思路   

使用工具  

复现  

Fig1胃癌中基因的表达  

A图通过仙桃生信工具数据集检索功能分别对三个数据集进行清洗。

输入数据集选择样本

设置分组（疾病正常组）

提交分析，等待分析。

结果下载

下载差异分析数据，通过阈值筛选基因。

同样方法清洗其他两个数据集

分别获得三个数据集的差异分析结果并取交集获得同表达的基因。

B图TCGA中基因的表达

表达差异-疾病vs非疾病（配对非配对）

选择疾病输入基因，可以调整参数和图片     

结果下载

c图基因在泛癌中的表达

其他-泛癌分组比较

选择泛癌-输入基因-调整参数或默认

结果下载

Fig2IHC免疫组化分析  

在HPA数据库输入基因选择TISSUE

选择病理学

选择打印

保存PDF格式

Fig3不同预后的km生存曲线（文中作者加入了临床数据）  

A-D不同预后类型的km曲线

临床意义-生存曲线

选择不同的预后类型

统计方法

结果下载

（PPS（Progression-free survival）是指患者从治疗开始到癌症进展或死亡的时间。也是衡量治疗效果的重要指标之一。）

Fig4免疫浸润  

交互网络-免疫浸润棒棒糖图

选择疾病-输入基因调整参数

B免疫膨胀差异表达

选择疾病-输入基因-调整参数

结果下载。

相关性散点图

交互网络-表达相关性散点图

选择疾病输入基因

结果下载

Fig5GSEA富集分析  

首先需要进行单基因差异分析

表达差异-单基因差异分析

选择疾病输入基因

等待分析结果并下载

留下基因ID和logfc

整理出来

来到功能聚类-GSEA富集分析

将刚整理的数据上传

等待分析结果并下载

通路筛选，选择符合阈值下的明星通路

经典可视化

将选好的通路复制到ID列表

下载结果

Table1临床变量的基线资料表  

临床意义-基线资料表

选择疾病-添加临床变量

结果下载。