零代码搞定6+SCI，这个套路太实用了！

大家好，我是卡特，今天为大家复现一篇2022年5月最新发表在Frontiers in oncology的一篇生信文章《LncRNA-AL035458.2/hsa-miR-181a-5p Axis-Mediated High Expression of NCAPG2 Correlates With Tumor Immune Infiltration and Non-Small Cell Lung Cancer Progression》

图1：NCAPG2的泛癌表达模式及预后价值

进入仙桃学术高级版，点击表达差异，非配对样本，病种选择泛癌，参数部分，图片类型选择组合图，分子输入NCAPG2，点击确定，就可以出现图1A。

进入表达差异（配对样本），选择数据集，输入分子，点击确认，就可以出现图1B。

进入临床意义模块，选择数据集，TCGA-ACC，输入分子，风险表格选择展示，点击确认，就可以得到ACC的KM曲线图，图1C-1D中其他KM图也同样可以得到，选择不同的数据集即可。最后进入仙桃拼图工具完成拼图，就可以得到图1。

图2：LUAD中NCAPG2的RNA及蛋白表达水平

进入表达差异模块，选择非配对样本，数据集选择TCGA-LUAD，输入分子，图片类型选择组合图，点击确认，就可以得到图2A。

选择配对样本，其他设置一样，就可以得到图2C。

输入芯片GSE19188，首先注意到芯片的平台是GPL570，可以进入平台文件，发现基因对应的探针名称。

进入GEO2R，选择Profile graph，输入探针名称，可以得到每个样本中的表达水平，导出改列表，进入Graphpad prism，绘制点图，就可以得到GSE19188中表达水平。

进入Human Protein Atlas数据库，输入基因名称

点击Pathology， 选择Lung cancer，就可以在结果界面选择目标病例切片图。进入仙桃学术拼图工具，可以得到图2。

图3：肺腺癌中NCAPG2的临床价值

进入仙桃学术，临床意义中的临床相关性模块，选择数据集，以3A为例，临床参数选择病例分级，右侧参数栏中选择组合图，输入分子，点击确认，就可以得到3A。本图中其他小图也可以通过类似的方法得到结果。

图4：NCAPG2的诊断及预后价值

进入仙桃学术，临床意义预后分析中的KM曲线图模块，选择数据集，输入分子。在预后参数中，分别选择OS，DSS，PFS，就可以得到原文中图4A-C的三张小图。

在时间依赖的ROC分析模块，选择TCGA-LUAD数据集，输入分子，预后类型分别选择OS,DSS,PFS，时间选择1,3,5年，点击确认，就可以得到4D-F。

图5：肺癌中NCAPG2的预后价值验证

进入PrognoScan数据库，输入目标分子，进入结果界面。

选择肺腺癌的数据集，进入结果界面，就可以得到KM曲线图。

图6：NCAPG2表达水平和OS关联的亚组分析

进入仙桃学术，亚组KM图，选择数据集，输入分子，临床参数中选择病理分级1&2，点击确认，就可以得到图6A，其他5张小图同理可得，最后在仙桃拼图中就可以得到图6。

图7：NCAPG2在LUAD中的功能富集分析

进入LinkOmics数据库，选择LUAD，输入分子，点击Submit，进入结果页面。

可以得到图7A-C。

提取共表达基因，进行GO KEGG富集分析

下载共表达分子的列表，提取这些共表达分子，进入仙桃学术GOKEGG富集分析界面，输入分子列表，点击确认，就可以得到GOKEGG富集分析的结果。并在可视化部分选择相应地条目，绘制气泡图。

图8：NCAPG2相关的信号通路分析

随后进入单基因差异分析模块，选择数据集，输入分子，点击确认，就可以根据该分子的表达量将样本分为高低表达两组，并得到差异分析的基因以及对应的logFC值，保留全部基因和对应的logFC，用于GSEA富集分析。

进入仙桃学术，点击GSEA富集分析模块，上传文档，数据集选择h.all, 富集分析，点击确定，就可以得到GSEA分析结果。

进入GSEA富集分析可视化模块，选择可视化的id，点击确认，就可以得到gsea富集结果图，其他小图同理可得。

图9：NCAPG2表达水平与免疫浸润的关联

进入仙桃学术，点击免疫浸润，棒棒糖图模块，选择数据集，输入分子，点击确认，就可以得到图9A的棒棒糖图。

选择散点图模块，选择LUAD数据集，输入分子，选择分析的免疫细胞和对应算法，点击确认，可以的得到免疫浸润的散点图 9B-9E。

进入分子相关性分析，单基因共表达热图模块，选择LUAD数据集，输入基因和免疫检查点分子列表，点击确认，可以得到共表达热图。

图10：免疫浸润亚组中的KM分析

进入K-M plotter数据库，选择pan-cancer mRNA模块，输入分子，选择LUAD数据集，免疫细胞部分我们以Eosinophils为例，点击plot，可以出现文中的图10E，其他小图同理可得。

图11：NCAPG2调节LUAD细胞分化、迁移、侵袭

图12：LncRNA/hsa-miR-181a-5p/NCAPG2调节网络

文中mRNA-miRNA相关性分析可以用仙桃学术完成，进入交互网络，分子相关性分析，散点图模块，选择LUAD数据集，分别输入基因和miRNA名称，可以得到相关性散点图。

mRNA-lncRNA的散点图也可以在本模块完成。

miRNA表达差异也可以用仙桃学术完成，进入表达差异-非配对样本模块，选择LUAD数据集，输入分子，点击确认即可得到。

miRNA预后KM曲线，也可以用仙桃学术的KM曲线图模块完成。

表1：LUAD病人的临床病理特征

进入仙桃学术基线资料表模块，选择LUAD数据集，输入分子，选择基本参数，点击确认，就可以得到NCAPG2高低表达得到基线资料表。

表2：NCAPG2表达及临床病理特征的Logistic回归分析

单基因Logistics回归分析，进入仙桃学术临床意义Logistics回归分析模块，选择数据集，输入分子，选择临床参数，就可以得到。