l*1
2 楼
up Fudan Alumni
Btw, you must ask sunny for this query...
【在 g*********5 的大作中提到】
: 我研究的基因是酵母一个基因的同源物。
: reviewer想让我转人的基因到knockout的酵母里面，
: 看能否互补。这个试验难做吗？谢谢。
Btw, you must ask sunny for this query...
【在 g*********5 的大作中提到】
: 我研究的基因是酵母一个基因的同源物。
: reviewer想让我转人的基因到knockout的酵母里面，
: 看能否互补。这个试验难做吗？谢谢。
X*n
3 楼
应该很容易。
g*5
4 楼
sunny in joke ban, no here :)
X*n
5 楼
如果你不关注酵母background的话，可以直接买一个knockout菌株，把你的基因克隆到
一个酵母表达载体（pRS416什么的）里面就可以转化了。
一个酵母表达载体（pRS416什么的）里面就可以转化了。
a*k
6 楼
实验很容易。不出一个月肯定搞定，至于有没有结果另说。
【在 g*********5 的大作中提到】
: 我研究的基因是酵母一个基因的同源物。
: reviewer想让我转人的基因到knockout的酵母里面，
: 看能否互补。这个试验难做吗？谢谢。
【在 g*********5 的大作中提到】
: 我研究的基因是酵母一个基因的同源物。
: reviewer想让我转人的基因到knockout的酵母里面，
: 看能否互补。这个试验难做吗？谢谢。
g*5
7 楼
谢谢大家。看到thermo 有现成的敲除的strain卖，就是基因型看得头昏。
Strain Background Genotype
Mat A BY4730 MATa leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
Mat Alpha BY4739 MATalpha leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
Mat A BY4741 MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
Mat Alpha BY4742 MATalpha his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
Het/Hom Dip BY4743 4741/4742
我要的菌株是Yeast HetDip Knock Out Strain YJR045C
怎么样的平板才能使敲除的菌株不长啊？能买到板吗？
Strain Background Genotype
Mat A BY4730 MATa leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
Mat Alpha BY4739 MATalpha leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
Mat A BY4741 MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
Mat Alpha BY4742 MATalpha his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
Het/Hom Dip BY4743 4741/4742
我要的菌株是Yeast HetDip Knock Out Strain YJR045C
怎么样的平板才能使敲除的菌株不长啊？能买到板吗？
T*i
8 楼
你要先看 yeast KO 的表型，SGD查一下。如果lethal，只好买het，否则买MATa 或
MATalpha都行。Complementation test 的时候也是一样。如果是lethal，那你需要做
plasmid shuffling/exchange；如果不是lethal，那就好办，直接转目标plasmid 就可
以了。
【在 g*********5 的大作中提到】
: 谢谢大家。看到thermo 有现成的敲除的strain卖，就是基因型看得头昏。
: Strain Background Genotype
: Mat A BY4730 MATa leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4739 MATalpha leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Mat A BY4741 MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4742 MATalpha his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Het/Hom Dip BY4743 4741/4742
: 我要的菌株是Yeast HetDip Knock Out Strain YJR045C
: 怎么样的平板才能使敲除的菌株不长啊？能买到板吗？
MATalpha都行。Complementation test 的时候也是一样。如果是lethal，那你需要做
plasmid shuffling/exchange；如果不是lethal，那就好办，直接转目标plasmid 就可
以了。
【在 g*********5 的大作中提到】
: 谢谢大家。看到thermo 有现成的敲除的strain卖，就是基因型看得头昏。
: Strain Background Genotype
: Mat A BY4730 MATa leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4739 MATalpha leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Mat A BY4741 MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4742 MATalpha his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Het/Hom Dip BY4743 4741/4742
: 我要的菌株是Yeast HetDip Knock Out Strain YJR045C
: 怎么样的平板才能使敲除的菌株不长啊？能买到板吗？
T*i
9 楼
补充一下，如果是lethal，het需要先转那个control plasmid （with the yeast
ortholog of your mammalian target) 再sporulate。还有别的策略，一时说不清，最
好周围找个yeast 专家问问。不是lethal，怎么都好办。
【在 g*********5 的大作中提到】
: 谢谢大家。看到thermo 有现成的敲除的strain卖，就是基因型看得头昏。
: Strain Background Genotype
: Mat A BY4730 MATa leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4739 MATalpha leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Mat A BY4741 MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4742 MATalpha his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Het/Hom Dip BY4743 4741/4742
: 我要的菌株是Yeast HetDip Knock Out Strain YJR045C
: 怎么样的平板才能使敲除的菌株不长啊？能买到板吗？
ortholog of your mammalian target) 再sporulate。还有别的策略，一时说不清，最
好周围找个yeast 专家问问。不是lethal，怎么都好办。
【在 g*********5 的大作中提到】
: 谢谢大家。看到thermo 有现成的敲除的strain卖，就是基因型看得头昏。
: Strain Background Genotype
: Mat A BY4730 MATa leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4739 MATalpha leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Mat A BY4741 MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4742 MATalpha his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Het/Hom Dip BY4743 4741/4742
: 我要的菌株是Yeast HetDip Knock Out Strain YJR045C
: 怎么样的平板才能使敲除的菌株不长啊？能买到板吗？
g*5
10 楼
谢谢，不关注背景，只是看看是不是同源互补。
请详细点说说。
【在 X******n 的大作中提到】
: 如果你不关注酵母background的话，可以直接买一个knockout菌株，把你的基因克隆到
: 一个酵母表达载体（pRS416什么的）里面就可以转化了。
请详细点说说。
【在 X******n 的大作中提到】
: 如果你不关注酵母background的话，可以直接买一个knockout菌株，把你的基因克隆到
: 一个酵母表达载体（pRS416什么的）里面就可以转化了。
l*1
11 楼
why select homo sapiens to observe homology of the gene,
the expression system is Yeast,
the original of that gene is from rodents or other mammals ?
【在 g*********5 的大作中提到】
: 谢谢，不关注背景，只是看看是不是同源互补。
: 请详细点说说。
the expression system is Yeast,
the original of that gene is from rodents or other mammals ?
【在 g*********5 的大作中提到】
: 谢谢，不关注背景，只是看看是不是同源互补。
: 请详细点说说。
g*5
12 楼
This gene is a mammalian gene, I have the human gene at hand.
l*1
13 楼
why not try that mammal and homo sapiens that gene homologic loci
manipulation?
【在 g*********5 的大作中提到】
: This gene is a mammalian gene, I have the human gene at hand.
manipulation?
【在 g*********5 的大作中提到】
: This gene is a mammalian gene, I have the human gene at hand.
g*5
14 楼
qiu kepu.
【在 l**********1 的大作中提到】
: why not try that mammal and homo sapiens that gene homologic loci
: manipulation?
【在 l**********1 的大作中提到】
: why not try that mammal and homo sapiens that gene homologic loci
: manipulation?
g*5
15 楼
pRS416 mcs ?
under the T7 ?
would you please give me a link?
I googled and more confused.
thanks.
【在 X******n 的大作中提到】
: 如果你不关注酵母background的话，可以直接买一个knockout菌株，把你的基因克隆到
: 一个酵母表达载体（pRS416什么的）里面就可以转化了。
under the T7 ?
would you please give me a link?
I googled and more confused.
thanks.
【在 X******n 的大作中提到】
: 如果你不关注酵母background的话，可以直接买一个knockout菌株，把你的基因克隆到
: 一个酵母表达载体（pRS416什么的）里面就可以转化了。
X*n
17 楼
你的基因是个essential gene。 你买的这个是heterzygous deletion，很多时候这种
deletion没有表型。所以你应该先看看有没有你想要的表型，然后才做互补试验。
如果没有表型，你可以参考上面Tianzi的回复所说的方法，也可以去找找有没有ts
mutant。或者去看看Yeast DAmp Library 或者 TR Hughes 的 TetO7-promoter
mutants library有没有你想要的基因。
deletion没有表型。所以你应该先看看有没有你想要的表型，然后才做互补试验。
如果没有表型，你可以参考上面Tianzi的回复所说的方法，也可以去找找有没有ts
mutant。或者去看看Yeast DAmp Library 或者 TR Hughes 的 TetO7-promoter
mutants library有没有你想要的基因。
g*5
18 楼
this gene is not in TR Hughes library but in Damp library.
For Damp library,
haploid or heterozygous diploid formats
which one is better for the experiment?
thanks, baozi.
【在 X******n 的大作中提到】
: 你的基因是个essential gene。 你买的这个是heterzygous deletion，很多时候这种
: deletion没有表型。所以你应该先看看有没有你想要的表型，然后才做互补试验。
: 如果没有表型，你可以参考上面Tianzi的回复所说的方法，也可以去找找有没有ts
: mutant。或者去看看Yeast DAmp Library 或者 TR Hughes 的 TetO7-promoter
: mutants library有没有你想要的基因。
For Damp library,
haploid or heterozygous diploid formats
which one is better for the experiment?
thanks, baozi.
【在 X******n 的大作中提到】
: 你的基因是个essential gene。 你买的这个是heterzygous deletion，很多时候这种
: deletion没有表型。所以你应该先看看有没有你想要的表型，然后才做互补试验。
: 如果没有表型，你可以参考上面Tianzi的回复所说的方法，也可以去找找有没有ts
: mutant。或者去看看Yeast DAmp Library 或者 TR Hughes 的 TetO7-promoter
: mutants library有没有你想要的基因。
g*5
19 楼
请问pRS416是什么启动子阿？
谢谢。
【在 X******n 的大作中提到】
: 如果你不关注酵母background的话，可以直接买一个knockout菌株，把你的基因克隆到
: 一个酵母表达载体（pRS416什么的）里面就可以转化了。
谢谢。
【在 X******n 的大作中提到】
: 如果你不关注酵母background的话，可以直接买一个knockout菌株，把你的基因克隆到
: 一个酵母表达载体（pRS416什么的）里面就可以转化了。
l*1
20 楼
pRS416 excepts T7 also has Plac promoter.
pls refer
PMID 16820502
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16820502
>pRS416 is a centromeric (CEN) plasmid and therefore is maintained at 1 to 2
copies per cell, while pRS426 is a 2μm plasmid, maintained at about 25
copies per cell (36). Both plasmids have the ColE1-derived pBluescript high-
copy origin of replication, a lacZα-associated multicloning site, an
ampicillin resistance gene (bla) for gram-negative bacteria, and a URA3
marker for yeast. These plasmids also have T7 and Plac promoters that can be
utilized for gene expression.
or
http://aem.asm.org/content/72/7/5027.full
Ps: original hint was from
wurt
2012-02-04 03:30:25
来自: 202.
9f
>The streaking do not 'dilute' the plasmid, but simply purify the colonies.
The copy number of the plasmid mostly depend on your replication origin (
never use 2u origin if you want a low copy), and whether the plasmid contain
centromere (like CEN6 on pRS416). Usually the centromere sequence can limit
the copy number of your plasmid.
I don't think you need to wash or replica your plates. If you don't want to
have too many plasmids in one cell, just simply reduce the transformation
efficiency and
http://www.google.co.uk/#q=PRS416+promoter+未名+存档
please only google likes above,
i mean only limited to mitbbs Bio/medi Ban former post
then at least you can know knew key word which focuses on your target.
>
发信人: giantbird05 (大鸟), 信区: Biology
标 题: Re: 酵母互补试验好做吗？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Oct 11 00:12:03 2013, 美东)
请问pRS416是什么启动子阿？
谢谢。
>>
>>>
【在 g*********5 的大作中提到】
: pRS416 mcs ?
: under the T7 ?
: would you please give me a link?
: I googled and more confused.
: thanks.
pls refer
PMID 16820502
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16820502
>pRS416 is a centromeric (CEN) plasmid and therefore is maintained at 1 to 2
copies per cell, while pRS426 is a 2μm plasmid, maintained at about 25
copies per cell (36). Both plasmids have the ColE1-derived pBluescript high-
copy origin of replication, a lacZα-associated multicloning site, an
ampicillin resistance gene (bla) for gram-negative bacteria, and a URA3
marker for yeast. These plasmids also have T7 and Plac promoters that can be
utilized for gene expression.
or
http://aem.asm.org/content/72/7/5027.full
Ps: original hint was from
wurt
2012-02-04 03:30:25
来自: 202.
9f
>The streaking do not 'dilute' the plasmid, but simply purify the colonies.
The copy number of the plasmid mostly depend on your replication origin (
never use 2u origin if you want a low copy), and whether the plasmid contain
centromere (like CEN6 on pRS416). Usually the centromere sequence can limit
the copy number of your plasmid.
I don't think you need to wash or replica your plates. If you don't want to
have too many plasmids in one cell, just simply reduce the transformation
efficiency and
http://www.google.co.uk/#q=PRS416+promoter+未名+存档
please only google likes above,
i mean only limited to mitbbs Bio/medi Ban former post
then at least you can know knew key word which focuses on your target.
>
发信人: giantbird05 (大鸟), 信区: Biology
标 题: Re: 酵母互补试验好做吗？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Oct 11 00:12:03 2013, 美东)
请问pRS416是什么启动子阿？
谢谢。
>>
>>>
【在 g*********5 的大作中提到】
: pRS416 mcs ?
: under the T7 ?
: would you please give me a link?
: I googled and more confused.
: thanks.
g*5
21 楼
what different between Mat A and Mat Alpha?
one haploid one diploid?
【在 g*********5 的大作中提到】
: 谢谢大家。看到thermo 有现成的敲除的strain卖，就是基因型看得头昏。
: Strain Background Genotype
: Mat A BY4730 MATa leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4739 MATalpha leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Mat A BY4741 MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4742 MATalpha his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Het/Hom Dip BY4743 4741/4742
: 我要的菌株是Yeast HetDip Knock Out Strain YJR045C
: 怎么样的平板才能使敲除的菌株不长啊？能买到板吗？
one haploid one diploid?
【在 g*********5 的大作中提到】
: 谢谢大家。看到thermo 有现成的敲除的strain卖，就是基因型看得头昏。
: Strain Background Genotype
: Mat A BY4730 MATa leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4739 MATalpha leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Mat A BY4741 MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0
: Mat Alpha BY4742 MATalpha his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0
: Het/Hom Dip BY4743 4741/4742
: 我要的菌株是Yeast HetDip Knock Out Strain YJR045C
: 怎么样的平板才能使敲除的菌株不长啊？能买到板吗？
X*n
22 楼
一个公的一个母的
【在 g*********5 的大作中提到】
: what different between Mat A and Mat Alpha?
: one haploid one diploid?
【在 g*********5 的大作中提到】
: what different between Mat A and Mat Alpha?
: one haploid one diploid?
相关阅读
生物实验室怎么没人制定行业标准、规范化自动化啊公司里面蛋白药物的基因工程表达都是用什么细胞表达？施一公比那些狗屁诺贝尔奖获得者们牛逼多了求paper, 包子酬谢!是不是该管管这些乱七八糟的av什么的帖细胞培养上清中纯化抗体的问题我容易吗？求杂志推荐不做药物筛选可以吗？Nature Communications 要 Open Access了Paper help from Nature Protocol生物博士新出路Map gene expression data with pathway做生物实验能偷懒还获得很多data吗？share room----12th International Symposium on Rice Functional Genomicspaper 求助，一个包子为报RAP就不能申请K了？Does anyone know if genomic instability is the consequence or a driver of malignaces?投稿杂志请了五个审稿人，一大堆审稿意见，还有必要再改吗？针灸的英文论文，靠谱么