只需30min,即刻复现1表5图,孟德尔随机化助你轻松破9,银屑病 vs 肺癌
到底是怎样做到的,莫急,我们立马开讲。
小伙伴好!我是闪电,下面为大家带来的是2022年7月发表在《JEADV》上的《Psoriasis may increase the risk of lung cancer: a two-sample Mendelian randomization study》(银屑病可能增加患肺癌的风险:双样本孟德尔随机化研究),该期刊最新影响因子9.228分,为中科院2区,仅需30min,即可复现5图1表,可移植性很强,一起欣赏皮肤和呼吸领域研究间的精彩碰撞吧!
Tips:
①工具变量筛选条件、常用统计方法,浏览全文前心里要先有个大概。
②多看MR的文章,对比不同作者的行文和讨论,大有裨益。
拆解文章研究要素
找到模式图和数据来来源
弄清楚研究背景
工具变量筛选条件
理清统计方法
注意:孟德尔随机化的统计方法万变不离其宗,常用的方法就那么几个,大家一定要牢记奥!
结果效应评估(3种)
逆方差加权法(inversevariance weighted, IVW,金标准)
加权中位数法(weighted median method,作为补充方法)
MR-Egger法(作为补充方法)
敏感性分析(包含异质性检验、水平多效性检验)
使用的R包(1种)
总览结果
① 首先,根据P值作者初步筛选出了18个SNPs作为银屑病的工具变量(Instrumental variable,IV),并通过表格展示出来,随后作者又根据F>10的阈值,去除了rs411278和rs121883002个位点(前面讲过F<10,提示有弱工具变量风险,会对结果产生影响),最终,一共有16个SNP纳入最终分析。
上面这张表每列所代表的意思如下:
第1列代表的是每一个SNP位点的rs编号。
第2列effect_allele(ALT)代表研究对象在该位点的碱基。
第3列other_allele(REF)代表参考基因组在该位点的碱基。
第4列是SNP在暴露中效应值的标准差。
第5列beta值代表SNP的效应值,若beta>0代表该与暴露成正相关,beta<0则为负相关。
第6列pos.exposure代表该SNP在参考基因组上的位置。
第7列pvalue.exposure代表SNP与表型的关联性,主要就是用这一列筛选出与银屑病在全基因组水平上显著相关的SNP(一般要求P<5×10-8)
② IVW结果显示,遗传预测的银屑病与肺癌风险显著相关(OR=1.06,P= 0.02)。散点图中每一个点代表1个SNP,不同颜色的线条代表不同方法,而斜率则代表了相关性,若斜率大于0,则为正相关;斜率小于0,则为负相关。可以看到MR Egger法和加权中位数法的结果和IVW是一致的。有小伙伴会好奇,不是只有3种效应评估方法嘛,为何图中有5种?这其实是TwoSampleMR包在计算暴露对于结局的效应值时,默认采用的5种方法。
③ 接下来作者通过森林图展示了每一个工具变量对于结局的效应值,其中黑点代表均值,黑点左右的两条线代表95%可信区间;黑点在0线右侧的为正相关,在0线左侧为负相关。最后的All-MR Egger和All-Inverse variance weighted代表所有工具变量的总效应,即为暴露对于结局的效应。
④ 接着是多效性分析,评估结果是否稳定、是否存在偏倚。这里与meta分析类似,最佳的漏斗图应呈金字塔形,左右对称,表明结果稳定、无偏倚。虽然在本研究中不是特别对称,但作者也进行了合理解释,由于工具变量不足,无法用漏斗图评估其多效性。且MR Egger截距法和MR-PRESSO法均未检测到显著的水平多效性。
⑤ 最后就是留一法评估结果的异质性,留一法是指剔除掉1个工具变量后,计算剩下所有工具变量的总效应。以图中红框为例,去掉rs34536443这个SNP后,余下的15个SNP的总效应仍然在0线右侧(即银屑病与肺癌风险增高间存在因果联系),说明结果很稳定,去掉某个单独的SNP,结果仍然不变。
结论
07
文章亮点及总结
END
撰文丨闪 电
排版丨顶 顶
SCI发文蓝海孟德尔随机化来袭!!
比临床更简单
发文速度快
无需做实验
详情请咨询栗子糕
2023-03-13
2023-03-24
2023-03-25
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