太猛了！不到五分钟，竟做出导师都满意的KEGG通路图......
如此高逼格，才配得上我的paper!
当我们通过高通量实验（芯片、测序、IP-质谱）或公开数据库（GEO、TCGA、Oncomine）下载分析获得的差异表达分子列表后，在后续的功能注释过程中，几乎都会涉及到KEGG注释及富集分析。
那么当我们找到某些感兴趣的基因或通路后，能不能仅用我们感兴趣的基因绘制漂亮的KEGG代谢通路图呢？就像下面这样的！
答案是肯定的，今天小编给大家分享两种自主绘制高逼格KEGG通路图的方法，让大家通过点点点就能追上那些女神般的Pathway。
方法一
登录www.uniprot.org网站，点击 Retrieve/ID mapping按钮，跳转新界面。
将Excel表里面GeneSymbol基因拷贝至Provide your identifiers下面的输入框中。
接着分别设置select options下面三个为Gene name、UniProtKB、Homo sapiens (Human)[9606]，然后点击submit按钮，可跳转新页面显示转换的结果。
左方导航栏里点击Reviewed的按钮，右方表格上方有Download按钮，将格式改为Excel，点击Go下载表格。
将压缩包解压后，打开Excel表，将转换后的网页第二列即Entry这一列拷贝到原来的excel表里面。
然后打开KEGG官网www.kegg.jp ，在 KEGG 首页，点击 KEGG Mapper。
在 KEGG Mapper页面点击Search & Color Pathway。
将转换好的基因以及标记的颜色从Excel中黏贴至输入框中。一般设定用红色标记上调的分子，蓝色标记下调的分子，有特殊需要可以特殊标记。
然后设置其他参数， Organism-specific默认为hsa、Optional use of outside ID选择uniprot、Include aliases勾上不变，最后点击下方Exec按钮。
在跳转的页面里，显示检索的结果，可以看到一共有138条通路被富集到了，这些检索的结果就是后续柱状图的素材来源。
点击信号通路，可进入通路图谱页面，这里可以打开参与通路分子最多的信号图谱看一下；
点击最末尾的数字，下方展开分子列表，如点击这里的“10”，显示参与这条通路的10个分子。
先将KEGG Mapper Search Result中的数据结果按分子数量整理一个表格，收集5-10个分子这个区间，一共有26个通路。
然后，在excel表里面进行数据转置，由竖行排列转置为横行排列。
打开prism8软件，选择column，然后点击Create按钮，
将横置后的数据拷贝至data1中，点击Graphs中的Data1，在跳出窗口中选择第4个选项，点击OK。
通过调节柱子颜色、X轴和Y轴长度和名称等个性化设置后，就可以获得好看的横向柱状图。
方法二
Pathview本是一个通路可视化友好的R包，支持多组学数据映射（基因/蛋白-代谢）。现阶段更是开发出了一个界面友好的在线工具界面Pathview网页版，成为了一个能在相关通路图上绘制、整合和呈现各种生物学数据的数据库。
该网站不仅可以提供简单的交互式访问，还能生成高质量的超链接图形。而在正式分析前，我们需要将感兴趣的通路和基因整理成以下表格，第一列为基因名称（各种Id,symbol都可），后面几列为相对表达值。
而后，将预准备好的基因和表达水平从excel拷贝到txt文本，保存。
接下来，进入Pathview官网https://pathview.uncc.edu/ ，右上角注册后登录，如果有账号可以直接登录，没有账号的也可以直接点击Quick Start。
在新的页面中点击New Analysis，再点击Gene Data右边的选择文件按钮，选择刚才保存的txt文件。
在新跳出窗口的左边选择前3个作为对照组，右边选择后3个作为实验组，点击close，如果点错了还能回去继续修改。
接下来Gene ID Type格式选择uniprot，Pathway Selection选择Auto，点击Submit按钮；
等进度条走完，再点击Analysis Result and logs按钮，可以看到结果汇总有3条通路。
我们先来领略一下它的目录。急需免费领书的科研人可直接划到文末领取哦。
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这本书的精华都在于图片的展示，一张张美观的通路机制图可以帮助我们形象直观地理解复杂的通路机制网络。
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