23年AGBT大会速览:各家新品迭出,全球最强测序系统发布!
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AGBT(Advances in Genome Biology and Technology,基因组生物学技术进展会)作为全球基因组学的年度盛会,近期在美国佛罗里达州好莱坞举行。本次会议共有162家企业参会,展露出基因产业热情的高涨。
△主要参会企业
该会议旨在为世界顶尖的基因组学研究人员、学者、行业领导者等,提供与同行分享交流的窗口。
01
在高通量测序领域中最新发布的产品及进展:测序仪多元化及全基因组测序成本下降的趋势凸显
本文主要就AGBT 2023大会中,多家行业公司所发布的新产品和技术信息进行分享。集中体现为测序仪的多元化及单例全基因组测序成本的下降,这对于扩大基因应用范围是一个利好信号,以下将分享下列公司发布的信息:
Complete Genomics(华大智造子公司)
Illumina
Pacific Biosciences
Singular Genomics
Element Biosciences
Ultima Genomics
Complete Genomics(华大智造子公司):发布超高通量测序仪DNBSEQ-T20×2,单例全基因组成本低于100美元
Complete Genomics是华大智造的美国子公司。华大智造是全球为数不多具有自主研发测序仪能力的企业之一,是可量产高通量测序仪的国产企业,技术实力雄厚。基因测序仪是国之重器,一直是我国的卡脖子技术,华大智造在过去几年间不断突破技术壁垒,坚定研发投入,凭借系列产品使“中国智造”冲出国门、走向世界,并且在和Illumina的专利战中一战成名。
Complete Genomics提供T系列(最高通量)、G系列和E系列(最低通量)基因测序仪,涵盖低、中、高和超高通量测序应用。
在本次AGBT大会上,Complete Genomics推出了新的革命性产品和价格——发布超高通量测序仪DNBSEQ-T20×2,该产品每年可完成高达5万例的人全基因组测序,创造了全球基因测序仪通量的新纪录;单例成本低于100美元。
本次发布的DNBSEQ-T20×2配备了开放式的并行处理系统,它可以在短时间内将测序生产规模提升至新的量级,同时支持6张超大尺寸的测序载片上机运行,每张测序载片既能独立运行不同的测序读长和测序应用,还能够支持混合测序,最大程度提高测序效率和测序规模。
DNBSEQ-T20×2的具体介绍可参见文章:
刷新通量和单例成本纪录!华大智造发布超高通量测序仪DNBSEQ-T20×2
Illumina:NovaSeq X系列和Illumina Complete Long Reads更新
(1)全球首台NovaSeq X测序系统交付
Illumina宣布,近期已向麻省理工学院和哈佛大学的Broad研究所交付全球首台NovaSeq X Plus测序系统。在AGBT大会上,Illumina公布了NovaSeq X Plus最新数据。例如,该平台使用1.5B测序流动槽(Flow cell),单次运行可以在13小时内对12万个单细胞进行测序。如果使用10B和25B测序流动槽,则可以分别在大约18小时和48小时内对80万个和200万个单细胞进行测序。目前为止,Broad研究所已经订购5台NovaSeq X系列仪器。Illumina计划全年交付300台。
(2)Illumina Complete Long Reads的更新
会上,Illumina还公布了Illumina Complete Long Reads的工作流程信息。Illumina首席技术官Alex Aravanis博士指出:“Illumina Complete Long Reads是一款能够以大规模、高精度解析5%的难读取基因区域的产品,所有步骤均在一台仪器上完成,并且与其他长读长技术相比,DNA起始量减少了90%。”Illumina Complete Long Reads将原始单分子长片段上的“界标”与未标记的标准读长相结合进行分析,生成高度准确且完整的长读长。这项创新的长读长解决方案克服了市场上其他解决方案的痛点——要求DNA起始量高、工作流程复杂且通量低、结果高度差异化,并且需要额外的专用仪器。
2023年,Illumina将推出两款Illumina Complete Long Reads产品——全基因组检测和富集panel,实现全面、高精度的长读长序列图谱,推动每个基因组价格降低至600美元。更高精度的测序方法是基因科技未来的产业方向之一。
Pacific Biosciences:发布高通量测序平台Revio™和Onso™
PacBio将分别在2023年第一季度和第二季度推出Revio™(高通量长度长测序仪)和Onso™(高精度中通量测序仪)。
(1)PacBio的Revio™平台或将提高长读长测序(LRS)的门槛,Revio™早期试用计划已经开始,该平台还搭载了谷歌的开源软件DeepConsensus,迄今为止取得不错的成果。Revio™每年可以进行多达1,300个基因组的测序,是Sequel IIe平台通量的15倍,但每个基因组的成本高达995美元。Revio™平台的优化通过更高通量的应用,解决了部分因长度长应用带来的阻碍。但短读长技术仍在继续创新,并在成本和速度方面保持相对领先的地位。长读长产品还有很长的路要走。另外,PacBio也宣布为Sequel II/IIe和Revio™测序系统上的新检测项目扩展多重阵列测序(MAS-Seq),实现更便宜的单细胞RNA异构体测序。
(2)Onso™平台与其他短读长测序仪相比,提供了高出15倍的准确性,有助于更早地发现癌症并改善癌症术后监测。该平台在临床应用中,还提供了较传统合成测序(SBS)2倍的灵敏度,如液体活检和循环肿瘤细胞DNA(ctDNA)。
Singular Genomics:发布G4™平台和单细胞测序试剂盒Max Reads Kits
Singular在第22年第四季度完成了G4™平台的首批出货,并在AGBT大会上宣布了改进的数据。另外,还发布了与11个生态系统合作伙伴的测序数据,包括与10x Genomics合作的单细胞测序数据。Singular还发布了基于G4™平台进行单细胞测序的试剂盒Max Reads Kits,给出的定价为$1/M reads。
Element Biosciences:更新AVITI™的进展、Cloudbreak™技术细节和200元全基因组测序
Element Biosciences于2022年3月推出了AVITI™测序仪,定价28.9万美元。在本次AGBT大会,Element Biosciences发布了2023年4月即将推出的Avidity Cloudbreak™技术细节以及公司未来的创新计划,同时也发布了Cloudbreak™化学试剂以增强AVITI测序平台的测序能力,新的化学试剂将每张Flowcell 300G数据的测序时间降低到了38小时,比之前快了10小时,运行速度提高了20%,同时保证行业领先的精度和低成本。对于单细胞测序,新模型提供的潜在成本低至$0.60/M reads,测序运行时间不到24小时。AVITI™用户可以实现每个基因组成本约为200美元。
Ultima Genomics:更新UG100™相关信息
2022年5月,Ultima推出UG100™测序仪。Ultima继续预期UG100™将实现100美元/例的全基因组测序,UG100™仪器定价和类似的高通量平台相近。Ultima在2022年已经获得了约6亿美元的投资。
02
对于时空组学(特别是时空成像)这个新兴领域的接受和理解程度的加深
除了测序仪,单细胞和时空组学的技术更新也使得市场机会扩大。在时空组学领域,主要通过三个维度来观察生命全景:蛋白质、RNA探针和测序。本次在AGBT大会上受关注的主要的玩家包括:
10x Genomics:强调更高的细胞通量
NanoString:对RNA和蛋白质进行高分辨成像
Akoya:提供空间蛋白质组学完整解决方案
Vizgen:强调多组学分析的数据质量
10x Genomics:Xenium ™催化亚细胞分辨率的研究,Chromium Flex™助力单细胞科研研究
(1)Xenium ™原位平台能够同时对100~1,000个RNA靶标进行高通量亚细胞定位,揭示关于细胞结构和功能的新见解。该平台包括一台易于使用的多功能仪器、灵敏而特异的化学试剂以及多样化的可定制基因Panel。
(2)Chromium Flex™具有更高的细胞通量和更广泛的用途,可以绘制更精密的细胞图谱,发现稀有细胞类型,可适用于Fixed RNA(固定RNA)。它能在新鲜、冷冻和FFPE样品上扩展性,特别是一次运行800万个细胞实验的数据,能更好地助力单细胞领域的研究。
NanoString:CosMx™ SMI可对高达6,000-Plex的RNA进行高分辨成像
NanoString展示了基于CosMx™ SMI(空间分子成像仪)的技术路线图,这是一个突破性的单细胞成像平台,目前能够对形态完整的整个组织切片中的1,000多种RNA和60多种蛋白质分析物进行高分辨成像,以单细胞和亚细胞分辨率,可视化和量化基因、蛋白质的表达(高达6,000-Plex的RNA和120-Plex的蛋白分析技术升级)。NanoString预计次年将6,000-Plex RNA panel商业化。
另外,NanoString还展示了AtoMx™ SIP,这是一个灵活的、基于云的信息学平台,它能提供空间生物学研究人员需要的安全、可扩展的存储和分析,可兼容CosMx SMI平台和GeoMx™平台。
Akoya:PhenoCycler-Fusion™提供空间蛋白质组学完整解决方案
空间蛋白质组学是连接单细胞组学、空间转录组和空间功能表型之间的桥梁,通过单细胞及空间转录组得到的一些标志,最终都需要在蛋白质层面上进行验证。Akoya展示了其高速成像平台PhenoCycler-Fusion™如何在单张组织切片上同时成像蛋白和RNA生物标志物,可帮助对蛋白标记的空间表达进行量化,从而深入解析组织微环境。
Akoya的首席商务官Niro Ramachandran博士预测,在几年内,所有空间组学平台都将具有多组学功能,能够运行100~1,000 plex的分析,并将支持单细胞(或可能是亚细胞)分析。
Vizgen:展示了MERSCOPE™平台的FFPE 工作流程
Vizgen展示了使用MERSCOPE™平台进行分析的数据,对来自小鼠和人类的10多种FFPE(福尔马林固定、石蜡包埋)组织类型进行多组学分析,实现单细胞原位空间转录组学以及蛋白质的同时检测。
MERSCOPE™平台可准确概括已知生物学并识别稀有细胞类型。MERSCOPE™的FFPE工作流程与新鲜冷冻样本相比,保持了较高的准确性和灵敏度,并且与其他空间基因组学平台相比具有卓越的数据质量。
还有数家公司也公布了与时空组学领域相关的产品及技术信息
BD Biosciences公布了最新的单细胞多组学分析仪器BD Rhapsody™ HT Xpress系统。
Resolve Biosciences宣布扩展空间转录组学数据的端到端Meridian™服务计划。
Parse Biosciences宣布推出Evercode™ TCR和Gene Capture。Evercode TCR可用于支持研究人员大规模分析T细胞受体(TCR)以及单细胞中的整个转录组。
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