j*g
2 楼
至少500million起？有效的reads不足10%吧。
如果测若干个样品，比如WT vs 两种KO／处理，加上重复，还是很贵吧。
有人说说么……
如果测若干个样品，比如WT vs 两种KO／处理，加上重复，还是很贵吧。
有人说说么……
A*R
3 楼
【在 A*********R 的大作中提到】
: PK 辣妈的大眼贴，呵呵
e*6
4 楼
看你要多高的分辨率了啊
y*u
5 楼
美，古典美！
j*g
6 楼
想看清楚TADs内的interaction呢，每个基因的promoter的contacts，就得1kb么？
billion级的reads数？感觉很夸张啊，没人优化一下减少测序通量
：看你要多高的分辨率了啊
【在 e*********6 的大作中提到】
: 看你要多高的分辨率了啊
billion级的reads数？感觉很夸张啊，没人优化一下减少测序通量
：看你要多高的分辨率了啊
【在 e*********6 的大作中提到】
: 看你要多高的分辨率了啊
A*R
7 楼
还都是单眼皮
【在 y*********u 的大作中提到】
: 美，古典美！
【在 y*********u 的大作中提到】
: 美，古典美！
e*6
8 楼
你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
【在 j*********g 的大作中提到】
: 想看清楚TADs内的interaction呢，每个基因的promoter的contacts，就得1kb么？
: billion级的reads数？感觉很夸张啊，没人优化一下减少测序通量
:
: ：看你要多高的分辨率了啊
，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
【在 j*********g 的大作中提到】
: 想看清楚TADs内的interaction呢，每个基因的promoter的contacts，就得1kb么？
: billion级的reads数？感觉很夸张啊，没人优化一下减少测序通量
:
: ：看你要多高的分辨率了啊
N*t
9 楼
人家眼明明不小
脸那么小一点，眼再大就占没了
脸那么小一点，眼再大就占没了
j*g
10 楼
target /promoter Hi-C不错，实验难度不大，只是需要合成特殊的probe。
但是测序深度也不低，需要500million reads得到1kb的分辨率
请教TADs有多层结构，一般指哪些？
：你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
：，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
：搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
：度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
：TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
【在 e*********6 的大作中提到】
: 你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
: ，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
: 搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
: 度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
: TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
但是测序深度也不低，需要500million reads得到1kb的分辨率
请教TADs有多层结构，一般指哪些？
：你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
：，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
：搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
：度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
：TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
【在 e*********6 的大作中提到】
: 你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
: ，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
: 搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
: 度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
: TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
A*R
11 楼
俺刚开始也不觉得小，还打算和辣妈家大眼PK一下的，可再一看还是比不过，所以只好
比小了，俺WS吧？
【在 N******t 的大作中提到】
: 人家眼明明不小
: 脸那么小一点，眼再大就占没了
比小了，俺WS吧？
【在 N******t 的大作中提到】
: 人家眼明明不小
: 脸那么小一点，眼再大就占没了
R*n
12 楼
我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临床
样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
vitro试验。
【在 e*********6 的大作中提到】
: 你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
: ，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
: 搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
: 度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
: TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
vitro试验。
【在 e*********6 的大作中提到】
: 你可以考虑一些特殊的HiC衍生品，在测序之前，通过某些方法做了一步过滤，比如说
: ，只有某蛋白质binding的，才会被过滤留下了。
: 搜搜promoter HiC还有CHIAPET一类。这些实验需要的测序深度低，但是，好像实验难
: 度还挺高，尤其是用抗体进行过滤这一步。
: TADs 其实有好多层的结构，看你需要看到那层了。
P*A
13 楼
喜欢第一张
【在 A*********R 的大作中提到】
: PK 辣妈的大眼贴，呵呵
【在 A*********R 的大作中提到】
: PK 辣妈的大眼贴，呵呵
j*g
14 楼
用CRISPR/Cas9切掉interaction区域，看是否破坏TADs并且影响基因表达
：我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临
床样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
：vitro试验。
【在 R****n 的大作中提到】
: 我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临床
: 样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
: vitro试验。
：我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临
床样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
：vitro试验。
【在 R****n 的大作中提到】
: 我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临床
: 样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
: vitro试验。
A*R
15 楼
你家的也别尽藏着掖着的，多奔奔让俺们饱饱眼福
【在 P**A 的大作中提到】
: 喜欢第一张
【在 P**A 的大作中提到】
: 喜欢第一张
R*n
16 楼
这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
in-
【在 j*********g 的大作中提到】
: 用CRISPR/Cas9切掉interaction区域，看是否破坏TADs并且影响基因表达
:
: ：我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临
: 床样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
: ：vitro试验。
in-
【在 j*********g 的大作中提到】
: 用CRISPR/Cas9切掉interaction区域，看是否破坏TADs并且影响基因表达
:
: ：我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临
: 床样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
: ：vitro试验。
m*u
17 楼
美！蜜咪的眼睛明明很大的。多多跟我家包子很象，眼睛确实不大——其实多多的眼睛
还大些。
还大些。
e*6
18 楼
tad放大里边还有小tad, 再放大还有更小的tad
：target /promoter Hi-C不错，实验难度不大，只是需要合成特殊的probe。
：
：target /promoter Hi-C不错，实验难度不大，只是需要合成特殊的probe。
：
K*t
19 楼
我也去找个小眼照片贴贴~~~
e*6
20 楼
两个位置相互靠近是个概率事件，和真正的功能相互作用有关，但是，也有很多噪音和
误差
：我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临
床样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
：vitro试验。
误差
：我想问问如何validate这些interaction.有没有比较系统的方法，比如说细胞系和临
床样本里。我有一些long/short range interaction的数据，但是不太清楚如何设计in-
：vitro试验。
m*u
21 楼
你家兮若的眼睛简直无敌的大，哪有小眼照？
【在 K******t 的大作中提到】
: 我也去找个小眼照片贴贴~~~
【在 K******t 的大作中提到】
: 我也去找个小眼照片贴贴~~~
j*g
22 楼
proximal ligation assay (PLA)
分别用biotin-DNA FISH探针标记两个区域，用streptavidin的抗体检测，两个抗体只
有足够近才会发光。我记得我以前说过这种方法、版上还有人试了
就是结合原位DNA－ISH和PLA （proximity ligation assay）。两个特定区域的biotin
标记的DNA探针，如果结合的足够近（<40nm），用PLA标记的二抗可以检测到发光。
：这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
【在 R****n 的大作中提到】
: 这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
:
: in-
分别用biotin-DNA FISH探针标记两个区域，用streptavidin的抗体检测，两个抗体只
有足够近才会发光。我记得我以前说过这种方法、版上还有人试了
就是结合原位DNA－ISH和PLA （proximity ligation assay）。两个特定区域的biotin
标记的DNA探针，如果结合的足够近（<40nm），用PLA标记的二抗可以检测到发光。
：这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
【在 R****n 的大作中提到】
: 这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
:
: in-
K*t
23 楼
！！！歧视 赤果果的歧视！！！
看我给你找个来 哼哼
【在 m**u 的大作中提到】
: 你家兮若的眼睛简直无敌的大，哪有小眼照？
看我给你找个来 哼哼
【在 m**u 的大作中提到】
: 你家兮若的眼睛简直无敌的大，哪有小眼照？
j*g
24 楼
就是TAD套TAD？
有什么规律吗
【在 e*********6 的大作中提到】
: tad放大里边还有小tad, 再放大还有更小的tad
:
: ：target /promoter Hi-C不错，实验难度不大，只是需要合成特殊的probe。
: ：
有什么规律吗
【在 e*********6 的大作中提到】
: tad放大里边还有小tad, 再放大还有更小的tad
:
: ：target /promoter Hi-C不错，实验难度不大，只是需要合成特殊的probe。
: ：
K*t
25 楼
晕死 mit又抽风了 半天没爬上来。。。。
看 谁说我们没有小艳照！！！
【在 K******t 的大作中提到】
: ！！！歧视 赤果果的歧视！！！
: 看我给你找个来 哼哼
看 谁说我们没有小艳照！！！
【在 K******t 的大作中提到】
: ！！！歧视 赤果果的歧视！！！
: 看我给你找个来 哼哼
e*6
26 楼
一个大tad里有5个中tad, 一个中tad里有5个小的，如果分辨率提高，里边可能还有更
小的。具体数字不一定是5，举例而已
：就是TAD套TAD？
：有什么规律吗
小的。具体数字不一定是5，举例而已
：就是TAD套TAD？
：有什么规律吗
N*t
27 楼
这张像个老寿星～
【在 K******t 的大作中提到】
: 晕死 mit又抽风了 半天没爬上来。。。。
: 看 谁说我们没有小艳照！！！
R*n
28 楼
就是我做的，后来觉得这个试验的问题很多。可不可以用FRET做，最好是live imaging
.这样可以在时间轴上统计接触频率。
biotin
【在 j*********g 的大作中提到】
: proximal ligation assay (PLA)
: 分别用biotin-DNA FISH探针标记两个区域，用streptavidin的抗体检测，两个抗体只
: 有足够近才会发光。我记得我以前说过这种方法、版上还有人试了
: 就是结合原位DNA－ISH和PLA （proximity ligation assay）。两个特定区域的biotin
: 标记的DNA探针，如果结合的足够近（<40nm），用PLA标记的二抗可以检测到发光。
:
: ：这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
.这样可以在时间轴上统计接触频率。
biotin
【在 j*********g 的大作中提到】
: proximal ligation assay (PLA)
: 分别用biotin-DNA FISH探针标记两个区域，用streptavidin的抗体检测，两个抗体只
: 有足够近才会发光。我记得我以前说过这种方法、版上还有人试了
: 就是结合原位DNA－ISH和PLA （proximity ligation assay）。两个特定区域的biotin
: 标记的DNA探针，如果结合的足够近（<40nm），用PLA标记的二抗可以检测到发光。
:
: ：这个后期筛细胞时间太长了吧，有没有比较直接的办法观察两个序列互相靠近。
h*d
29 楼
这华丽丽的两身皮毛, 啧啧
m*u
30 楼
太欺负人了！眯着眼睛都比我们包子瞪着要大。
【在 K******t 的大作中提到】
: 晕死 mit又抽风了 半天没爬上来。。。。
: 看 谁说我们没有小艳照！！！
【在 K******t 的大作中提到】
: 晕死 mit又抽风了 半天没爬上来。。。。
: 看 谁说我们没有小艳照！！！
A*R
31 楼
哈哈，俺也正要说这个。她家的要比小眼肯定到数第一！
【在 m**u 的大作中提到】
: 太欺负人了！眯着眼睛都比我们包子瞪着要大。
【在 m**u 的大作中提到】
: 太欺负人了！眯着眼睛都比我们包子瞪着要大。
A*R
32 楼
眯着眼还这大，都担心睡觉那眼睛闭不闭得上，哈哈
【在 K******t 的大作中提到】
: 晕死 mit又抽风了 半天没爬上来。。。。
: 看 谁说我们没有小艳照！！！
【在 K******t 的大作中提到】
: 晕死 mit又抽风了 半天没爬上来。。。。
: 看 谁说我们没有小艳照！！！
K*t
33 楼
啊 包子在哪里。。。拉出来溜溜！！
【在 m**u 的大作中提到】
: 太欺负人了！眯着眼睛都比我们包子瞪着要大。
【在 m**u 的大作中提到】
: 太欺负人了！眯着眼睛都比我们包子瞪着要大。
K*t
34 楼
不带这么欺负猫 的。。。。
【在 A*********R 的大作中提到】
: 哈哈，俺也正要说这个。她家的要比小眼肯定到数第一！
【在 A*********R 的大作中提到】
: 哈哈，俺也正要说这个。她家的要比小眼肯定到数第一！
o*a
35 楼
都不小,鉴定完毕,kaka
Q*A
36 楼
只要是蓝眼睛，大小都无敌！
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