cccDNA，所以作者必须证明他们所指示
的条带是真
的是cccDNA，必须用EcoRI酶切（cccDNA能被EcoRI线性化）和加热煮沸cccDNA（沸腾后
不会被
解成单链）来确证，同时必须要有阳性对照。当然对于鸭乙肝病毒（DHBV）来说cccDNA
比较高，所
以研究cccDNA的人比较喜欢用DHBV来研究。
9. 细胞中NTCP的表达只是检测了其mRNA水平，必须用流式细胞仪检测其蛋白在细胞膜
表面的表达
情况。
10. NTCP的 siRNA实验没有用siRNA resistant NTCP做回复实验，有可能其现象是脱靶
效应
造成。
11. 如果这个工作能和做HBV复制比较厉害的实验室合作的话，可能会有所改善。
不管怎么样这都是一个很好的工作，并且据说结果已经被一些实验室重复出来了，我也
正在重复了，
呵呵。这个工作无疑给暮气沉沉的HBV研究添加了新的动力。虽然我提出了这些问题，
但是我只是从
学习的角度来谈一下我的看法，丝毫没有其他意思。相反对他们五年如一年的科学态度
和科学精神特
别钦佩，所以希望我的博文不要引起大家的误会。我自己最近一篇文章已经被拒过四次
了，现在还在
努力，深知要在超一流刊物上发表论文谈何容易。由于自己水平和时间有限，我的观点
估计很多是错
的和不全的，大家看看就好了。
但愿困扰中国人的乙肝问题能被中国人自己解决，靠老外是没有用了，老外不怎么做
HBV了，同志们
努力吧
