急，笨蛋师妹拿着代码学习孟德尔随机化研究，怎么委婉告知她小题大做啦？

公众号新闻

2023-05-17 15:05

笨蛋师妹拿着代码学习孟德尔随机化研究，怎么才能委婉告知师妹其实没那么难呢？

常见孟德尔随机化分析类型

孟德尔随机化与随机对照实验的异同

同为进行因果推断的方法，MR跟RCT之间有什么联系？对标循证医学中金字塔顶端的RCT，MR有什么一技之长，或者，我们可以通过下面的比较图来了解

图：孟德尔随机化研究和随机对照分组试验的对比

传统研究暴露因素和结局之间的因果关系，通常高举前瞻性随机试验（RCT），但RCT费时、费力、费钱，同时部分RCT不被伦理支持。在许多不能进行RCT的情况下，我们可使用基因型来替代暴露因素进行因果关系推断，这种做法相当于自然界的RCT。采用RCT+MR这套组合拳，取长补短，大大提高了病因学研究的效率和可行性，现已成为后基因时代流行病学研究的热点。

孟德尔随机化的数据库

听了那么多屠龙术，是不是已经磨刀霍霍马上大干一场。巧妇难为无米之炊，这份MR相关数据库列表，立马安排上。

IEU OpenGWAS project (https://gwas.mrcieu.ac.uk/)

优点：包含42,484 个GWAS摘要数据集的214,725,223,303 个遗传关联的数据库，可以和TwoSampleMR包完美配合，十分方便

缺点：部分数据采集时间比较久远，R包下载文件不方便

GWAS catalog(https://www.ebi.ac.uk/gwas/)

优点：可多种方式进行搜索（publications、variants、traits、genes、region等），表型信息规范

缺点：有时候需要开国外代理模式才能使用，网页比较慢

nealelab —UK Biobank英国生物银行的汇总数据集

(http://www.nealelab.is/uk-biobank)

优点：数据全面，整理很有条理

缺点：英国数据库，完整版需要花钱注册（UKB数据使用费用分为三档：3000英镑/6000英镑/9000英镑），有免费不需要注册的2018年版本数据，但数据时间可能会相对滞后。

PheWeb全表型组关联研究

(https://pheweb.jp/downloads)

优点：包含Biobank Japan，以及UKB等欧洲样本的GWAS结果，部分弥补了GWAS在全基因组范围发掘基因多效性方面的不足

缺点：在植物等领域方面的应用不多(几乎没有)，R包应用不太友好

FinnGen-tutkimushanke vie suomalaiset löytöretkelle genomitietoon | FinnGen (https://www.finngen.fi/fi)

优点：数据较新、包括新冠的GWAS数据，页面布局非常赏心悦目

缺点：数据需要官网注册（免费），但数据在谷歌云上，国内下载需要自己想办法

此外，以代谢组学数据库A Table of all published GWAS with metabolomics、早期生长联盟数据库EGG、慢性肾病数据库CKDGEN、骨质疏松联盟GEFOS等单个表型的GWAS数据库等待大家去挖掘~

孟德尔随机化法？不用做实验也能发文章？！被实验折磨的我火速去了解了下！

孟德尔随机化法（MR）是基于全基因组测序数据、类似于RCT研究用于揭露因果关系的统计学方法，不用做实验，并且疾病范围广，容易发高分！

近年来，孟德尔随机化法被各医学党抢发，发文量飙升，属于发文新风口！利用孟德尔随机化法具有以下3大优势：

不需要做实验

孟德尔随机化研究，不需要做实验，也不用自己收病例，只需要确定研究方向和数据库就可以操作了！

周期短

孟德尔随机化研究操作简单，周期短，可以短期内冲击高分文章！

好发高分

遗传变异与其效应的测量误差较小，而且目前GWAS的数据相对容易获取，竞争小，好发高分。

目前网络上关于孟德尔随机化法的教程有很多，有的写的也很全面，但是再优秀的教程还是需要我们自己动手去实操的。

那有没有什么教程既有入门知识，又有实操教程呢？

当然有！

解螺旋孟德尔随机化法教程包含226分钟视频课，资深讲师将会通过系统全面的基础知识，带你轻松入门孟德尔随机化法，更有超详细的实操教程（附代码），手把手教你进行孟德尔随机化法分析，把握发文红利，发高分SCI~

课程目录

孟德尔随机化法实操教程

226分钟视频课系统学习

不做实验、不收病例

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226分钟视频课，系统学习

孟德尔随机化法概述

孟德尔随机化法教程将从研究背景、基本框架以及案例分享三个方面带大家深入了解孟德尔随机化法。

孟德尔随机化法因果推断的假设

孟德尔随机化得出的是“因果”推论，那么何谓因果关系、如何寻找合适的工具变量、工具变量如何筛选呢？这个教程将会给你答案！

孟德尔随机化法实操教程

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孟德尔随机化法具体步骤

哈哈老师将通过实操演示，手把手教大家MR研究的具体步骤，带大家了解MR的统计方法。

孟德尔随机化法的拓展

课程的最后，哈哈老师还会带大家快速了解一下双向孟德尔随机化法、两阶段孟德尔随机化法、多变量孟德尔随机化法，并给大家推荐孟德尔随机化法的书籍，全部都是哈哈老师的经验分享，实打实的干货！

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案例解析MR分析

孟德尔随机化法入门

孟德尔随机化法（MR）是基于全基因组测序数据、类似于RCT研究用于揭露因果关系的统计学方法，本课程将带大家入门孟德尔随机化法。

6分SCI案例

孟德尔随机化法课程将通过一篇 6 分左右的文献带领大家去掌握孟德尔随机化分析，帮助大家快速、准确的掌握 MR 分析。

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MR分析

在进行 MR分析的时候，我们总会面临着从哪里获取数据？使用什么R包进行分析？工具变量的选择有什么技巧……MR分析教程带你解决这些难题，从容应对后续各种各种的 GWAS 数据。

当孟德尔遇上生信

MR分析的主要步骤如下：读取暴露因素 GWAS 数据选取合适的工具变量（如有必要，需要进行 clumping）读取结局 GWAS 数据，提取上述的工具变量的 SNP 对暴露因素与结局的 GWAS 数据进行预处理，使其格式统一采用选中的 MR 方法进行分析将结果可视化（包括散点图、森林图和漏斗图等）。