g*1
2 楼
黄牛赚得也是辛苦钱。黄牛比那些手拿iphone,还伸手向父母要钱的小留强多了。
apple暴利,还不准别人贩卖赚钱,如果iphone弄到美国生产,你看那些店小二还不得
求着你买?黄牛贩卖怎么了,apple的那些规定是法律吗?法律不合理的地方还得改呢
。apple不把精力放在产品上,却来搞客户,搞对手,根本放弃创新,一幅商人嘴脸,
已经走上了不归路。
apple暴利,还不准别人贩卖赚钱,如果iphone弄到美国生产,你看那些店小二还不得
求着你买?黄牛贩卖怎么了,apple的那些规定是法律吗?法律不合理的地方还得改呢
。apple不把精力放在产品上,却来搞客户,搞对手,根本放弃创新,一幅商人嘴脸,
已经走上了不归路。
y*m
3 楼
首先要说明的是此文不针对任何个人,只对science。我真心希望韩的文章可以被重复
,而自己也在试着重复。
对于这片文章,我本人有一下几点疑问,看看那位高人能解答一下:
1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特
殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(
无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态);后来直接上一个guide也能行,确实比较神奇。当然,
不能够排除NgAgo本身特殊,就是能够切双链,只是从其类似蛋白结构上讲,可能性很
小。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转
gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如
果继续表达,那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢?难道
transfection效率太低,以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞,因而不行?至
少从这个角度来讲,文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
4. Minor points:文章用bacteria codon 的construct在真核细胞表达蛋白,能有表达
真心不容易。如果用humanized codon,效果岂不更好?文末作者declare no
financial interest,如果这个东西将来有大用途了,还不能有专利呀,太失策了。
希望大家轻拍。
,而自己也在试着重复。
对于这片文章,我本人有一下几点疑问,看看那位高人能解答一下:
1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特
殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(
无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态);后来直接上一个guide也能行,确实比较神奇。当然,
不能够排除NgAgo本身特殊,就是能够切双链,只是从其类似蛋白结构上讲,可能性很
小。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转
gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如
果继续表达,那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢?难道
transfection效率太低,以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞,因而不行?至
少从这个角度来讲,文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
4. Minor points:文章用bacteria codon 的construct在真核细胞表达蛋白,能有表达
真心不容易。如果用humanized codon,效果岂不更好?文末作者declare no
financial interest,如果这个东西将来有大用途了,还不能有专利呀,太失策了。
希望大家轻拍。
l*d
4 楼
发黄的原因很多,有的就是通风不够,有的缺肥、缺水。
d*m
5 楼
我有个做类似工作的朋友也提到了第二点。我不了解,就不评价了。帮楼主顶一下,希
望能看到更多类似的争论。
望能看到更多类似的争论。
r*5
6 楼
【对,还有虫子。 在 lonelycloud (神马都是浮云) 的大作中提到: 】
e*s
7 楼
这个领域不懂。
两个比较通用的质疑:
LZ提的第一点,非常的武断。就算真有这方面的研究,随便说到"无论来自于那个物种
,蛋白就没有活性了。" 这种结论是很难随便做的。Tag种类也很多。
第4点,所谓原核、真核code的质疑。只是一个usage的问题。能够表达太正常了。
Ago
【在 y****m 的大作中提到】
: 首先要说明的是此文不针对任何个人,只对science。我真心希望韩的文章可以被重复
: ,而自己也在试着重复。
: 对于这片文章,我本人有一下几点疑问,看看那位高人能解答一下:
: 1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago
: 蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的
: 。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特
: 殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
: 2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(
: 无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNA
: guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定
两个比较通用的质疑:
LZ提的第一点,非常的武断。就算真有这方面的研究,随便说到"无论来自于那个物种
,蛋白就没有活性了。" 这种结论是很难随便做的。Tag种类也很多。
第4点,所谓原核、真核code的质疑。只是一个usage的问题。能够表达太正常了。
Ago
【在 y****m 的大作中提到】
: 首先要说明的是此文不针对任何个人,只对science。我真心希望韩的文章可以被重复
: ,而自己也在试着重复。
: 对于这片文章,我本人有一下几点疑问,看看那位高人能解答一下:
: 1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago
: 蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的
: 。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特
: 殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
: 2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(
: 无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNA
: guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定
c*6
8 楼
楼主,我有一个不懂 的地方,可能是common sense,但是我正好不懂,不要见笑。
1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特
殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
有没有paper报道在Ago蛋白的C端加tag会使其活性消失或者降低?最好在这里列几篇参
考文献。因为我以前对于好几个蛋白质在C端加FLAG,GFP,都不会影响蛋白的功能,对
于Ago家族的蛋白,我不了解。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(
无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态);后来直接上一个guide也能行,确实比较神奇。当然,
不能够排除NgAgo本身特殊,就是能够切双链,只是从其类似蛋白结构上讲,可能性很
小。
http://www.nature.com/nature/journal/v507/n7491/full/nature1297
Tt-Ago 确实是一次只能切ssDNA造成nicking,这篇文章的figure中使用了一对5‘-P-
siDNA guides(FW and RV)。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转
gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如
果继续表达,那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢?难道
transfection效率太低,以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞,因而不行?至
少从这个角度来讲,文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
这个有可能是两次转染对于细胞的伤害太大。既然同时转染能行,为什么要分步转,逻
辑不通。
4. Minor points:文章用bacteria codon 的construct在真核细胞表达蛋白,能有表达
真心不容易。如果用humanized codon,效果岂不更好?文末作者declare no
financial interest,如果这个东西将来有大用途了,还不能有专利呀,太失策了。
这个human code optimization好像不会特别影响结果,我之前在查那个用于阴性筛选
的DTK基因就没有经过人源化的优化,也能够起作用。
我还是很担心这篇文章有问题,现在闹得这么大,万一一旦被大家确证不可重复的话,
对于国内的科研单位甚至于在海外的华人都将产生无法估量的影响。虽然说日本的小保
方晴子的造假貌似对日本科研界影响不大,但是中国国情不一样,老外本身就是带着有
色眼镜看中国。希望不要出问题。
1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特
殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
有没有paper报道在Ago蛋白的C端加tag会使其活性消失或者降低?最好在这里列几篇参
考文献。因为我以前对于好几个蛋白质在C端加FLAG,GFP,都不会影响蛋白的功能,对
于Ago家族的蛋白,我不了解。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(
无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态);后来直接上一个guide也能行,确实比较神奇。当然,
不能够排除NgAgo本身特殊,就是能够切双链,只是从其类似蛋白结构上讲,可能性很
小。
http://www.nature.com/nature/journal/v507/n7491/full/nature1297
Tt-Ago 确实是一次只能切ssDNA造成nicking,这篇文章的figure中使用了一对5‘-P-
siDNA guides(FW and RV)。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转
gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如
果继续表达,那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢?难道
transfection效率太低,以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞,因而不行?至
少从这个角度来讲,文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
这个有可能是两次转染对于细胞的伤害太大。既然同时转染能行,为什么要分步转,逻
辑不通。
4. Minor points:文章用bacteria codon 的construct在真核细胞表达蛋白,能有表达
真心不容易。如果用humanized codon,效果岂不更好?文末作者declare no
financial interest,如果这个东西将来有大用途了,还不能有专利呀,太失策了。
这个human code optimization好像不会特别影响结果,我之前在查那个用于阴性筛选
的DTK基因就没有经过人源化的优化,也能够起作用。
我还是很担心这篇文章有问题,现在闹得这么大,万一一旦被大家确证不可重复的话,
对于国内的科研单位甚至于在海外的华人都将产生无法估量的影响。虽然说日本的小保
方晴子的造假貌似对日本科研界影响不大,但是中国国情不一样,老外本身就是带着有
色眼镜看中国。希望不要出问题。
y*m
9 楼
这个RNAi领域内的人都知道的。其它蛋白当然可以C端加tag,但是ago这类蛋白比较特
殊,就算C端加一个aa,也会失活的,因为影响蛋白folding,这个是有结构和功能实验
支持的。可能说无论哪个物种有点绝对,至少是我见过的Ago(来自yeast,bacteria,
insect,mammal 的等等)都这样(当然,NgAgo除外)。
所以说是minor point么。
【在 e****s 的大作中提到】
: 这个领域不懂。
: 两个比较通用的质疑:
: LZ提的第一点,非常的武断。就算真有这方面的研究,随便说到"无论来自于那个物种
: ,蛋白就没有活性了。" 这种结论是很难随便做的。Tag种类也很多。
: 第4点,所谓原核、真核code的质疑。只是一个usage的问题。能够表达太正常了。
:
: Ago
y*m
10 楼
楼主,我有一个不懂 的地方,可能是common sense,但是我正好不懂,不要见笑。
1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago
蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的
。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特
殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
有没有paper报道在Ago蛋白的C端加tag会使其活性消失或者降低?最好在这里列几篇参
考文献。因为我以前对于好几个蛋白质在C端加FLAG,GFP,都不会影响蛋白的功能,对
于Ago家族的蛋白,我不了解。
----见上
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(
无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNA
guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定
细胞DNA会有瞬时的单链状态);后来直接上一个guide也能行,确实比较神奇。当然,
不能够排除NgAgo本身特殊,就是能够切双链,只是从其类似蛋白结构上讲,可能性很
小。
http://www.nature.com/nature/journal/v507/n7491/full/nature1297
Tt-Ago 确实是一次只能切ssDNA造成nicking,这篇文章的figure中使用了一对5‘-P-
siDNA guides(FW and RV)。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转
gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如
果继续表达,那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢?难道
transfection效率太低,以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞,因而不行?至
少从这个角度来讲,文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
这个有可能是两次转染对于细胞的伤害太大。既然同时转染能行,为什么要分步转,逻
辑不通。
---不是我要分步转,是文章分步转,我也不明白为毛作者要这样搞。我猜测是否先
做的分步转,可能开始作者认为理论上蛋白表达需要时间,一般8小时可有表达,再加
gDNA就正好形成complex;如果同时转,gDNA不稳定,等蛋白有表达了就都降解了。可
是实验做出来同时转的反而work了。
4. Minor points:文章用bacteria codon 的construct在真核细胞表达蛋白,能有表达
真心不容易。如果用humanized codon,效果岂不更好?文末作者declare no
financial interest,如果这个东西将来有大用途了,还不能有专利呀,太失策了。
这个human code optimization好像不会特别影响结果,我之前在查那个用于阴性筛选
的DTK基因就没有经过人源化的优化,也能够起作用。
【在 c********6 的大作中提到】
: 楼主,我有一个不懂 的地方,可能是common sense,但是我正好不懂,不要见笑。
: 1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago
: 蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的
: 。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特
: 殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
: 有没有paper报道在Ago蛋白的C端加tag会使其活性消失或者降低?最好在这里列几篇参
: 考文献。因为我以前对于好几个蛋白质在C端加FLAG,GFP,都不会影响蛋白的功能,对
: 于Ago家族的蛋白,我不了解。
: 2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(
: 无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNA
c*i
11 楼
codon optimization 从真核到原核是必要的,从原核到真核不必要。像HEK这种各种
tRNA都很多,没必要,特别在年均实验经费3万,各种variants都靠PCR from strain的
情况下。
tRNA都很多,没必要,特别在年均实验经费3万,各种variants都靠PCR from strain的
情况下。
f*e
12 楼
这个AGO是比较奇怪,体外只能切单链,体内切双链。而且切的位点并不特异。从细菌
里纯化的该Ago看,蛋白是aggregate的,我们怀疑该蛋白对细菌有毒性(这也很能理解
,细菌里可能有很多5'磷酸化的DNA),在细胞里需要共转的问题,是不是也有可能是
因为毒性问题?共转的时候5'磷酸化的DNA相当于decoy DNA和细胞里的核酸竞争性结合
Ago,从而减轻Ago的毒性,要是这样,Ago还是有毒性的。
里纯化的该Ago看,蛋白是aggregate的,我们怀疑该蛋白对细菌有毒性(这也很能理解
,细菌里可能有很多5'磷酸化的DNA),在细胞里需要共转的问题,是不是也有可能是
因为毒性问题?共转的时候5'磷酸化的DNA相当于decoy DNA和细胞里的核酸竞争性结合
Ago,从而减轻Ago的毒性,要是这样,Ago还是有毒性的。
l*1
13 楼
你们这是在鸡蛋里面挑骨头吗
K*R
14 楼
唉, 真理解了 通常 reviewer 3 怎么来了。
m*a
18 楼
你可能理解错了,这个AGO在体外并非只能切单链,作者发现转染NgAgO和ssDNA的293细
胞中提取出的NgAgo能在“体外”切割双链质粒(Supplementary Figure 1)。
另外NgAgo并不能切单链DNA,这一点和TtAgo就完全不同。
【在 f*******e 的大作中提到】
: 这个AGO是比较奇怪,体外只能切单链,体内切双链。而且切的位点并不特异。从细菌
: 里纯化的该Ago看,蛋白是aggregate的,我们怀疑该蛋白对细菌有毒性(这也很能理解
: ,细菌里可能有很多5'磷酸化的DNA),在细胞里需要共转的问题,是不是也有可能是
: 因为毒性问题?共转的时候5'磷酸化的DNA相当于decoy DNA和细胞里的核酸竞争性结合
: Ago,从而减轻Ago的毒性,要是这样,Ago还是有毒性的。
胞中提取出的NgAgo能在“体外”切割双链质粒(Supplementary Figure 1)。
另外NgAgo并不能切单链DNA,这一点和TtAgo就完全不同。
【在 f*******e 的大作中提到】
: 这个AGO是比较奇怪,体外只能切单链,体内切双链。而且切的位点并不特异。从细菌
: 里纯化的该Ago看,蛋白是aggregate的,我们怀疑该蛋白对细菌有毒性(这也很能理解
: ,细菌里可能有很多5'磷酸化的DNA),在细胞里需要共转的问题,是不是也有可能是
: 因为毒性问题?共转的时候5'磷酸化的DNA相当于decoy DNA和细胞里的核酸竞争性结合
: Ago,从而减轻Ago的毒性,要是这样,Ago还是有毒性的。
m*a
20 楼
对于第三点你没仔细看论文吧?
看了一下论文,作者先转Ago,然后分别在12h和24h转gDNA,fig 2b显示12h无影响,但
是24h load的gDNA明显减少。
作者的解释是NGAgo 装载gDNA可能需要在翻译折叠的阶段进行,所以如果后转染gDNA可
能导致体内已经成熟的Ago无法结合gDNA,这也解释了为什么体外纯化的Ago蛋白无法在
37C装载gDNA,而只能55C装载,代价是可能导致蛋白部分失活变成一个Nikase。
另外作者在supplemental里面也提到了可以通过再次转染gDNA的方法提高效率。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转
gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如
果继续表达,那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢?难道
transfection效率太低,以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞,因而不行?至
少从这个角度来讲,文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
【在 y****m 的大作中提到】
: 俺这个怎么也比reviewer3的水平高几个档次吧,好歹还是scientific的comments
看了一下论文,作者先转Ago,然后分别在12h和24h转gDNA,fig 2b显示12h无影响,但
是24h load的gDNA明显减少。
作者的解释是NGAgo 装载gDNA可能需要在翻译折叠的阶段进行,所以如果后转染gDNA可
能导致体内已经成熟的Ago无法结合gDNA,这也解释了为什么体外纯化的Ago蛋白无法在
37C装载gDNA,而只能55C装载,代价是可能导致蛋白部分失活变成一个Nikase。
另外作者在supplemental里面也提到了可以通过再次转染gDNA的方法提高效率。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转
gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如
果继续表达,那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢?难道
transfection效率太低,以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞,因而不行?至
少从这个角度来讲,文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
【在 y****m 的大作中提到】
: 俺这个怎么也比reviewer3的水平高几个档次吧,好歹还是scientific的comments
y*m
22 楼
可是问题是24h的时候,NGAgo质粒应该还在继续表达mRNA,其mRNA还在继续翻译,那作
者的
所谓“装载gDNA可能需要在翻译折叠的阶段进行”解释就说不通,因为无论何时转gDNA
都有正在翻译折叠的NGAGO来结合gDNA的。“再次转染gDNA提高效率”的现象难道不是
和先后转gDNA和NGAGO的结果相悖么?
其实说多无益,做出来才是硬道理。
【在 m****a 的大作中提到】
: 对于第三点你没仔细看论文吧?
: 看了一下论文,作者先转Ago,然后分别在12h和24h转gDNA,fig 2b显示12h无影响,但
: 是24h load的gDNA明显减少。
: 作者的解释是NGAgo 装载gDNA可能需要在翻译折叠的阶段进行,所以如果后转染gDNA可
: 能导致体内已经成熟的Ago无法结合gDNA,这也解释了为什么体外纯化的Ago蛋白无法在
: 37C装载gDNA,而只能55C装载,代价是可能导致蛋白部分失活变成一个Nikase。
: 另外作者在supplemental里面也提到了可以通过再次转染gDNA的方法提高效率。
:
: 3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转
: gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如
者的
所谓“装载gDNA可能需要在翻译折叠的阶段进行”解释就说不通,因为无论何时转gDNA
都有正在翻译折叠的NGAGO来结合gDNA的。“再次转染gDNA提高效率”的现象难道不是
和先后转gDNA和NGAGO的结果相悖么?
其实说多无益,做出来才是硬道理。
【在 m****a 的大作中提到】
: 对于第三点你没仔细看论文吧?
: 看了一下论文,作者先转Ago,然后分别在12h和24h转gDNA,fig 2b显示12h无影响,但
: 是24h load的gDNA明显减少。
: 作者的解释是NGAgo 装载gDNA可能需要在翻译折叠的阶段进行,所以如果后转染gDNA可
: 能导致体内已经成熟的Ago无法结合gDNA,这也解释了为什么体外纯化的Ago蛋白无法在
: 37C装载gDNA,而只能55C装载,代价是可能导致蛋白部分失活变成一个Nikase。
: 另外作者在supplemental里面也提到了可以通过再次转染gDNA的方法提高效率。
:
: 3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA,就能行。如果先转Ago质粒,8小时候再转
: gDNA,就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候,这个质粒就不表达了?如
y*m
24 楼
这个我还真的不知道谁会发一个negative results。暂且当作RNAi行业“潜规则”吧。
1,2 两点可以从原子水平上看出,Ago结构人的bacteria的都好几个了,你还要怎么
solid?这难道不是facts?
我也说过,NgAgo有可能是例外。不明白为毛说opinions东西多。我是拿science说事,
又不是拿“质疑”说事。
希望你再评论的话,stick to science。
谢谢!
【在 e****s 的大作中提到】
: 这个Ago蛋白C端加额外的AA会失活,有文献吗?
: 感觉比较怪。始终觉得不会有这么绝对。
: 你的这些质疑,都不是很Solid的质疑。Opinions的东西远远大于Facts.
m*a
25 楼
我的个人理解是:转染质粒表达一般24小时到高峰,12小时还在增长期,此时转染gDNA
还能和新合成的Ago结合,24小时以后假如Ago蛋白turnover 的速率不够快,那就会导
致后转的 gDNA loading效率下降的问题。
再次转染说的是knockin实验,推荐在24小时的时候再次转gDNA是为了让更多的新合成
的Ago和gDNA结合,能起多大作用不知道,但并不矛盾。
NGAGO结合gDNA以及切割DNA的机制不清楚,肯定得继续接着做。
gDNA
【在 y****m 的大作中提到】
: 可是问题是24h的时候,NGAgo质粒应该还在继续表达mRNA,其mRNA还在继续翻译,那作
: 者的
: 所谓“装载gDNA可能需要在翻译折叠的阶段进行”解释就说不通,因为无论何时转gDNA
: 都有正在翻译折叠的NGAGO来结合gDNA的。“再次转染gDNA提高效率”的现象难道不是
: 和先后转gDNA和NGAGO的结果相悖么?
: 其实说多无益,做出来才是硬道理。
还能和新合成的Ago结合,24小时以后假如Ago蛋白turnover 的速率不够快,那就会导
致后转的 gDNA loading效率下降的问题。
再次转染说的是knockin实验,推荐在24小时的时候再次转gDNA是为了让更多的新合成
的Ago和gDNA结合,能起多大作用不知道,但并不矛盾。
NGAGO结合gDNA以及切割DNA的机制不清楚,肯定得继续接着做。
gDNA
【在 y****m 的大作中提到】
: 可是问题是24h的时候,NGAgo质粒应该还在继续表达mRNA,其mRNA还在继续翻译,那作
: 者的
: 所谓“装载gDNA可能需要在翻译折叠的阶段进行”解释就说不通,因为无论何时转gDNA
: 都有正在翻译折叠的NGAGO来结合gDNA的。“再次转染gDNA提高效率”的现象难道不是
: 和先后转gDNA和NGAGO的结果相悖么?
: 其实说多无益,做出来才是硬道理。
e*s
26 楼
没想和你讨论过头了。算我用词过分了,但自认为我蛮Stick to science。确实我感觉
很多Opinions的东西在你一楼的评论里被当成Facts。
说来说去,其实没有任何证据表明Ago家族蛋白不能接C-Term tags. Tag种类很多,和
蛋白间的Linker设计有时候也很关键。
【在 y****m 的大作中提到】
:
: 这个我还真的不知道谁会发一个negative results。暂且当作RNAi行业“潜规则”吧。
: 1,2 两点可以从原子水平上看出,Ago结构人的bacteria的都好几个了,你还要怎么
: solid?这难道不是facts?
: 我也说过,NgAgo有可能是例外。不明白为毛说opinions东西多。我是拿science说事,
: 又不是拿“质疑”说事。
: 希望你再评论的话,stick to science。
: 谢谢!
很多Opinions的东西在你一楼的评论里被当成Facts。
说来说去,其实没有任何证据表明Ago家族蛋白不能接C-Term tags. Tag种类很多,和
蛋白间的Linker设计有时候也很关键。
【在 y****m 的大作中提到】
:
: 这个我还真的不知道谁会发一个negative results。暂且当作RNAi行业“潜规则”吧。
: 1,2 两点可以从原子水平上看出,Ago结构人的bacteria的都好几个了,你还要怎么
: solid?这难道不是facts?
: 我也说过,NgAgo有可能是例外。不明白为毛说opinions东西多。我是拿science说事,
: 又不是拿“质疑”说事。
: 希望你再评论的话,stick to science。
: 谢谢!
w*a
27 楼
真牛啊,这个话题带出来一堆马甲。韩的paper 5月2号上线,
你都重复了一周的实验? 你从头合成的质粒?
你都重复了一周的实验? 你从头合成的质粒?
w*a
28 楼
拜托,不要再秀智商了好伐。
你干脆说是你韩paper的reviewer好了,一年以前就知道这个事。
你干脆说是你韩paper的reviewer好了,一年以前就知道这个事。
y*m
29 楼
怎么跟你说呢,就是研究RNAi机制的很多实验室开始都是试过N-tag或C-tag的
Agonaute,结果发现只有N-tag功能上可以rescue 其mutant,也只有N端tag的体外有
活性,而C端tag的都不行。这种C端不work的结果确实不忍心发表出来了,所以才叫潜
规则么。如果你周围有懂RNAi的,可以去问一问我说的对不对。
后来好几个不同物种的Ago结构都解出来了,发现C端确实被包裹在一个domain里面以至
于多一个aa的空间也没有。不知道这些算不算证据。如果opinion是有facts支持的,不
知道算什么opinion呢?(right opinion?)
当然,说了这么多也不能排除NgAgo是个特例,尽管从NgAgo序列上没看出它与其它Ago
能有这么大区别的。
其实我也就是闲得无聊讨论一下paper,最后人家实验重复出来了,比我这里多少
opinion都关用。
【在 e****s 的大作中提到】
: 没想和你讨论过头了。算我用词过分了,但自认为我蛮Stick to science。确实我感觉
: 很多Opinions的东西在你一楼的评论里被当成Facts。
: 说来说去,其实没有任何证据表明Ago家族蛋白不能接C-Term tags. Tag种类很多,和
: 蛋白间的Linker设计有时候也很关键。
K*R
33 楼
有些人,对待自己文章永远是一座心态。对待别人的东西永远是reviewer 3 心态。
f*e
38 楼
AGO的催化位点是保守的,为什么所有细胞内外的实验里,都没有做催化位点突变了的
AGO的活性检测呢?做了两次,细菌纯化的蛋白确实没看到活性,蛋白是aggregate的。
AGO的活性检测呢?做了两次,细菌纯化的蛋白确实没看到活性,蛋白是aggregate的。
l*1
46 楼
我喜欢口出狂言的人
l*1
47 楼
我也非常喜欢听别人吹牛,吹牛绝对是一门艺术,
c*6
48 楼
我不讨厌别人吹牛,我讨厌别人说瞎话骗人
c*6
49 楼
结果已经比较明显了。我很怀疑国内那些说已经重复出来了的,究竟是在哪里听到的。
现在国外的重复结果是一边倒的否定Ng-Ago
现在国外的重复结果是一边倒的否定Ng-Ago
j*g
50 楼
韩春雨的工作到底怎么让你的工作失去价值了,你急成这样。
北大魏老师(做CRISPR screen的)已经重复出来了;酶的点突变失活实验生物物理所
也在做了。
你生气也没用,lol
[在 crispr2016 () 的大作中提到:]
:结果已经比较明显了。我很怀疑国内那些说已经重复出来了的,究竟是在哪里听到的
。现在国外的重复结果是一边倒的否定Ng-Ago
北大魏老师(做CRISPR screen的)已经重复出来了;酶的点突变失活实验生物物理所
也在做了。
你生气也没用,lol
[在 crispr2016 () 的大作中提到:]
:结果已经比较明显了。我很怀疑国内那些说已经重复出来了的,究竟是在哪里听到的
。现在国外的重复结果是一边倒的否定Ng-Ago
C*5
58 楼
我们也是重复了一个多月没有重复出来,非常生气。
c*6
59 楼
https://groups.google.com/forum/#!forum/ngago
你把你做的方法和实验结果贴到这里去嘛,如果是因为韩春雨所说的需要高超的技巧(
等我笑一会),说不定会有人给你提出修改意见,其他的同行业可以直接跟你交流。
【在 C****5 的大作中提到】
: 我们也是重复了一个多月没有重复出来,非常生气。
你把你做的方法和实验结果贴到这里去嘛,如果是因为韩春雨所说的需要高超的技巧(
等我笑一会),说不定会有人给你提出修改意见,其他的同行业可以直接跟你交流。
【在 C****5 的大作中提到】
: 我们也是重复了一个多月没有重复出来,非常生气。
z*q
60 楼
已跟帖,如果真的有人重复出来确切的结果,请指点
【在 c********6 的大作中提到】
: https://groups.google.com/forum/#!forum/ngago
: 你把你做的方法和实验结果贴到这里去嘛,如果是因为韩春雨所说的需要高超的技巧(
: 等我笑一会),说不定会有人给你提出修改意见,其他的同行业可以直接跟你交流。
【在 c********6 的大作中提到】
: https://groups.google.com/forum/#!forum/ngago
: 你把你做的方法和实验结果贴到这里去嘛,如果是因为韩春雨所说的需要高超的技巧(
: 等我笑一会),说不定会有人给你提出修改意见,其他的同行业可以直接跟你交流。
l*r
64 楼
我不是针对任何人。我是说这里所有的人都是傻逼。--楼主
Ago
【在 y****m 的大作中提到】
: 首先要说明的是此文不针对任何个人,只对science。我真心希望韩的文章可以被重复
: ,而自己也在试着重复。
: 对于这片文章,我本人有一下几点疑问,看看那位高人能解答一下:
: 1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago
: 蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的
: 。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特
: 殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
: 2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(
: 无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNA
: guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定
Ago
【在 y****m 的大作中提到】
: 首先要说明的是此文不针对任何个人,只对science。我真心希望韩的文章可以被重复
: ,而自己也在试着重复。
: 对于这片文章,我本人有一下几点疑问,看看那位高人能解答一下:
: 1.一般来说Ago蛋白C端加tag,无论是来自于那个物种,蛋白就没有活性了,主要由Ago
: 蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct,好像只有1-2个C端是没有tag的
: 。那么,用C端带tag的Ago作出的实验,是否有意义呢?当然,不能够排除NgAgo本身特
: 殊,能够tolerate C端tag,只是从预测的结构上讲,可能性很小。
: 2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold,催化cleavage时应该结合双链(
: 无论DNA或RNA),而双链其中一个是guide,另外一个是target。我无法想象gDNA
: guided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide,也许还有些道理(说不定
Z*L
65 楼
Ago
半路插进来说一下,刚刚听说Ago C末端不能多任何序列呢。。。。
不过在addgene上查了一下,不但14年TtAgo在c末端有多了几个序列还有6*his标签,然
后在addgene上搜索ago,在搜到的结果里,随便找几个质粒,各种tag,各种标签,c末
端哦,sv40,flag,his。。you name it.......
所以楼主是不是获取的信息上有什么错误。。。
【在 y****m 的大作中提到】
: 1.本人用codon optimuzed NgAgo试了2次,没重复出来。如果需要“高超实验技术”才
: 可做出来的话,我宁可用crispr,因为第一次就试出来了。
: 2.文章没有使用活性缺失的ago做control,韩看到的“突变”是否有可能是ago
: cleavage independent?因为韩用的C末端加tag的ago不应该有酶活性的。
: 3.听闻11g说2月后可能有对韩工作的明确定论。难道他们结构要出来了?
y*m
66 楼
doesn't mean they are functional, though
plus, I don't know which plasmid you checked for the 14 TtAGO but the
following one doesn't seem to contain his tag at C term.
http://www.addgene.org/53079/sequences/
I also looked at the first 2 pages of addgene ago plasmids but didn't find
any with C-term tag(some of them even specifically indicate N-term tag). Not
sure which Ago plasmids are with c-tag that you found.
【在 Z***L 的大作中提到】
:
: Ago
: 半路插进来说一下,刚刚听说Ago C末端不能多任何序列呢。。。。
: 不过在addgene上查了一下,不但14年TtAgo在c末端有多了几个序列还有6*his标签,然
: 后在addgene上搜索ago,在搜到的结果里,随便找几个质粒,各种tag,各种标签,c末
: 端哦,sv40,flag,his。。you name it.......
: 所以楼主是不是获取的信息上有什么错误。。。
plus, I don't know which plasmid you checked for the 14 TtAGO but the
following one doesn't seem to contain his tag at C term.
http://www.addgene.org/53079/sequences/
I also looked at the first 2 pages of addgene ago plasmids but didn't find
any with C-term tag(some of them even specifically indicate N-term tag). Not
sure which Ago plasmids are with c-tag that you found.
【在 Z***L 的大作中提到】
:
: Ago
: 半路插进来说一下,刚刚听说Ago C末端不能多任何序列呢。。。。
: 不过在addgene上查了一下,不但14年TtAgo在c末端有多了几个序列还有6*his标签,然
: 后在addgene上搜索ago,在搜到的结果里,随便找几个质粒,各种tag,各种标签,c末
: 端哦,sv40,flag,his。。you name it.......
: 所以楼主是不是获取的信息上有什么错误。。。
a*x
69 楼
楼主好神,顶一下
c*n
71 楼
截止到2016年8月24日
【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
收集到3则“重复实验证实韩春雨组NgAgo基因编辑功能”的信息,
实例详细信息请参见:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
其中:
- 1则出自“火锅哥”
o 发布人“做的中间发现了一个问题,才发现韩点播的很有道理”,实验“调整了
步骤,这在韩的paper里没有提”, 实验结果“关键是测序也和韩的报道能温和”
o 发布人许诺2016年7月22日前发布重复结果到BioRxiv
o 截止到2016年8月24日,仍无发布消息
原文链接
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
鉴于"科学的事情要由科学来解决”,而且Nature杂志有可能发表关于Replication实验
数据的文章, 建议发布人
- 尽快发布重复验证NgAgo实验结果
- 并联系Nature Biotechnology,尽快以publication形式公布重复验证NgAgo实验数据
- CoinByCoin
2016-08-24
【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
收集到3则“重复实验证实韩春雨组NgAgo基因编辑功能”的信息,
实例详细信息请参见:
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
其中:
- 1则出自“火锅哥”
o 发布人“做的中间发现了一个问题,才发现韩点播的很有道理”,实验“调整了
步骤,这在韩的paper里没有提”, 实验结果“关键是测序也和韩的报道能温和”
o 发布人许诺2016年7月22日前发布重复结果到BioRxiv
o 截止到2016年8月24日,仍无发布消息
原文链接
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
鉴于"科学的事情要由科学来解决”,而且Nature杂志有可能发表关于Replication实验
数据的文章, 建议发布人
- 尽快发布重复验证NgAgo实验结果
- 并联系Nature Biotechnology,尽快以publication形式公布重复验证NgAgo实验数据
- CoinByCoin
2016-08-24
P*R
72 楼
27500个点击,韩春雨/沈啸事件评论最高点击。
学术讨论就是能吸引到最多关注。
学术讨论就是能吸引到最多关注。
c*n
73 楼
鉴于
- “澳洲哥”在第二次重复实验,无法验证NgAgo基因编辑功能之后,希望NBT文章原作
者写一个详细的protocol并参与group discussion来帮助大家troubleshoot
https://twitter.com/GaetanBurgio/status/769120770219843585
- 业界很多同行也无法重复验证NgAgo基因编辑功能
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
- 而由于“火锅哥”了解如何调整protocol而观察到韩春雨实验室NBT里的NgAgo基因编
辑功能
请“火锅哥”也和业界同行分享实验调整细节,帮助业界同行troubleshoot
原文链接
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
原文引用
“做的中间发现了一个问题,才发现韩点播的很有道理。
于是调整了步骤,这在韩的paper里没有提。恰恰是这一步调整,后续平行结果虽说
variation很大,但平均值已经比较客观。关键是测序也和韩的报道能温和。”
- “澳洲哥”在第二次重复实验,无法验证NgAgo基因编辑功能之后,希望NBT文章原作
者写一个详细的protocol并参与group discussion来帮助大家troubleshoot
https://twitter.com/GaetanBurgio/status/769120770219843585
- 业界很多同行也无法重复验证NgAgo基因编辑功能
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
- 而由于“火锅哥”了解如何调整protocol而观察到韩春雨实验室NBT里的NgAgo基因编
辑功能
请“火锅哥”也和业界同行分享实验调整细节,帮助业界同行troubleshoot
原文链接
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32028091.html
原文引用
“做的中间发现了一个问题,才发现韩点播的很有道理。
于是调整了步骤,这在韩的paper里没有提。恰恰是这一步调整,后续平行结果虽说
variation很大,但平均值已经比较客观。关键是测序也和韩的报道能温和。”
C*e
74 楼
楼主一边反复说Ago蛋白不能在C端加tag,会影响折叠而失活,一边对于大家的疑问既
不给出reference paper也不给出PDB ID,只是说有文献,有结构。。。。这样真的很
不能让人信服啊。
我不是做RNAi这一行的,好奇去搜了一下PDB,找到一个Human Argonaute2结构,4Z4D
,看了一下,C端是折叠在蛋白内部,不暴露在外的。如果所有的Ago蛋白都是这样折叠
的,那倒的确支持楼主的说法。但如果lz说的是“Ago蛋白的C端疏水,折叠在蛋白内部
,在C端加Affinity tag会影响正确折叠进而影响活性”,那大家看了一目了然,不就
没有那么多疑问了吗。
【在 y****m 的大作中提到】
: doesn't mean they are functional, though
: plus, I don't know which plasmid you checked for the 14 TtAGO but the
: following one doesn't seem to contain his tag at C term.
: http://www.addgene.org/53079/sequences/
: I also looked at the first 2 pages of addgene ago plasmids but didn't find
: any with C-term tag(some of them even specifically indicate N-term tag). Not
: sure which Ago plasmids are with c-tag that you found.
不给出reference paper也不给出PDB ID,只是说有文献,有结构。。。。这样真的很
不能让人信服啊。
我不是做RNAi这一行的,好奇去搜了一下PDB,找到一个Human Argonaute2结构,4Z4D
,看了一下,C端是折叠在蛋白内部,不暴露在外的。如果所有的Ago蛋白都是这样折叠
的,那倒的确支持楼主的说法。但如果lz说的是“Ago蛋白的C端疏水,折叠在蛋白内部
,在C端加Affinity tag会影响正确折叠进而影响活性”,那大家看了一目了然,不就
没有那么多疑问了吗。
【在 y****m 的大作中提到】
: doesn't mean they are functional, though
: plus, I don't know which plasmid you checked for the 14 TtAGO but the
: following one doesn't seem to contain his tag at C term.
: http://www.addgene.org/53079/sequences/
: I also looked at the first 2 pages of addgene ago plasmids but didn't find
: any with C-term tag(some of them even specifically indicate N-term tag). Not
: sure which Ago plasmids are with c-tag that you found.
c*n
75 楼
Date:2016年04月13日(在NBT paper 上线前约2个多星期)
Title:以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术 (中国专利号CN 105483118 A)
Links:
https://www.google.com/patents/CN105483118A
https://www.google.com/patents/CN105483118A?cl=zh
Key Points:
- 沈啸、韩春雨 (浙江大学)Ago基因编辑专利发表
- 特别注明:
1. 专利filing date:Dec 21, 2015
2. 根据专利描述,不但NgAgo有基因编辑功能,HpAgo、NaAgo和NtAgo “都与NgAgo一
样有很强的编辑哺乳动物细胞内基因表达的能力”;以及MaAgo,NpAgo,NIESAgo,
SchAgo,SPAgo “等Argonaute核酸酶也能在37°C编辑DNA”
Title:以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术 (中国专利号CN 105483118 A)
Links:
https://www.google.com/patents/CN105483118A
https://www.google.com/patents/CN105483118A?cl=zh
Key Points:
- 沈啸、韩春雨 (浙江大学)Ago基因编辑专利发表
- 特别注明:
1. 专利filing date:Dec 21, 2015
2. 根据专利描述,不但NgAgo有基因编辑功能,HpAgo、NaAgo和NtAgo “都与NgAgo一
样有很强的编辑哺乳动物细胞内基因表达的能力”;以及MaAgo,NpAgo,NIESAgo,
SchAgo,SPAgo “等Argonaute核酸酶也能在37°C编辑DNA”
P*R
76 楼
这个看法有意思。
这些类型的蛋白质多不多?
4Z4D
【在 C*******e 的大作中提到】
: 楼主一边反复说Ago蛋白不能在C端加tag,会影响折叠而失活,一边对于大家的疑问既
: 不给出reference paper也不给出PDB ID,只是说有文献,有结构。。。。这样真的很
: 不能让人信服啊。
: 我不是做RNAi这一行的,好奇去搜了一下PDB,找到一个Human Argonaute2结构,4Z4D
: ,看了一下,C端是折叠在蛋白内部,不暴露在外的。如果所有的Ago蛋白都是这样折叠
: 的,那倒的确支持楼主的说法。但如果lz说的是“Ago蛋白的C端疏水,折叠在蛋白内部
: ,在C端加Affinity tag会影响正确折叠进而影响活性”,那大家看了一目了然,不就
: 没有那么多疑问了吗。
这些类型的蛋白质多不多?
4Z4D
【在 C*******e 的大作中提到】
: 楼主一边反复说Ago蛋白不能在C端加tag,会影响折叠而失活,一边对于大家的疑问既
: 不给出reference paper也不给出PDB ID,只是说有文献,有结构。。。。这样真的很
: 不能让人信服啊。
: 我不是做RNAi这一行的,好奇去搜了一下PDB,找到一个Human Argonaute2结构,4Z4D
: ,看了一下,C端是折叠在蛋白内部,不暴露在外的。如果所有的Ago蛋白都是这样折叠
: 的,那倒的确支持楼主的说法。但如果lz说的是“Ago蛋白的C端疏水,折叠在蛋白内部
: ,在C端加Affinity tag会影响正确折叠进而影响活性”,那大家看了一目了然,不就
: 没有那么多疑问了吗。
P*R
79 楼
火锅哥是否就是韩春雨/沈啸?据说韩春雨/沈啸喜欢吃火锅。
【在 c********n 的大作中提到】
: 鉴于
: - “澳洲哥”在第二次重复实验,无法验证NgAgo基因编辑功能之后,希望NBT文章原作
: 者写一个详细的protocol并参与group discussion来帮助大家troubleshoot
: https://twitter.com/GaetanBurgio/status/769120770219843585
: - 业界很多同行也无法重复验证NgAgo基因编辑功能
: http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
: - 而由于“火锅哥”了解如何调整protocol而观察到韩春雨实验室NBT里的NgAgo基因编
: 辑功能
: 请“火锅哥”也和业界同行分享实验调整细节,帮助业界同行troubleshoot
: 原文链接
【在 c********n 的大作中提到】
: 鉴于
: - “澳洲哥”在第二次重复实验,无法验证NgAgo基因编辑功能之后,希望NBT文章原作
: 者写一个详细的protocol并参与group discussion来帮助大家troubleshoot
: https://twitter.com/GaetanBurgio/status/769120770219843585
: - 业界很多同行也无法重复验证NgAgo基因编辑功能
: http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
: - 而由于“火锅哥”了解如何调整protocol而观察到韩春雨实验室NBT里的NgAgo基因编
: 辑功能
: 请“火锅哥”也和业界同行分享实验调整细节,帮助业界同行troubleshoot
: 原文链接
P*R
80 楼
是不是11公和颜宁在结晶Ago蛋白质,看看C-末端是不是在内部,然后同时结晶韩春雨
的Tag-Ago。
看看带Tag的Ago会不会形成有活性的结构?
的Tag-Ago。
看看带Tag的Ago会不会形成有活性的结构?
g*r
81 楼
很多时候单根据结构无法判断活性。相当多的处在inactive和active状态的蛋白不存在
结构上的显著差异。
结构上的显著差异。
P*R
83 楼
谁能点击到30000?
c*n
84 楼
蛋白比较复杂,有时候真是需要去做各种尝试,才能知道它对各种条件的喜好。
从经典的生化实验中,我们可以看到,对于一个蛋白,特别是一个酶,一定要有非常好
的,稳定性,重复性都很高的assay,才能真正地了解它的功能与特性。
每个好的assay,都是酶的真实功能的显示。
如果一个酶缺乏一个assay想要测到的功能,不是assay没设对,就很可能是这个酶没有
这个想要达到的功能了。
比如Taq酶,其实它的一个很好的assay,也是它的应用,就是PCR。
这个assay 很robust, 成功率很高,应用就广了。
Taq酶辅助了PCR, PCR成就了Taq酶;
Cas9这个酶也是相似的,加上 CRISPR成为一个系统,CRISPR/Cas9也有一个很好的
assay, 也是它的应用, 这就是基因编辑了。
这个assay 也很robust, 成功率也很高,应用就更广了。
CRISPR/Cas9辅助了基因编辑,基因编辑也成就了CRISPR/Cas9
从现在这么高的不可重复的几率来看,韩春雨的NgAgo/gDNA,用基因编辑的assay来测量
,无法测到基因编辑的功能,更别谈robust和重复性了。
用基因编辑的assay测不出来,那么韩春雨的NgAgo/gDNA有没有基因编辑的功能,就要
被打上一个大大的大问号了。
从经典的生化实验中,我们可以看到,对于一个蛋白,特别是一个酶,一定要有非常好
的,稳定性,重复性都很高的assay,才能真正地了解它的功能与特性。
每个好的assay,都是酶的真实功能的显示。
如果一个酶缺乏一个assay想要测到的功能,不是assay没设对,就很可能是这个酶没有
这个想要达到的功能了。
比如Taq酶,其实它的一个很好的assay,也是它的应用,就是PCR。
这个assay 很robust, 成功率很高,应用就广了。
Taq酶辅助了PCR, PCR成就了Taq酶;
Cas9这个酶也是相似的,加上 CRISPR成为一个系统,CRISPR/Cas9也有一个很好的
assay, 也是它的应用, 这就是基因编辑了。
这个assay 也很robust, 成功率也很高,应用就更广了。
CRISPR/Cas9辅助了基因编辑,基因编辑也成就了CRISPR/Cas9
从现在这么高的不可重复的几率来看,韩春雨的NgAgo/gDNA,用基因编辑的assay来测量
,无法测到基因编辑的功能,更别谈robust和重复性了。
用基因编辑的assay测不出来,那么韩春雨的NgAgo/gDNA有没有基因编辑的功能,就要
被打上一个大大的大问号了。
P*R
85 楼
分析到位。
【在 c********n 的大作中提到】
: 蛋白比较复杂,有时候真是需要去做各种尝试,才能知道它对各种条件的喜好。
: 从经典的生化实验中,我们可以看到,对于一个蛋白,特别是一个酶,一定要有非常好
: 的,稳定性,重复性都很高的assay,才能真正地了解它的功能与特性。
: 每个好的assay,都是酶的真实功能的显示。
: 如果一个酶缺乏一个assay想要测到的功能,不是assay没设对,就很可能是这个酶没有
: 这个想要达到的功能了。
: 比如Taq酶,其实它的一个很好的assay,也是它的应用,就是PCR。
: 这个assay 很robust, 成功率很高,应用就广了。
: Taq酶辅助了PCR, PCR成就了Taq酶;
: Cas9这个酶也是相似的,加上 CRISPR成为一个系统,CRISPR/Cas9也有一个很好的
【在 c********n 的大作中提到】
: 蛋白比较复杂,有时候真是需要去做各种尝试,才能知道它对各种条件的喜好。
: 从经典的生化实验中,我们可以看到,对于一个蛋白,特别是一个酶,一定要有非常好
: 的,稳定性,重复性都很高的assay,才能真正地了解它的功能与特性。
: 每个好的assay,都是酶的真实功能的显示。
: 如果一个酶缺乏一个assay想要测到的功能,不是assay没设对,就很可能是这个酶没有
: 这个想要达到的功能了。
: 比如Taq酶,其实它的一个很好的assay,也是它的应用,就是PCR。
: 这个assay 很robust, 成功率很高,应用就广了。
: Taq酶辅助了PCR, PCR成就了Taq酶;
: Cas9这个酶也是相似的,加上 CRISPR成为一个系统,CRISPR/Cas9也有一个很好的
P*R
86 楼
9月5日了。
P*R
87 楼
韩春雨的文章审稿人是谁?
H*0
88 楼
顶.......................
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