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什么!简简单单2图1表冲JCR一区,孟德尔随机化赛高分生信

什么!简简单单2图1表冲JCR一区,孟德尔随机化赛高分生信

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生信板块卷成麻花,临床统计眼花缭绕,meta分析单位不认!
非肿瘤疾病 + 关联分析,还能出什么文章?
科研领域如何突围?
小伙伴好,我是闪电,上一期给大家分享了银屑病vs肺癌的两样本孟德尔随机化文章,仅仅30min就能搞定的1表5图,影响因子轻松破9,效率完爆常规生信和临床研究,是科研卷王的不二选择!
不知道小伙伴们对七步拆解法掌握的如何了?接下来一起巩固巩固吧!

今天给大家带来这篇发表在《Frontiers in genetics》期刊上(IF:4.772)上的两样本孟德尔随机化研究,仅仅是2图1表,就轻松上JCR一区,目前,孟德尔随机化的发文势头比当年的生信分析,可谓有过之而无不及。  

本研究临床idea炸裂,揭示了系统性红斑狼疮和抑郁症间的潜在因果联系,创新性地将自身免疫病和心理状态联系到一起,接下来就是令人激动的文献拆解啦!  

         

上一期为大家整理的七步拆解法,小伙伴们还记得吗?  




01

拆解文章研究要素
研究类型:两样本(双向)孟德尔随机化
暴露(Exposures):系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus, SLE)
结局(Outcomes):抑郁症(Depression)(本研究结局一共纳入2个,普通抑郁症和重度抑郁症)


02

模式图和数据来源

这项研究的模式图也是缺少的,就先寻找GWAS数据来源吧!



(暴露)系统性红斑狼疮:SLE的GWAS数据来自于目前世界最大样本量的数据集(n=14267),该数据集发表于2015年的《Nature genetics》,非常权威。(该数据集在MRC-ieu网站对应的id是ebi-a-GCST003156)。  


(结局)抑郁症一共包含2个来源(抑郁症和重度抑郁症),其中抑郁症样本量是180866,虽然不是最大样本量的队列(UKB数据库的GWAS队列样本为460000),然而GWAS数据集来自《Nature genetics》,来源同样权威可靠(MRC-ieu id: ebi-a-GCST003769)。而重度抑郁症则来源于精神病基因组学联盟(PGC),是精神病学史上最大的联盟,致力于推动全球精神领域的快速进步和开放科学。该研究同样发布在《Nature genetics》上(MRC-ieu id: ieu-a-1187)。 


可以看到,作者选取的数据集,来源都是当下最权威可靠的机构,也是该文章能发表在4.7分SCI上的重要原因! 



03

弄清楚研究背景

系统性红斑狼疮 (SLE) 是一种慢性自身免疫性疾病,可能影响多个器官,包括中枢神经系统 (CNS) 受累。先前的观察性研究和最近的一项荟萃分析显示,SLE患者的抑郁症汇总患病率为35.0%,远高于一般人群。然而,目前尚不清楚这种关联是遗传的还是由可改变的风险因素(如社会经济因素、家庭支持、教育、运动、睡眠、饮食和环境等)引起的。


04

工具变量筛选条件

工具变量筛选条件如下:
①关联性(在全基因组水平和SLE极其相关)P<5×10-8
②去除连锁不平衡:kb=10000,r2=0.001

最终一共筛选出了31个和40个SNP分别作为评估SLE对抑郁症和重度抑郁症风险效应的工具变量。


05

理清统计方法


结果效应评估(4种)

逆方差加权法(inversevariance weighted, IVW,金标准)
加权中位数法(weighted median method,作为补充方法)
加权模式(Weighted mode,作为补充方法)
MR-PRESSO(当结果存在异质性时,作为补充方法)


②敏感性分析(包含异质性检验、水平多效性检验)

水平多效性(2种):MR-PRESSO法、MR-Egger截距法
异质性(2种):Cochran Q 检验和留一法(leave-one-out)

③使用的R包(1种)

TwoSampleMR


06

总览结果

IVW的随机效应模型结果显示系统性红斑狼疮能轻度降低患抑郁症(OR=0.995, P = 0.025)和重度抑郁症(OR=0.985, P = 0.009)的风险,加权中位数和加权模式的结果与IVW法一致。
Cochran Q 检验(对IVW和MR-Egger结果进行评估)提示结果无显著异质性(P>0.05)。
MR-Egger截距检验提示未观察到显著的水平多效性,留一法和MR-PRESSO也未发现离群值,结果稳定。
图1 系统性红斑狼疮降低了抑郁症的风险
剩下的2张图则是对结果的可视化,属于常规的森林图+散点图+留一法图+漏斗图模式,由于图片类型是重复的,闪电只对其中一张图进行解读。
图.A


森林图

评估每一个SNP单独对抑郁症的风险效应;

图.B


散点图

对5种评估方法的可视化(R包内置的5种默认方法)。这里主要看斜率趋势,斜率大于0为正相关,小于0为负相关。每个黑点代表1个SNP。

图.C


留一法图

依次去掉一个SNP,评估剩余SNP对于抑郁症的总效应,结果依旧是不变,说明结果稳定。

图.D


漏斗图

每一个点代表一个SNP,总体左右对称,呈金字塔形,说明结果稳定,SNP选择无显著偏倚。

结论

本研究首次发现,遗传预测的SLE可能会降低患抑郁症的风险。


07

文章亮点及总结
本研究属于单向孟德尔随机化研究,只做了暴露因素SLE对于2项结局事件(抑郁症和重度抑郁症)的效应评估。全文没有很难的技术点,复现性很强,性价比极高,科研小白也能轻松驾驭!
本研究有以下几个闪光点:
01

思路和idea很值得借鉴,紧贴临床,解决当下争议问题。先前的观察性研究发现,SLE患者得抑郁症的风险更高,但是尚不清楚是由先天遗传还是后天因素引起的。而作者通过MR分析发现的结果与先前临床观察性研究不一致,即SLE不会从遗传层面增加罹患抑郁症风险,甚至是轻微降低风险。因此,医疗人员应该从后天因素去干预,降低SLE患者抑郁症患病风险。

TIPs:如果MR结果和临床观察性研究相一致,那么本研究将是首次揭示两者间的因果联系(临床观察性研究只能证实相关,无法区别因果),也相对好解释;如果MR结果和临床研究不一致,也不用慌,本研究就给出了很好的答案——临床观察性研究可能受到后天混杂因素的干扰!

02

作者将孟德尔分析不受后天混杂因素影响的优势充分发挥出来了。同时,使用的GWAS数据集都来自于权威的队列研究,都为本研究增分不少。

03

紧跟当下“交叉领域”的研究趋势。在选题上,本研究创新性将自身免疫病与心理精神疾病联系在一起,进行了不同疾病领域的“交叉”,这也是值得我们在选题时思考的点。

最后的最后,科研“卷王们”若想冲击高分SCI,该如何着手呢?可以尝试以下几点奥:

1

在本研究基础上,还可以加上多变量孟德尔随机化分析。

2

可以寻找多个SLE和抑郁症队列,做重复队列验证,最后对结果进行meta合并。

3

与临床队列研究结合(可以来自本院患者或者在线数据库),双管齐下,验证更充分。

3

紧贴热点,如“肺肠轴”、“脑肠轴”和“肠道菌群”等。

如果对上面套路感兴趣的小伙伴,一定要及时追踪闪电的推文奥,下一期带大家领略“肠道菌群”和“肺癌”碰撞火花,简简单单上10分。


END

撰文丨闪    电

审核丨       暁

排版丨顶    顶


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只需30min,即刻复现1表5图,孟德尔随机化助你轻松破9,银屑病 vs 肺癌

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