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不做实验少代码,SCI发文新蓝海,孟德尔随机化了解一下

不做实验少代码,SCI发文新蓝海,孟德尔随机化了解一下

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孟德尔随机化入门系列 part 1


题    记


时下,内卷plus的年代,生信爆炸式发文,分析方法不断升级,不做实验、不写meta分析,还有可能发表研究性论著(research article)吗?

犹记得,十多年前的meta分析,几年前的生信,这类不需基础实验就能发文章的题材,对分身乏术的临床打工人来说,妥妥的救命稻草,有了它,毕业乐哈哈,升职笑嘻嘻!但美好的时光总是那么短暂,随着乌泱泱的淘金者涌入,曾经的香饽饽也退化成鸡肋……时代在进步,算法在更迭,2023年了,还有meta 2.0这样普度众生的锦囊妙计吗?

有!
还真的有!


说的不就是最近火遍各大公众号的“孟德尔随机化”吗。相比其他临床分析,它分析简单发文快,近期相关文章也蹭蹭蹭地涌现。常年在生信海洋中冲浪的解螺旋,早已第一时间为大家梳理了孟德尔随机化的前世今生,心动不如行动,感兴趣的同学,赶紧一起来看海,看这片发文的蓝海。

什么是孟德尔随机化

孟德尔随机化(Mendilian Randomization,简称MR),是流行病学领域应用广泛的一种实验设计方法,它通过引入中间变量(即工具变量)来分析暴露因素和结局之间的因果关系,能有效解决传统观察性研究中存在的混杂因素影响的问题,得出可信的因果关系。


 

孟德尔随机化

原理展示图

 


首先我们牢记上面的模式图,需要明确的是:我们进行孟德尔随机化时,最想得到的就是暴露因素X和结局变量Y的关系,也就是b

传统观察性研究直接计算b,需要考虑多个U的影响,导致最终只能推导出相关性,而MR则借助天然良好的基因变量作为工具变量Z,则将上面问题简单化。

:我们最终想要得到的,是准确的b。

按上图已知ZY关系为ab,ZX关系为a,按照数学逻辑图例,b可由ab/a而获得。也就是说:我们只需要得知Z-Y的关系系数ab和Z-X的关系系数a,就能间接获得b。

而ZY指代工具变量中基因Z与结局Y的关系,相关数据前人已经帮我们研究好了,就藏在GWAS的summary data里;ZX表示基因Z与暴露因素X的关系,同样可以在GWAS的summary data里直接找到。

换而言之,通过MR,我们完全可以绕过最繁琐、最容易参杂混杂因素的步骤来估算出想要知道的b,也就是暴露和结局的因果关系,瞬间事半功倍。

上面的思路是不是非常清晰,很好理解!


这,同时也是MR的核心逻辑。

或者有小伙伴会问:MR听起来好简单,利用公共数据库就能分析得出结果,统计工作量听起来也不大,那它发的文章,能到什么级别?

MR所用数据集工作量,相对其他临床研究算是轻量级选手,但用MR写出来的文章却一点也不轻量级,发一区、冲高分的,大有人在。不信,请看下面已发表的文章,可见MR发文高可顶刊,低可保底,证所谓丰俭由人,全凭实力。



还是心有顾忌?莫急~
事实胜于雄辩,下面我们用数据来展示MR现状,全方位向大家展示MR能成为发文新贵的内在原因。
孟德尔随机化的总体发文趋势

利用Pubmed数据库检索过去10年全球生信相关文章,共检索出341013篇,而MR则仅有5389篇,连人家零头都不到;细分比较每一年,MR总发文量占4%不到,妥妥的小众领域!近年发文量稍增多,但从趋势看远没达到饱和状态,目前仍属于红利期。


孟德尔随机化发文质量

纵观MR历来发文,目前文章影响因子最高的是2019年发表在NEJM的《Mendelian Randomization Study of ACLY and Cardiovascular Disease》(IF 176.08)。单单2022年一年时间,国内学者发表MR相关文章影响因子在10分以上的,就有71篇,其中发表在Nat Med上的文章《Influence of the microbiome, diet and genetics on inter-individual variation in the human plasma metabolome》,IF最高,为87.241。

孟德尔随机化发文区域情况

以2022年查及数据为例,1699篇文章中,中国在该领域发文量占首位,超全球发文量一半,紧跟其后的为美国和英国;其中发文量排名前三的机构分别是:布里斯托大学(UK,72篇)、剑桥大学(UK, 62篇)、中南大学(CHN, 46篇),国内发文较多的还有下列高校:四川大学、首都医科大学、浙江大学医学部、复旦大学、华中科技大学、浙江大学、香港大学、北京大学、中山大学。
孟德尔随机化刊载量期刊排行

2022年,刊载文献量排名前十的期刊如下图,其中刊载文献量最多的期刊是Front Genet(208篇);Int J Epidemiol位居第二,刊载文献量187篇;Sci Rep位居第三,刊载文献量140篇。

孟德尔随机化热点关键病种

汇总孟德尔随机化近期热点病种关键词,发文量超100篇的有:cardiovascular disease、cancer、type 2 diabetes、coronary artery disease、stroke、blood pressure、alzheimer's disease、depression、atrial fibrillation、covid-19、rheumatoid arthritis,涉及的病种宽泛,大有各科都雨露均沾、普度众生的佛像。
         
经过上面的数据展示,相信大家对孟德尔随机化(MR)已经有了比较明确的印象,对孟德尔随机化的核心、逻辑及发文情况都有清晰的认知,不需要做基础科研就能短时间发高分SCI这对于实验技能欠缺或是没什么时间做实验的临床一线打工人来说,绝对是哆啦A梦的百宝袋,是拯救大家于水深火热当中的锦囊妙计。秉承着再卷也不能一味后退,热点能蹭就得早蹭,关于MR这条优质赛道,我们已为大家备好装备,随时可出发了。

最后,无论是要兼顾临床和科研的规培生、亟需发毕业论文的研究生,抑或是等待文章晋升职称的医生,大家不一起来挥锄头挖宝藏吗?入股一波着实不亏,至于下面该怎么做,小伙伴们应该晓得了吧~~

我是暁,小伙伴们,咱们下期见。
*
END

撰文丨   暁
排版丨顶顶

SCI发文蓝海孟德尔随机化来袭!!
比临床更简单
发文速度快
无需做实验
详情请咨询栗子糕
往/期/回/顾


 part 3 双向两样本 牙周炎 vs 银屑病


 part 2 花10分钟就能全面了解孟德尔随机化

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