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怎么从sam文件中判断是single end还是pair end

怎么从sam文件中判断是single end还是pair end# Biology - 生物学

s*e2013-03-18 07:03

1 楼

在一个月半以前系统状态就已经变成 “等待主编决定“了
前阵子问过主编，主编说reviewers 整体上比较positive，他再看一遍再给我回复
是不是收录希望很大了？
但是到现在又过了大半个月了
主编这么忙吗？这种情况不多见把一般主编收到comments很快就会给回复的把
看到期刊现在最新发表的还是去年5月收录的那些论文
会不会因为排期问题所以主编故意拉长时间线？

w*n2013-03-18 07:03

2 楼

从知网直接打出了中文核心期刊的近30种杂志。我发表的杂志只是其中之一，请问我需
要把整个打印文件都翻译一遍，还是只需highlight我发表的杂志并在旁边标注杂志名
的英文翻译？
多谢。

x*m2013-03-18 07:03

3 楼

谢

d*u2013-03-18 07:03

4 楼

估计还是忙吧，再等2周，还没有消息就发信去催吧

t*g2013-03-18 07:03

5 楼

check 2nd FLAG col, or ask whoever did the alignment...

【在 x******m 的大作中提到】

: 谢

s*e2013-03-18 07:03

6 楼

主编说positive就是比较确定了把？
如果真的录用希望比较大
再等等也无所谓了
就怕是等很久然后major revision 之类的
还得再一次轮回

a*u2013-03-18 07:03

7 楼

可以试试RseQC软件，其中有脚本判断是否pair end，还可以判断是否strand specific
~ 当然简单的办法就是看看文件，貌似pair end有的时候是两个文件，另外看看tag的
名字也是有用的，pair end的两个read的名字好像是相同的（或者是有相关性，具体一
下子不记得了）