Redian新闻
>
新冠周报丨约翰·霍普金斯大学即将停止实时 新冠数据更新。其带给我们三个深入思考和经验,将影响很多人的职业发展

新冠周报丨约翰·霍普金斯大学即将停止实时 新冠数据更新。其带给我们三个深入思考和经验,将影响很多人的职业发展

科学
用数据,来辨清事实。

关键词:COVID-19;新冠;大流行

如前,本次周报我们继续:

1)复习目前全球疫情;
2)和朋友们分享约翰·霍普金斯大学数据库停止更新的消息及其给我们带来的思考。

Science will win(科学必胜)


A,全球新冠疫情:
病例数、病死数持续降低!

1)全球新冠感染/病死人数

最近两周全球单日新增病例较前降低17%,全球平均每天新增14万病例,到了2020年7月以来病例数的最低水平。
每天新增病死人数较前降低3%,为1,240人

(COVID-19新增病例数变化。图源:纽约时报疫情跟踪器)

2)单周新增病例数和病死人数最多的地区

从最近1周新增病例绝对数看,美国单日确诊病例最多,单日新增病例数为3.8万人;其次是德国、日、俄罗斯和韩国
需要说明的是,数据世界的可视化资料数据来源于约翰·霍普金斯大学的数据中心,采集的数据来源均为各国权威部门发布的数据。

(3月3日,从新增病例绝对数看,美国单日确诊病例最多。图源:数据世界)


3)美国疫情变化


2023年3月4日,美国CDC更新的突变株数据显示,XBB.1.5突变株已经占到89.6%。

XBB.1.5居榜首已很久了,依然没有其他新突变株出现。

(美国疫情。图源:纽约时报疫情追踪器)


B,约翰·霍普金斯大学将停止实时 COVID-19 数据报告


随着新冠疫情日趋平稳,全球最通用的COVID-19数据库及仪表盘也将于3月10日停止实时更新。


约翰霍普金斯大学新冠数据库获得2022年度拉斯克奖


2022年9月28日,美国Albert and Mary Lasker基金会宣布了2022年度拉斯克奖的获奖者【1】,来自于美国约翰·霍普金斯大学的Lauren Gardner获得公共服务奖,以奖励其对“创建 Covid-19 仪表板/数据库,为实时传播权威公共卫生数据设定了新标准。

拉斯克奖委员会认为:
Lauren Gardner创建的 COVID-19开放数据库,已经成为实时传播权威公共卫生数据设定了新标准。
通过启动这一全球 COVID-19 监测工具,她提供了有关新发传染病传播的可访问且可靠的信息,从而填补了国际公共卫生系统的空白并建立了可效仿的模型
这一开创性的资源在大量错误信息环绕的网络中,为民众知情和个人选择开辟了道路。

(图源:约翰·霍普金斯大学的COVID-19数据库/仪表盘

在读纽约时报的报道中,有一个细节让我很感动【2】。
On Jan. 21, 2020, a doctoral student of hers, Ensheng Dong, approached her about tracking cases of a novel pneumonia in his home country, China. Mr. Dong had the tools: He could mine Chinese websites for early case data, and he knew how to build online maps. 
(2020 年 1 月 21 日,她的士生Ensheng Dong来找她,询问在他的祖国中国追踪新型肺炎的病例。董先生有工具:他可以挖掘中国网站以获取早期案例数据,并且他知道如何构建在线地图。)

而在拉斯克奖网站的介绍中,指出“初期,Gardner 的团队对中国数据的追踪依赖中国医疗专业人士在线社区 DXY.cn(丁香园 - 编者注)”。

由此,我们更关心的是:

A,约翰·霍普金斯的“系统科学与工程中心(CSSE)”的新冠数据库如何在众多数据库中脱颖而出?
B,新冠病毒数据库创建其他两个关键角色(董恩生和丁香园)如何了
C,我们能够从中学习到什么?

从2020年1月19日发布新冠第一篇推文“世界卫生组织建议:如何有效预防新型冠状病毒感染。武汉单日新增77例,深圳和北京开始有发病。”,我们就开始收集这方面的在线资料。

(我们最早期关注的新冠来源站点)


初期,我们使用最多的是丁香园公布的病例报告及地图。
为了更多掌握中国内地以外的病例信息及了解这个传染病,我们收集到了很多在线资源。既包括美国CDC中国CDC的新冠专区,也有新英格兰医学杂志(NEJM)这样学术期刊的新冠专题,还有科学家的推特,更包括众多的开放数据库。这些数据库由牛津大学、约翰·霍普金斯大学及其他机构创建。

近三年过去了,这些网络资源及数据库都在人们了解疫情、科学家研究疫情、政府监测疫情中起到重要作用。
但作用最大的无疑是约翰霍普金斯大学CSSE的新冠数据库,及牛津大学“数据世界”根据CSSE数据库做的可视化网站

A,Lauren Gardner是如何胜出的?

Gardner 与 COVID-19 仪表板。图源:Lasker Award

沿着拉斯克奖官网的介绍,我们一起看美国约翰·霍普金斯的Lauren Gardner如何获得成功的。

第一阶段:
研究的好点子,人类的金点子
(A bright idea for research, a golden idea for humanity)

美国约翰·霍普金斯大学的Lauren Gardner教授研究人们的行为以及其他因素如何影响疾病传播。
2020 年 1 月 21 日,她与研究生董恩生(Ensheng Dong)会面,讨论疫苗犹豫如何导致麻疹风险。过程中,董同学提到,他最近在关注着祖国新出现的新冠肺炎病例,自己有技术通过网络地图追踪和显示这些病例分布。
最开始他们也只是认为这只是小众人群关注的信息,所以使用名为 Esri 公司开发的可视化软件、董同学把数据库建在自己的google服务中。
八个小时后,董同学即建好页面。红点的大小代表病例数,总共 322 例,点缀在一张亚洲地图上。
2020年1月22日,Lauren Gardner教授通过推特宣布:“我们正在实时跟踪 2019-nCoV 的传播情况。案例和地点可以在这里查看;可供下载数据。”
这段文字,引发了一场公共卫生报告的革命。

2020年1月22日,Lauren Gardner发布了对于该数据库上线第一天的推特。图源:Lauren Gardner的推特


他们也没有想到新冠疫情会席卷地球,蜂拥而至的访问者很快崩溃了原有的服务器。由此该团队将资源移至 GitHub,这是一个基于 Internet 的数据存储库服务,还包含通信和文档功能。到月底,该资源已收到超过 10 亿条信息请求。

第二阶段:
强大的信息通道
(A robust data pipeline)

最初,Gardner 的团队依赖中国医疗专业人士在线社区 DXY.cn,该网站按中国各省和其他国家/地区跟踪病例,尽管该网站没有及时报告中国以外的病例。

下图是“Hanson临床科研”公众号于2020年1月21日采用的丁香园疫情地图(只有中国疫情图,而没有海外疫情图。)。

就在这一天,约翰·霍普金斯大学的新冠疫情图,以丁香园数据为基础发布。

尽管当时日本、韩国、泰国、美国都已经有了新冠病毒,但由于约翰·霍普金斯大学的新冠疫情图数据来自于丁香园,所以只是展示了亚洲的情况地图。

约翰·霍普金斯大学的新冠疫情图已经超过了丁香园的展示范围。


从这天起,从学习、到超越”被再现。


🔺我们公众号于2020年1月21日采用的丁香园疫情地图。丁香园只做了中国疫情图,而忽视了海外疫情图。就在这一天,约翰·霍普金斯大学的新冠疫情图,以丁香园数据为基础发布。截图来源:Hanson临床科研公众号。


随着病毒的扩散,科学家们手动梳理了非常规的信息来源--例如媒体渠道和公共卫生官员的推特帖子。

但随着疫情爆发成大流行病,手动搜索数据变得不可持续。Gardner 在系统科学与工程中心的研究小组和她在约翰·霍普金斯大学应用物理实验室领导的另一个小组编写了计算机程序,以自动从每个来源“抓取”数据
这是一项了不起的壮举。

他们还开发了异常检测软件,可以标记可疑的数据变化,并在团队调查这些突然的偏差是否真实时保留这些数据。Gardner 的团队审查每条有问题的数据,找出突然飙升或下降的原因。只有在验证它之后,他们才会在 GitHub 中发布它,它会提供地图。

通过这种质量控制机制,最多程度控制了错误信息被传播到仪表板。


三阶段
信息的传播

(Information epidemic)


约翰·霍普金斯大学的新冠数据库已经成为全球最可靠的新冠信息来源。
尽管许多机构、市政当局和国家建立了自己的新冠数据库,但 Gardner 的空间分辨率在大型数据聚合器中是无与伦比的。它仍然是大流行病的流行病学记录的金标准,并将继续发挥重要作用,因为人们回顾性研究 Covid-19 并制定公共卫生数据收集、监测和显示的方法。

通过她富有远见的工作, Gardner 构想并推出了一个开创性的数据库,使世界第一次能够观察大流行病的发展过程,她将未来的健康危机与这一基准挂钩。


小结:

及时、准确和可获取的信息,对于制定灵活合理的策略来对抗迅速蔓延的疫情至关重要。
通过提供对新冠疫情最快速而准确的信息传递,美国约翰·霍普金斯大学的Lauren Gardner团队创建的新冠数据库使公众、媒体、政策制定者、企业和学者能够跟踪新冠病毒的传播,做出明智的决定以降低风险。

除此之外,我们更应该记住董恩生(Ensheng Dong)这个名字。
他对祖国疫情的关切,是创建这个网站的创意来源。

(Ensheng Dong)


董恩生更是充分运用自己的知识,一起改写了流行病监测的方式。

(董恩生的研究被引用次数超过1万次,即达到Top级学者之列)


在完成对整个故事的回顾后,我们更想请教朋友们三个问题。
(下面的观点仅为抛砖引玉用)

1,初创者如何笑到最后?

率先做,就能笑到最后吗?
很难。初创者的个人能力和意愿将是做大的最大制约。因为想到一件事很容易,做成不易、想做到最强则极难。

看看Lauren Gardner怎么做到的。创意来自于学生、技术来自于学生,面对这种情况,Lauren Gardner
1),全力支持核心干将。
2),最重要的是把握住了宣传出口。第一时间在推特上宣布“我们做到了!”。
3),根据需要招募和创建新团队,将自己置于领导者的位置。
4),继续坚持做最重要的事情:推广、推广、推广。

Lauren Gardner坚持做:招人做强业务、自己全力推广。

(推广:Gardner与科学记者讨论她的仪表板。图源:Lasker Award)


2,个人如何避免被挤出核心圈?


说实话,我们很为董恩生鸣不平。

创意是董恩生的、最初的构建是董恩生的。但是不仅奖项与他无关,搜索美国媒体,对于他的报告很罕见。

要知道,很多诺贝尔奖会同时奖励导师及其学生。


不知具体情况,我们不做太多评价。

只是想说一下美国朋友圈讨论最多的:为什么技术最好的中国人总干最苦最累的活、而印度人却占据了美国最大公司的大部分CEO位置?


我的观点是:个人意愿决定了大结局。

或者说文雅点:初心,决定了结局

举个自己碰到的例子。
刚来美国时在实验室工作。我是最勤奋的,出的研究结果和论文也最多。与比我早来2个月的印度人在一个房间办公,她的工作量不到我的1/3,但是她每天都会去老板娘那里沟通。
两年后,我成了实验室干活的主力,一遇到难做的实验,我成了第一接盘侠啃硬骨头身心疲惫;而她,成了大半个lab manager。

讲这个故事,我只是想表述:我们在做事时、对自己的最终定位,决定了我们的行动方案,也直接决定了自己以后的位置
很多时候,我们努力做一个我们自认为勤奋、正直、善良的人,并不屑于争抢位置;但领导却会认为任劳任怨是你愿意做的、或者这就是你适合的位置;而其他人却利用你的退缩,而抢功上位。

我们无从知道董同学对自己在这个项目中的定位如何。
只是一个学生角色?还是项目的管理者、甚至一个未来公司的创建者?
这个定位决定了他继续闷头做挖掘,还是借助这个项目推广自己、及提升自己的管理能力。

3,丁香园为什么没有做出约翰·霍普金斯大学新冠数据库?

作为丁香园骨灰级战友,这是我感到最惋惜的事情。

丁香园的新冠病例报告板创建的最早,董同学最初用的数据也全来自于丁香园;结果却是:丁香园在这个改写了公卫流行病监测方式的“新冠动态报告板发展”史,只存在于一句描述的话语中。


而对比本文中同样展示2020年1月21日新冠疫情的DXY图和CSSE图,你会发现:尽管来源于丁香园的数据,尽管约翰·霍普金斯大学CSSE图还是只展示亚洲(当时美国已经有了病例),但从那时起,疫情报告就不被局限于仅展示中国的疫情。


初心,即决定了大结局。


参考资料来源:
【1】 https://laskerfoundation.org/winners/noninvasive-prenatal-testing-using-fetal-dna/
【2】 https://www.nytimes.com/2022/09/28/health/lasker-award-medical-research.html


(科学必将获胜!)

声明:
本公众号仅作已发表研究论文的数据分享和解读,仅供学术讨论,而不具临床指导意义。


本期编辑Henry,微信号healsan。
Hanson临床科研团队,由6位在美国的医生及医学科学家组成;目前在美国主要从事新药研发和临床科研。


点击👆,关注医学科研进展


微信扫码关注该文公众号作者

戳这里提交新闻线索和高质量文章给我们。
相关阅读
陌上花开983 三月伊始,期待某日可以见到你|约翰霍普金斯大学硕士,一枚开朗大气的北京姑娘父母的职业对大学生的自杀风险影响有多大?排在第一的职业竟然是...更年期离异新冠周报丨中国CDC更新内地新冠疫情最新情况温莎底特律行新冠周报丨WHO:XBB.1.5最具传染性;美国:新冠病死增加79%!白宫:有两种情况可增加保护,你选哪一个?Offer捷报 l 约翰霍普金斯大学生物技术Offer+1!恭喜波士顿大学学子7天内无G申请成功!多国取消自华入境新冠检测:英国暂无变化!英国彻底停止新冠数据记录!英法签署4.8亿英镑协议约翰霍普金斯大学公布2027届早申数据,看看JHU青睐哪些申请者?美高中国学生申请到约翰·霍普金斯大学的经验分享新冠周报丨美国总统拜登的新冠病历披露,出现过复阳;症状、治疗方案和预后也被发布1月1日起, 蒙特利尔这项征税将大幅上涨! 影响很多人…Offer捷报 l 约翰霍普金斯大学市场营销Offer+1!Rutgers学长成功申请综排Top10名校Marketing项目!Offer捷报 l 约翰霍普金斯大学金融硕士学Offer+1!专业录取率仅9%!罗格斯学子一举拿下$20000奖学金!科研实习 | 约翰霍普金斯大学Alan Yuille实验室招收暑期科研实习生牛津大学、约翰霍普金斯offer学霸分享:常规文理科学子如何突围2023申请季?[录取捷报]约翰霍普金斯大学,商业分析和风险管理硕士Offer来啦新冠周报丨美国总统拜登:今天,COVID 不再控制我们的生活!新冠周报丨世卫组织:知道大家对新冠疲惫和厌倦了,但新毒株XBB.1.16真是需要高度警惕!新冠周报丨骤雨初歇,新冠感染预防二次感染的持续时间研究发表;这种情况最持久而具高保护力!约翰斯霍普金斯大学录取现场直击|解锁JHU录取密码!美国国务院发言人普赖斯以及代理常务副国务卿约翰·巴斯大使表示……东西方理性差异与欲望2023暑研招生!约翰霍普金斯大学Alan Yuille实验室约翰霍普金斯大学研究生课程辅导,海外学习更简单!报!约翰霍普金斯大学传媒offer!新冠周报丨国内新冠患者的症状是不是真的比国外严重?父母移民批签数据更新!澳国立麦考瑞大学校友申硕直接减免10%学费?雇主担保或变主流?70个奇妙问题、22个趣味小实验,基于生活的物理生物化学知识探索,让孩子爱上思考和动手!胡适问:为什么要信仰共产党?Offer捷报 l 约翰霍普金斯大学公共管理学Offer+1!普渡学子一跃跻身全美前10!Offer捷报 l 约翰霍普金斯大学国际教学和全球领导力Offer+1!宾汉姆顿大学学子GPA仅3.2无G申请成功!年夜晚餐文理科生都来听!英美双申学霸:牛津大学PPE、约翰霍普金斯生物录取,常规文理科学子如何突围2023申请季?新冠周报丨欧美渡过了新冠大流行后第一个没有疫情高峰的冬季
logo
联系我们隐私协议©2024 redian.news
Redian新闻
Redian.news刊载任何文章,不代表同意其说法或描述,仅为提供更多信息,也不构成任何建议。文章信息的合法性及真实性由其作者负责,与Redian.news及其运营公司无关。欢迎投稿,如发现稿件侵权,或作者不愿在本网发表文章,请版权拥有者通知本网处理。