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如何证明一个蛋白是RNA Binding Protein
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如何证明一个蛋白是RNA Binding Protein# Biology - 生物学
z*c
1
以表现是我双重性格 :)
以虎妈老大的资质,不折腾的话,顶多去个州立,现在去哈佛,这是实实在在的效果。
没有规矩不成方圆。 孩子懂什么, 大人得教,爱好得培养,幸福? 也得培养。
昨晚看到了一个关于幼儿启蒙的Video Clip。 说婴幼儿哭是天生的而笑不是,笑是模
仿家长表情。 当时我就震惊了。
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b*1
2
如果h1b tranfer 去新公司,那么老公司可否申请把握的H1b从full time 转为part
time? 还是必须重新申请一个quota...
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r*a
3
我们研究的一个蛋白,有一个HTH motif
以前的文章证明它可以in vitro结合DNA,但是10多年来一直没有后续进展
我们觉得,它可能实际上结合的是RNA
它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
同时有报道它可以和ribosome结合,可能通过RNA方式
现在,我们不知道它倒底结合什么RNA
有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢?
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z*c
4
这个说得太好了! 居然很多大妈都看懂了。
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J*A
5
你都transfer走了,老公司还能对你的H1B做什么?
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a*k
6
yeast three hybrid

我们研究的一个蛋白,有一个HTH motif
以前的文章证明它可以in vitro结合DNA,但是10多年来一直没有后续进展
我们觉得,它可能实际上结合的是RNA
它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
同时有报道它可以和ribosome结合,可能通过RNA方式
现在,我们不知道它倒底结合什么RNA
有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢?

【在 r**a 的大作中提到】
: 我们研究的一个蛋白,有一个HTH motif
: 以前的文章证明它可以in vitro结合DNA,但是10多年来一直没有后续进展
: 我们觉得,它可能实际上结合的是RNA
: 它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
: 同时有报道它可以和ribosome结合,可能通过RNA方式
: 现在,我们不知道它倒底结合什么RNA
: 有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢?

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x*6
7
糟蹋这个词用的。。。。。
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b*1
8
是想给老公司继续做part time........
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r*a
9
这个可以在不知道结合什么RNA的情况下做?

【在 a********k 的大作中提到】
: yeast three hybrid
:
: 我们研究的一个蛋白,有一个HTH motif
: 以前的文章证明它可以in vitro结合DNA,但是10多年来一直没有后续进展
: 我们觉得,它可能实际上结合的是RNA
: 它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
: 同时有报道它可以和ribosome结合,可能通过RNA方式
: 现在,我们不知道它倒底结合什么RNA
: 有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢?

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V*o
10
why? Tiger mom's older kid knew alphabet at 18 months! Why do you think she
could go to a so-so college without Tiger mom??

【在 z**c 的大作中提到】
: 以表现是我双重性格 :)
: 以虎妈老大的资质,不折腾的话,顶多去个州立,现在去哈佛,这是实实在在的效果。
: 没有规矩不成方圆。 孩子懂什么, 大人得教,爱好得培养,幸福? 也得培养。
: 昨晚看到了一个关于幼儿启蒙的Video Clip。 说婴幼儿哭是天生的而笑不是,笑是模
: 仿家长表情。 当时我就震惊了。

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g*n
11
当然不用什么新的quota
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c*r
12
有好的抗体吗?
有的话能不能做CoIP,然后提取RNA做RNA-seq?
我的目标蛋白是localized,计划用类似的方法看这个complex里有没有localized RNA
。不知道是否可行。

【在 r**a 的大作中提到】
: 我们研究的一个蛋白,有一个HTH motif
: 以前的文章证明它可以in vitro结合DNA,但是10多年来一直没有后续进展
: 我们觉得,它可能实际上结合的是RNA
: 它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
: 同时有报道它可以和ribosome结合,可能通过RNA方式
: 现在,我们不知道它倒底结合什么RNA
: 有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢?

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x*s
13
18个月就认全字母不算啥吧?很多娃能做到啊。。虎妈的问题上我同意这位小弟的。。
。当然还有个问题是,她家娃是不是在申请表格上填亚裔还是白种。。。。。

she

【在 V*********o 的大作中提到】
: why? Tiger mom's older kid knew alphabet at 18 months! Why do you think she
: could go to a so-so college without Tiger mom??

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b*m
14
这是两个quota。
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f*9
15
用crispr/cas9
给这个蛋白的chr上加个tag然后做RNA IP
或者用biotin label 的oligo pulldown RNA 核protein 做protein seq
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V*o
16
you must have a very smart kid at home.
I know about 20 kids in person. None of them knew alphabet at 18 months. So
, IMHO, it's a marvelous skill for a 18 months. Maybe i am like a frog at
the bottom of a well. :-(

【在 x**s 的大作中提到】
: 18个月就认全字母不算啥吧?很多娃能做到啊。。虎妈的问题上我同意这位小弟的。。
: 。当然还有个问题是,她家娃是不是在申请表格上填亚裔还是白种。。。。。
:
: she

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s*c
17
不用名额,但前提你的新h1b,选的是new concurrent employer。
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q*g
18
我觉得这个方法可行。即使没有好抗体,连个HA,也可以看看是否有RNA结合。

RNA

【在 c*********r 的大作中提到】
: 有好的抗体吗?
: 有的话能不能做CoIP,然后提取RNA做RNA-seq?
: 我的目标蛋白是localized,计划用类似的方法看这个complex里有没有localized RNA
: 。不知道是否可行。

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r*f
19
长得不怎么亚裔,姓也是...是不是有2种血统以上的选择?

【在 x**s 的大作中提到】
: 18个月就认全字母不算啥吧?很多娃能做到啊。。虎妈的问题上我同意这位小弟的。。
: 。当然还有个问题是,她家娃是不是在申请表格上填亚裔还是白种。。。。。
:
: she

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k*b
20
你的新公司会知道你在接私活
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g*a
21
这个方法可行不 CLIP (Cross-Linking and Immunoprecipitation) Identification
of RNAs Bound by a Specific Protein)
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x*s
22
也不是啦,是看父母投入的时间多不多而已。俺家都是平庸娃,谁让父母的智商都只有
100呢。 我真觉得早认字啥的不说明啥,俺家娃说话就特别晚,现在还经常口齿不清的

So

【在 V*********o 的大作中提到】
: you must have a very smart kid at home.
: I know about 20 kids in person. None of them knew alphabet at 18 months. So
: , IMHO, it's a marvelous skill for a 18 months. Maybe i am like a frog at
: the bottom of a well. :-(

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g*n
23
You have one approved industry H1b, you can get multi part time H1b without
restricition of quota.
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g*6
24
in vitro: 细菌表达GST融合蛋白,做GST pull down,可以用你提到的in vitro
transcribed rRNA,33P标记,完了之后做液闪。
in cell lines:转染HA/FLAG标记的蛋白表达质粒,做RNA immunoprecipitation,然
后做qPCR或RNA-seq。前面有人提到用CRISPR敲进标记,我觉得可能比较麻烦,不如用
质粒来的简单。当然最可信的方法还是用目的蛋白的抗体。
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x*s
25
呵呵,这种肯定不选亚裔的了。。。

【在 r*f 的大作中提到】
: 长得不怎么亚裔,姓也是...是不是有2种血统以上的选择?
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m*D
26
能不能in vitro translation合成S-35标记你的蛋白,然后把这个蛋白和你感兴趣的细
胞里分离纯化出来total RNA混合(注意buffer,pH),上Electrophoretic mobility
shift assay(EMSA)gel,比较有RNA和没有RNA的lane上条带的变化。还可以再有一个蛋
白-RNA-RNase的lane作比较。应该可以证明你的蛋白是不是和RNA结合。
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s*t
27
楼主大叔的中文真是值得worry啊。

【在 x********6 的大作中提到】
: 糟蹋这个词用的。。。。。
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r*a
28
谢谢各位的建议。
目前,我们还不准备做RNA-seq,觉得耗费是不是太大了
我们第一步,只是想证明这个是RNA binding的蛋白
我们目前有一个myc tag的蛋白,在转在果蝇里面(我们是做果蝇的),而且是
functional的,所以可以用这个抗体,但是在果蝇里面好象没有好的办法标记RNA (我
不知道能不能尝试,用oligo dT的beads,pulldown,能不能拉下我的蛋白?)
还有一个,我们已经在那个HTH motif做了点突变,有几个突变体有很好的现象,
所以我们还想进一步证明,这个作用是通过这个区域进行的。
所以,只要是一个体外的实验,证明上面两点就可以了。
midwestPhD大哥的方法不错,就是我个人对这个EMSA有点怵(听说挺麻烦的),以前硕
士的时候帮一个师兄一起搞过,没有做出来。

【在 m*********D 的大作中提到】
: 能不能in vitro translation合成S-35标记你的蛋白,然后把这个蛋白和你感兴趣的细
: 胞里分离纯化出来total RNA混合(注意buffer,pH),上Electrophoretic mobility
: shift assay(EMSA)gel,比较有RNA和没有RNA的lane上条带的变化。还可以再有一个蛋
: 白-RNA-RNase的lane作比较。应该可以证明你的蛋白是不是和RNA结合。

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a*t
29
端看你对幸福的定义. 另外这个婴幼儿笑是模仿家长表情的说法很另类阿.

【在 z**c 的大作中提到】
: 以表现是我双重性格 :)
: 以虎妈老大的资质,不折腾的话,顶多去个州立,现在去哈佛,这是实实在在的效果。
: 没有规矩不成方圆。 孩子懂什么, 大人得教,爱好得培养,幸福? 也得培养。
: 昨晚看到了一个关于幼儿启蒙的Video Clip。 说婴幼儿哭是天生的而笑不是,笑是模
: 仿家长表情。 当时我就震惊了。

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c*r
30
不做RNA-seq也可以用抗体pull down,提RNA,测一下有没有RNA;如果有的话,可以进
一步反转录合成cDNA、dsDNA做个library,然后克隆测序吧。我想。

【在 r**a 的大作中提到】
: 谢谢各位的建议。
: 目前,我们还不准备做RNA-seq,觉得耗费是不是太大了
: 我们第一步,只是想证明这个是RNA binding的蛋白
: 我们目前有一个myc tag的蛋白,在转在果蝇里面(我们是做果蝇的),而且是
: functional的,所以可以用这个抗体,但是在果蝇里面好象没有好的办法标记RNA (我
: 不知道能不能尝试,用oligo dT的beads,pulldown,能不能拉下我的蛋白?)
: 还有一个,我们已经在那个HTH motif做了点突变,有几个突变体有很好的现象,
: 所以我们还想进一步证明,这个作用是通过这个区域进行的。
: 所以,只要是一个体外的实验,证明上面两点就可以了。
: midwestPhD大哥的方法不错,就是我个人对这个EMSA有点怵(听说挺麻烦的),以前硕

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z*c
31
聪明的大妈立马看出来了:这显然是为了挑起话题,再把虎妈糟蹋一遍啊 :)
赶快给我这个机会吧。
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r*a
32
如果这个方法可行,是最好的拉。
不过不好意思,对RNA,不适特别在行,
请问,这里怎么提取RNA,然后测RNA呢?
总不至于Nanodrop测浓度吧?
还有弄成cDNA之后,用随机引物合成dsDNA?
谢谢先了;-)

【在 c*********r 的大作中提到】
: 不做RNA-seq也可以用抗体pull down,提RNA,测一下有没有RNA;如果有的话,可以进
: 一步反转录合成cDNA、dsDNA做个library,然后克隆测序吧。我想。

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w*w
33
我儿子生出来第一天就会笑,难道也是模仿?
我听朋友说宝宝笑是在回忆上辈子开心的事儿

【在 z**c 的大作中提到】
: 以表现是我双重性格 :)
: 以虎妈老大的资质,不折腾的话,顶多去个州立,现在去哈佛,这是实实在在的效果。
: 没有规矩不成方圆。 孩子懂什么, 大人得教,爱好得培养,幸福? 也得培养。
: 昨晚看到了一个关于幼儿启蒙的Video Clip。 说婴幼儿哭是天生的而笑不是,笑是模
: 仿家长表情。 当时我就震惊了。

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c*r
34
我也不是内行。我觉得看你的input有多少。Input多的话,RNA怎么提都可以,用RNA
extraction kit,用trizol;RNA量大的话,用Nanodrop就可以检测吧。Input少的话,
可能需要比较小心,检测的话也需要用比较灵敏可靠的方法吧,这里我就不太了解了,
等版上其他高手解答吧。
Library构建的话有经典的方法吧,是不是最好用poly T primer + random primer来把
各种RNA都尽可能反转录?我没具体做过library,你再查查资料吧。我比较担心的是如
果rRNA比较多的话,最后挑克隆测序大部分都是rRNA。这样的话就最好不用random
primer了,或者通过其它方式deplete rRNA。其实rRNA多、input量大的话跑个RNA胶就
能检测RNA了。关键是你的蛋白可能会和哪些种类的RNA结合:rRNA, RNA with poly (A
) tail, RNA without poly (A) tail,甚至是小RNA。各种情况可能要分开讨论吧。
只是个人一点看法,仅供参考。

【在 r**a 的大作中提到】
: 如果这个方法可行,是最好的拉。
: 不过不好意思,对RNA,不适特别在行,
: 请问,这里怎么提取RNA,然后测RNA呢?
: 总不至于Nanodrop测浓度吧?
: 还有弄成cDNA之后,用随机引物合成dsDNA?
: 谢谢先了;-)

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l*r
35
I don't quite buy the statement of the clip. My son laughed during his first
week and he could not even see well at that time.

【在 z**c 的大作中提到】
: 以表现是我双重性格 :)
: 以虎妈老大的资质,不折腾的话,顶多去个州立,现在去哈佛,这是实实在在的效果。
: 没有规矩不成方圆。 孩子懂什么, 大人得教,爱好得培养,幸福? 也得培养。
: 昨晚看到了一个关于幼儿启蒙的Video Clip。 说婴幼儿哭是天生的而笑不是,笑是模
: 仿家长表情。 当时我就震惊了。

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s*r
36
clip肯定能pull到rna的,很多都是非特异,需要对比wt和rna binding domain
mutated两个样品间的区别,知道target的可以用realtime测,不知道target的只能上
array或者seq看

【在 r**a 的大作中提到】
: 如果这个方法可行,是最好的拉。
: 不过不好意思,对RNA,不适特别在行,
: 请问,这里怎么提取RNA,然后测RNA呢?
: 总不至于Nanodrop测浓度吧?
: 还有弄成cDNA之后,用随机引物合成dsDNA?
: 谢谢先了;-)

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f*g
37
同诧异
偶知道的娃娃,大概要20个月才利索的说话,18个月的时候就算认得也说不出来啊
不过,提前几个月也实在没啥意思啊

So

【在 V*********o 的大作中提到】
: you must have a very smart kid at home.
: I know about 20 kids in person. None of them knew alphabet at 18 months. So
: , IMHO, it's a marvelous skill for a 18 months. Maybe i am like a frog at
: the bottom of a well. :-(

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l*1
38
用GFP UV-corissing immunoprecipitated mRNAs assay
pls refer,
>
GFP-Based Method for Detection of mRNA-Protein Interactions
HeLa cells expressing N- or C-terminally EGFP/YFP-tagged proteins (Table S7)
were induced with tetracycline, irradiated with UV light, and lysed. GFP-
binding protein (GBP; GFP agarose trap, Chromotek)-immunoprecipitated mRNAs
were detected using an oligo(dT)25 probe fused to TRed dye (Sigma).
RNAs coimmunoprecipitated with GFP/YFP-tagged proteins were identified by
RNASeq. Detailed protocols can be found in the Supplemental Information.
cited from
Cell. (2012).149:1393-406.
Insights into RNA biology from an atlas of mammalian mRNA-binding proteins.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22658674
PDf link:
HTTP double dot//rnajc.ucsf.edu/sites/rnajc.ucsf.edu/files/
CastelloArticlePlusSupplementalJune2012.pdf
or
Nat Protoc. (2013). 8: 491-500.
System-wide identification of RNA-binding proteins by interactome capture.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23411631
more alternative methods such as
Proc Natl Acad Sci U S A. (2013). 110: 5416-21.
RNA-protein analysis using a conditional CRISPR nuclease.
pls check
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?linkname=pubmed_pubmed_cited
then S(earch)I(t)(by)Y(ourself)..

【在 r**a 的大作中提到】
: 谢谢各位的建议。
: 目前,我们还不准备做RNA-seq,觉得耗费是不是太大了
: 我们第一步,只是想证明这个是RNA binding的蛋白
: 我们目前有一个myc tag的蛋白,在转在果蝇里面(我们是做果蝇的),而且是
: functional的,所以可以用这个抗体,但是在果蝇里面好象没有好的办法标记RNA (我
: 不知道能不能尝试,用oligo dT的beads,pulldown,能不能拉下我的蛋白?)
: 还有一个,我们已经在那个HTH motif做了点突变,有几个突变体有很好的现象,
: 所以我们还想进一步证明,这个作用是通过这个区域进行的。
: 所以,只要是一个体外的实验,证明上面两点就可以了。
: midwestPhD大哥的方法不错,就是我个人对这个EMSA有点怵(听说挺麻烦的),以前硕

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r*e
39
你得奔个你孩子才能服众。

【在 z**c 的大作中提到】
: 以表现是我双重性格 :)
: 以虎妈老大的资质,不折腾的话,顶多去个州立,现在去哈佛,这是实实在在的效果。
: 没有规矩不成方圆。 孩子懂什么, 大人得教,爱好得培养,幸福? 也得培养。
: 昨晚看到了一个关于幼儿启蒙的Video Clip。 说婴幼儿哭是天生的而笑不是,笑是模
: 仿家长表情。 当时我就震惊了。

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j*n
40
RNA protection assay.
Crosslink, then RNase digest, then qPCR or other
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l*O
41
我家老大就会. 所以当时听别人说他们家小孩不会,我都很惊讶。不过我家老二三岁才
认全,我终于明白。

So

【在 V*********o 的大作中提到】
: you must have a very smart kid at home.
: I know about 20 kids in person. None of them knew alphabet at 18 months. So
: , IMHO, it's a marvelous skill for a 18 months. Maybe i am like a frog at
: the bottom of a well. :-(

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h*h
42
如果是yeast的话可以试试用tagged U1A去pulldown对应的mRNA然后看看你的蛋白在不
在mRNA上面
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b*l
43
你们老大比老二现在聪明很多吗?

【在 l*****O 的大作中提到】
: 我家老大就会. 所以当时听别人说他们家小孩不会,我都很惊讶。不过我家老二三岁才
: 认全,我终于明白。
:
: So

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r*a
44
谢谢大家的建议。
和老板讨论了一下,他建议简单的先来,
就IP拉下RNA,然后用random primer,看能不能弄下条带了
试试看吧,不知道行不行!

【在 r**a 的大作中提到】
: 我们研究的一个蛋白,有一个HTH motif
: 以前的文章证明它可以in vitro结合DNA,但是10多年来一直没有后续进展
: 我们觉得,它可能实际上结合的是RNA
: 它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
: 同时有报道它可以和ribosome结合,可能通过RNA方式
: 现在,我们不知道它倒底结合什么RNA
: 有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢?

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z*c
45
按照科学的观点来说,婴儿的神经发育在出生的时候还极不完善。 比如视觉非常差。
最早发育的唇部神经,因为这是关系到生命的。 记得刚生老大在医院的时候,一直哭
,我们都抓瞎,不知道什么原因。 然后我太太的死党来了,她已经有孩子了,把手指
头往唇边一拨弄,我老大立马顺做手指头就过去了。 然后我太太的死党肯定地说,饿
了。 果然是。

【在 w*********w 的大作中提到】
: 我儿子生出来第一天就会笑,难道也是模仿?
: 我听朋友说宝宝笑是在回忆上辈子开心的事儿

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b*k
46

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~请问这个筛选是怎么做的呢?
我感觉RBP是一个比较难做的领域,可能是一个金矿。

【在 r**a 的大作中提到】
: 我们研究的一个蛋白,有一个HTH motif
: 以前的文章证明它可以in vitro结合DNA,但是10多年来一直没有后续进展
: 我们觉得,它可能实际上结合的是RNA
: 它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
: 同时有报道它可以和ribosome结合,可能通过RNA方式
: 现在,我们不知道它倒底结合什么RNA
: 有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢?

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h*e
47
看你这题目起的,吸引眼球也不能这么糟蹋你自己的名声不是?

【在 z**c 的大作中提到】
: 以表现是我双重性格 :)
: 以虎妈老大的资质,不折腾的话,顶多去个州立,现在去哈佛,这是实实在在的效果。
: 没有规矩不成方圆。 孩子懂什么, 大人得教,爱好得培养,幸福? 也得培养。
: 昨晚看到了一个关于幼儿启蒙的Video Clip。 说婴幼儿哭是天生的而笑不是,笑是模
: 仿家长表情。 当时我就震惊了。

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r*a
48
lotkaeuler11的回复里,好几个文章都是讲这个的
我就是主要看的其中的一个cell文章

【在 b******k 的大作中提到】
:
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~请问这个筛选是怎么做的呢?
: 我感觉RBP是一个比较难做的领域,可能是一个金矿。

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z*c
49
又有字不认识了? 怎么跟大妈们聊个天,就这么困难呐?

【在 h*********e 的大作中提到】
: 看你这题目起的,吸引眼球也不能这么糟蹋你自己的名声不是?
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a*e
50
crosslink,
IP,
+/- RNaseA/T1
purify nucleic acid
p32 labeling,
PAGE
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h*e
51
你不知道,和从前比,他的中文已经出落得灰常灰常好了,最近好几个帖子都能让人懂
个八九不离十。
以前,那才是惨不忍睹,每次读都抓心抓肝地郁闷。。。

【在 s******t 的大作中提到】
: 楼主大叔的中文真是值得worry啊。
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v*a
52

good idea

【在 f*********9 的大作中提到】
: 用crispr/cas9
: 给这个蛋白的chr上加个tag然后做RNA IP
: 或者用biotin label 的oligo pulldown RNA 核protein 做protein seq

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a*n
53
用小角中子散射可行

【在 r**a 的大作中提到】
: 我们研究的一个蛋白,有一个HTH motif
: 以前的文章证明它可以in vitro结合DNA,但是10多年来一直没有后续进展
: 我们觉得,它可能实际上结合的是RNA
: 它在几个大规模RNA binding protein的筛选里被发现
: 同时有报道它可以和ribosome结合,可能通过RNA方式
: 现在,我们不知道它倒底结合什么RNA
: 有什么好的方法可以证明这个是RNA结合蛋白呢?

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m*i
54
这个是最靠谱的。要跑SDS-PAGE,再转上nitrocellulose,然后曝光用phosphoimager
看。用高浓度RNase,这样如果看到的条带是和protein MW差不多就是了。negative
ctrl用IgG和没有UV x-link
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