想顺利毕业?一站式GEO数据挖掘教程来了,零代码也能搞定5+生信SCI……(快收藏)
我今年研一,导师特别好,对我很关照,但有一件事,苦恼了我一整个寒假。
事情是这样的,过年期间,我爸妈就开始三天两头叮嘱我,等返校的时候,给导师带点家乡特产感谢感谢导师。
这不,快返校了,我就很纠结,这特产是带还是不带:
直接带过去,万一导师不收多尴尬?
就送些特产,会不会显得很廉价?
要是不带,那其他人都送了咋办?
……
遇事不决,找师兄师姐!我决定还是先在群里问下师兄师姐,听听他们咋说:
师姐A:我劝你别带了,咱导师属于坚决不收的那种,不管礼物轻重,一概不收。
师兄B:是呀,我去年提了箱家乡的橘子,准备给导师,最后导师不收,我自己吃掉了。
师兄C:放心,我们导师对大家都很好,都像自家孩子一样,不会因为送不送礼就为难谁的。
师姐D:要真想感谢导师,咱们就努努力,多发几篇发SCI!我最近发现GEO数据库超级火爆,好发文章,咱们要不试试?
……
话匣子一打开,收都收不住,现在给不给导师送特产已经不重要了,直接开始研究给导师送paper了……
说起GEO数据库挖掘,近年来真是超级火爆!
如果说对于肿瘤领域而言,TCGA公共数据库是最主要的分析数据来源,那么对于非肿瘤领域来说,最主要的公共数据库则是GEO数据库了。
GEO作为生信数据挖掘最常用的公共数据库之一,收录数据范围相当广泛!
无论是肿瘤、非肿瘤、芯片、NGS、差异分析,还是分子验证……你能想到的数据,GEO数据库几乎都有,而且还可以做一些在线分析!
以“GEO”为关键词检索PubMed可以发现,截止目前已发表研究论文35430篇,并呈现快速增长的形势……
相对于TCGA数据的下载来说,GEO数据因为疾病范围更广泛、上传格式不统一,所以分析起来难度也更大一些。
不过不用担心,解螺旋GEO训练营 将拯救你于水火,从GEO数据检索、下载到GEO2R在线分析,再到GEOexplorer工具,都讲解的超级详细,分分钟带你搞定GEO数据库挖掘!
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课程目录
目标:一周入门GEO数据库
熟练利用GEO数据库挖掘数据
掌握GEO数据库检索下载方式
掌握GEO2R在线分析方法
专业老师带教
全程干货输出
GEO作为生信数据挖掘最常用的公共数据库之一,储存了海量的芯片和二代测序数据,它就像一座宝藏,等待我们去发掘它们的价值。
在GEO训练营,我们将用七天时间,带大家快速入门GEO数据库挖掘,让它们发出光芒!
GEO数据库检索、下载
带教老师会手把手教大家Datasets子数据库和Profile子数据库检索,并演示数据下载的具体操作方法。
GEO2R在线分析
通过实例,详细操作GEO2R在线分析,哪里不会点哪里,哪里不会问哪里。
GEOexplorer工具
GEOexplorer 是一种用于分析基因表达数据集的工具,在GEO训练营,带教老师会教大家将GEO数据集加载到GEOexplor上,并进行分析。
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