可能是史上最实用的GEO数据库挖掘教程
作为一名科研小白,我对科研有着强烈的想法与好奇心,想着入组之后,好好努力,早点发篇SCI。
但是!导师把我交给师兄师姐之后便无影无踪了,师兄师姐忙于自己课题,根本无暇顾及我的科研,只让我做一些杂活。
我想靠实验发SCI,没人带;想靠生信发文,又不会R语言……
只能自己东一榔头西一棒子地进行实验,科研的速度迂回前进,自信心逐渐消磨殆尽……
一个偶然的机会,我得知学姐靠着GEO数据库,零代码零实验发了篇5+SCI!
出于好奇,我以“GENE EXPRESSION OMNIBUS”为关键词检索PubMed,截止目前已发表研究论文10884篇!2020年1785篇,2021年2450篇,2022年3072篇,呈现快速增长的形势……不难看出,GEO数据挖掘真的超火!
图源:PubMed
GEO数据库收录数据范围相当广泛,无论是肿瘤、非肿瘤、芯片、NGS、差异分析,还是分子验证……你能想到的数据,这里几乎都有!而且还可以做一些在线分析。
那GEO数据库究竟为什么这么受欢迎?
更新速度快且免费
数据由作者自由上传,所以更新速度非常快,并且完全免费,而且常有领域最新研究。
数据量丰富
GEO作为世界上最大的免费基因表达的储存数据库,包含了大约16亿个测量值,其中大部分都是未被解读的原始数据。
包含肿瘤和非肿瘤
同时含有肿瘤数据和非肿瘤数据,适合不同专业的小伙伴进行挖掘!
自带分析工具
可以选择Analyze with GEO2R,直接利用NCBI自带的工具进行数据分析。
大数据时代,科研人想要拿别人的数据,发自己的文章!学会GEO数据挖掘就应当提上日程。
这也是我想把7天入门GEO数据库训练营推荐给大家的原因。
GEO数据库训练营由解螺旋专业团队精心打造,专门针对小白,每天抽出半小时,7天0基础就能入门。
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系统化教学 适合小白入门
GEO数据库检索、下载
GEO2R在线分析
GEO数据库提供官方在线工具GEO2R,用于比较2组或多组样本以获得差异性表达的基因,该工具主要是对系列数据(series)进行分析。
GEOexplorer工具
GEOexplorer 是一个用于探索、生成和分析转录组数据集的 Web 服务器和 R 包,使用户能够充分利用来自自己内部实验和公开数据库的高通量数据,且不需要编程能力或深入的统计知识即可使用。
专业老师实操演示 0基础也能学会
由解螺旋翡翠讲师郑玥主讲,郑玥老师目前已经发表10+篇SCI文章,担任多个医学专业期刊的审稿工作。
专业老师指导 随时为你解答
零基础,但急需发SCI;
想做生信但是不知从哪入手;
不会挖掘、下载、分析数据。
福利来袭
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