【12月7日】始终走在基因组技术前端-Oxford Nanopore核心实验室线上研讨会

龚亮，浙江大学医学中心

个人简介：浙江大学良渚实验室“百人计划”研究员，浙江大学医学院附属第一医院双聘研究员，博士生导师。主要聚焦第三代纳米孔测序，结合表观遗传学、三维基因组学等前沿基因组技术和生物信息学分析工具，研究癌症和遗传疾病的基因组变异、转录调控及基因功能。在Nature Methods、Nature Genetics、PNAS、Trends in Cancer等国际著名期刊上发表多篇论文，Google Scholar引用2900余次，主持国家自然科学基金面上项目，国家自然科学基金外国资深学者研究基金项目子课题负责人。担任Genome Research、Nucleic Acids Research、G3、STAR Protocols、iMeta等学术期刊专业评审。

演讲题目：纳米孔测序在医学基因组学中的应用：从基础到临床

演讲摘要：结构变异数目多、类型复杂，但基因组中存在大量重复序列和低复杂度序列，短读长测序只能分析少数简单类型的变异。纳米孔长读长测序在检测结构变异时具有高灵敏性和高准确性。

全面解析基因组结构变异有助于理解其产生和变异的分子机制，进一步阐明其参与转录调控的作用模式，能为疾病的筛查诊断和精准医疗提供新思路。

个人简介：张兴坦，中国农科院深圳农业基因组所研究员、博导，热带作物生物育种全国重点实验室副主任，国家基金委优秀青年基金获得者。从事植物基因组学研究，开发一系列算法工具完成高重复的性染色体、高杂合的二倍体基因组和首个同源多倍体（甘蔗）基因组分型组装。研究成果发表于Cell、Nature、Nature Genetics、Nature Plants 等学术期刊。

演讲题目：基于Oxford Nanopore 技术的超复杂栽培甘蔗基因组组装

演讲摘要：甘蔗为世界80%的蔗糖提供原材料，既是重要的经济作物又是不可或缺的国家战略资源。我国是甘蔗第一大进口国，进口糖到岸价格比国产低800元/吨，导致蔗农种植积极性缺乏，是影响国家糖料安全的潜在隐患。因此推动甘蔗现代化生物育种，培育高产、高糖、抗病和宜机化甘蔗品种，是满足我国蔗糖自给、降低生产成本的关键。然而，现代栽培种甘蔗基因组极其复杂，是由高糖多汁的八倍体热带种和高抗逆的多倍体割手密种杂交，再经与热带种多轮回交高贵化培育而成。其同时存在同源（即自身基因组加倍）和异源（即不同物种杂交导致的基因组加倍）组分，且祖先亲本染色体频繁重组并部分丢失，为同源异源非整倍体，是目前已知的最复杂最难组装的基因组之一，也是目前唯一尚未破译基因组的大宗作物。甘蔗复杂的基因组特性，严重制约其现代生物育种进程。为解决这一问题，本团队基于单分子测序的多重三维染色质构象捕获（Pore-C）等技术，借助其1）长读长测序；2）可以捕获多种互作子；3）可以区分等位甲基化这三个优势增加同源染色体的区分度，开发新算法和实验方法，解决多倍体的染色体分型组装。

李博生 北京大学现代农业研究院，单细胞组学和单分子分析平台主任

个人简介：

2002-2013，北京林业大学，生物技术系学士，森林培育系博士

2010-2014，美国耶鲁大学，分子和细胞发育系，联合培养博士，博士后

2014-2016，美国加州大学戴维斯分校，博士后

2016-2022，南方科技大学，生物系，研究副教授

2021至今，北京大学现代农业研究院，研究员

演讲题目：Nanopore 三代测序在作物中的应用

演讲摘要：

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