Redian新闻
>
只需30min,即刻复现1表5图,孟德尔随机化助你轻松破9,银屑病 vs 肺癌

只需30min,即刻复现1表5图,孟德尔随机化助你轻松破9,银屑病 vs 肺癌

公众号新闻
前言
上一期我们拆解了一篇牙周炎和银屑病的双向孟德尔随机化文章(接part3 双向两样本 牙周炎 vs 银屑病),小伙伴们消化吸收得如何,是否感觉意犹未尽?今天,我们再接再厉,继续带大家来领略孟德尔随机化在发文领域的魅力。
什么?5图1表就稳站中科院2区,IF值破9逼10?!   

到底是怎样做到的,莫急,我们立马开讲。


小伙伴好!我是闪电,下面为大家带来的是2022年7月发表在《JEADV》上的《Psoriasis may increase the risk of lung cancer: a two-sample Mendelian randomization study》(银屑病可能增加患肺癌的风险:双样本孟德尔随机化研究),该期刊最新影响因子9.228分,为中科院2区,仅需30min,即可复现5图1表,可移植性很强,一起欣赏皮肤和呼吸领域研究间的精彩碰撞吧!   



孟德尔随机化的文章,刚入坑的小伙伴想快速看懂,可能有一丢丢困难,不怕,闪电已为您梳理好思路,跟着我走,七步带你get重点。

Tips:

①工具变量筛选条件、常用统计方法,浏览全文前心里要先有个大概。

②多看MR的文章,对比不同作者的行文和讨论,大有裨益。



01

拆解文章研究要素


找到暴露因素和对应的结局因素,从题目中可以得知,该研究类型是两样本单向孟德尔随机化,暴露因素是Psoriasis (银屑病),结局因素是lung cancer(肺癌)。


02

找到模式图和数据来来源

在这篇文章里模式图是缺少的,但是可以看到研究数据来源如下:


(暴露)银屑病:来自于Hemani G等人整理的MR-Base数据库(https://www.mrbase.org/),该数据库就是大名鼎鼎的布里斯托大学MRC综合流行病学部门开发的孟德尔随机化数据库和分析平台IEU OPEN GWAS(https://gwas.mrcieu.ac.uk/)。(pubmed id:29846171)(数据编号:ukb-a-100)

(结局)肺癌来自于UK Biobank数据库,该数据库是全球最权威的大规模人类信息资源库之一,每年收费大约3000英镑,但是该GWAS数据集同样可以在IEU OPEN GWAS上免费获取。(数据编号:ieu-b-4954)


03

弄清楚研究背景

银屑病(PsO)是一种慢性复发性皮肤炎症性疾病,影响了世界上约3%的人口。有临床观察性研究显示发现PsO患者患肺癌的几率高出15%,在一项meta分析中,同样提示PsO 患者患肺癌的几率高出26%。但由于多种混杂因素包括空气质量,教育和身体活动的干扰,PsO与肺癌之间的确切因果关系目前尚不清楚。而孟德尔随机化则可以克服传统观察性研究的局限性,不受混淆和反向因果关系的影响。

04

工具变量筛选条件

在筛选工具变量这一步中,作者选取了18个在银屑病GWAS数据中显著关联的SNPs(P<5×10-8),去除连锁不平衡的条件为R2<0.001,同时统计效力F>10。如果F<10的话,说明所选取的SNPs为弱工具变量,会对最终结果造成偏倚。这三项,也是孟德尔随机化工具变量选择中必备的3项(即P、R2和F)。



05

理清统计方法

这一步很重要奥!孟德尔随机化虽然不难,但是用到的统计学方法还真不少,容易混淆,思路乱不乱,统计说了算!

注意:孟德尔随机化的统计方法万变不离其宗,常用的方法就那么几个,大家一定要牢记奥!

1

结果效应评估(3种)

逆方差加权法(inversevariance weighted, IVW,金标准)

加权中位数法(weighted median method,作为补充方法)

MR-Egger法(作为补充方法)


2

敏感性分析(包含异质性检验、水平多效性检验)

水平多效性(2种):MR-PRESSO法、MR-Egger
异质性(2种):Cochran Q 检验和留一法(leave-1-SNP-out)

3

使用的R包(1种)

TwoSampleMR


06

总览结果




结果一共包括1表5图,小编带大家一起细细品味

 首先,根据P值作者初步筛选出了18个SNPs作为银屑病的工具变量(Instrumental variable,IV),并通过表格展示出来,随后作者又根据F>10的阈值,去除了rs411278和rs121883002个位点(前面讲过F<10,提示有弱工具变量风险,会对结果产生影响),最终,一共有16个SNP纳入最终分析。


上面这张表每列所代表的意思如下:

第1列代表的是每一个SNP位点的rs编号。

第2列effect_allele(ALT)代表研究对象在该位点的碱基。

第3列other_allele(REF)代表参考基因组在该位点的碱基。

第4列是SNP在暴露中效应值的标准差。

第5列beta值代表SNP的效应值,若beta>0代表该与暴露成正相关,beta<0则为负相关。

第6列pos.exposure代表该SNP在参考基因组上的位置。

第7列pvalue.exposure代表SNP与表型的关联性,主要就是用这一列筛选出与银屑病在全基因组水平上显著相关的SNP(一般要求P<5×10-8

         


 IVW结果显示,遗传预测的银屑病与肺癌风险显著相关(OR=1.06,P= 0.02)。散点图中每一个点代表1个SNP,不同颜色的线条代表不同方法,而斜率则代表了相关性,若斜率大于0,则为正相关;斜率小于0,则为负相关。可以看到MR Egger法和加权中位数法的结果和IVW是一致的。有小伙伴会好奇,不是只有3种效应评估方法嘛,为何图中有5种?这其实是TwoSampleMR包在计算暴露对于结局的效应值时,默认采用的5种方法。



 接下来作者通过森林图展示了每一个工具变量对于结局的效应值,其中黑点代表均值,黑点左右的两条线代表95%可信区间;黑点在0线右侧的为正相关,在0线左侧为负相关。最后的All-MR Egger和All-Inverse variance weighted代表所有工具变量的总效应,即为暴露对于结局的效应。



 接着是多效性分析,评估结果是否稳定、是否存在偏倚。这里与meta分析类似,最佳的漏斗图应呈金字塔形,左右对称,表明结果稳定、无偏倚。虽然在本研究中不是特别对称,但作者也进行了合理解释,由于工具变量不足,无法用漏斗图评估其多效性。且MR Egger截距法和MR-PRESSO法均未检测到显著的水平多效性。


 


 最后就是留一法评估结果的异质性,留一法是指剔除掉1个工具变量后,计算剩下所有工具变量的总效应。以图中红框为例,去掉rs34536443这个SNP后,余下的15个SNP的总效应仍然在0线右侧(即银屑病与肺癌风险增高间存在因果联系),说明结果很稳定,去掉某个单独的SNP,结果仍然不变。


结论

本研究MR结果证实了银屑病与肺癌风险之间存在单向的因果关系,即银屑病患者的肺癌风险升高。可以通过加强对银屑病患者的管理,降低肺癌的几率。这与先前的观察性研究相似,并且避免了混淆和反向因果关系引起的偏倚。


07

文章亮点及总结


最后一步,小伙伴一定不要忘了在总览结果后思考文章的闪光点,这样才能真正提升奥!

本研究属于单向孟德尔随机化研究,只做了暴露因素银屑病对于结局肺癌的效应评估。分析及统计流程清晰标准,没有特别难的分析方法,仅仅通过标配的1表5图冲到了9分,可复现性极强。在当下meta分析不受认可、生信卷到爆炸的情况下,确实为科研人的不二选择。
本研究的立意新颖,创新性的将皮肤病与肺癌联系到了一起,选题结合临床现状,吸引眼球,为文章提分不少。而且,对于孟德尔随机化来说,选题是最关键的一环,直接决定了文章档次。也给我们的选题提供了思路,许多看似不相关的不同领域疾病之间,也许存在着潜在因果联系。既然银屑病和肺癌间都有因果联系,那么是否同其他癌症(消化道肿瘤)、或者肺部的非癌疾病(如哮喘、肺纤维化)间也有因果联系呢,科研大佬们不妨也展开写写,然后也去微卷一下?
如果小伙伴对于看图、结果还有疑问的地方,记得追更奥,后面会专门针对孟德尔随机化的统计方法、图片解读出一篇详细解读。
下一期,将会为大家带来一篇关于自身免疫病和抑郁症的孟德尔随机化文章,1表2图冲JCR 1区,看双疾病关联如何完爆生信!
文献传送门:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35844064/
想尝试的小伙伴可以去看原文献奥!   

END

撰文丨闪    电

排版丨顶    顶


SCI发文蓝海孟德尔随机化来袭!!

比临床更简单

发文速度快

无需做实验

详情请咨询栗子糕

不做实验少代码,SCI发文新蓝海,孟德尔随机化了解一下

2023-03-13

花10分钟就能全面了解孟德尔随机化

2023-03-24

双向两样本 牙周炎 vs 银屑病

2023-03-25

微信扫码关注该文公众号作者

戳这里提交新闻线索和高质量文章给我们。
相关阅读
【探索】上海旅游产业博览会今起举行,这份展馆地图和交通攻略助你轻松看展实操性极强,9图1表,2022年9月2.595分非肿瘤生信SCI复现速申请!现公益征集白癜风(白斑)/银屑病(牛皮癣)患者200名,享受公益项目免费申请!平等院的云中供养菩萨华硕推出多款英特尔 MXM 显卡,包括 Arc A730M、A370M 和 A350M急,笨蛋师妹拿着代码学习孟德尔随机化研究,怎么委婉告知她小题大做啦?不做实验少代码,SCI发文新蓝海,孟德尔随机化了解一下巴斯德vs孟德尔:出身和性格不同带来的两极人生周末与音乐恋爱招募脓疱性银屑病患者@山东第一医科大学附属皮肤病医院及全国9家医院 I 针对IL-36信号通路生物制品&HB0034注射液速申请!2023白癜风(白斑)/银屑病(牛皮癣)重点公益项目招募500名患者,速申~“麻醉治疗学”再传佳绩:可治疗银屑病!刚刚!2023白癜风(白斑)/银屑病(牛皮癣)公益援助项目招募,名额仅限200名,速申~招募银屑病患者@北京大学人民医院及全国49家医院 I 口服PDE4抑制剂HPP737特殊人群及特殊部位银屑病,司库奇尤单抗均可实现全面、长期获益长篇小说《如絮》第一百零五章 香港-1951年 2 蜜桃味的洗发露早用早获益,司库奇尤单抗引领银屑病治疗“白介素”新时代什么!简简单单2图1表冲JCR一区,孟德尔随机化赛高分生信最新通知!2023白癜风(白斑)/银屑病(牛皮癣)公益招募已公示,速申~认可度秒杀Meta!不做实验,不收病例,用孟德尔随机化法,轻松发高分SCI……(含代码)突发!2023白癜风(白斑)/银屑病(牛皮癣)重点公益项目招募500名患者,速申~2023丨白癜风/银屑病(牛皮癣)重点公益项目,援助500人招募银屑病患者@上海市皮肤病医院及全国56家医院 I 生物制剂新药picankibart小议《金瓶梅》这款400多年的老国货杀疯了:夏季只要每天用它涂一涂皮肤,助你轻松养成清爽“水润肌”,油痘肌必备【模板】利用开放数据库再发顶刊!找到“新冠发展到重症的预测指标”,孟德尔随机化设计起到关键作用Midjourney中国版开启内测!QQ免费试用25图,v5.1加持中文咏唱双林奇案录第三部之天禅寺: 第七节领取多项补贴!白癜风(白斑)/银屑病(牛皮癣)患者必看,仅限500人!5图1表,复现单基因在GEO和TCGA数据集中共表达乌司奴单抗儿童银屑病适应症中国获批!——童你期许,皆达欢“喜”银屑病规范化诊疗中心成立3年,推动我国疾病防治事业走向新高度高温来袭谁都“化”了~不做实验,不收病例,用孟德尔随机化法,轻松发高分SCI……(含代码)MSU54学长狂揽布朗、西北等前十学校Offer,线下分享会+1对1资深导师咨询,带你破译名校申请密码,助你轻松上名校招募银屑病患者@吉林大学第一医院及全国5家医院I创新药生物制剂IL-23抑制剂-靶向治疗
logo
联系我们隐私协议©2024 redian.news
Redian新闻
Redian.news刊载任何文章,不代表同意其说法或描述,仅为提供更多信息,也不构成任何建议。文章信息的合法性及真实性由其作者负责,与Redian.news及其运营公司无关。欢迎投稿,如发现稿件侵权,或作者不愿在本网发表文章,请版权拥有者通知本网处理。