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简单易行单基因SCI套路复现!两个网站零代码轻松解决!

简单易行单基因SCI套路复现!两个网站零代码轻松解决!

公众号新闻

小伙伴们好,零代码复现生信文章又上线啦~今天我们复现的是一篇刚出炉的纯生信文章,题目《Bioinformatic-based mechanism identification of E2F1-related ceRNA and E2F1 immunoassays in hepatocellular carcinoma》,今年八月份发表在Journal of Gastrointestinal Oncology这篇文章非常适合新手入门噢,来一起复现吧~

一、期刊简介


二、使用工具

仙桃学术 https://www.xiantao.love  

starBase  http://starbase.sysu.edu.cn/ 

三、复现步骤

Figure 1  E2F1的差异表达和预后生存曲线

Fig 1A  E2F1在泛癌中的表达,这个图原文是在TIMER2.0做的,咱们用仙桃复现~

Step1  进入仙桃,按照下图选择关键参数,再按照自己调整一下图片展示

Step2》〉  确认

Step3 》〉  下载图片,完成~


Fig 1B-C  E2F1在HCC中非配对样本配对样本的表达差异:

Step1   还是同样的界面,这次我们选择“肝细胞肝癌”,其他都可以不用改

Step2  确认,下载图片

Step3  转到“配对样本”,其他都不用改

Step4  确认,下载图片~


Fig 1E-F  E2F1在HCC中的OS和DFS生存曲线

原文作者在GEPIA数据库得到的图,咱们还是上仙桃

Step1  按照下图选择参数,咱们以OS为例:

【PS:预后类型可以选择:

Step2》〉  确认

完成✅

Figure 2  E2F1的临床相关性

Fig 2A-C  E2F1与HCC临床分期、分级、T分期的相关性

来来来话不多说上仙桃:

Step1》〉  来到“临床相关性”,第一个是临床分期,选择参数和分子:

Step2》〉  出图

Step3》〉  选择病理分级:

Step4》〉  出图

Step5》〉  T分期:

Step6》〉  出图

Fig 2E  预后calibration分析:

Step1》〉  选择预后calibration分析,设置参数:

Step2》〉  等待运算,转到可视化:

Step3》〉  选择刚刚计算完成的分析:

Step4》〉  确认出图:

Fig 2F  nomogram

Step1》〉  选择“预后列线图”

Step2》〉  仙桃自动记住了我们做calibration分析的参数~

Step3》〉  确认,出图,下载三连

Fig 2G  E2F1在HCC中的ROC曲线

Step1》〉  选择“时间依赖ROC”,设置预测年限

Step2》〉  确认,出图:

Fig 2H-I 森林图

Step1》 〉  进入“单/多因素分析”,按照原文选择参数:

Step2》〉  下载结果excel表:

Step3》〉  我们就来画单因素的图,需要的就是单因素分析的结果,

保留这几列另存:

Step4》〉  找到“基础绘图-森林图”,上传整理好的文件:

Step5》〉 出图三连

多因素也是同样,只保留多因素cox分析结果,上传就好啦~

Figure 3   E2F1和 2 个miRNA之间的相关性、差异和生存曲线分析

首先先来获得与E2F1结合的miRNA以及其相关的lncRNA:

Step1》〉 进入starBase网站,按下面参数找miRNA

Step2》〉  下载表格

Step3》〉  按以下找与miRNA相关的lncRNA,以hsa-miR-29b-3p为例,同样也可以下载结果

Step4》〉  相关性图可以进入仙桃完成,进入“分子相关性分析-散点图(RNA-miRNA)”部分,以hsa-miR-29b-3p为例:

Step5》〉  出图:

接下来是miRNA在HCC中的表达以及生存曲线,可以在starBase直接完成

Step1》〉  如下图找到miRNA分析界面

Step2》〉  首先是第一个表达差异,按以下设置

Step3》〉  然后是生存分析,第二个:

完成✅ 另一个miRNA也是一样操作,so easy~

Figure 4  分别在 miR-29b-3p- E2F1 -relatedlncRNA 与 miRNA 和E2F1之间进行相关性、差异和存活曲线分析

这个图是不是跟上一个图一模一样呀~咱们就不多说了,大家应该都会啦,可以自己找一组试一试哦~

Figure 6  E2F1与各种免疫细胞和免疫检查点的相关性。

Fig 6A  棒棒糖图,上仙桃:



Fig 6B E2F1和免疫细胞分别做相关性散点图

Step1》〉  这次找到“免疫浸润-散点图”,按照下图,咱们以T细胞为例:

Step2》〉  出图:

其他的也是一样的噢~

Fig 6C  E2F1和免疫检查点基因表达相关性热图:

Step1》〉  再次来到“相关性热图”,把免疫检查点基因输入:

Step2》〉  出图~

大家可以自己设置一下喜欢的图片格式


Fig 6D E2F1和免疫检查点基因表达相关性散点图:

Step1》〉  再次,“分子相关性分析-散点图”,以PDCD1为例:

Step2》〉   完成✅

Figure 7  E2F1的药物敏感性分析

这个分析需要用到pRRophetic包,手动@仙桃后台小哥哥上线药物敏感性分析~

好啦,本篇文章咱们就已经复现差不多了,仅仅用了两个网站,仙桃基本上承担了全部工作,一篇SCI就这么发了,还不够心动吗~


END


撰文丨 M i r a

排版三叶虫

编辑三叶虫

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