什么!简简单单2图1表冲JCR一区,孟德尔随机化赛高分生信
今天给大家带来这篇发表在《Frontiers in genetics》期刊上(IF:4.772)上的两样本孟德尔随机化研究,仅仅是2图1表,就轻松上JCR一区,目前,孟德尔随机化的发文势头比当年的生信分析,可谓有过之而无不及。
本研究临床idea炸裂,揭示了系统性红斑狼疮和抑郁症间的潜在因果联系,创新性地将自身免疫病和心理状态联系到一起,接下来就是令人激动的文献拆解啦!
上一期为大家整理的七步拆解法,小伙伴们还记得吗?
这项研究的模式图也是缺少的,就先寻找GWAS数据来源吧!
(暴露)系统性红斑狼疮:SLE的GWAS数据来自于目前世界最大样本量的数据集(n=14267),该数据集发表于2015年的《Nature genetics》,非常权威。(该数据集在MRC-ieu网站对应的id是ebi-a-GCST003156)。
(结局)抑郁症:一共包含2个来源(抑郁症和重度抑郁症),其中抑郁症样本量是180866,虽然不是最大样本量的队列(UKB数据库的GWAS队列样本为460000),然而GWAS数据集来自《Nature genetics》,来源同样权威可靠(MRC-ieu id: ebi-a-GCST003769)。而重度抑郁症则来源于精神病基因组学联盟(PGC),是精神病学史上最大的联盟,致力于推动全球精神领域的快速进步和开放科学。该研究同样发布在《Nature genetics》上(MRC-ieu id: ieu-a-1187)。
可以看到,作者选取的数据集,来源都是当下最权威可靠的机构,也是该文章能发表在4.7分SCI上的重要原因!
系统性红斑狼疮 (SLE) 是一种慢性自身免疫性疾病,可能影响多个器官,包括中枢神经系统 (CNS) 受累。先前的观察性研究和最近的一项荟萃分析显示,SLE患者的抑郁症汇总患病率为35.0%,远高于一般人群。然而,目前尚不清楚这种关联是遗传的还是由可改变的风险因素(如社会经济因素、家庭支持、教育、运动、睡眠、饮食和环境等)引起的。
最终一共筛选出了31个和40个SNP分别作为评估SLE对抑郁症和重度抑郁症风险效应的工具变量。
评估每一个SNP单独对抑郁症的风险效应;
对5种评估方法的可视化(R包内置的5种默认方法)。这里主要看斜率趋势,斜率大于0为正相关,小于0为负相关。每个黑点代表1个SNP。
依次去掉一个SNP,评估剩余SNP对于抑郁症的总效应,结果依旧是不变,说明结果稳定。
每一个点代表一个SNP,总体左右对称,呈金字塔形,说明结果稳定,SNP选择无显著偏倚。
思路和idea很值得借鉴,紧贴临床,解决当下争议问题。先前的观察性研究发现,SLE患者得抑郁症的风险更高,但是尚不清楚是由先天遗传还是后天因素引起的。而作者通过MR分析发现的结果与先前临床观察性研究不一致,即SLE不会从遗传层面增加罹患抑郁症风险,甚至是轻微降低风险。因此,医疗人员应该从后天因素去干预,降低SLE患者抑郁症患病风险。
TIPs:如果MR结果和临床观察性研究相一致,那么本研究将是首次揭示两者间的因果联系(临床观察性研究只能证实相关,无法区别因果),也相对好解释;如果MR结果和临床研究不一致,也不用慌,本研究就给出了很好的答案——临床观察性研究可能受到后天混杂因素的干扰!
作者将孟德尔分析不受后天混杂因素影响的优势充分发挥出来了。同时,使用的GWAS数据集都来自于权威的队列研究,都为本研究增分不少。
紧跟当下“交叉领域”的研究趋势。在选题上,本研究创新性将自身免疫病与心理精神疾病联系在一起,进行了不同疾病领域的“交叉”,这也是值得我们在选题时思考的点。
最后的最后,科研“卷王们”若想冲击高分SCI,该如何着手呢?可以尝试以下几点奥:
在本研究基础上,还可以加上多变量孟德尔随机化分析。
可以寻找多个SLE和抑郁症队列,做重复队列验证,最后对结果进行meta合并。
与临床队列研究结合(可以来自本院患者或者在线数据库),双管齐下,验证更充分。
紧贴热点,如“肺肠轴”、“脑肠轴”和“肠道菌群”等。
如果对上面套路感兴趣的小伙伴,一定要及时追踪闪电的推文奥,下一期带大家领略“肠道菌群”和“肺癌”碰撞火花,简简单单上10分。
撰文丨闪 电
审核丨 暁
排版丨顶 顶
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