简单易行单基因SCI套路复现!两个网站零代码轻松解决!
小伙伴们好,零代码复现生信文章又上线啦~今天我们复现的是一篇刚出炉的纯生信文章,题目《Bioinformatic-based mechanism identification of E2F1-related ceRNA and E2F1 immunoassays in hepatocellular carcinoma》,今年八月份发表在Journal of Gastrointestinal Oncology。这篇文章非常适合新手入门噢,来一起复现吧~
一、期刊简介
二、使用工具
仙桃学术 https://www.xiantao.love
starBase http://starbase.sysu.edu.cn/
三、复现步骤
Figure 1 E2F1的差异表达和预后生存曲线
Fig 1A E2F1在泛癌中的表达,这个图原文是在TIMER2.0做的,咱们用仙桃复现~
Step1》〉 进入仙桃,按照下图选择关键参数,再按照自己调整一下图片展示
Step2》〉 确认
Step3 》〉 下载图片,完成~
Fig 1B-C E2F1在HCC中非配对样本及配对样本的表达差异:
Step1 》〉 还是同样的界面,这次我们选择“肝细胞肝癌”,其他都可以不用改~
Step3》〉 转到“配对样本”,其他都不用改
Step4》〉 确认,下载图片~
Fig 1E-F E2F1在HCC中的OS和DFS生存曲线:
原文作者在GEPIA数据库得到的图,咱们还是上仙桃~
Step1》〉 按照下图选择参数,咱们以OS为例:
【PS:预后类型可以选择:
Step2》〉 确认
完成✅
Figure 2 E2F1的临床相关性
Fig 2A-C E2F1与HCC临床分期、分级、T分期的相关性
来来来话不多说上仙桃:
Step1》〉 来到“临床相关性”,第一个是临床分期,选择参数和分子:
Step2》〉 出图
Step3》〉 选择病理分级:
Step4》〉 出图:
Step5》〉 T分期:
Step6》〉 出图~
Fig 2E 预后calibration分析:
Step1》〉 选择预后calibration分析,设置参数:
Step2》〉 等待运算,转到可视化:
Step3》〉 选择刚刚计算完成的分析:
Step4》〉 确认出图:
Fig 2F nomogram
Step1》〉 选择“预后列线图”
Step2》〉 仙桃自动记住了我们做calibration分析的参数~
Step3》〉 确认,出图,下载三连~
Fig 2G E2F1在HCC中的ROC曲线
Step1》〉 选择“时间依赖ROC”,设置预测年限
Step2》〉 确认,出图:
Fig 2H-I 森林图:
Step1》 〉 进入“单/多因素分析”,按照原文选择参数:
Step2》〉 下载结果excel表:
Step3》〉 我们就来画单因素的图,需要的就是单因素分析的结果,
保留这几列另存:
Step5》〉 出图三连~
多因素也是同样,只保留多因素cox分析结果,上传就好啦~
Figure 3 E2F1和 2 个miRNA之间的相关性、差异和生存曲线分析
首先先来获得与E2F1结合的miRNA以及其相关的lncRNA:
Step1》〉 进入starBase网站,按下面参数找miRNA
Step2》〉 下载表格
Step3》〉 按以下找与miRNA相关的lncRNA,以hsa-miR-29b-3p为例,同样也可以下载结果
Step4》〉 相关性图可以进入仙桃完成,进入“分子相关性分析-散点图(RNA-miRNA)”部分,以hsa-miR-29b-3p为例:
Step5》〉 出图:
接下来是miRNA在HCC中的表达以及生存曲线,可以在starBase直接完成:
Step1》〉 如下图找到miRNA分析界面
Step2》〉 首先是第一个表达差异,按以下设置
Step3》〉 然后是生存分析,第二个:
完成✅ 另一个miRNA也是一样操作,so easy~
Figure 4 分别在 miR-29b-3p- E2F1 -relatedlncRNA 与 miRNA 和E2F1之间进行相关性、差异和存活曲线分析
这个图是不是跟上一个图一模一样呀~咱们就不多说了,大家应该都会啦,可以自己找一组试一试哦~
Figure 6 E2F1与各种免疫细胞和免疫检查点的相关性。
Fig 6A 棒棒糖图,上仙桃:
Fig 6B E2F1和免疫细胞分别做相关性散点图
Step1》〉 这次找到“免疫浸润-散点图”,按照下图,咱们以T细胞为例:
Step2》〉 出图:
其他的也是一样的噢~
Fig 6C E2F1和免疫检查点基因表达相关性热图:
Step1》〉 再次来到“相关性热图”,把免疫检查点基因输入:
Step2》〉 出图~
大家可以自己设置一下喜欢的图片格式
Fig 6D E2F1和免疫检查点基因表达相关性散点图:
Step1》〉 再次,“分子相关性分析-散点图”,以PDCD1为例:
Step2》〉 完成✅
Figure 7 E2F1的药物敏感性分析
这个分析需要用到pRRophetic包,手动@仙桃后台小哥哥上线药物敏感性分析~
好啦,本篇文章咱们就已经复现差不多了,仅仅用了两个网站,仙桃基本上承担了全部工作,一篇SCI就这么发了,还不够心动吗~
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撰文丨 M i r a
排版丨三叶虫
编辑丨三叶虫
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