最近发表的单基因SCI套路复现！两个网站零代码轻松解决！

小伙伴们好，零代码复现生信文章又上线啦～今天我们复现的是一篇最近刚出炉的纯生信文章，题目《Bioinformatic-based mechanism identification of E2F1-related ceRNA and E2F1 immunoassays in hepatocellular carcinoma》，今年八月份发表在Journal of Gastrointestinal Oncology。这篇文章非常适合新手入门噢，来一起复现吧～

仙桃学术 https://www.xiantao.love  

starBase  http://starbase.sysu.edu.cn/ 

Figure 1  E2F1的差异表达和预后生存曲线

Fig 1A  E2F1在泛癌中的表达，这个图原文是在TIMER2.0做的，咱们用仙桃复现～

Step1》〉  进入仙桃，按照下图选择关键参数，再按照自己调整一下图片展示

Step2》〉  确认

Step3 》〉  下载图片，完成～

Fig 1B-C  E2F1在HCC中非配对样本及配对样本的表达差异：

Step1 》〉  还是同样的界面，这次我们选择“肝细胞肝癌”，其他都可以不用改～

Step3》〉  转到“配对样本”，其他都不用改

Step4》〉  确认，下载图片～

Fig 1E-F  E2F1在HCC中的OS和DFS生存曲线：

原文作者在GEPIA数据库得到的图，咱们还是上仙桃～

Step1》〉  按照下图选择参数，咱们以OS为例：

【PS：预后类型可以选择：

Step2》〉  确认

完成✅

Figure 2  E2F1的临床相关性

Fig 2A-C  E2F1与HCC临床分期、分级、T分期的相关性

来来来话不多说上仙桃：

Step1》〉  来到“临床相关性”，第一个是临床分期，选择参数和分子：

Step2》〉  出图

Step3》〉  选择病理分级：

Step4》〉  出图：

Step5》〉  T分期：

Step6》〉  出图～

Fig 2E  预后calibration分析：

Step1》〉  选择预后calibration分析，设置参数：

Step2》〉  等待运算，转到可视化：

Step3》〉  选择刚刚计算完成的分析：

Step4》〉  确认出图：

Fig 2F  nomogram

Step1》〉  选择“预后列线图”

Step2》〉  仙桃自动记住了我们做calibration分析的参数～

Step3》〉  确认，出图，下载三连～

Fig 2G  E2F1在HCC中的ROC曲线

Step1》〉  选择“时间依赖ROC”，设置预测年限

Step2》〉  确认，出图：

Fig 2H-I 森林图：

Step1》 〉  进入“单/多因素分析”，按照原文选择参数：

Step2》〉  下载结果excel表：

Step3》〉  我们就来画单因素的图，需要的就是单因素分析的结果，

保留这几列另存：

Step5》〉 出图三连～

多因素也是同样，只保留多因素cox分析结果，上传就好啦～

Figure 3   E2F1和 2 个miRNA之间的相关性、差异和生存曲线分析

首先先来获得与E2F1结合的miRNA以及其相关的lncRNA：

Step1》〉 进入starBase网站,按下面参数找miRNA

Step2》〉  下载表格

Step3》〉  按以下找与miRNA相关的lncRNA，以hsa-miR-29b-3p为例，同样也可以下载结果

Step4》〉  相关性图可以进入仙桃完成，进入“分子相关性分析-散点图（RNA-miRNA）”部分，以hsa-miR-29b-3p为例：

Step5》〉  出图：

接下来是miRNA在HCC中的表达以及生存曲线，可以在starBase直接完成：

Step1》〉  如下图找到miRNA分析界面

Step2》〉  首先是第一个表达差异，按以下设置

Step3》〉  然后是生存分析，第二个：

完成✅ 另一个miRNA也是一样操作，so easy～

Figure 4  分别在 miR-29b-3p- E2F1 -relatedlncRNA 与 miRNA 和E2F1之间进行相关性、差异和存活曲线分析

这个图是不是跟上一个图一模一样呀～咱们就不多说了，大家应该都会啦，可以自己找一组试一试哦～

Figure 6  E2F1与各种免疫细胞和免疫检查点的相关性。

Fig 6A  棒棒糖图，上仙桃：

Fig 6B E2F1和免疫细胞分别做相关性散点图

Step1》〉  这次找到“免疫浸润-散点图”，按照下图，咱们以T细胞为例：

Step2》〉  出图：

其他的也是一样的噢～

Fig 6C  E2F1和免疫检查点基因表达相关性热图：

Step1》〉  再次来到“相关性热图”，把免疫检查点基因输入：

Step2》〉  出图～

大家可以自己设置一下喜欢的图片格式

Fig 6D E2F1和免疫检查点基因表达相关性散点图：

Step1》〉  再次，“分子相关性分析-散点图”，以PDCD1为例：

Step2》〉   完成✅

Figure 7  E2F1的药物敏感性分析

这个分析需要用到pRRophetic包，手动@仙桃后台小哥哥上线药物敏感性分析～

好啦，本篇文章咱们就已经复现差不多了，仅仅用了两个网站，仙桃基本上承担了全部工作，一篇SCI就这么发了，还不够心动吗～

—END—

撰文丨 M i r a

排版丨三叶虫

编辑丨三叶虫