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生物paper到底有多少可信。

生物paper到底有多少可信。# Biology - 生物学

t*a2013-01-19 08:01

1 楼

出国前，对美国的科研一直很憧憬，对国内的科研有点不屑，觉得国内的很多研究者喜
欢在低分的sci杂志灌水，随便做几个实验，然后把paper“写的”好看一点，一般都能
发个低分的sci.
自从上了本站，看了不少人对科研的“剖析”（比如一个实验做100次，只取其中10次
想要的结果），以及一个又一个paper被retracted，才发现美国这边的科研也没有我想
象中的那么纯洁。只是这边灌水的级别要高一点，更隐蔽些。反而觉得这边更虚伪。
真不知道现在的生物研究到底有多少水分，生物论文（5分的，10分的，20分的）有多
少可信。大家出国是学会了高级灌水还是学到了科研的真谛。

r*g2013-01-19 08:01

2 楼

很决定于实验组的！有的老板很严谨，有的老板则是唯利是图啊

b*n2013-01-19 08:01

3 楼

现在美国funding形势恶化，认真做科学特别是冷门课题的不如那些投机取巧者容易拿
到钱

【在 t**********a 的大作中提到】

: 出国前，对美国的科研一直很憧憬，对国内的科研有点不屑，觉得国内的很多研究者喜
: 欢在低分的sci杂志灌水，随便做几个实验，然后把paper“写的”好看一点，一般都能
: 发个低分的sci.
: 自从上了本站，看了不少人对科研的“剖析”（比如一个实验做100次，只取其中10次
: 想要的结果），以及一个又一个paper被retracted，才发现美国这边的科研也没有我想
: 象中的那么纯洁。只是这边灌水的级别要高一点，更隐蔽些。反而觉得这边更虚伪。
: 真不知道现在的生物研究到底有多少水分，生物论文（5分的，10分的，20分的）有多
: 少可信。大家出国是学会了高级灌水还是学到了科研的真谛。

b*n2013-01-19 08:01

4 楼

另外国内一些土鳖实验室不容易发出高IF期刊文章的一个原因就是不懂得所谓的高级灌
水技术

f*s2013-01-19 08:01

5 楼

上次amagen不是发文说只有2 out of 52能重复么
我们实验室重复别人的重要结果大概1/4能重复出来
siRNA/shRNA，大概1/10左右能做出来
western blot，估计都小于1/10

s*n2013-01-19 08:01

6 楼

除了造假，还有一种严重问题就是故意写漏一些关键实验细节。本人就吃过很多这样的
亏，文章实验结果没问题，但是如果按其protocol怎么都做不出来，后来通过其他渠道
了解到文章里少了一些关键的步骤，而且是故意忽略的，就是不想别人做出来。

A*y2013-01-19 08:01

7 楼

NCS less than 30%. Lower journals are actually more reproducible.
http://www.nature.com/nature/journal/v483/n7391/full/483531a.ht

【在 t**********a 的大作中提到】

A*y2013-01-19 08:01

8 楼

Nothing wrong or new with this. You either collaborate with people that can
do the experiment or figure out your own way. Some techniques are harder
to do such as ligation mediated PCR and chromatin reconstitution (which some
trick were kept in the original lab to make sure the competitor will take
longer time to figure out how to do it). Although, I'm reviewing one paper,
the guy literally told me his/her lab cannot do a Western blot and it will
cost 20k for someone to do it...I just about to laugh my @ss off.

【在 s********n 的大作中提到】

: 除了造假，还有一种严重问题就是故意写漏一些关键实验细节。本人就吃过很多这样的
: 亏，文章实验结果没问题，但是如果按其protocol怎么都做不出来，后来通过其他渠道
: 了解到文章里少了一些关键的步骤，而且是故意忽略的，就是不想别人做出来。

z*62013-01-19 08:01

9 楼

我们实验室是典型的认真做冷门课题啊... 老板总不屑现在的“translational”（其
实很多我也不屑），还严谨的不行，一张嘴就是这control那control的... 生怕老了老
了一辈子名声被毁了...

【在 b*******n 的大作中提到】

: 现在美国funding形势恶化，认真做科学特别是冷门课题的不如那些投机取巧者容易拿
: 到钱

s*s2013-01-19 08:01

10 楼

这是不错的了。
故意给错Plasmid的多了，还有更牛的：给了plasmid硬是
不告诉你序列，自己测都测不出，传说里面搞了一个特别
的二级结构。

【在 s********n 的大作中提到】

s*e2013-01-19 08:01

11 楼

有钱一直养着你，这是好事。
像我们这种今年五月就要断房顶的。
老板一边着急要文章。一边用超出cell reviewer的批判眼光审视我的每一个实验。搞
得我牙龈出血。
其实像我老板这种稍有点志气的最痛苦，拉不下脸来做些floppy data。又没能力，没
network把自己的文章搞出去。结果就是一个个的课题被别的组scooped。

h*92013-01-19 08:01

12 楼

生物的不少实验还是需要点技术的。有些人死活做不成克隆，有些人WB做不好。你让这
些人去重复别人的实验，可重复的概率就会低很多。公司里的Tech水平就更挫了。
保守点说关键性的实验，CNS的文章，我觉得>70%都是可重复的，虽然差别不一定像作
者说的那么大。

i*g2013-01-19 08:01

13 楼

传说havard lab就是这样的，给错plasmid

【在 s******s 的大作中提到】

: 这是不错的了。
: 故意给错Plasmid的多了，还有更牛的：给了plasmid硬是
: 不告诉你序列，自己测都测不出，传说里面搞了一个特别
: 的二级结构。

b*n2013-01-19 08:01

14 楼

真正的武林高手在民间？

【在 h*****9 的大作中提到】

: 生物的不少实验还是需要点技术的。有些人死活做不成克隆，有些人WB做不好。你让这
: 些人去重复别人的实验，可重复的概率就会低很多。公司里的Tech水平就更挫了。
: 保守点说关键性的实验，CNS的文章，我觉得>70%都是可重复的，虽然差别不一定像作
: 者说的那么大。

d*m2013-01-19 08:01

15 楼

哈哈，我老板正在犯愁呢，一个关键的western blot实验是死都重复不出来。
搭车问下，如果遇到这种情况，诸位是怎么操作的

A*y2013-01-19 08:01

16 楼

LOL, what's the dynamic range of western? If you cannot answer this, you
cannot judge robustness of a lot of biological experiments.

【在 h*****9 的大作中提到】

z*t2013-01-19 08:01

17 楼

Lower journal倒不见的不可信，上面的实验一般比较simple/boring.观察到了就发出
来了。
没有fancy的机制，cns有了观察你还得整出个mechanism来，或者强调这个是个多么
novel的发现，来证明你这东西deserve ncs. 这些往往把文章的整不可重复了

【在 A******y 的大作中提到】

: NCS less than 30%. Lower journals are actually more reproducible.
: http://www.nature.com/nature/journal/v483/n7391/full/483531a.ht

a*y2013-01-19 08:01

18 楼

control是对的，你想要的“结果”做不出来，就说明你的hypothesis有问题啊。
做10遍出一个你想要的结果，这个结果当然是不能用来说明问题的。

【在 d********m 的大作中提到】

: 哈哈，我老板正在犯愁呢，一个关键的western blot实验是死都重复不出来。
: 搭车问下，如果遇到这种情况，诸位是怎么操作的

d*m2013-01-19 08:01

19 楼

为什么是我们的hypothesis有问题呢？
别的实验室通过这个“WB实验”已经support了这个hypothesis，我们重复这个实验只
是为了用他们的结论去证实我们的hypothesis而已啊？

【在 a***y 的大作中提到】

: control是对的，你想要的“结果”做不出来，就说明你的hypothesis有问题啊。
: 做10遍出一个你想要的结果，这个结果当然是不能用来说明问题的。

a*y2013-01-19 08:01

20 楼

那么说明是他们的hypothesis也许就是错的，也许他们就是10个WB里选一个

【在 d********m 的大作中提到】

: 为什么是我们的hypothesis有问题呢？
: 别的实验室通过这个“WB实验”已经support了这个hypothesis，我们重复这个实验只
: 是为了用他们的结论去证实我们的hypothesis而已啊？

c*62013-01-19 08:01

21 楼

1. 写信去问那个实验室关于那个"WB实验"的详细讯息;
或
2. 直接引用那篇文章来说明他们的实验可以支持你们的hypothesis;

【在 d********m 的大作中提到】

a*y2013-01-19 08:01

22 楼

如果他们这个新的结果是基于这篇文章的话
如果我是作者，在花很多时间往下做之前我会想重复一下，不然做不出来岂不是浪费了。

【在 c********6 的大作中提到】

: 1. 写信去问那个实验室关于那个"WB实验"的详细讯息;
: 或
: 2. 直接引用那篇文章来说明他们的实验可以支持你们的hypothesis;

E*t2013-01-19 08:01

23 楼

首先，我觉得当你做过一段时间某一个实验以后，逐渐积累了经验，也就相对容易判断
实验的可靠性。有些实验结果最后给出的如果只是柱形图，那这中间可以做的事情太多
也太容易，但有些实验，实验结果本身比较难以修改，可能会相对可信些。
另外，我同意之前有个网友提到的观点，这个和实验室的PI关系可能比较大。一般来说
，如果一个实验室长期能够坚持做一个可延续的方向，有多篇工作发表，我比较倾向于
相信他们的结果。原因一是对于任何一个领域或者简单到一个蛋白，如果没有一段时间
的积累，很有可能对获得的结果产生错误的判断，这也是为什么杂志愿意接受一些
established的研究人员的文章。另外，这样的PI也会注意自己在本领域的reputation
，所以可能轻易不会冒险去主动作假。
一般来说，背靠背在同一期杂志，从不同实验室发表的文章比较可信。同样道理，如果
一个文章被大量引用，那么他的主要观点的可信性就更好些。
还有，我觉得如果实验最初是通过unbiased的筛选获得的，那么结果多数可信些。
最后，如果数据需要公开提交，比方说microarray的结果，这些结果就摆在那里，所
以可信度自然也应该好些。
至于是否好的杂志就一定结果更可信，这个其实不绝对。但关键一点是，如果你的
Hypothesis是基于别人的实验基础之上，那一定要重复别人的结果，直到自己信服。现
在有海量的文献，如果想建立合理的逻辑联系，总是可以很容易找到合适的文章来支持
自己，这些写文章的时候或许还可以，但实验如果是刚开始，那一定要谨慎对待别的实
验室，甚至是自己实验室内部其他人的结果。总之，我最相信的还是自己亲自做出来的
结果。

a*a2013-01-19 08:01

24 楼

唉，同命相连。。。

【在 z*******6 的大作中提到】

: 我们实验室是典型的认真做冷门课题啊... 老板总不屑现在的“translational”（其
: 实很多我也不屑），还严谨的不行，一张嘴就是这control那control的... 生怕老了老
: 了一辈子名声被毁了...

s*t2013-01-19 08:01

25 楼

有些实验重复不出来也不是因为有什么高深的trick。
我的一个实验原来至少3遍相同结果，后来停了几个月，上个月重新做发现趋势相同，
但有点差别，结果是因为换了另一个公司的6孔板，换回来就好了。象这些个不是trick
的细节，文章都不可能提的。

w*a2013-01-19 08:01

26 楼

文章里面其实只有几个很多是一个实验是重点，重复那关键的就行
经常有这种情况
相同的实验，不同的人做出来的结果是不一样的
真实的结果，需要大量的金钱和时间，人力