TCGA数据库挖掘，差异分析GSEA富集分析SCI全文复现
探究炎症相关标志物IL17A与头颈癌免疫相关性
2023/5/12
思路：
分析TCGA数据库中的HNSC数据，获得免疫系统膨胀、基因表达和相关临床信息的数据。分析IL17A的表达与HNSCC患者的预后、临床分期、生存状态和免疫细胞肿瘤膨胀水平之间的关系。并进行差异分析，相关性分析，GSEA富集分析等。
使用工具：
1,仙桃生信工具（https://www.xiantaozi.com/）
2,TIMER2.0（https://cistrome.shinyapps.io/timer/）
Fig1基因的表达与生存分析：
仙桃工具-表达差异-配对样本
选择疾病数据输入基因
调整参数
结果下载。
临床意义-生存曲线
选择疾病数据输入基因
调整参数
结果下载。
临床意义-cox回归
选择疾病数据，选择临床变量
调整参数
结果下载
整理单因素结果
临床意义-森林图
调整参数
结果下载
下载cox回归riskscore
整理格式
临床意义-风险因子图
上传riskscore整理后的数据
结果下载
临床意义-临床意义分组
选择疾病输入基因
调整参数
结果下载。
Fig2GSEA富集分析：
差异表达-单基因差异分析
选择疾病输入基因-点击确认
等待分析，历史记录下载。
整理火山图格式表格。
表达差异-火山图
输入上传文件
参数调整
结果下载
整理差异分析结果数据
功能聚类-富集分析
上传文件
调整参数点击确认。
选择通路（明星通路）
功能聚类-经典可视化
输入选好的通路
结果下载。
Fig3免疫浸润及相关性
使用timor2.0直接分析结果，输入基因。
交互网络-棒棒糖图
选择疾病数据基因
参数调整
结果下载
整理免疫细胞数据
交互网络-相关性热图
整理数据上传
调整参数
结果下载
交互网络-单基因高低组差异分析
参数调整
结果下载
Fig4同表达基因相关性分析
交互网络-共表达热图
参数调整，选择相关的top多少基因复制到ID列表
结果下载
B-D同上TIMER2.0输入基因即可。
Fig5共表达热图差异分析
A图同上。
整理共表达基因表达矩阵和分组信息。
基础绘图-分组比较图
上传整理的文件
调整参数
结果下载（这里演示没有进行数据集清洗，需要进行标准化）
配对图同理。
临床意义-生存曲线
选择疾病输入基因
调整参数
结果下载
Table1cox回归分析
上一步分析的cox结果
Table2逻辑回归
整理生存时间和基因表达量分组或者临床变量分组
临床意义-逻辑回归
调整参数
结果下载
Table3GESA富集分析通路
下载GSEA结果
Table4免疫细胞相关性表格
下载相关性分析的结果
整理表格。
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