关于RNA-seq的生物学重复 - 未名空间MITBBS历史存档

w*42015-11-26 08:11

1 楼

我很菜鸟，家里电脑有啥问题，全是娃爹弄，我半窍不通，而且一点没兴趣鼓捣。现在
想学习一下。
我的电脑大概三年多时间吧，问题是待机时间太短了，而且很脏（有时候看菜谱放厨房
，积了油污啥的），把电脑键盘拆下来挨个清洗，和积灰的地方好好清理清理，待机时
间会不会长一些？操作容易吗？(sony vaio的)

z*12015-11-26 08:11

2 楼

想英文期刊要review，未果，想前辈们请教如何向中文期刊要review？听说中文期刊
非要副教授级的才能做审稿人，有办法解决这个问题吗？
多谢

b*s2015-11-26 08:11

3 楼

通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
测序。
说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
实际发文章这样操作的多吗？

a*w2015-11-26 08:11

4 楼

你的电脑是笔记本吧，待机时间取决于电池，电池会老化的，换个电
池吧。

【在 w*****4 的大作中提到】

: 我很菜鸟，家里电脑有啥问题，全是娃爹弄，我半窍不通，而且一点没兴趣鼓捣。现在
: 想学习一下。
: 我的电脑大概三年多时间吧，问题是待机时间太短了，而且很脏（有时候看菜谱放厨房
: ，积了油污啥的），把电脑键盘拆下来挨个清洗，和积灰的地方好好清理清理，待机时
: 间会不会长一些？操作容易吗？(sony vaio的)

s*n2015-11-26 08:11

5 楼

的确。中文好杂志review要求也很高了，除非有很好的paper或者有人推荐。

O*a2015-11-26 08:11

6 楼

你说的那种根本不现实而且会引入batch effect
不适合

w*42015-11-26 08:11

7 楼

还有，旧的笔记本和台式机大家都怎么处理？我家有个老的dell,旧apple,还有个不能
用的台式机，LG整不好了，主机坏了，显示器还行，放着两年多了。笔记本们倒是还都
能用，dell看着很古董的感觉，运行有点慢其他都好，有十岁了吧，apple就是待机时
间短，字好像比较暗，不那么清楚（不是亮度的问题，看起来不够黑，不那么清楚），
五岁。就放那积灰？

O*a2015-11-26 08:11

8 楼

你说的意思我懂，就是尽可能把生物学重复提前，但是其实然并卵。
你想，独立取样，那你的细胞系是三个不同来源么？还是从一碟细胞平行分出来的？如
果是一个来源的，不又不是生物学重复了吗？
所以，没必要。而且你独立测序，结果variation会很大，还有测序的batch effect，
很难比较。

a*w2015-11-26 08:11

9 楼

一台电脑可以连多个显示器，QQ, weibo, renren, facebook, twitter,
skype, msn, yahoo messenger，能开的都打开。
旧Apple那是字体显示的问题，捐了吧。Dell给孩子玩。
台式机的零件比较容易拆出来，挨个换到新电脑上试试，能用的就留下
来。坏的直接扔了，注意要扔硬盘的话先拿锤子砸烂，没准儿上面有隐
私数据。
有的笔记本比较难拆。

【在 w*****4 的大作中提到】

: 还有，旧的笔记本和台式机大家都怎么处理？我家有个老的dell,旧apple,还有个不能
: 用的台式机，LG整不好了，主机坏了，显示器还行，放着两年多了。笔记本们倒是还都
: 能用，dell看着很古董的感觉，运行有点慢其他都好，有十岁了吧，apple就是待机时
: 间短，字好像比较暗，不那么清楚（不是亮度的问题，看起来不够黑，不那么清楚），
: 五岁。就放那积灰？

d*u2015-11-26 08:11

10 楼

omics的方法里都有技术重复和生物重复；你的这个方法其实是2个combine起来，数据
variation小，其实统计上是站不住脚的，而且有些traits可能看不到了，当然如果是
验证型的实验，估计问题不大；
RNA seq要的量小，技术门槛低，又不贵，至于这么设计么？Proteomics的样本这样
pull起来到比较常见，你可以看看Pantey的文章。

【在 b******s 的大作中提到】

: 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
: 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
: 就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
: 测序。
: 说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
: 实际发文章这样操作的多吗？

a*g2015-11-26 08:11

11 楼

这些东西要回收，交回收费。
（各个州要求不一样）

【在 a*w 的大作中提到】

: 一台电脑可以连多个显示器，QQ, weibo, renren, facebook, twitter,
: skype, msn, yahoo messenger，能开的都打开。
: 旧Apple那是字体显示的问题，捐了吧。Dell给孩子玩。
: 台式机的零件比较容易拆出来，挨个换到新电脑上试试，能用的就留下
: 来。坏的直接扔了，注意要扔硬盘的话先拿锤子砸烂，没准儿上面有隐
: 私数据。
: 有的笔记本比较难拆。

s*r2015-11-26 08:11

12 楼

我靠还有这么做重复的？

【在 b******s 的大作中提到】

: 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
: 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
: 就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
: 测序。
: 说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
: 实际发文章这样操作的多吗？

w*42015-11-26 08:11

13 楼

多谢你的建议啊~
刚发现youtube上有拆vaio笔记本的视频，这下有参考了~

【在 a*w 的大作中提到】

: 一台电脑可以连多个显示器，QQ, weibo, renren, facebook, twitter,
: skype, msn, yahoo messenger，能开的都打开。
: 旧Apple那是字体显示的问题，捐了吧。Dell给孩子玩。
: 台式机的零件比较容易拆出来，挨个换到新电脑上试试，能用的就留下
: 来。坏的直接扔了，注意要扔硬盘的话先拿锤子砸烂，没准儿上面有隐
: 私数据。
: 有的笔记本比较难拆。

x*e2015-11-26 08:11

14 楼

混起来还有什么技术重复？

【在 b******s 的大作中提到】

: 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
: 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
: 就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
: 测序。
: 说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
: 实际发文章这样操作的多吗？

w*t2015-11-26 08:11

15 楼

我家有个很好的台式机，已经2年没打开过了，打算捐了，但一直没折腾这事
还有3台笔记本电脑，没打算洗过，也就是WIPES一下表明
4，5年就差不多要换新的了吧？

【在 w*****4 的大作中提到】

: 还有，旧的笔记本和台式机大家都怎么处理？我家有个老的dell,旧apple,还有个不能
: 用的台式机，LG整不好了，主机坏了，显示器还行，放着两年多了。笔记本们倒是还都
: 能用，dell看着很古董的感觉，运行有点慢其他都好，有十岁了吧，apple就是待机时
: 间短，字好像比较暗，不那么清楚（不是亮度的问题，看起来不够黑，不那么清楚），
: 五岁。就放那积灰？

O*a2015-11-26 08:11

16 楼

我觉得混的时候显然是加barcode的楼主不是很懂

【在 x********e 的大作中提到】

: 混起来还有什么技术重复？

w*42015-11-26 08:11

17 楼

看着在那积灰真不是个事啊，占地方还。问下mm，哪能捐这种东西啊，要钱不？忘了问
anpig，好像说回收要交钱来着，不知道哪收这玩意。。。
4,5年换新的，我家太穷了。。。我这个打算再用几年。。。

【在 w********t 的大作中提到】

: 我家有个很好的台式机，已经2年没打开过了，打算捐了，但一直没折腾这事
: 还有3台笔记本电脑，没打算洗过，也就是WIPES一下表明
: 4，5年就差不多要换新的了吧？

s*s2015-11-26 08:11

18 楼

从来没听说过，会不会别人说multiplex，lz没听懂？
倒是DNA-Seq，目的是找mutation, 测多个library确实有好处，不过也很少
混合library放一块测序的，因为最后有算法上的问题。

【在 b******s 的大作中提到】

: 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
: 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
: 就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
: 测序。
: 说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
: 实际发文章这样操作的多吗？

w*t2015-11-26 08:11

19 楼

我不是还没淘腾这事嘛？肯定有捐的地方，每个城市不一样，你得自己打听

【在 w*****4 的大作中提到】

: 看着在那积灰真不是个事啊，占地方还。问下mm，哪能捐这种东西啊，要钱不？忘了问
: anpig，好像说回收要交钱来着，不知道哪收这玩意。。。
: 4,5年换新的，我家太穷了。。。我这个打算再用几年。。。

s*s2015-11-26 08:11

20 楼

从来没听说过，会不会别人说multiplex，lz没听懂？
倒是DNA-Seq，目的是找mutation, 测多个library确实有好处，不过也很少
混合library放一块测序的，因为最后有算法上的问题。

【在 b******s 的大作中提到】

: 通常生物学重复很简单，就是独立取样，独立提取RNA，独立建库，独立测序。
: 但在实际中很多国内的公司都告诉我最好混样。
: 就是同一处理，同时提取几份RNA，再混起来成为一份样，然后再分开成几份分别建库
: 测序。
: 说这样也包含生物学重复，测序数据重复性也好，便于后面分析。大家怎么看？
: 实际发文章这样操作的多吗？

w*42015-11-26 08:11

21 楼

恩，回头查查，不过估计过一阵子又视而不见鸟。。。

【在 w********t 的大作中提到】

: 我不是还没淘腾这事嘛？肯定有捐的地方，每个城市不一样，你得自己打听

m*T2015-11-26 08:11

22 楼

十有八九是multiplex

【在 s******s 的大作中提到】

: 从来没听说过，会不会别人说multiplex，lz没听懂？
: 倒是DNA-Seq，目的是找mutation, 测多个library确实有好处，不过也很少
: 混合library放一块测序的，因为最后有算法上的问题。