ZT：全方位科普肿瘤基因检测
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基因是人体的“建筑图纸”，承着载人体的全部遗传信息，其化学本质是DNA。当一些基因出现了异常，就会影响人体的各种生理活动，严重时会导致疾病。基因突变就是癌症发生的根本原因。
基因检测是通过血液、其他体液或细胞对DNA进行检测的技术，是取被检测者脱落的口腔黏膜细胞或其他组织细胞，扩增其基因信息后，通过特定设备对被检测者细胞中的DNA分子信息作检测，预知身体患疾病的风险，分析它所含有的各种基因情况，从而使人们能了解自己的基因信息，改善自己的生活环境和生活习惯，避免或延缓疾病的发生。
基因检测在肿瘤方面的应用分为几个方面：
1、遗传性肿瘤基因检测
遗传性肿瘤是指生下来就携带某个缺陷基因而导致的肿瘤，占所有肿瘤的5-10%。
健康的人，为了知道他患癌的风险就可以做这个检测，看他是否天生带有某种基因的突变。比如安吉丽娜·朱莉带了BRAC1基因突变，她患乳腺癌和卵巢癌的风险就增高了。
对于已经患了肿瘤的人，做基因检测看他（她）的肿瘤是否是遗传性的，也是很有价值的。因为如果一个患者的肿瘤是因为天生携带某种基因缺陷导致的，如携带BRAC基因的乳腺癌，那么她一侧乳房得了，另一侧乳房还具有同样的高风险，还有很高的风险会得卵巢癌，那么患者也需要做好预防。
遗传性肿瘤基因检测目前有十几种肿瘤，主要是乳腺癌和卵巢癌等，所以并不是检测遗传性肿瘤越多越好，而且正好合适。
遗传性肿瘤基因检测需要使用全基因测序，而不能使用芯片检测一些热点，检测热点会存在漏检，虽然便宜，但是检测结果并不是准确。这个在选择时，不要过于看重价格，而是看是否把基因测通，数据分析如何。
2、化疗用药指导方面的基因检测
很多公司做的化疗药物用药指导，就是检测人正常的白细胞的基因多态性，这些基因多态性决定了人对化疗药物的代谢能力，因为人的基因是不同的，就像是人的身高一样，人的基因也有差异，这个叫做基因的多态性。这个多态性决定了不同患者使用同样一种化疗药物，效果会不同，副作用也不同，比较典型的例子就是伊立替康。
目前对化疗药物敏感性、毒副作用的基因检测，其实测的是人的正常细胞的基因的多态性，而不是测的癌细胞的基因突变，而且基本源自体外实验数据，指导意义很有限。
所以实践中，大多数医生并不怎么认可这种检测结果，不管检测结果如何，他们最后还是用NCCN指南来选择化疗药物，一方面选择面有限，另一方面那样治疗是合乎规定的。
3、肿瘤个体化用药指导基因检测
个体化用药，就是药物治疗“因人而异”，在充分考虑每个病人个体差异（包含基因层面）的基础上制定安全、合理、有效、经济的药物治疗方案。基因检测的目的在于让患者在最大范围内寻找可以应用的靶向药物。
目前比较常见的是EGFR、KRAS、ALK基因突变，根据突变检测结果选择相对应的靶向药物。医院里很多时候用的是Sanger或QPCR来做EGFR基因检测，比如常见的18、19、20和21号外显子，这么测了这么多外显子其实测的只有一个EGFR基因。
随着第二代基因测序的技术进步，不再用单独的Sanger来测序一个EGFR基因，EGFR不突变再测ALK，然后再测ROS1，弄到最后样本没有了，时间也耽误了。而是用大规模平行测序技术一次性检测几十个，几百个基因。
所谓的二代基因测序的原理就是把DNA提取出来，然后用超声波的技术随机地把DNA打断成很小的片段，比如一个片段几十BP(碱基对)或一两百BP，通过芯片捕获技术把这些片段DNA给捕获下来，然后加接头，进行桥式PCR扩增，最后进行平行测序。二代测序技术可以对几十或者几百个基因进行测序。
4、组织与外周血检测的异同
迄今为止，组织样本是基因检测癌症的最可靠方法，但它是一种侵入性的过程，而血液检测是一种非侵入性的方法，可减轻患者的压力，并且在一定程度上最大化了无法取到组织的肿瘤患者的生存希望。
血液检测一般采用循环肿瘤测序（ctDNA）方法，是通过测定肿瘤细胞释放到血液循环系统中的DNA，来评估癌症关键基因的突变，从而实现指导用药。大量文献表明，通过检测血液中得ctDNA,检测结果与组织检测的一致性为60%-95%
对同一患者的组织样本和血液样本进行检测，因组织选取的部位不同、肿瘤分期差异等，会存在组织血液不一致的现象。分析其原因，主要有以下两点：
- 血液中ctDNA是由死亡的细胞释放至血液中，若在血液中未检测到组织中检到的基因变异，可能是这部分基因变异未释放至血液中，或者浓度太低导致未检出。
- 组织的异质性，使得所检测的组织样本不能完全代表患者肿瘤基因变异的全貌，因此可能存在组织中未检到而血液中检到的情况。
- 血液检测尽可能在肿瘤爆发进展期抽取血液做检测，并且抽血前一个月以上未进行放化疗更准确。
5、肿瘤的异质性
不同患者的肿瘤是不一样的，对于同一个患者，他身上的肿瘤也是不一样的。比如某个人是肺癌，如果转移到肾上或者肝上，两个不同病灶之间的基因突变是不一样的。因为肿瘤细胞在分裂的时候倾向于出现一些错误，这些错误会导致癌细胞在复制和分裂的时候变得与众不同，这些不同会导致它们对药物的敏感性和耐受性都不一样。这样他们面对药物和免疫系统攻击时有更多的选择，有生存下来的机会，是非常狡猾的。
下面这张图是肿瘤的异质性，大家看这个图，可能就能更好地理解了肿瘤的异质性。异质性肿瘤之所以难以治愈的根本原因。因为它们一直在变化，没有药物都能杀灭它们。
6、测序深度
需要了解一个概念就是测序深度，这是评价一个二代测序产品的指标。所谓的测序深度，500乘就是相当于目标碱基被平均测了500次。打个比方，一个纸箱子里有100个球，其中白色的有80个，红色的有5个，如果只是随机地抓取一次，那么绝大部分概率是抓取到白色的球，抓取不到红色的球，也就是红色的球就检测不到了。那么如果随机抓取300次，1000次，或者抓取的次数越多，就能把红色的球抓取出来了，即便是红色的球只有1个。所以说，二代测序的好处就是它能平行地测很多次，测的次数越多，它的检测的准确率就越高。这个随机抓取的次数，就是所谓的测序深度，就是平均每个碱基被检测到的次数。
大家经常能够碰到基因检测公司它的测序深度是多深，比如说对于组织样本它的测序深度是300X，就相当于它随机地抓取了300次。如果是对于外周血，或者其他的液体样本，它的测序深度是2000X，3000X，10000X，就相当于它随机地抓去了2000次，3000次或者10000次。它的测序深度越高，它获取的信息越准确。当然了，试剂的成本也越高，它检测的数据量也就越大，后续的分析的价格可能也就越高。