蛋白结构解析为什么是黑砖窑里的黑砖窑 - 未名空间MITBBS历史存档

蛋白结构解析为什么是黑砖窑里的黑砖窑# Biology - 生物学

v*e2015-11-09 08:11

1 楼

首先蛋白表达纯化是个体力活，结晶有时候需要数十毫克级别的高纯度蛋白，运气好能
表达量高，下面就是纯化，纯化无非各种层析，各种柱子尝试一遍，然后非native状态
纯化的蛋白还需要折叠复性，最后结晶，更是规律性比较低，要优化各种条件长结晶，
以至于有了优化条件的机器人，说明本身就是机械简单重复劳动。每次的成功对下一次
目标蛋白指导意义十分有限。
其次，更苦逼的是做结晶的几乎都是跟屁虫，为什么要做什么蛋白，主动权根本不在做
结晶的人手里，都是跟在别人后面，别人比如陈志坚发现cGAS更功能和重要性，做结晶
的就一窝蜂扑上去，这时候老板的地位和消息就显得特别重要，如果能跟陈志坚这样的
牛人搭上关系，就能先人一步。但是大部分组都是盯着CNS，准备大干快上，在这种情
况下，拼的就是资源和运气
最后，解析方法，几乎都是国外的设计的算法，自己利用别人发展的软件把衍射信息构
建成3D结构，这种工作对方法和算法毫无贡献，好比别人造把刀，有人拿去切菜砍骨头
一样，牛的还是打造好刀的人
这也是为什么，许多做生物的人多结构CNS的文章不太觉得有份量的原因，这些结晶除
了回答了一些先前的疑惑，对未来的研究指导价值极为有限

w*l2015-11-09 08:11

2 楼

非常好奇，为啥版上每隔一段时间就有这样的帖子评论做结构的。。。

S*J2015-11-09 08:11

3 楼

因为11g和其弟子yan ning太高调招人烦：）
据我老人家的观察，在这两位回国之前，这个版还真是没有月经似的攻击某一个学科的
，哈哈。

【在 w******l 的大作中提到】

: 非常好奇，为啥版上每隔一段时间就有这样的帖子评论做结构的。。。

T*i2015-11-09 08:11

4 楼

做结构的发CNS如流水一般，惹人嫉妒。用处可疑，让人不服气。

【在 w******l 的大作中提到】

: 非常好奇，为啥版上每隔一段时间就有这样的帖子评论做结构的。。。

d*b2015-11-09 08:11

5 楼

这些都不是重点，重点是结构学解出来的药物作用位点有几分可信？

【在 v********e 的大作中提到】

: 首先蛋白表达纯化是个体力活，结晶有时候需要数十毫克级别的高纯度蛋白，运气好能
: 表达量高，下面就是纯化，纯化无非各种层析，各种柱子尝试一遍，然后非native状态
: 纯化的蛋白还需要折叠复性，最后结晶，更是规律性比较低，要优化各种条件长结晶，
: 以至于有了优化条件的机器人，说明本身就是机械简单重复劳动。每次的成功对下一次
: 目标蛋白指导意义十分有限。
: 其次，更苦逼的是做结晶的几乎都是跟屁虫，为什么要做什么蛋白，主动权根本不在做
: 结晶的人手里，都是跟在别人后面，别人比如陈志坚发现cGAS更功能和重要性，做结晶
: 的就一窝蜂扑上去，这时候老板的地位和消息就显得特别重要，如果能跟陈志坚这样的
: 牛人搭上关系，就能先人一步。但是大部分组都是盯着CNS，准备大干快上，在这种情
: 况下，拼的就是资源和运气

S*J2015-11-09 08:11

6 楼

我是曾经的结构领域的失败者，现在自己的lab已基本完全转功能，我对结构生物学感
情复杂，即欣赏又讨厌。我觉得自己的观点比较客观，呵呵。
我的理解是，应该说得到结构以后发文章比较容易，因为啥都比较clear，也不存在造
假，还有就是比较定量（结构本身是生命科学这个定性学科里最定量的分支了）。但是
如果比较人均cns数目的话，我的观察是跟其他领域没什么区别，如果没有更差的话。
结构的炮灰太多了，我就是其中之一，呵呵。
结构确实存在lz所说的受制于人的特点，基本都是validate别人的发现，小部分时候能
根据结构提出新的见解，但比较少。
但结构能够使很多研究细节化，比如如何改造蛋白和小分子药物，能够更好地帮助搞功
能的同志设计新的实验，等等。还是有其特点和长处的。

【在 T****i 的大作中提到】

: 做结构的发CNS如流水一般，惹人嫉妒。用处可疑，让人不服气。

n*w2015-11-09 08:11

7 楼

正在苦逼的做结构我很有同感。。。

p*y2015-11-09 08:11

8 楼

真是月经贴，结构当然重要，要不然各个大佬都要找做结构的合作，知道有些重要发现
，没有结构支持，science都不会送审。一宫和严mm搞作坊式的方式其实其实破坏了解
结构的乐趣，CNS也有问题，我对CNS狂发膜蛋白结构看不上眼，就一结构，so what，
说的没错，结构确实是苦力活，一个结构的后面会有5到10个炮灰，你们有想过没有。
都想着做结构容易，那是指拿到晶体之后，拿到晶体之前工作量大了去了，做各种不同
的constructs, 试各种不同条件。最可气的是如果你拿不到晶体，即使你做了10年，也
是什么都没有，nothing, period。你们成天拿着漂亮的结构讲来讲去，去解释你们的
生物学现象，有没有想过结这个结构的艰辛。
是的，有的结构很容易，曾经见过半小时出晶体，可是你们知道知道GP120的结构用了
11年！

c*n2015-11-09 08:11

9 楼

我老是科研屌丝，挣钱能糊口就行。
1.很多做结构的人都知道在文章发出来前，只有上帝和你老板还有你知道某蛋白长啥样
。这种满足感就够我老这样的人high一会儿了。
2.一个蛋白终于长晶体并且diffract的很好绝对是努力N年的结果，满足感同上。
3.CNS老发结构paper造成结构容易发大paper的假象，其实啥结构都能发CNS的全世界也
就是那几个lab，90%的结构lab发PNAS都要被虐的体无完肤。

c*n2015-11-09 08:11

10 楼

你已经很大神了吧，结构功能一把抓。一个lab能从头做到尾这辈子就够吃了。参考邵
峰。

【在 S***J 的大作中提到】

: 我是曾经的结构领域的失败者，现在自己的lab已基本完全转功能，我对结构生物学感
: 情复杂，即欣赏又讨厌。我觉得自己的观点比较客观，呵呵。
: 我的理解是，应该说得到结构以后发文章比较容易，因为啥都比较clear，也不存在造
: 假，还有就是比较定量（结构本身是生命科学这个定性学科里最定量的分支了）。但是
: 如果比较人均cns数目的话，我的观察是跟其他领域没什么区别，如果没有更差的话。
: 结构的炮灰太多了，我就是其中之一，呵呵。
: 结构确实存在lz所说的受制于人的特点，基本都是validate别人的发现，小部分时候能
: 根据结构提出新的见解，但比较少。
: 但结构能够使很多研究细节化，比如如何改造蛋白和小分子药物，能够更好地帮助搞功
: 能的同志设计新的实验，等等。还是有其特点和长处的。

S*J2015-11-09 08:11

11 楼

我是跳大绳的大神，哈哈。我做千老的最后一年就完全改去做了细胞，现在招的第一个
博后是完全做功能的，所以技术上又不懂的可以请教我的博后，哈哈。
其实我感觉结构出身转功能还比较简单，当然是转生化细胞这种方向，不是特别“功能
”的方向。你看邵峰和谢灿都是结构出身啊，转功能后做的还不错。

【在 c**********n 的大作中提到】

: 你已经很大神了吧，结构功能一把抓。一个lab能从头做到尾这辈子就够吃了。参考邵
: 峰。

e*s2015-11-09 08:11

12 楼

个人感觉。
做结构的分子生物学和蛋白技术基本功好。
细胞什么的，其实学起来相对简单。

【在 S***J 的大作中提到】

: 我是跳大绳的大神，哈哈。我做千老的最后一年就完全改去做了细胞，现在招的第一个
: 博后是完全做功能的，所以技术上又不懂的可以请教我的博后，哈哈。
: 其实我感觉结构出身转功能还比较简单，当然是转生化细胞这种方向，不是特别“功能
: ”的方向。你看邵峰和谢灿都是结构出身啊，转功能后做的还不错。

x*h2015-11-09 08:11

13 楼

上面几个ID传播的是正能量

v*m2015-11-09 08:11

14 楼

结构千老也就在学界充大牛。
那些结构生物千老的微末蛋白层析和分析技能放到化工专业和仪器分析化学专业只有被
耻笑的分。
蛋白纯化的层析化学理论和晶体衍射，晶体群的物理理论，几个生物千老懂？能发展新
方法吗？
生物千老之所以滞销是因为理论基础太差，从头到尾都在做没理论深度的集邮游戏。

【在 e****s 的大作中提到】

: 个人感觉。
: 做结构的分子生物学和蛋白技术基本功好。
: 细胞什么的，其实学起来相对简单。

S*J2015-11-09 08:11

15 楼

这个说的没错，我之前在版上就嘲笑过yan ning晶体学理论很差，别说群论了，就连最
最基本的对称操作她都不懂。11g和yan ning实验室出来的学生，其晶体学基本功更是
惨不忍睹。
但是虽然鄙视其理论功底，yan ning在生化和结晶实验技术上还是很敏锐很有行动力的
，这也是她能做得很好的原因。其实没必要强求每一个科研工作者都能从理论到实验都
精通，各有所长已经足够好了。

【在 v**********m 的大作中提到】

: 结构千老也就在学界充大牛。
: 那些结构生物千老的微末蛋白层析和分析技能放到化工专业和仪器分析化学专业只有被
: 耻笑的分。
: 蛋白纯化的层析化学理论和晶体衍射，晶体群的物理理论，几个生物千老懂？能发展新
: 方法吗？
: 生物千老之所以滞销是因为理论基础太差，从头到尾都在做没理论深度的集邮游戏。

e*s2015-11-09 08:11

16 楼

你要真了解化工、仪分，就知道，将这些技术应用在蛋白上，是巨大的挑战。
你要不在蛋白领域做上若干年，搞上N个蛋白，还是不要随便想当然了。
了解蛋白结构和功能是目标，并不如分析之类的，以开发新方法为主。要说新方法，这
些年，做蛋白的新方法也多了去了。表达、纯化、固定化等等就不说了。很多检测，蛋
白都不能直接用的，需要修饰、标记、增加相互作用，等等。

【在 v**********m 的大作中提到】

: 结构千老也就在学界充大牛。
: 那些结构生物千老的微末蛋白层析和分析技能放到化工专业和仪器分析化学专业只有被
: 耻笑的分。
: 蛋白纯化的层析化学理论和晶体衍射，晶体群的物理理论，几个生物千老懂？能发展新
: 方法吗？
: 生物千老之所以滞销是因为理论基础太差，从头到尾都在做没理论深度的集邮游戏。

I*e2015-11-09 08:11

17 楼

这年月做结构不根不需要懂那些。等你的蛋白衍射数据解不下去的时候再找个懂行的问
一下就完了l

【在 S***J 的大作中提到】

: 这个说的没错，我之前在版上就嘲笑过yan ning晶体学理论很差，别说群论了，就连最
: 最基本的对称操作她都不懂。11g和yan ning实验室出来的学生，其晶体学基本功更是
: 惨不忍睹。
: 但是虽然鄙视其理论功底，yan ning在生化和结晶实验技术上还是很敏锐很有行动力的
: ，这也是她能做得很好的原因。其实没必要强求每一个科研工作者都能从理论到实验都
: 精通，各有所长已经足够好了。

n*72015-11-09 08:11

18 楼

解结构就是淘金
华人民工有着干这行的悠久历史

S*u2015-11-09 08:11

19 楼

晶体群论，也就是对结构简单晶体的第一原理出发的计算比较有用和准确，复杂点的的
分子动态模拟计算都是往实验数据上近似的凑。复杂体系的蛋白结构，就算清楚，功能
也不可能计算定量出来，最多是经验化的归纳分类。学界大佬大的思路就是，实验分析
测功能，对照结构分类摸索摸索。
呵呵

【在 v**********m 的大作中提到】

: 结构千老也就在学界充大牛。
: 那些结构生物千老的微末蛋白层析和分析技能放到化工专业和仪器分析化学专业只有被
: 耻笑的分。
: 蛋白纯化的层析化学理论和晶体衍射，晶体群的物理理论，几个生物千老懂？能发展新
: 方法吗？
: 生物千老之所以滞销是因为理论基础太差，从头到尾都在做没理论深度的集邮游戏。

s*j2015-11-09 08:11

20 楼

"就连最最基本的对称操作她都不懂。"
什么例子?

【在 S***J 的大作中提到】

: 这个说的没错，我之前在版上就嘲笑过yan ning晶体学理论很差，别说群论了，就连最
: 最基本的对称操作她都不懂。11g和yan ning实验室出来的学生，其晶体学基本功更是
: 惨不忍睹。
: 但是虽然鄙视其理论功底，yan ning在生化和结晶实验技术上还是很敏锐很有行动力的
: ，这也是她能做得很好的原因。其实没必要强求每一个科研工作者都能从理论到实验都
: 精通，各有所长已经足够好了。

w*r2015-11-09 08:11

21 楼

结构这种苦逼，低智力含量的工作如果不能发cns,没人愿意做。

s*y2015-11-09 08:11

22 楼

结构千老除了摇菌，钻cold room，还有猫地下室暗无天日的看各种显微镜还会干嘛？对
了，拿手戏wb不能落下。

【在 v**********m 的大作中提到】

: 结构千老也就在学界充大牛。
: 那些结构生物千老的微末蛋白层析和分析技能放到化工专业和仪器分析化学专业只有被
: 耻笑的分。
: 蛋白纯化的层析化学理论和晶体衍射，晶体群的物理理论，几个生物千老懂？能发展新
: 方法吗？
: 生物千老之所以滞销是因为理论基础太差，从头到尾都在做没理论深度的集邮游戏。

v*e2015-11-09 08:11

23 楼

如果自己生化做的好，解析结构就是锦上添花的事情了，结构有用，但是对具体工作指
导意义不大；到目前为止，通过结构发展了的药物只有zanamivir,一种神经酰胺酶抑制
剂，抑制禽流感病毒释放的，除此之外还真没有其他成功的例子

【在 S***J 的大作中提到】

: 我是曾经的结构领域的失败者，现在自己的lab已基本完全转功能，我对结构生物学感
: 情复杂，即欣赏又讨厌。我觉得自己的观点比较客观，呵呵。
: 我的理解是，应该说得到结构以后发文章比较容易，因为啥都比较clear，也不存在造
: 假，还有就是比较定量（结构本身是生命科学这个定性学科里最定量的分支了）。但是
: 如果比较人均cns数目的话，我的观察是跟其他领域没什么区别，如果没有更差的话。
: 结构的炮灰太多了，我就是其中之一，呵呵。
: 结构确实存在lz所说的受制于人的特点，基本都是validate别人的发现，小部分时候能
: 根据结构提出新的见解，但比较少。
: 但结构能够使很多研究细节化，比如如何改造蛋白和小分子药物，能够更好地帮助搞功
: 能的同志设计新的实验，等等。还是有其特点和长处的。

S*J2015-11-09 08:11

24 楼

“基于结构的药物设计”这个提法是很扯淡的，如你所说，目前基于结构从头设计的药
物极少。
然而，高通量筛选得到lead小分子后，复合物的结构解析会很明确的指导怎么modify小
分子，这种例子非常的多。但是这往往不被认为是基于结构的药物设计，我个人感觉应
该叫结构辅助的药物筛选。

【在 v********e 的大作中提到】

: 如果自己生化做的好，解析结构就是锦上添花的事情了，结构有用，但是对具体工作指
: 导意义不大；到目前为止，通过结构发展了的药物只有zanamivir,一种神经酰胺酶抑制
: 剂，抑制禽流感病毒释放的，除此之外还真没有其他成功的例子

v*m2015-11-09 08:11

25 楼

基本同意，如果结构计算模拟能给出直接的药物结构，DE Shaw 早发人生的第二次财了。

【在 S***J 的大作中提到】

: “基于结构的药物设计”这个提法是很扯淡的，如你所说，目前基于结构从头设计的药
: 物极少。
: 然而，高通量筛选得到lead小分子后，复合物的结构解析会很明确的指导怎么modify小
: 分子，这种例子非常的多。但是这往往不被认为是基于结构的药物设计，我个人感觉应
: 该叫结构辅助的药物筛选。

S*J2015-11-09 08:11

26 楼

另外，当然，很多药物都临床了还不知道靶点是什么蛋白的，也有不少，哈哈。
但是我感觉知道靶点还是比不知道要心里踏实，知道了靶点很自然的就想知道药物是怎
么起作用的，这时候想知道结构就很顺其自然了。
不过讨论这些都是无所谓的，反正都是11g的错，谁让他这么招人嫉妒恨呢。不然有多
少人会关注结构呢？

【在 v********e 的大作中提到】

: 如果自己生化做的好，解析结构就是锦上添花的事情了，结构有用，但是对具体工作指
: 导意义不大；到目前为止，通过结构发展了的药物只有zanamivir,一种神经酰胺酶抑制
: 剂，抑制禽流感病毒释放的，除此之外还真没有其他成功的例子

S*J2015-11-09 08:11

27 楼

是他高徒yan ning实验室的GLUT1，算得上是一个非常重要的工作，但是饿死癌细胞那
个提法真是有创造性，令人反感。

【在 v**********m 的大作中提到】

: 基本同意，如果结构计算模拟能给出直接的药物结构，DE Shaw 早发人生的第二次财了。

v*e2015-11-09 08:11

28 楼

完全赞同，筛药还是要高通量，结构辅助用在拿到基本上有效的小分子时候，用来设计
提高小分子的亲和力和特异性，属于后期优化的部分，

【在 S***J 的大作中提到】

: “基于结构的药物设计”这个提法是很扯淡的，如你所说，目前基于结构从头设计的药
: 物极少。
: 然而，高通量筛选得到lead小分子后，复合物的结构解析会很明确的指导怎么modify小
: 分子，这种例子非常的多。但是这往往不被认为是基于结构的药物设计，我个人感觉应
: 该叫结构辅助的药物筛选。

v*e2015-11-09 08:11

29 楼

这个故事是彦宁编的，一个棒子在约翰霍普金斯读博士的时候发现GLUT1在KRAS和BRAF
突变的肠癌细胞里高表达，GLUT1是一个糖转运酶，可以把糖转运到细胞，支持细胞营
养代谢，加速生长，彦宁扑上去把结构解析出来了，说什么，如此这般，癌细胞是可以
饿死的，比如可以通过结构设计一种抑制剂，抑制它的功能，不能转运糖分

【在 v**********m 的大作中提到】

: 基本同意，如果结构计算模拟能给出直接的药物结构，DE Shaw 早发人生的第二次财了。

v*e2015-11-09 08:11

30 楼

这个棒子去了康奈尔做千老，新一期的文章又来了，发在科学上，人家的办法不是饿死
癌细胞，而是发现GLUT1也可以高效转运vitamin C和氧化的Vc(DHA)，DHA可以杀死癌细
胞，这是饿死癌细胞的策略真是贻笑大方

【在 S***J 的大作中提到】

: 是他高徒yan ning实验室的GLUT1，算得上是一个非常重要的工作，但是饿死癌细胞那
: 个提法真是有创造性，令人反感。

S*J2015-11-09 08:11

31 楼

帮我理理逻辑，看理解的对不对。就是说glut1在癌细胞膜上高表达，而且可以高效转
运vc和dha，然后dha可以杀死癌细胞。就是说yan所说的设计glut1的抑制剂来饿死癌细
胞是很搞笑的提法？那可不可以直接用dha在癌组织local用药？

【在 v********e 的大作中提到】

: 这个棒子去了康奈尔做千老，新一期的文章又来了，发在科学上，人家的办法不是饿死
: 癌细胞，而是发现GLUT1也可以高效转运vitamin C和氧化的Vc(DHA)，DHA可以杀死癌细
: 胞，这是饿死癌细胞的策略真是贻笑大方

v*e2015-11-09 08:11

32 楼

理解完全正确，http://www.sciencemag.org/content/early/2015/11/04/science.aaa5004.abstract，静脉注射Vc就可以治疗小鼠的肠癌，机理就是利用glut1可以高表达，Vc可以氧化成DHA，Glut1转运DHA到细胞里，DHA可以在细胞内被还原成VC，这个还原过程导致oxide stress, 然后杀死癌细胞；目前好像一个问题是DHA及其不稳定，不知道能不能找到一种更稳定有效的类似物

【在 S***J 的大作中提到】

: 帮我理理逻辑，看理解的对不对。就是说glut1在癌细胞膜上高表达，而且可以高效转
: 运vc和dha，然后dha可以杀死癌细胞。就是说yan所说的设计glut1的抑制剂来饿死癌细
: 胞是很搞笑的提法？那可不可以直接用dha在癌组织local用药？

m*r2015-11-09 08:11

33 楼

问个小白问题用了11年是说试了11年么？居然还有钱一直供着做擦汗

【在 p****y 的大作中提到】

: 真是月经贴，结构当然重要，要不然各个大佬都要找做结构的合作，知道有些重要发现
: ，没有结构支持，science都不会送审。一宫和严mm搞作坊式的方式其实其实破坏了解
: 结构的乐趣，CNS也有问题，我对CNS狂发膜蛋白结构看不上眼，就一结构，so what，
: 说的没错，结构确实是苦力活，一个结构的后面会有5到10个炮灰，你们有想过没有。
: 都想着做结构容易，那是指拿到晶体之后，拿到晶体之前工作量大了去了，做各种不同
: 的constructs, 试各种不同条件。最可气的是如果你拿不到晶体，即使你做了10年，也
: 是什么都没有，nothing, period。你们成天拿着漂亮的结构讲来讲去，去解释你们的
: 生物学现象，有没有想过结这个结构的艰辛。
: 是的，有的结构很容易，曾经见过半小时出晶体，可是你们知道知道GP120的结构用了
: 11年！

T*e2015-11-09 08:11

34 楼

这女棒很奇疤，JHU读博发science，然后辗转做了好几个千老，又发science，现在终
于找AP了，好像一作就两个science。

【在 v********e 的大作中提到】

: 这个棒子去了康奈尔做千老，新一期的文章又来了，发在科学上，人家的办法不是饿死
: 癌细胞，而是发现GLUT1也可以高效转运vitamin C和氧化的Vc(DHA)，DHA可以杀死癌细
: 胞，这是饿死癌细胞的策略真是贻笑大方

Y*C2015-11-09 08:11

35 楼

只有做结构的还在王婆卖瓜吧

v*e2015-11-09 08:11

36 楼

两篇science很好了

【在 T**********e 的大作中提到】

:
: 这女棒很奇疤，JHU读博发science，然后辗转做了好几个千老，又发science，现在终
: 于找AP了，好像一作就两个science。

p*y2015-11-09 08:11

37 楼

大老板wayne hendrickson有钱。

【在 m*******r 的大作中提到】

: 问个小白问题用了11年是说试了11年么？居然还有钱一直供着做擦汗