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中科大发现新型生命“暗物质” 与一系列重大疾病有关

中科大发现新型生命“暗物质” 与一系列重大疾病有关# Biology - 生物学

i*m2015-02-22 08:02

1 楼

一个大公司已经ONSITE2个礼拜了(我是第一个ONSITE的，我后面还有3个候选人)，下面
的邮件是ONSITE后4天HR给我发的，之后就没回音了，要不要问下HR具体什么时候给消
息？我人都快等奔溃了
----------------------------
Hi XXX:
I just wanted to keep you posted on the XXX position.You did very well in
the interview.We are still in the process of interviewing a few more
candidates, and hope to have a decision in the next couple of weeks.
We are in the process of opening up another req that may be a better fit for
your skills – more XXX.
Stay tuned. I'll get back to you as soon.
XXX

l*n2015-02-22 08:02

2 楼

做什么都是没用的，看看这个视频就知道了。
http://video.sina.com.cn/p/news/w/v/2013-08-13/130862780185.htm
我也是苦等的EB2C一枚，但看完这个视频，心里平静了很多。

j*h2015-02-22 08:02

3 楼

中科大发现新型生命“暗物质” 与一系列重大疾病有关
非编码RNA（核糖核酸），被称为生命体中 “暗物质”。日前，中国科学技术大学单革
教授实验室发现一类新型环状非编码RNA，并揭示了此类非编码RNA的功能和功能机理。
成果发表在国际知名杂志《自然·结构和分子生物学》上。
非编码RNA是一大类不编码蛋白质，但在细胞中起着调控作用的RNA分子。正如宇宙间存
在着许多既看不到也感觉不到的“暗物质”“暗能量”一样，在生命体这个“小宇宙”
中，也存在这样的神秘“暗物质”——非编码RNA。
越来越多的证据表明，一系列重大疾病的发生发展与非编码RNA调控失衡相关。
环形RNA分子最近数年才引起研究人员注意，而此前的研究主要集中于线形RNA分子。单
革教授实验室发现的新型环状非编码RNA，被命名为外显子-内含子环形RNA。在论文中
，他们还对这类新型环状非编码RNA为何会成为环形而不是线形分子进行了研究，发现
成环序列两端经常会有互补的重复序列存在

k*j2015-02-22 08:02

4 楼

距离HR给你发信有隔了一个礼拜了吧？当然可以followup问一下。

for

【在 i******m 的大作中提到】

: 一个大公司已经ONSITE2个礼拜了(我是第一个ONSITE的，我后面还有3个候选人)，下面
: 的邮件是ONSITE后4天HR给我发的，之后就没回音了，要不要问下HR具体什么时候给消
: 息？我人都快等奔溃了
: ----------------------------
: Hi XXX:
: I just wanted to keep you posted on the XXX position.You did very well in
: the interview.We are still in the process of interviewing a few more
: candidates, and hope to have a decision in the next couple of weeks.
: We are in the process of opening up another req that may be a better fit for
: your skills – more XXX.

m*u2015-02-22 08:02

5 楼

赞俺科大新发现!
没想到俺研究多年的粒子物理的“暗物质” 与生物研究的一系列重大疾病有关.
希望更多的生物人能沿着科大发现而有更多发现.

i*m2015-02-22 08:02

6 楼

应该怎么问呢？
什么时候给消息？
我不知道couple of week到底什么意思
一般内部开个新的职位要多久啊？

【在 k*j 的大作中提到】

: 距离HR给你发信有隔了一个礼拜了吧？当然可以followup问一下。
:
: for

v*e2015-02-22 08:02

7 楼

说明科大也想进入生物领域，好多发paper

k*j2015-02-22 08:02

8 楼

就正常followup呀，有什么就问什么呗。他们不会因为你followup而对你减分的吧，你
之前表现又不错，现在正好去探一下口风。就是不要太频繁的followup。

r*t2015-02-22 08:02

9 楼

RNA不是从来都很多茎环结构吗？他们的这个环有啥特别的？

P*A2015-02-22 08:02

10 楼

Based on the 2nd part of the letter, it sounds like they either picked
another candidate or are going to find more candidates for interview.

n*72015-02-22 08:02

11 楼

这个研究能发nature子刊应该还是有些新东西的
但是这个报道纯粹瞎叨叨
lncRNA都火了多少年了？

i*m2015-02-22 08:02

12 楼

第二个是一个内部新职位，比我面试的那个高一级（我面的那个估计达不到我的工资要
求），新职位没有发在网上的，HR已经把具体的新职位描述发给我了

【在 P***A 的大作中提到】

: Based on the 2nd part of the letter, it sounds like they either picked
: another candidate or are going to find more candidates for interview.

v*e2015-02-22 08:02

13 楼

Those journalists...

【在 n******7 的大作中提到】

: 这个研究能发nature子刊应该还是有些新东西的
: 但是这个报道纯粹瞎叨叨
: lncRNA都火了多少年了？

P*A2015-02-22 08:02

14 楼

It sounds like they created the 2nd position for your qualification. It
should be a great news. Don't worry. Everything will be all right.

F*Q2015-02-22 08:02

15 楼

科大的生物文章如果没有得到Sunnyday的表态支持... 呵呵

【在 j**h 的大作中提到】

: 中科大发现新型生命“暗物质” 与一系列重大疾病有关
: 非编码RNA（核糖核酸），被称为生命体中 “暗物质”。日前，中国科学技术大学单革
: 教授实验室发现一类新型环状非编码RNA，并揭示了此类非编码RNA的功能和功能机理。
: 成果发表在国际知名杂志《自然·结构和分子生物学》上。
: 非编码RNA是一大类不编码蛋白质，但在细胞中起着调控作用的RNA分子。正如宇宙间存
: 在着许多既看不到也感觉不到的“暗物质”“暗能量”一样，在生命体这个“小宇宙”
: 中，也存在这样的神秘“暗物质”——非编码RNA。
: 越来越多的证据表明，一系列重大疾病的发生发展与非编码RNA调控失衡相关。
: 环形RNA分子最近数年才引起研究人员注意，而此前的研究主要集中于线形RNA分子。单
: 革教授实验室发现的新型环状非编码RNA，被命名为外显子-内含子环形RNA。在论文中

i*m2015-02-22 08:02

16 楼

嗯，根据我的理解，就是这个意思，不过大公司怎么那么慢啊？
我不好意思跟在人家屁股后面催，真是烦！

【在 P***A 的大作中提到】

: It sounds like they created the 2nd position for your qualification. It
: should be a great news. Don't worry. Everything will be all right.

s*y2015-02-22 08:02

17 楼

我这算不算被躺枪？
这篇报道写得乱七八糟，估计是个文科记者写的，把好好一片研究论文写得那么恶心。
给科学家们填堵。
他们这篇文章其实还是非常有意思的，因为他们发现了一种non-coding RNA的全新结构
。在科大版上听说他们的文章其实是先送到主刊审的，被虐了好几轮之后只好settle在
子刊了。如果是个大牛实验室送审的话，估计就直接主刊了。

【在 F*Q 的大作中提到】

: 科大的生物文章如果没有得到Sunnyday的表态支持... 呵呵

P*A2015-02-22 08:02

18 楼

Totally understand how you feel. Probably try to continue look that will
alleviate some pressure.

s*s2015-02-22 08:02

19 楼

其实很多不错的研究，就是被这种脑残文科记者把名声搞差的。

【在 j**h 的大作中提到】

j*a2015-02-22 08:02

20 楼

相当有希望啊，而且是给你量身定做的新位置。
恭喜！

【在 i******m 的大作中提到】

: 嗯，根据我的理解，就是这个意思，不过大公司怎么那么慢啊？
: 我不好意思跟在人家屁股后面催，真是烦！

x*e2015-02-22 08:02

21 楼

看挂了一大串作者就觉得烦

【在 j**h 的大作中提到】

i*m2015-02-22 08:02

22 楼

好像是这个意思，我面试该发挥的都发挥了，没有什么失误。
不过公司怎么弄的那么慢呢？都等的焦头烂额了，晚上做梦都梦到这个工作了，哎

【在 j*******a 的大作中提到】

: 相当有希望啊，而且是给你量身定做的新位置。
: 恭喜！

v*e2015-02-22 08:02

23 楼

生物的文章，还有第一页放不下作者的，要spill到第二页去。

【在 x********e 的大作中提到】

: 看挂了一大串作者就觉得烦

J*72015-02-22 08:02

24 楼

很有希望，给你量身订做一个

x*e2015-02-22 08:02

25 楼

那种omics的烧钱大作，搞一两百个作者都有可能

【在 v*******e 的大作中提到】

:
: 生物的文章，还有第一页放不下作者的，要spill到第二页去。

x*12015-02-22 08:02

26 楼

星期天名气太大，被名声所累阿。

s*y2015-02-22 08:02

27 楼

很多应该都是在revision的时候加进去的。他们先投的主刊，然后可能被提了一大堆批
评意见，为了在限制时间内补完就只好求一堆其他实验室的人来帮忙

【在 x********e 的大作中提到】

: 看挂了一大串作者就觉得烦

M*P2015-02-22 08:02

28 楼

环状rna是最近的热门。以前不管二级结构如何，总体认为rna都是线性结构。两三年前
才发现很多RNA是环状的。

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8

【在 j**h 的大作中提到】

s*y2015-02-22 08:02

29 楼

以前说的那些环状结构一般都是些小stem，小loop串在一根绳子上的那种感觉。
这个文章里提到的那个分子整体就是一个环状结构，而且是一个很稳定的环状结构。
当然，如果真的要认真的话，tRNA其实也是一个稳定的环状结构。这个可能是第一个报
道明确证实说lncRNA也能采取这种构型吧。

【在 r*****t 的大作中提到】

: RNA不是从来都很多茎环结构吗？他们的这个环有啥特别的？

T*y2015-02-22 08:02

30 楼

中科大发现新型生命“暗物质” ---并命名为DNA。中科大再次拉起中国人民站起来了
！！

a*k2015-02-22 08:02

31 楼

昨天过年被某亲戚问，说你知不知道一个报道，说中国哪个大学的研究人员发现了个暗
物质，能治好多疾病。我受不了的说，以后这种民科的新闻不要问我。。现在再一看这
详细报道我也是醉了

【在 s******y 的大作中提到】

: 我这算不算被躺枪？
: 这篇报道写得乱七八糟，估计是个文科记者写的，把好好一片研究论文写得那么恶心。
: 给科学家们填堵。
: 他们这篇文章其实还是非常有意思的，因为他们发现了一种non-coding RNA的全新结构
: 。在科大版上听说他们的文章其实是先送到主刊审的，被虐了好几轮之后只好settle在
: 子刊了。如果是个大牛实验室送审的话，估计就直接主刊了。

x*e2015-02-22 08:02

32 楼

我扫了一眼paper没搞懂啊。如果本身是环状RNA跟质粒结构一样的话，怎么做RT-PCR？
他们RT-PCR还用oligo dT做引物呢。就算是环状用随机引物RT也会变线性吧？

【在 s******y 的大作中提到】

:
: 以前说的那些环状结构一般都是些小stem，小loop串在一根绳子上的那种感觉。
: 这个文章里提到的那个分子整体就是一个环状结构，而且是一个很稳定的环状结构。
: 当然，如果真的要认真的话，tRNA其实也是一个稳定的环状结构。这个可能是第一个报
: 道明确证实说lncRNA也能采取这种构型吧。

x*e2015-02-22 08:02

33 楼

只是互补的话PCR的时候能成功吗，特别是flank两个exon的PCR？

【在 s******y 的大作中提到】

s*62015-02-22 08:02

34 楼

Circular RNAs are RNA molecules with covalently joined 3' and 5'
ends formed by back-splicing

x*e2015-02-22 08:02

35 楼

能解释一下circular RNA RT-PCR是怎么做的吗

【在 s****6 的大作中提到】

: Circular RNAs are RNA molecules with covalently joined 3' and 5'
: ends formed by back-splicing

s*y2015-02-22 08:02

36 楼

我去仔细看了一下那个文章，发现你才是对的，他们发现的这个分子的确是真正的环状
结构，头尾是由covalent linking的。
（http://www.nature.com/nsmb/journal/vaop/ncurrent/full/nsmb.2959.html）
所以我把我的原文给删了，谢谢指正！

【在 s****6 的大作中提到】

: Circular RNAs are RNA molecules with covalently joined 3' and 5'
: ends formed by back-splicing

s*62015-02-22 08:02

37 楼

http://www.nature.com/srep/2015/150127/srep08057/full/srep08057
The authors said:"For circRNAs, specific TaqMan RT-qPCR systems with either
one primer or the probe covering the back-splice junction were designed."

【在 x********e 的大作中提到】

: 能解释一下circular RNA RT-PCR是怎么做的吗

x*e2015-02-22 08:02

38 楼

问题是method里说RT用的是随机引物或者oligo dT,这能转录出环状cDNA? 用环状cDNA
做qPCR我能理解。

either

【在 s****6 的大作中提到】

:
: http://www.nature.com/srep/2015/150127/srep08057/full/srep08057
: The authors said:"For circRNAs, specific TaqMan RT-qPCR systems with either
: one primer or the probe covering the back-splice junction were designed."

s*y2015-02-22 08:02

39 楼

只要引物能结合上，为什么不能？
比方说site-directed mutagenesis 就是用PCR整个儿拷贝一个环状质粒

cDNA

【在 x********e 的大作中提到】

: 问题是method里说RT用的是随机引物或者oligo dT,这能转录出环状cDNA? 用环状cDNA
: 做qPCR我能理解。
:
: either

O*42015-02-22 08:02

40 楼

星期天也有外行的时候，少见啊，哈哈。
这个不是第一个报导lincRNA 是环状的，最早90年代就发现circRNA了，后来的miRNA
sponge 也是。还有tRNA 的 intron 在splicing 后也可以产生circular RNA. 这个文
章上主刊还是有些困难的，因为机理上还有太多不明白的地方，有些结果也可能有
aritifact 的因素在里面。
不过这个记者可够扯淡的，科大推广自己的结果我可以理解，但找这么个外行出来有些
笑话了。

【在 s******y 的大作中提到】

: 只要引物能结合上，为什么不能？
: 比方说site-directed mutagenesis 就是用PCR整个儿拷贝一个环状质粒
:
: cDNA

s*y2015-02-22 08:02

41 楼

呵呵，我上面已经承认我对这个领域确实不熟了。
这个报道应该不是科大自己写的，估计就是内部写了个通信稿然后发给相关新闻机构了
，然后新闻机构半懂不懂的发挥了一下就成这样了。
就象当时报道清华的颜宁的时候说她的研究攻克了癌症能饿死癌细胞一样，不太可能她
真的对记者这么说的，估计就是记者断章取义给发挥了一下吧。
而且科大要推自己的研究成果的话没有必要推这篇啊，就算是潘老师和郭老师的量子通
信已经让大家审美疲劳了，那还有化学学院物理学院的一堆其他Nature/
Science啊，再不行还有生物学院的前不久的Cell paper 啊。

【在 O********4 的大作中提到】

: 星期天也有外行的时候，少见啊，哈哈。
: 这个不是第一个报导lincRNA 是环状的，最早90年代就发现circRNA了，后来的miRNA
: sponge 也是。还有tRNA 的 intron 在splicing 后也可以产生circular RNA. 这个文
: 章上主刊还是有些困难的，因为机理上还有太多不明白的地方，有些结果也可能有
: aritifact 的因素在里面。
: 不过这个记者可够扯淡的，科大推广自己的结果我可以理解，但找这么个外行出来有些
: 笑话了。

O*42015-02-22 08:02

42 楼

很容易，随机引物RT, 再用的引物做PCR. 讲究些的要用RNase R 处理一下去
掉artifact.

【在 x********e 的大作中提到】

: 能解释一下circular RNA RT-PCR是怎么做的吗

O*42015-02-22 08:02

43 楼

倒也是，不过发了文章找记者推广一下在美国也很普遍，只是这个记者找得太弱，连这
个文章的最大亮点都没说出来。发现circular RNA 不是新鲜，而他们提出了一个
circular RNA 的新功能，就是可以促进常规编码基因的转录，这才是最大亮点。

【在 s******y 的大作中提到】

: 呵呵，我上面已经承认我对这个领域确实不熟了。
: 这个报道应该不是科大自己写的，估计就是内部写了个通信稿然后发给相关新闻机构了
: ，然后新闻机构半懂不懂的发挥了一下就成这样了。
: 就象当时报道清华的颜宁的时候说她的研究攻克了癌症能饿死癌细胞一样，不太可能她
: 真的对记者这么说的，估计就是记者断章取义给发挥了一下吧。
: 而且科大要推自己的研究成果的话没有必要推这篇啊，就算是潘老师和郭老师的量子通
: 信已经让大家审美疲劳了，那还有化学学院物理学院的一堆其他Nature/
: Science啊，再不行还有生物学院的前不久的Cell paper 啊。

z*t2015-02-22 08:02

44 楼

circRNA平均有多大？
RT－qPCR的amplicon一般要在100-200bp之间，要知道back splicing的site才能设计RT
引物吧？

【在 O********4 的大作中提到】

: 很容易，随机引物RT, 再用的引物做PCR. 讲究些的要用RNase R 处理一下去
: 掉artifact.

O*42015-02-22 08:02

45 楼

一般是几十－10k, 也许更大。
是要知道back splicing site。

RT

【在 z*t 的大作中提到】

: circRNA平均有多大？
: RT－qPCR的amplicon一般要在100-200bp之间，要知道back splicing的site才能设计RT
: 引物吧？

z*t2015-02-22 08:02

46 楼

最近有几篇讲为啥circRNA可以形成的文章大家可以看看
Expanded identification and characterization of mammalian circular RNAs
http://genomebiology.com/2014/15/7/409
Short intronic repeat sequences facilitate circular RNA production
http://genesdev.cshlp.org/content/28/20/2233

【在 O********4 的大作中提到】

s*y2015-02-22 08:02

47 楼

是的，他们发现的lncRNA可以调节常规编码基因的转录的确是这个文章的最大亮点。

【在 O********4 的大作中提到】

: 倒也是，不过发了文章找记者推广一下在美国也很普遍，只是这个记者找得太弱，连这
: 个文章的最大亮点都没说出来。发现circular RNA 不是新鲜，而他们提出了一个
: circular RNA 的新功能，就是可以促进常规编码基因的转录，这才是最大亮点。

x*e2015-02-22 08:02

48 楼

QuickChange P出来的质粒是有nick的，需要转化后用宿主的酶去repair。RT-PCR逆转
录出来如果有nick，那降解template的时候就不是环状了啊。如果是RT后用了nick
repair的ligase，怎么知道是in vivo的环状而不是实验造成的artifact？

【在 s******y 的大作中提到】

: 只要引物能结合上，为什么不能？
: 比方说site-directed mutagenesis 就是用PCR整个儿拷贝一个环状质粒
:
: cDNA

O*42015-02-22 08:02

49 楼

看来你不常做分子生物学。RT的产物不需要nick repair 或ligation啊，就像通常做就
可以了。RT 的产物是linear DNA的，只不过跨过circRNA特有的splice Junction. 比
如你用一个基因里反向的引物做PCR， linear mRNA 就没产物，而circular RNA 才会
有产物，再一测序发现你的产物上exon 4连到exon 3 的5' end 了，这就证明了是环
状。

－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
还有你可以用外切酶RNase R 处理一下，线性的RNA被降解而环状不降解。
最早发现circRNA 的是通过90年代开始大规模测EST （那时还没有RNA-seq ) ，发现
许多mRNA 的exon order 反了, 这不是由于trans-splicing 就是由于 back splicing
，结果这两种splicing方式都存在。还有circRNA 是可以被翻译成protein 的，所以也
不能说它纯粹是非编码，呵呵。

【在 x********e 的大作中提到】

: QuickChange P出来的质粒是有nick的，需要转化后用宿主的酶去repair。RT-PCR逆转
: 录出来如果有nick，那降解template的时候就不是环状了啊。如果是RT后用了nick
: repair的ligase，怎么知道是in vivo的环状而不是实验造成的artifact？

x*e2015-02-22 08:02

50 楼

RT-PCR我还是做的，我就是知道RT产物是linear DNA才觉得sunnyday说RT可以产生环状
cDNA有问题。之所以问这个实验细节是因为RT-PCR那个实验画的示意图是环状cDNA。

splicing

【在 O********4 的大作中提到】

: 看来你不常做分子生物学。RT的产物不需要nick repair 或ligation啊，就像通常做就
: 可以了。RT 的产物是linear DNA的，只不过跨过circRNA特有的splice Junction. 比
: 如你用一个基因里反向的引物做PCR， linear mRNA 就没产物，而circular RNA 才会
: 有产物，再一测序发现你的产物上exon 4连到exon 3 的5' end 了，这就证明了是环
: 状。
:
: －－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
: 还有你可以用外切酶RNase R 处理一下，线性的RNA被降解而环状不降解。
: 最早发现circRNA 的是通过90年代开始大规模测EST （那时还没有RNA-seq ) ，发现
: 许多mRNA 的exon order 反了, 这不是由于trans-splicing 就是由于 back splicing