求教：RNA-seq数据分析的疑惑# Biology - 生物学
C*X
1 楼
因为我觉得自己也可以做到，那些人就是运气好而已，其智商一点都不比average高。
请轻拍。it is Tuesday, yeah...
请轻拍。it is Tuesday, yeah...
l*i
2 楼
请问版里做bioinfo的牛人：
RNA-seq数据做QC时通用的标准是怎样的？因课题需要，我们在重新分析GEO里的一批数
据，用FastQC评估该批数据，发现几乎所有read后半部分的score偏低（见下图）。像
这种情况，应该怎样处理比较合理？
1）Filter by quality: quality cut-off设定为20，90%，结果一半左右的reads会被
扔掉。而文章中宣称其可保留85%以上的read。是我这种filter设定参数有问题吗？一
般的标准是怎样的？
2）Trim：把每个read后30碱基去掉。这样做可行否？理由是什么？
3）针对这种情况，更合理、准确的的方法是什么？
谢谢！
RNA-seq数据做QC时通用的标准是怎样的？因课题需要，我们在重新分析GEO里的一批数
据，用FastQC评估该批数据，发现几乎所有read后半部分的score偏低（见下图）。像
这种情况，应该怎样处理比较合理？
1）Filter by quality: quality cut-off设定为20，90%，结果一半左右的reads会被
扔掉。而文章中宣称其可保留85%以上的read。是我这种filter设定参数有问题吗？一
般的标准是怎样的？
2）Trim：把每个read后30碱基去掉。这样做可行否？理由是什么？
3）针对这种情况，更合理、准确的的方法是什么？
谢谢！
p*n
3 楼
不明白为什么要看不上这个看不上那个。这是他们的工作，他们正好拿到了这个工作。
他们工作挣钱，应该受到尊敬。这个逻辑很难走通么？
因为别人的工作是你想要的，就心生嫉恨，这才是莫名其妙吧？
人一辈子得不到的东西会很多：事业上/感情上/家庭上/生活上，嫉恨的过来么？
【在 C*********X 的大作中提到】
: 因为我觉得自己也可以做到，那些人就是运气好而已，其智商一点都不比average高。
: 请轻拍。it is Tuesday, yeah...
他们工作挣钱，应该受到尊敬。这个逻辑很难走通么？
因为别人的工作是你想要的，就心生嫉恨，这才是莫名其妙吧？
人一辈子得不到的东西会很多：事业上/感情上/家庭上/生活上，嫉恨的过来么？
【在 C*********X 的大作中提到】
: 因为我觉得自己也可以做到，那些人就是运气好而已，其智商一点都不比average高。
: 请轻拍。it is Tuesday, yeah...
c*e
4 楼
1)If the quality score is 20, what is the average read length?
Can you show us the original sra files?
【在 l*******i 的大作中提到】
: 请问版里做bioinfo的牛人：
: RNA-seq数据做QC时通用的标准是怎样的？因课题需要，我们在重新分析GEO里的一批数
: 据，用FastQC评估该批数据，发现几乎所有read后半部分的score偏低（见下图）。像
: 这种情况，应该怎样处理比较合理？
: 1）Filter by quality: quality cut-off设定为20，90%，结果一半左右的reads会被
: 扔掉。而文章中宣称其可保留85%以上的read。是我这种filter设定参数有问题吗？一
: 般的标准是怎样的？
: 2）Trim：把每个read后30碱基去掉。这样做可行否？理由是什么？
: 3）针对这种情况，更合理、准确的的方法是什么？
: 谢谢！
x*7
5 楼
去你心中的烂校试试机会呗。
l*i
6 楼
谢谢回复！
read length is 100.
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 1)If the quality score is 20, what is the average read length?
: Can you show us the original sra files?
read length is 100.
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 1)If the quality score is 20, what is the average read length?
: Can you show us the original sra files?
C*X
7 楼
“因为别人的工作是你想要的，就心生嫉恨，这才是莫名其妙吧？”
这句话你冤枉我了。我喜欢我现在的工作呀。下班了就全身心的离开工作岗位，有机会
去跑步浇水听concert....我不敢想象以前的那种生活。。。
【在 p*******n 的大作中提到】
: 不明白为什么要看不上这个看不上那个。这是他们的工作，他们正好拿到了这个工作。
: 他们工作挣钱，应该受到尊敬。这个逻辑很难走通么？
: 因为别人的工作是你想要的，就心生嫉恨，这才是莫名其妙吧？
: 人一辈子得不到的东西会很多：事业上/感情上/家庭上/生活上，嫉恨的过来么？
这句话你冤枉我了。我喜欢我现在的工作呀。下班了就全身心的离开工作岗位，有机会
去跑步浇水听concert....我不敢想象以前的那种生活。。。
【在 p*******n 的大作中提到】
: 不明白为什么要看不上这个看不上那个。这是他们的工作，他们正好拿到了这个工作。
: 他们工作挣钱，应该受到尊敬。这个逻辑很难走通么？
: 因为别人的工作是你想要的，就心生嫉恨，这才是莫名其妙吧？
: 人一辈子得不到的东西会很多：事业上/感情上/家庭上/生活上，嫉恨的过来么？
M*P
8 楼
直接切掉后面30bp试试吧，这个数据貌似很老吧，illumina新一些的机器都没这么差了。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 l*******i 的大作中提到】
: 请问版里做bioinfo的牛人：
: RNA-seq数据做QC时通用的标准是怎样的？因课题需要，我们在重新分析GEO里的一批数
: 据，用FastQC评估该批数据，发现几乎所有read后半部分的score偏低（见下图）。像
: 这种情况，应该怎样处理比较合理？
: 1）Filter by quality: quality cut-off设定为20，90%，结果一半左右的reads会被
: 扔掉。而文章中宣称其可保留85%以上的read。是我这种filter设定参数有问题吗？一
: 般的标准是怎样的？
: 2）Trim：把每个read后30碱基去掉。这样做可行否？理由是什么？
: 3）针对这种情况，更合理、准确的的方法是什么？
: 谢谢！
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 l*******i 的大作中提到】
: 请问版里做bioinfo的牛人：
: RNA-seq数据做QC时通用的标准是怎样的？因课题需要，我们在重新分析GEO里的一批数
: 据，用FastQC评估该批数据，发现几乎所有read后半部分的score偏低（见下图）。像
: 这种情况，应该怎样处理比较合理？
: 1）Filter by quality: quality cut-off设定为20，90%，结果一半左右的reads会被
: 扔掉。而文章中宣称其可保留85%以上的read。是我这种filter设定参数有问题吗？一
: 般的标准是怎样的？
: 2）Trim：把每个read后30碱基去掉。这样做可行否？理由是什么？
: 3）针对这种情况，更合理、准确的的方法是什么？
: 谢谢！
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