润涛阎:如何证明葡萄糖载体的工作模型?
看下面的图。开口朝上到开口朝下的变形是关键所在。华盛顿大学的Mike Muecklerz教授,是第一个提出 Glut1 人体葡萄糖载体是由12个穿膜螺旋构成,1985年发表在《科学》上。他评价Yan/Maloney 的生化研究验证了载体动态模型,以前没有令人信服的生化数据证据,属于假说阶段:“Yan/Maloney的数据为仅仅基于动力学数据得出的载体模型提供了令人信服的无可置疑级别的证据。”英文原文照抄:“Their data provide compelling physical evidence for a general model of facilitative membrane transport derived solely on the basis of kinetic transport data. ”
说的就是证明开口朝里朝外变形的确发生的铁证。
为何颜宁仅靠结晶了的Glut1载体无法验证这“变形”是否真的会发生?
因为她结晶的Glut1载体蛋白,开口朝里,她在论文里介绍还没找到开口朝外的晶体。
在Yan/Maloney 之前,无法提供确凿数据证明这个变形会真发生,只能是假设。那时候结晶载体蛋白很难成功。而且后来多数情况下结晶出来的开口是朝一个方向。所以,同一载体,结晶出开口朝两个方向的条件不那么容易找到。
那么颜宁的论文为何就画出了图5?
她想到了一个非常简单的办法:她的人体葡萄糖载体的结晶状态是开口朝内的,她找到了开口朝外的另外一个载体:细菌木糖载体 xylE。这样,她就把两个图画在一起:上图左边开口朝外的是来自细菌木糖载体的结构图;右边开口朝里的是人体葡萄糖载体的结构图。
在真实世界里,这两个蛋白一辈子都不会碰面的,一个在细菌的膜上,一个在人体的细胞膜上。她把这两个拼图在一个膜上。即使细菌感染了人体,比如红血球,那它们俩照样不会碰面。就是碰面,也是各干各的。
她这么把两个图一拼,就说葡萄糖载体的工作模型成了,就朝里朝外变形了?你可别说老阎你是在开玩笑吗?我跟你讲,这真的是颜宁图5的真实情况。她的题目是说人体葡萄糖载体,而图5则是由人体葡萄糖载体与细菌木糖载体的两个图拼在一起的,而且木糖载体的占比高。你也可以说它是细菌木糖载体的工作模型更合适些。反正在真实世界不会发生两个载体互相串门的事。
要想让文科生明白这个道理,就打个比方:把人体葡萄糖载体比作一头死驴的上唇,细菌的木糖载体比作一头死马的下巴。把二者图片放在一起,就说这个驴的嘴活着时是如何动的。这个比喻可能不太恰当,因为嘴唇不是朝上朝下的变形。
所以,只有开口朝单方向的结晶载体蛋白在发表论文时只能说“可能会发生变形”,因为以前认为的氯离子载体用活体CFTR蛋白的研究发现,氯离子一旦打开门,就不当即关死,后面的氯离子也跟着往里进去。这就是通道了。
就好比电影院开门,第一个人进去后,后面就跟着进。这就是通道;如果是在门口买票,一个人进去了,弹簧门关上,下一个人买了票后再推门进入,就是一次一个的进。这个就是载体。
因为她的人体葡萄糖载体结晶蛋白只是开口对着一个方向,没有开口朝另一方向的结晶体,就需要用其它方法证明开口变向会发生。
Yan/Maloney的“分子探针 + 半胱氨酸扫描 + 放射性底物的方法”就可以在活体载体蛋白上研究此难题,不论是在细菌的葡萄糖载体 Uhpt 还是人体葡萄糖载体 Glut1 上都得到了验证(Glut1 是华大的教授做的,我前文介绍过)。
在膜蛋白领域,不能不提Kaback教授,即使到了2006年,他把乳糖载体结晶后,把乳糖和质子氢的结合部位都确定了,但他在图9(相当于颜宁的图5)介绍说朝里朝外的变形可能发生: Possible change inward- facing to outward- facing conformation” 后来,他也用半胱氨酸扫描加上与我们用过的不同的分子探针得出了乳糖载体的工作模型。Kaback 教授还找到了把开口的地方用半胱氨酸拉住锁上的方法证明了乳糖载体的朝里朝外变形的另外证据。
人体葡萄糖载体的不论是半胱氨酸扫描还是拉链锁上类似的“生化数据”,颜宁团队什么时候发表过?为何不给出参考文献?不管是不是用我们的方法无所谓,你给出就行。
有朋友私下里问我:如果颜宁在发表论文时就不提“published biochemical data”,你就不能指责人家不给出参考文献了啊?那她为何要说这么一句呢?
因为她清楚,她的图5是两个载体的图放在一起假设那就是一个载体的图。她必须告诉读者把两个不同的载体一个朝里一个朝外的图放在一起就成了葡萄糖载体又能朝里又能朝外的工作模型了。
问题就来了:一个结晶了的是开口朝里,跟令一个是开口朝外的两张图杂合在一起,就等于Glut1朝里朝外动起来了?读者会相信吗?可她要是说还有“发表过的生化数据”那读者就明白了。那就等于“两个生物的两个载体”的拼图就等于是示意图了,而不是人体葡萄糖载体真的发生变形的证据。真正的证据在“发表过的生化数据”里。这是她必须讲出“发表过的生化数据”的原因。否则,光靠拼图,那你把一头鹿跟一头马拼成一个图,那到底是鹿还是马呢?大家知道鹿和马有很多相像的地方,但不能简单就把鹿和马说成是一回事。可没找到她发表过半胱氨酸扫描研究其动态模型的论文。
拿她的图5说事的,说那就是证据证明了人体葡萄糖载体 Glut1 就是那样朝里朝外变形的,可她朝外的图是细菌木糖载体的结构图。如果万一是跟CFTR一样,一个分子打开门,后面的就跟着进,那可能性如何排除呢???可能性哪怕只有亿亿万分之一,那作为科学家你也得排除掉才行。你如果同一个Glut1蛋白分子结晶出来开口朝两个方向的都有了,那我就不会写这一大堆文章了。
帮她洗地的拿她的分辨率高说事,可开口朝里的人体葡萄糖载体分辨率再高还是朝里,是否真的发生变形的证据跟分辨率没半毛钱关系。到底是否发生了朝里朝外的变形?就把两个不同载体一个朝里一个朝外的图通过电脑画图放在一起就完事了,就不需要给出“生化数据”的来源了?那她自己都认为是说不过去的。
当然,她可以列出人家发表过的Glut1的生化数据。如果说 “Yan/Maloney 研究的Uhpt 和Kaback 研究的 LacY 都证明是同样的工作模型,由此推理出人体葡萄糖载体 GLUT1也应该是那样的,那你还发表它的工作模型干嘛?
小结:哪怕颜宁用结晶了的不动的蛋白,如果Glut1朝里和朝外的晶体结构都得到了,那就好多了。或者给出“发表过的生化数据”比如半胱氨酸扫描或类似的方法能证明朝里朝外的构型变化的确发生了。这两点她的论文里都没有。别拿人体葡萄糖载体和细菌木糖载体是同一个家族就可以把两个拼图放在一起说事,跟 LacY 同一家族的 Uhpt 的工作模型早就发表过了,人家Kaback照样把 LacY 的工作模型通过半胱氨酸扫描,一丝不苟地搞明白了,而不是把两个结晶的图片杂交在一起就说那是工作模型了。
大家去读她的图5,是不是人体葡萄糖载体开口朝外的图是来自于细菌木糖载体的结构图?二张图嫁接就成了人体葡萄糖载体朝里朝外变形的工作模型了?
最后说一句:润涛阎凭什么就肯定颜宁没发表过“生化数据”以证明她的论文 Glut1 从朝内转向朝外的变形?因为到目前为止都是用Yan/Maloney 的分子探针 + 半胱氨酸扫描方法,她没发表过这类文章。那她的“发表过的生化数据”就是他人的。不论谁的,她都应该给出参考文献,哪怕是她自己发表过的也应该给出,让读者清楚是不是半胱氨酸扫描的方法,还是她搞出了个新方法。道理简单不?我的要求合理吗?
她在论文里介绍人体葡萄糖载体开口朝外的还没结晶出来,英文原话:The outward-open structure remains to be captured. 更别说从朝里变成朝外的证据了。
细菌木糖载体从朝里到朝外的变形没有证据,英文原话:the conformational switch from inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated.
把两个载体嫁接,不论多么合理,照样无法证明人体葡萄糖载体从朝里真的变成朝外了。没有证据,才在嫁接图下面表明:这是想象图predicted 从朝里变成朝外。而在文章里就变成了提出工作模型,靠的就是published biochemical data。没有参考文献。
由于没有Glut1 开口朝里变成朝外的证据,也没有xylE开口朝里变成朝外的证据,那即使拼图也无法利用细菌木糖载体开口朝里变成朝外的证据以间接证明Glut1的开口从朝里到朝外变形。
如果不需要证据,就根据所谓的常识,那当初CFTR也是被认为是变形的。活体蛋白试验证明:变形并不会发生,因为CFTR是通道。
而且,如果不需要科学证据证明人体葡萄糖载体从朝里变成朝外,那她论文的“根据结构图与发表过的生化数据,我们提出人体葡萄糖载体的工作模型”不就是废话了?何不直接说不需要证据证明它就是变形的。那文章的意义何在?花时间精力研究它的变形不就是多余的了?根据推理就完事,那当年CFTR的结论永远都是变形的!
如果变形的证据不那么重要,那她为何在电视上只提变形的图?帮她洗地的说颜宁早就发表了人体葡萄糖载体从朝里到朝外的变形,如果在2014年发表论文之前就知道了,那她的图5“predicted” 的变形不是自欺欺人了?那就是否定已经证明了的,那她还又在假设会变形做什么? 显然,她在2014年发表论文前自己并没有发表过人体葡萄糖载体从开口朝里变成开口朝外的生化数据。
在此回答为颜宁洗地的关键一点:
就按你们介绍的“四个构象”她完成了三个的说法,说的就是还是没有从开口朝里到开口朝外的一个!没有开口朝里到开口朝外,就是关键所在。这是我一直追的啊。也就是这个才是她 published biochemical data 提供证明的地方。没有开口从朝里到朝外的证据,四个构象就等于二冲程发动机的活塞只能走一个方向,活塞回不去,那发动机怎么转起来的???
你们胡搅蛮缠这么久了,你们是逻辑思维问题还是高级黑???就等于是说:载体的工作模型最简单的描述就是二冲程发动机,就算把它描述成四冲程发动机,你们明明清楚活塞回来的冲程没有证据,其它冲程的任何证据再多都无法证明那是一个循环。你把发动机排气门拿掉,发动机会转动?没有开口从朝里到朝外的变形,那跟通道的区别又在哪里?
关键的就是她的论文没有任何证明不论是人体葡萄糖载体还是细菌木糖载体开口从朝里到朝外的变形数据或图像,只是提出根据 published biochemical data。可就是这最关键的地方,她竟然一笔带过,不讲谁发表的,在哪里发表的,试验是怎么做出来的,是不是Yan/Maloney的探针+半胱氨酸扫描还是又有人发明了新方法。
帮她洗地的还需要注意:颜宁不是根据常识而提出人体葡萄糖工作模型的,原话是“published biochemical1 data”。“data”在科学领域是指具体的科学试验数据,这跟常识不一样。她要说是根据常识,那她的论文也是根据常识判断,那毫无价值。多年根据常识判断CFTR基因突变(白人第一大遗传病)的CFTR就是开口朝里朝外变形的载体。而活体载体的生化数据证明它是个通道,不是开口朝里朝外变形。
所以,颜宁论文说的是“生化数据”,就是用生化的方法得到的具体数据。帮他洗地的一直用什么早就知道的常识,这是颜宁论文的高级黑啊。
她以前的论文也没有这两个载体的任何一个从开口朝里到朝外的试验证据,这也是她在论文里白纸黑字介绍了的。这是颜宁论文的最大的漏洞,她心里一清二楚,要不你去问她:这两个载体的开口从朝里到朝外变形的证据在哪里?你看她如何回答???她哑口无言!
她在图5描述开口从朝里变成朝外没有证据,只是猜测会发生。原文:predicted,就是假设会发生。
帮她洗地的说她早就有证据,那就表明两个可能:一个是颜宁明明有证据,图5还说是假设,那她否定了她自己以前的证据;另一可能,她明明知道自己发表了证据,还说是假设会发生,就是撒谎。 撒谎是对自己有利才撒谎的。她不会傻到自己有证据了还说没证据,还假设会发生。
所以,第一种否定自己以前的成就,可能性为零;对自己不利的撒谎,可能性接近于零。结论:她没发表过开口朝里变成朝外的证据。
她给出的published biochemical data是她论文唯一的贡献:证明开口朝里变成朝外的证据。因为证明载体的工作机理与模型就是证明开口走一个循环:从朝里到朝外、从朝外到朝里,循环往复,就是载体。如果只有一个方向,就是通道了。她的论文从来都没证明过开口从朝里变成朝外的证据。
帮她洗地的无计可施,因为颜宁剽窃的实锤都是颜宁论文自己提供的。帮她洗地的就想用外行胡言乱语否定Yan/Maloney 的两篇论文。这就需要大牛们把用Yan/Maloney的两篇论文的方法发表的论文全部撤稿。更重要的是:否定了Yan/Maloney的论文就否定了颜宁的论文,因为颜宁论文里唯一有价值证明人体葡萄糖载体开口从朝里到朝外的证据来源于“发表了的生化数据”。而发表了的生化数据Glut1(华大的教授)也是根据Yan/Maloney 的两篇论文的方法得到的。所以,外行的胡言乱语想否定我们的两篇论文,那就等于否定了颜宁论文的唯一证据证明人体葡萄糖载体开口从朝里变成朝外的证据。论文连剽窃后的价值都被否定了。