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可能是史上最实用的GEO数据库挖掘教程

可能是史上最实用的GEO数据库挖掘教程

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作为一名科研小白,我对科研有着强烈的想法与好奇心,想着入组之后,好好努力,早点发篇SCI。

但是!导师把我交给师兄师姐之后便无影无踪了,师兄师姐忙于自己课题,根本无暇顾及我的科研,只让我做一些杂活。

我想靠实验发SCI,没人带;想靠生信发文,又不会R语言……

只能自己东一榔头西一棒子地进行实验,科研的速度迂回前进,自信心逐渐消磨殆尽……

一个偶然的机会,我得知学姐靠着GEO数据库,零代码零实验发了篇5+SCI!

出于好奇,我以“GENE EXPRESSION OMNIBUS”为关键词检索PubMed,截止目前已发表研究论文10884篇2020年1785篇,2021年2450篇,2022年3072篇,呈现快速增长的形势……不难看出,GEO数据挖掘真的超火!

图源PubMed

GEO数据库收录数据范围相当广泛,无论是肿瘤、非肿瘤、芯片、NGS、差异分析,还是分子验证……你能想到的数据,这里几乎都有!而且还可以做一些在线分析。

那GEO数据库究竟为什么这么受欢迎?

01

更新速度快且免费

数据由作者自由上传,所以更新速度非常快,并且完全免费,而且常有领域最新研究。

02

数据量丰富

GEO作为世界上最大的免费基因表达的储存数据库,包含了大约16亿个测量值,其中大部分都是未被解读的原始数据。

03

包含肿瘤和非肿瘤

同时含有肿瘤数据和非肿瘤数据,适合不同专业的小伙伴进行挖掘!

04

自带分析工具

可以选择Analyze with GEO2R,直接利用NCBI自带的工具进行数据分析。

大数据时代,科研人想要拿别人的数据,发自己的文章!学会GEO数据挖掘就应当提上日程。

这也是我想把7天入门GEO数据库训练营推荐给大家的原因。

GEO数据库训练营解螺旋专业团队精心打造,专门针对小白,每天抽出半小时,7天0基础就能入门。

看这课程大纲就知道,GEO数据库训练营绝对是细节化梳理,系统化学习

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1

系统化教学 适合小白入门


GEO数据库检索、下载

GEO数据库提供了两种检索模式,一种是常用的Datasets子数据库,我们所需要的大部分数据集都是从里面下载的。
另一种是Profile子数据库,以基因为单位,检索其相应癌种的基因表达谱,用得较少。
带教老师会以实操的方式,演示GEO两种检索方式以及数据下载的具体操作方法。

GEO2R在线分析

GEO数据库提供官方在线工具GEO2R,用于比较2组或多组样本以获得差异性表达的基因,该工具主要是对系列数据(series)进行分析。

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GEOexplorer工具

GEOexplorer 是一个用于探索、生成和分析转录组数据集的 Web 服务器和 R 包,使用户能够充分利用来自自己内部实验和公开数据库的高通量数据,且不需要编程能力或深入的统计知识即可使用。

2

专业老师实操演示 0基础也能学会


由解螺旋翡翠讲师郑玥主讲,郑玥老师目前已经发表10+篇SCI文章,担任多个医学专业期刊的审稿工作


3

专业老师指导 随时为你解答


每个班单独建群,由专属的班主任老师进行服务。

不懂的问题可在社群咨询,也可以私聊班主任,或直接丢群里都能得到解答。


其适合以下这些小伙伴:

01

零基础,但急需发SCI;

02

想做生信但是不知从哪入手;

03


不会挖掘、下载、分析数据。





科研路上,有GEO数据库加持,你离SCI发表又近了一步!

一起学习GEO数据库挖掘,把省下来的时间专注于科研,或者去做你想做的事情,这样过你的人生,你一定能够成为你想要成为的人!


福利来袭

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