3.62分肿瘤生信SCI全文复现,GOKEGG富集分析与信号通路
于2022年发表,最新的影响因子3.62。
本研究探讨ANXA3在OV中的表达与免疫浸润的相关性及预后作用。
思路:通过癌症基因组数据库下载OV患者的临床数据和基因表达谱。采用生存曲线Kaplan-Meier判断生存率及预后。
采用Cox回归和列线图预测模型分析基因ANXA3与生存率之间的关系。采用Logistic回归分析基因与临床之间相关性。
利用string数据库建立基因ANXA3的蛋白-蛋白相互作用。通过GOKEGG富集分析,分析与基因ANXA3相互作用的信号通路。
使用工具:
1.仙桃生信工具(https://www.xiantao.love/)
2.String数据库(cn.string-db.org)
3.TCGA(https://www.cancer.gov/ccg/research/genome-sequencing/tcga)
Table1临床变量基线资料表
临床意义-基线资料表
选择疾病,输入基因和临床变量
结果下载
Fig1基因ANXA3差异分析及生存分析
表达差异-疾病非疾病在结果部分获得临床数据。
(TCGA-OV没有正常组数据,需要加入GTEx正常组和TCGA-OV疾病组进行差异分析)
获得正常疾病组的表达谱
表达差异-云疾病非疾病
选择疾病输入基因
可以选择调整参数
结果部分(对应Fig1中B图)下载好正常组数据后在基础绘图分组比较图模块即可。
临床意义-km曲线
选择疾病,输入基因,调整预后参数及统计学方法
结果下载。
临床意义-临床相关性
选择疾病输入基因
结果下载
其他-泛癌配对图
选择疾病输入基因,调整参数。
结果下载。
Table2逻辑回归分析(logistic)
选择疾病,输入基因,调整临床变量。
结果下载。
Fig2临床变量预后分析
临床意义-cox回归分析
选择疾病输入基因
结果下载。
临床意义-预后列线图
选择疾病输入基因
调整预测参数,设置时间可以是1 3 5年或2 4 6年等
结果下载
Fig3免疫细胞相关性
交互网络-棒棒糖图
选择疾病输入基因
结果下载。
交互网络-单基因高低组差异分析。
选择疾病,输入基因。选择免疫细胞。
结果下载。
Table3免疫细胞高低表达组比较
将Fig3B图结果下载数据
选择要展示的免疫细胞,整理三线表即可。
Fig4PPI及GOKEGG富集分析
通过string数据库,输入基因选择物种。
下载SVG格式。也可以在cytoscape进行调整。
功能聚类-GOKEGG分析
输入基因即可。
保存结果为下一步可视化。
功能聚类-气泡图
结果下载。
Table4GOKEGG富集结果展示
下载xlsx格式的表格,将选择的通路整理成三线表格式。
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