这是一篇“一看就懂”的单细胞测序文章,代码小白直接冲!
第一次开组会时,导师对我进行了摸底式灵魂拷问。
导师:XXX原理你知道吗?
我:不知道啊
导师:XXX方法你听说过吗?
我:啊……没听过啊(拼命摇头)
导师:你会写代码吗?
我:不会写
导师:你是怎么考进来的哦?
对于一个刚入学的研一党,这句话无疑暴击!
后来我才知道,那天导师评院士落选,我好巧不巧,撞到了枪口上。
这之后,导师陷入了对自己的灵魂拷问中,根本无暇顾及他的这些学生(废物)。他当时的内心OS一定是:我养这帮废物何用!没一个帮得了我!
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话说师兄遇到的难题也不算他一个人面临的难题,单细胞研究是生信的热点,需要大量的数据分析工作,对代码掌握越熟溜,上手越快。奈何师兄也不擅长分析数据,对单细胞测序无从下手。
作为一个代码小白,我的幸运在于,搞到了一本秘籍,《单细胞测序研究一本通3.0版》。凭着我考研的强大自学能力,依靠这本书,我白嫖了单细胞数据库,在几个月内帮助师兄进行了单细胞研究突破。
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《单细胞测序研究一本通3.0版》
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现在外面进行单细胞测序的成本太高了,许多公司都是乱收费,而且还不能保证数据结果绝对可靠。
经过仔细研究,发现有五个宝藏单细胞数据库,这些数据库既可以帮助进行细胞注释与分析,又可帮助进行数据探索和研究。
废话不多说,上干货。
01
第一个数据库:CDCP
这是国家基因库生命大数据平台于2021年上线的数据库,全称是单细胞组学平台。它的单细胞数据资源庞大,有6302个样本和321782个细胞。这个平台主要有三个功能:单细胞数据搜索、分析工具和可视化。它很适合没有任何代码基础的小白。
02
第二个数据库:Human Cell Landscape
(HCL)
这个数据库是由浙江大学基础医学院和其附属医院的团队共同搭建,并且有在国家基因库生命大数据平台设立镜像站,中文名称为人类细胞蓝图数据库。
这个数据库首先为人类样本单细胞研究提供服务,分为Landscape、Gallery、Search、Run-scHCL等功能。HCL数据库包含来源于702968个单细胞转录组数据鉴定的人体102种细胞大类和843种细胞亚类的可视化数据资源。
03
第三个数据库:scRNASeqDB
scRNASeqDB是第一个人类单细胞转录组数据库。它包含了几乎所有可用的人类单细胞转录组数据集(n=38),包括200个人类细胞系或细胞类型和13440个样本。它由美国的研究团队开发。
它的功能很齐全,既可以根据基因或细胞类型搜索基因表达信息,又有可查询和可视化工具,包括基因、细胞类型或群体间差异表达基因的注释信息。
04
第四个数据库:SCPortalen
SCPortalen数据库是以人类和小鼠为中心的单细胞数据库。它由日本研究团队开发,覆盖了人类和小鼠单细胞转录组学全面的元数据和转录组数据以及细胞图像信息。
打开网页版,可以搜索、浏览和下载感兴趣的单细胞数据集。它拥有细胞图像数据集和转录组数据集两个模式。
05
第五个数据库:ColorCells
ColorCells数据库可用于比较分析单细胞RNA-Sep数据中IncRNAs表达、分类和功能。研究人员还将ColorCells应用于6个物种的167913个公开的scRNA-Seq数据集,发现了一批细胞特异性lncRNAs。
ColorCells提供了一系列新颖的工具和友好的可视化界面,如应用PCA和t-SNE算法、tissue map工具、超几何分布的统计测试方法等等。
聪明的师妹在使用了《单细胞测序研究一本通3.0版》书籍后,对以上几个数据库早就用得轻车熟路了。
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经过系统学习,师妹觉得单细胞测序研究的门槛没那么高。《单细胞测序研究一本通3.0版》已经把内容写得很详实,一个代码小白,也是可以参考和入门的。
看到这儿,作为科研人的你,是不是也想入手这本书呢?解螺旋来助力大家飞翔了!
现在解螺旋《单细胞测序研究一本通3.0版》免费送,0元包邮到家。如同这位师妹,很多同学认为学习单细胞无从下手,一听到要学习Linux和R语言,还要研究10篇以上相关综述,且进行综述里的10款高频软件的示例代码实战,就想翻滚到九霄云外去了。这本《单细胞测序研究一本通3.0版》做到了恰到好处的串联这些知识点,手把手教大家实现从代码小白到数据分析高手的飞跃!
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一口气看完目录概览
这本《单细胞测序研究一本通3.0版》,绝对是小白想入门研究单细胞领域的实用好书。它集结了上百个单细胞项目、上千例样本分析,采用典型的案例,拆解高分SCI的研究思路。授人以鱼,不如授人以渔。掌握了单细胞研究技术与数据分析,走到哪里都不怕。
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一口气看懂单细胞分析和实验方法
本书详细介绍了多种实验方法,包括snRNA-seq的特点和实验方法、空间转录组样本备制和实验流程、PBMC分离及保存实验等等。每种实验方法配备视频链接资料,可供读者反复学习实验。
02
可视化教程,再也不害怕绘制单细胞图表了
五花八门的图表制作一直是SCI发文的难点,本书展示了不同单细胞图表制作的细节,可以帮助你快速上手制作专业又好用的图表。
03
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04
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05
强烈推荐代码小白用户使用,内容深入浅出
本书内容既丰富又通俗易懂。编撰者从业全球单细胞研究多年,擅长将专业知识深入浅出,讲解为小白能听懂的理论和概念。
阶段性总结单细胞领域的实用工具书,香!
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