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请教做生物信息学或者做果蝇的大侠
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请教做生物信息学或者做果蝇的大侠# Biology - 生物学
c*9
1
如果公司解雇我,两年内也不能在有竞争关系的行业工作?
那怎么生活?
是公司解雇我,而不是我辞职
thanks
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n*8
3
想查一个基因在果蝇中在不同条件(温度,食物, 或者其他stress等等)下表达的情
况。查了NCBI 的GEO profiles, 也查了flybase的expression data(包括了
modEncode的数据)。
请问: 1.)还有其他的数据库我可以用么?
2.)Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”,显示了各
种处理条件下的profile:
extended cold, 4-day adult
cold shock, 4-day adult
heat shock, 4-day adult
Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3
Cadmium 50 mM 12 hrs, larvae L3
Cadmium 50 mM 48 hrs, 4-day adult
Cadmium 100 mM 48 hrs, 4-day adult
Copper 0.5 mM 12 hrs, larvae L3
Copper 15 mM 48 hrs, 4-day adult
Zinc 5 mM 12 hrs, larvae L3
Zinc 4.5 mM 48 hrs, 4-day adult
Ethanol 2.5% 3 hrs, larvae L3
Ethanol 5% 3 hrs, larvae L3
Ethanol 10% 3 hrs, larvae L3
Caffeine 1.5 mg/ml 4 hrs, larvae L3
Caffeine 2.5 mg/ml 48 hrs, 4-day adult
Caffeine 25 mg/ml 48 hrs, 4-day adult
Paraquat 5 mM 48 hrs, 4-day adult
Paraquat 10 mM 48 hrs, 4-day adult
Rotenone 2 μg 12 hrs, larvae L3
Rotenone 8 μg 12 hrs, larvae L3
可是我觉得好像这些处理都没有比较合理的对照 (正常培养条件,不加或者mock处理
的profile), 比方说,很难下结论说cold shock 或者 heat shock 提高、降低了X基
因的表达。最多只能说cold shock 跟heat shock时的表达水平不一样。
本人菜鸟,请版上的大侠指点指点!
不甚感激!
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e*o
4
如果公司解雇的你,说明你就不是那么vip的人,只要有公司要你,就去上班呗~~
管他什么non-competitor。
只有你是vip的人了,公司才会考虑sue你,你以为公司的钱不是钱呀。

【在 c*****9 的大作中提到】
: 如果公司解雇我,两年内也不能在有竞争关系的行业工作?
: 那怎么生活?
: 是公司解雇我,而不是我辞职
: thanks

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d*l
5
HOT.
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w*a
6
弱弱问一下,你确认没有好的对照吗?
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n*8
8
多谢回复!
因为不确认,所以上来发贴问一下。。。大侠如有答案请指点指点
(当然,用什么样的对照可能取决于要回答什么样的问题)
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s*o
10
你这是不是两个问题啊?
先说正常对照组,在flybase上面还有development的gene expression profile,上面
列有
adult male 01day
adult male 05day
adult male 30day
adult female 01day
adult female 05day
adult female 30day
之类。
因为数据表达方式和Treatment expression data的一样,应该可以直接比较。
要说不同treatment对基因表达的影响,单看这个表我觉得都不能说明,只能说在不同
条件下表达量产生了变化,不能说这些不同条件就是表达变化的直接原因。
不知道有没有解决你的问题

【在 n**8 的大作中提到】
: 想查一个基因在果蝇中在不同条件(温度,食物, 或者其他stress等等)下表达的情
: 况。查了NCBI 的GEO profiles, 也查了flybase的expression data(包括了
: modEncode的数据)。
: 请问: 1.)还有其他的数据库我可以用么?
: 2.)Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”,显示了各
: 种处理条件下的profile:
: extended cold, 4-day adult
: cold shock, 4-day adult
: heat shock, 4-day adult
: Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3

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n*8
12
多谢回复!
1.)这个当然不能说这些不同条件就是表达变化的"直接"原因。但是说检测这些
treatment对某基因表达是否有影响应该是可以的吧。 我想查找的是在某种条件下某基
因的表达是如何变化的(上调还是下降), 这好像需要一个基本的对照。
2.)development的gene expression profile 取的是day1, day5, day30 adults,而
treatment组是day 4 adult (好像性别不详。。。?),这个好像不能直接比较。
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h*v
13
i passed it. review on newegg is not very consistent, some complaints on the
durability.

【在 a***e 的大作中提到】
: 草,miss了
: 是个好东西,就是有一阵子firmware有问题DOA,得用USB强行刷最新版
: 还有就是太吵了

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n*8
14
可惜实验室不做果蝇,手头没有材料,要不然自己做个qRT-PCR测一下就行了
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w*g
15
ARM CPU...shrug.

【在 a***e 的大作中提到】
: 草,miss了
: 是个好东西,就是有一阵子firmware有问题DOA,得用USB强行刷最新版
: 还有就是太吵了

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l*n
16
那啥,你确定没有对照么?为什么这些profile会被发出来,是因为有人试图考察个中
treatment的效果,不然花钱单把treatment的profile做出来有何用?印象中,任何和
gene expr有关的研究都是上传的一个data set而不是单个profile,最起码要搞几个重
复来保证能做统计吧?

【在 n**8 的大作中提到】
: 想查一个基因在果蝇中在不同条件(温度,食物, 或者其他stress等等)下表达的情
: 况。查了NCBI 的GEO profiles, 也查了flybase的expression data(包括了
: modEncode的数据)。
: 请问: 1.)还有其他的数据库我可以用么?
: 2.)Flybase 中包括的“modENCODE Treatment Expression Data”,显示了各
: 种处理条件下的profile:
: extended cold, 4-day adult
: cold shock, 4-day adult
: heat shock, 4-day adult
: Cadmium 50 mM 6 hrs, larvae L3

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n*8
17
多谢回复。
这也是我疑惑的地方。点了所有链接,好像没有找到对照。。。本人菜鸟,对
bioinformatics, database什么的不了解, 所以来问问对flybase熟悉的大侠。。
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