z*9
2 楼
课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
的更强大的align软件，谢谢！！
办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
的更强大的align软件，谢谢！！
g*t
3 楼
等写入文件时就抓狂了， 慢死了，，
z*t
4 楼
Mega
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
a*e
5 楼
这年头30刀的router都能这样用
果子这些外设就没有值的
【在 x***q 的大作中提到】
: 连个usb硬盘,可以当nas用...
: 看电影1080p一点不卡...
果子这些外设就没有值的
【在 x***q 的大作中提到】
: 连个usb硬盘,可以当nas用...
: 看电影1080p一点不卡...
z*8
6 楼
MEGA4,还不错，但是跟选的什么方法有关。你要选那个什么maximum likelihood好像就
十分慢，如果选那个什么neighbor－joining好像就快点。不懂的人乱说的啊，你再跟
别人求证下
十分慢，如果选那个什么neighbor－joining好像就快点。不懂的人乱说的啊，你再跟
别人求证下
V*s
7 楼
个人表示，东西实在一般。买了他家的time capsule，air extreme的带硬盘版。用了
一年，要吐了。速度很忙，虽然连上我rMBP显示1300Mb，但是写入文件就二三十MB。经
常连不上，需要试很多次。最后还是买了个单独的nas。
【在 x***q 的大作中提到】
: 连个usb硬盘,可以当nas用...
: 看电影1080p一点不卡...
一年，要吐了。速度很忙，虽然连上我rMBP显示1300Mb，但是写入文件就二三十MB。经
常连不上，需要试很多次。最后还是买了个单独的nas。
【在 x***q 的大作中提到】
: 连个usb硬盘,可以当nas用...
: 看电影1080p一点不卡...
j*x
8 楼
如果我没有理解错的话，你需要对3000条长度3kb左右的序列进行多序列比对，是这样
吧？
这里的计算量不小，普通PC处理起来并不轻松，尤其是使用经典的clustal算法（
bioedit和mega应该都用的这种算法），由于存在两两比对并建树的过程，时间/空间复
杂度很高，内存不足很容易就溢出了。
对于这种情况一般推荐使用Muscle，如果序列之间的相似度较高（既然都是来自病毒的
同种片段），可以采用“最快”模式（牺牲一定的准确性），时间复杂度可以降低到O(
NL^2),意味着时间和序列数成线性关系。clustal上可能跑需要一年的工作，不到半个
钟头就能搞定了。当然，由于空间复杂度仍然较高，对内存还是有很高的要求，anyway
，眼下内存早都白菜价了。
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
吧？
这里的计算量不小，普通PC处理起来并不轻松，尤其是使用经典的clustal算法（
bioedit和mega应该都用的这种算法），由于存在两两比对并建树的过程，时间/空间复
杂度很高，内存不足很容易就溢出了。
对于这种情况一般推荐使用Muscle，如果序列之间的相似度较高（既然都是来自病毒的
同种片段），可以采用“最快”模式（牺牲一定的准确性），时间复杂度可以降低到O(
NL^2),意味着时间和序列数成线性关系。clustal上可能跑需要一年的工作，不到半个
钟头就能搞定了。当然，由于空间复杂度仍然较高，对内存还是有很高的要求，anyway
，眼下内存早都白菜价了。
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
n*u
9 楼
没有802.11ac的话真实速度能到7MB/s就不错了，经常会慢到1MB/s左右，还是中间没什
么墙的情况下。
看1080p会卡。
*mac os自己的cifs/smb弄得不好，经常会卡死，有时甚至要重启电脑才会好用。
【在 a***e 的大作中提到】
: 这年头30刀的router都能这样用
: 果子这些外设就没有值的
H*g
10 楼
If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
the one with the best score.
课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
的更........
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
the one with the best score.
课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
的更........
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
g*t
11 楼
写入速度20MB很牛了，
【在 V*s 的大作中提到】
: 个人表示，东西实在一般。买了他家的time capsule，air extreme的带硬盘版。用了
: 一年，要吐了。速度很忙，虽然连上我rMBP显示1300Mb，但是写入文件就二三十MB。经
: 常连不上，需要试很多次。最后还是买了个单独的nas。
【在 V*s 的大作中提到】
: 个人表示，东西实在一般。买了他家的time capsule，air extreme的带硬盘版。用了
: 一年，要吐了。速度很忙，虽然连上我rMBP显示1300Mb，但是写入文件就二三十MB。经
: 常连不上，需要试很多次。最后还是买了个单独的nas。
H*g
12 楼
The public CIPRES parallel computation server also has built-in MUSCLE and
others that you could manually adjust the alignment parameters. It also
have
some downstream phylogenetic analysis tool, such as RaxML and MrBayes. I
personally find it very helpful.
If I were u,for the computation power,
【在 H*g 的大作中提到】
: If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
: such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
: I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
: the one with the best score.
:
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更........
others that you could manually adjust the alignment parameters. It also
have
some downstream phylogenetic analysis tool, such as RaxML and MrBayes. I
personally find it very helpful.
If I were u,for the computation power,
【在 H*g 的大作中提到】
: If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
: such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
: I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
: the one with the best score.
:
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更........
p*m
13 楼
被 70块的r7000秒杀
j*x
14 楼
CIPRES server看起来很不错
【在 H*g 的大作中提到】
: If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
: such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
: I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
: the one with the best score.
:
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更........
【在 H*g 的大作中提到】
: If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
: such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
: I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
: the one with the best score.
:
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更........
P*0
15 楼
为什么是70块不是40块？
【在 p*******m 的大作中提到】
: 被 70块的r7000秒杀
【在 p*******m 的大作中提到】
: 被 70块的r7000秒杀
l*1
16 楼
RE LZ pls try
CLC
HTTP: //www.clcbio.com/products/clc-genomics-workbench/
Demo 30 days
or other soft
站内PM你了 注意一点 只限非商业科研的 楼主个人或lab 使用啊 要是倒卖 软件
within States
小心被请去喝咖啡 然后进jail..
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
CLC
HTTP: //www.clcbio.com/products/clc-genomics-workbench/
Demo 30 days
or other soft
站内PM你了 注意一点 只限非商业科研的 楼主个人或lab 使用啊 要是倒卖 软件
within States
小心被请去喝咖啡 然后进jail..
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
s*y
17 楼
尼玛哪有70的r7000？
【在 P******0 的大作中提到】
: 为什么是70块不是40块？
【在 P******0 的大作中提到】
: 为什么是70块不是40块？
z*9
18 楼
多谢大家！！
m*s
19 楼
明明是$39.99。
【在 p*******m 的大作中提到】
: 被 70块的r7000秒杀
【在 p*******m 的大作中提到】
: 被 70块的r7000秒杀
p*m
20 楼
what the hack 这个deal没见过
【在 m********s 的大作中提到】
: 明明是$39.99。
m*s
21 楼
12月的第一个周三
【在 p*******m 的大作中提到】
:
: what the hack 这个deal没见过
【在 p*******m 的大作中提到】
:
: what the hack 这个deal没见过
p*m
22 楼
link?
【在 m********s 的大作中提到】
: 12月的第一个周三
k*e
23 楼
有link也没用啊，没法穿越回去。
【在 p*******m 的大作中提到】
:
: link?
【在 p*******m 的大作中提到】
:
: link?
M*r
24 楼
虽然我是铁果粉，看到这评论还是冒一身汗
【在 x***q 的大作中提到】
: 连个usb硬盘,可以当nas用...
: 看电影1080p一点不卡...
【在 x***q 的大作中提到】
: 连个usb硬盘,可以当nas用...
: 看电影1080p一点不卡...
p*m
25 楼
我有时光机器
【在 k***e 的大作中提到】
: 有link也没用啊，没法穿越回去。
x*q
26 楼
haha
【在 x***q 的大作中提到】
: 连个usb硬盘,可以当nas用...
: 看电影1080p一点不卡...
【在 x***q 的大作中提到】
: 连个usb硬盘,可以当nas用...
: 看电影1080p一点不卡...
p*m
27 楼
where
【在 P******0 的大作中提到】
: 为什么是70块不是40块？
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