miRNA target prediction 和illumina data analysis 求助# Biology - 生物学
s*s
1 楼
但是我前年的报税没有留ｃｏｐｙ，
能找ＩＲＳ要一份吗？
谢谢！
能找ＩＲＳ要一份吗？
谢谢！
j*g
2 楼
这两天经常吵架，貌似对我有抵触情绪，怎么办好啊？不想分。。。
j*6
3 楼
奔几张pluto的新照赚点伪币~~嘿嘿~~
1. 这小子最喜欢往我身上蹭
2.7个礼拜标准免冠相亲照
3.采花大盗
4.想啥呢?--为啥不给我吃的...
5.是的,这就是我狗生中第一次fetch的玩具.每次都死拽活拽的拽到麻麻面前就为了一颗狗干粮.
1. 这小子最喜欢往我身上蹭
2.7个礼拜标准免冠相亲照
3.采花大盗
4.想啥呢?--为啥不给我吃的...
5.是的,这就是我狗生中第一次fetch的玩具.每次都死拽活拽的拽到麻麻面前就为了一颗狗干粮.
x*a
4 楼
Drosophila, 有几个candidate genes，想预测3UTR 上的miRNA targets。试了几个
program（miranda，pita）但是结果都很大不同，而且用script run出来的和网页上现
成的也不一样。自己跑script 给出来的结果很多，不知道什么是合适的cut off。我主
要想比较sister species的difference，所以不想强调conservation。
不知道有没有大侠有没有经验，指点我一下，我没有任何mirna的经验，只是在狂读
paper。
还有就是想看gonad tissues的miRNA profile，好结合起来predict这几个基因是ovary
/testis-specific express) 上可能的functional targets。没有找到现成的文章，找
到了一些sra上的illumina data，modencode的还有没有发表文章吧。我只是相看看表
达水平，试了miRExpress，最后一步怎么都不没法让它work，其它的程序好像看起来很
麻烦，主要目的都是novel miRNA discovery， 要先map到genome上去，不知道有没有
简单的程序只是分析看已知miRNA表达的呢。
多谢多谢～
program（miranda，pita）但是结果都很大不同，而且用script run出来的和网页上现
成的也不一样。自己跑script 给出来的结果很多，不知道什么是合适的cut off。我主
要想比较sister species的difference，所以不想强调conservation。
不知道有没有大侠有没有经验，指点我一下，我没有任何mirna的经验，只是在狂读
paper。
还有就是想看gonad tissues的miRNA profile，好结合起来predict这几个基因是ovary
/testis-specific express) 上可能的functional targets。没有找到现成的文章，找
到了一些sra上的illumina data，modencode的还有没有发表文章吧。我只是相看看表
达水平，试了miRExpress，最后一步怎么都不没法让它work，其它的程序好像看起来很
麻烦，主要目的都是novel miRNA discovery， 要先map到genome上去，不知道有没有
简单的程序只是分析看已知miRNA表达的呢。
多谢多谢～
h*a
5 楼
可以。银行也可以自己去要。让你填个啥456T表就好了。
S*i
6 楼
呵呵,年轻人,不要怕争吵.
关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
c*a
7 楼
水仙的根茎对狗有毒吧？小puppy喜欢啥都刨刨啃啃的，注意别让他吃到
l*1
8 楼
用David
//david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
把Drosophila, 几个candidate genes Illumina probeID 转换成 Affymetrix ID
then try piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene expression data
FTP//ftp.aarnet.edu.au/pub/bioconductor/packages/2.8/Drosophila_melanogaster.html
Reference link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20022248
key description:
>
Selective Production of 3’-UTR-Directed piRNAs
from Gonadal mRNAs
We next assayed the relationship of piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene expression data from OSS cells (this study)
and
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19541914
more please go to
//www.bio.brandeis.edu/laulab/Pubs_protocols.html
>Protocols
>
Small RNA Library Construction for Illumina GAII platform.
>
Quick Q-column Chromatography Isolation of Argonaute and Piwi Complexes.
ovary
【在 x******a 的大作中提到】
: Drosophila, 有几个candidate genes，想预测3UTR 上的miRNA targets。试了几个
: program（miranda，pita）但是结果都很大不同，而且用script run出来的和网页上现
: 成的也不一样。自己跑script 给出来的结果很多，不知道什么是合适的cut off。我主
: 要想比较sister species的difference，所以不想强调conservation。
: 不知道有没有大侠有没有经验，指点我一下，我没有任何mirna的经验，只是在狂读
: paper。
: 还有就是想看gonad tissues的miRNA profile，好结合起来predict这几个基因是ovary
: /testis-specific express) 上可能的functional targets。没有找到现成的文章，找
: 到了一些sra上的illumina data，modencode的还有没有发表文章吧。我只是相看看表
: 达水平，试了miRExpress，最后一步怎么都不没法让它work，其它的程序好像看起来很
//david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
把Drosophila, 几个candidate genes Illumina probeID 转换成 Affymetrix ID
then try piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene expression data
FTP//ftp.aarnet.edu.au/pub/bioconductor/packages/2.8/Drosophila_melanogaster.html
Reference link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20022248
key description:
>
Selective Production of 3’-UTR-Directed piRNAs
from Gonadal mRNAs
We next assayed the relationship of piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene expression data from OSS cells (this study)
and
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19541914
more please go to
//www.bio.brandeis.edu/laulab/Pubs_protocols.html
>Protocols
>
Small RNA Library Construction for Illumina GAII platform.
>
Quick Q-column Chromatography Isolation of Argonaute and Piwi Complexes.
ovary
【在 x******a 的大作中提到】
: Drosophila, 有几个candidate genes，想预测3UTR 上的miRNA targets。试了几个
: program（miranda，pita）但是结果都很大不同，而且用script run出来的和网页上现
: 成的也不一样。自己跑script 给出来的结果很多，不知道什么是合适的cut off。我主
: 要想比较sister species的difference，所以不想强调conservation。
: 不知道有没有大侠有没有经验，指点我一下，我没有任何mirna的经验，只是在狂读
: paper。
: 还有就是想看gonad tissues的miRNA profile，好结合起来predict这几个基因是ovary
: /testis-specific express) 上可能的functional targets。没有找到现成的文章，找
: 到了一些sra上的illumina data，modencode的还有没有发表文章吧。我只是相看看表
: 达水平，试了miRExpress，最后一步怎么都不没法让它work，其它的程序好像看起来很
s*s
9 楼
好的，多谢！
【在 h****a 的大作中提到】
: 可以。银行也可以自己去要。让你填个啥456T表就好了。
【在 h****a 的大作中提到】
: 可以。银行也可以自己去要。让你填个啥456T表就好了。
s*a
10 楼
呵呵，年轻人，不要怕分手，
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
d*g
11 楼
你真细心，我都没看出来是水仙。
【在 c*****a 的大作中提到】
: 水仙的根茎对狗有毒吧？小puppy喜欢啥都刨刨啃啃的，注意别让他吃到
【在 c*****a 的大作中提到】
: 水仙的根茎对狗有毒吧？小puppy喜欢啥都刨刨啃啃的，注意别让他吃到
x*a
12 楼
太感激了！！我研究研究怎么弄去
melanogaster.html
【在 l**********1 的大作中提到】
: 用David
: //david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
: 把Drosophila, 几个candidate genes Illumina probeID 转换成 Affymetrix ID
: then try piRNA-producing transcripts
: with Affymetrix gene expression data
: FTP//ftp.aarnet.edu.au/pub/bioconductor/packages/2.8/Drosophila_melanogaster.html
: Reference link:
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20022248
: key description:
: >
melanogaster.html
【在 l**********1 的大作中提到】
: 用David
: //david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
: 把Drosophila, 几个candidate genes Illumina probeID 转换成 Affymetrix ID
: then try piRNA-producing transcripts
: with Affymetrix gene expression data
: FTP//ftp.aarnet.edu.au/pub/bioconductor/packages/2.8/Drosophila_melanogaster.html
: Reference link:
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20022248
: key description:
: >
c*h
13 楼
这种东西，自己至少留3年
【在 h****a 的大作中提到】
: 可以。银行也可以自己去要。让你填个啥456T表就好了。
【在 h****a 的大作中提到】
: 可以。银行也可以自己去要。让你填个啥456T表就好了。
p*g
14 楼
怪不得
【在 s*****a 的大作中提到】
: 呵呵，年轻人，不要怕分手，
【在 s*****a 的大作中提到】
: 呵呵，年轻人，不要怕分手，
w*j
15 楼
cute!
l*1
16 楼
De rien.
【在 x******a 的大作中提到】
: 太感激了！！我研究研究怎么弄去
:
: melanogaster.html
【在 x******a 的大作中提到】
: 太感激了！！我研究研究怎么弄去
:
: melanogaster.html
c*o
17 楼
老夫把到米国后的所有水表都留着copy
【在 c********h 的大作中提到】
: 这种东西，自己至少留3年
【在 c********h 的大作中提到】
: 这种东西，自己至少留3年
p*g
18 楼
美雅也不容易 lol
【在 s*****a 的大作中提到】
: 呵呵，年轻人，不要怕分手，
【在 s*****a 的大作中提到】
: 呵呵，年轻人，不要怕分手，
f*n
19 楼
肉乎乎的一团
m*3
20 楼
Bank can only get the transcript of your tax return by 4506-T.
Bank will ask you to submit complete tax return and they will compare that
to the transcript they get from IRS by filing 4506-T
You need to file the form 4506 to get a complete copy of your return
see the rules below
If you need an exact copy of a previously filed and processed tax return and
all attachments (including Form W-2), you should complete Form 4506 (PDF),
Request for Copy of Tax Return, and mail it to the address listed in
【在 h****a 的大作中提到】
: 可以。银行也可以自己去要。让你填个啥456T表就好了。
Bank will ask you to submit complete tax return and they will compare that
to the transcript they get from IRS by filing 4506-T
You need to file the form 4506 to get a complete copy of your return
see the rules below
If you need an exact copy of a previously filed and processed tax return and
all attachments (including Form W-2), you should complete Form 4506 (PDF),
Request for Copy of Tax Return, and mail it to the address listed in
【在 h****a 的大作中提到】
: 可以。银行也可以自己去要。让你填个啥456T表就好了。
s*a
21 楼
美雅是百里挑一的～～～大妈
:D
【在 p*********g 的大作中提到】
: 美雅也不容易 lol
:D
【在 p*********g 的大作中提到】
: 美雅也不容易 lol
j*6
22 楼
阿!谢谢MM提醒!
【在 c*****a 的大作中提到】
: 水仙的根茎对狗有毒吧？小puppy喜欢啥都刨刨啃啃的，注意别让他吃到
【在 c*****a 的大作中提到】
: 水仙的根茎对狗有毒吧？小puppy喜欢啥都刨刨啃啃的，注意别让他吃到
o*t
23 楼
吵吵架不很正常么 这都要拿来说一说
t*u
24 楼
你家的毛咋这顺？
我家的领回来，毛嚓嚓的
看来有poodle的血统，毛是顺一些，不那么毛糙
小家伙看起来有点瘦呢
我家的领回来，毛嚓嚓的
看来有poodle的血统，毛是顺一些，不那么毛糙
小家伙看起来有点瘦呢
c*e
25 楼
回帖的情商很高。适用于处理任何人与人之间的关系。赞！
就不
这种
中,男
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
就不
这种
中,男
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
t*u
26 楼
对了，你在TX哪里？
j*g
27 楼
谢谢回复啊，而且她觉得我一理工男很土，没气质没品味。还经常说我挫来着。。。
就不
这种
中,男
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
就不
这种
中,男
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
Y*s
28 楼
cute :) welcome another goldendoodle owner!
in a few months the hair will go crazy... hehe
in a few months the hair will go crazy... hehe
j*g
29 楼
唉，听闻大师一席话，胜读10年书啊。很是受教啊。万分感谢。
她从小环境就优越点，各个方面也比较讲究。碰到个我这样不讲究的。她觉得过不来。
而且她已经把这个问题上升到性格问题了。还说我一副不修边幅的样子。
而且我又经常犯傻，她一见我犯傻，心里面认为我不修边幅很挫的阴影立马泛上来，几
方面一结合，她就很是生气了。。。
经常这样的吵架法。。。。。
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
她从小环境就优越点，各个方面也比较讲究。碰到个我这样不讲究的。她觉得过不来。
而且她已经把这个问题上升到性格问题了。还说我一副不修边幅的样子。
而且我又经常犯傻，她一见我犯傻，心里面认为我不修边幅很挫的阴影立马泛上来，几
方面一结合，她就很是生气了。。。
经常这样的吵架法。。。。。
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
j*6
30 楼
他的毛全被breeder剃掉啦..他刚出生没多久对他亲妈身上的shampoo过敏了..所以就全
剃了...现在的很短很短..所以也显
得很瘦, 现在7磅多..doodle的毛毛是很软很软的,也会curly的, 这点很像poodle~~
【在 t*****u 的大作中提到】
: 你家的毛咋这顺？
: 我家的领回来，毛嚓嚓的
: 看来有poodle的血统，毛是顺一些，不那么毛糙
: 小家伙看起来有点瘦呢
剃了...现在的很短很短..所以也显
得很瘦, 现在7磅多..doodle的毛毛是很软很软的,也会curly的, 这点很像poodle~~
【在 t*****u 的大作中提到】
: 你家的毛咋这顺？
: 我家的领回来，毛嚓嚓的
: 看来有poodle的血统，毛是顺一些，不那么毛糙
: 小家伙看起来有点瘦呢
j*g
31 楼
唉，大师境界实在是高，小弟五体投地啊～
让我想到了马哲经典的一句话，矛盾是辩证统一的呵呵～
不过如果说起她的人生经历有遗憾的话，就是在她上初中的时候，父母离异了。父母离
异前双方一直吵架。所以之后都是她们母女相依为命。
境界确实不高，不知道怎么开导她。。。现在只能让让她包容她了。
里描
像是
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
让我想到了马哲经典的一句话，矛盾是辩证统一的呵呵～
不过如果说起她的人生经历有遗憾的话，就是在她上初中的时候，父母离异了。父母离
异前双方一直吵架。所以之后都是她们母女相依为命。
境界确实不高，不知道怎么开导她。。。现在只能让让她包容她了。
里描
像是
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
j*6
32 楼
哈哈, i can't wait to see his hair grow back and longer!!! i like it to be
fluffy~~haha ~~
【在 Y**s 的大作中提到】
: cute :) welcome another goldendoodle owner!
: in a few months the hair will go crazy... hehe
fluffy~~haha ~~
【在 Y**s 的大作中提到】
: cute :) welcome another goldendoodle owner!
: in a few months the hair will go crazy... hehe
g*o
33 楼
我靠，这么能码字，哪儿抄来的
j*6
34 楼
我在dallas~~你呢?
【在 t*****u 的大作中提到】
: 对了，你在TX哪里？
【在 t*****u 的大作中提到】
: 对了，你在TX哪里？
j*g
35 楼
谢谢您一直给我的回复，帮助确实很大。
死会是不是就是命中注定的意思啊？或者我最终会跟她相守在一起到老至死？
最近貌似有点好转了。我们还一起订了八月份去普吉岛的机票。上周六，她竟然主动跟
我说爱我了。
但往后这样的吵架时间还是会发生的吧。
有时想想，确实如您所说，喜欢她的优点就得接受她的缺点。
死会是不是就是命中注定的意思啊？或者我最终会跟她相守在一起到老至死？
最近貌似有点好转了。我们还一起订了八月份去普吉岛的机票。上周六，她竟然主动跟
我说爱我了。
但往后这样的吵架时间还是会发生的吧。
有时想想，确实如您所说，喜欢她的优点就得接受她的缺点。
c*e
36 楼
哦哦哦，又一個德州的
大家以後可以聚會了
【在 j******6 的大作中提到】
: 我在dallas~~你呢?
大家以後可以聚會了
【在 j******6 的大作中提到】
: 我在dallas~~你呢?
j*g
37 楼
恩，我现在还是在容忍她。但是不知道能忍多久，毕竟总是忍受，很多事由着她来，违
背我自己的意愿，心理总会有点不舒服的。有时候会担心自己，不知道这样能忍多久，
能忍一辈子当然好，但是不知道自己能不能做到，我还没领悟到那层境界。
另外，您还没告诉我之前您所说的死会呢？
背我自己的意愿，心理总会有点不舒服的。有时候会担心自己，不知道这样能忍多久，
能忍一辈子当然好，但是不知道自己能不能做到，我还没领悟到那层境界。
另外，您还没告诉我之前您所说的死会呢？
a*t
38 楼
我都不认得水仙花
【在 d******g 的大作中提到】
: 你真细心，我都没看出来是水仙。
【在 d******g 的大作中提到】
: 你真细心，我都没看出来是水仙。
c*o
39 楼
楼上那位说的非常好，男的确实是只要把握大方向就可以了，其他的，既然你家那位有
主见（不像俺，呼呼，俺是随便怎样都行，最好能替我拿主意算了），那某些方面，或
者细节问题，你就呵呵一笑随她去吧。她笑她闹都随她，笑了陪着一起笑，闹了别生气
，想办法哄她就好了。
不要想着“我得忍她，忍她，忍她”，这种是非常负面的情绪，你以为你在迁就她，你
觉得是对你们这种relationship好，但其实你是在积累怒气，积累到一定阶段，那就得
爆炸了。
我个人觉得，你们在某个时机比较成熟的情况下，最好能开诚布公的谈一谈各自的底线
，男朋友啊老公啊需要调教成好男人，女朋友啊媳妇啊其实也一样的。
人其实是贪婪的我觉得，你一直都忍受，任由她闹，她根本不知道做啥事了你会生气，
以为你一直都是这样可以忍受她，于是越来越闹腾，而这边你又在含着气的忍受，总有
一天会忍无可忍，那就必定两败俱伤。让她知道你的底线，珍惜这段感情的人，是不会
故意触碰的。
在底线以内，你就真的该放宽心了。
【在 j*****g 的大作中提到】
: 恩，我现在还是在容忍她。但是不知道能忍多久，毕竟总是忍受，很多事由着她来，违
: 背我自己的意愿，心理总会有点不舒服的。有时候会担心自己，不知道这样能忍多久，
: 能忍一辈子当然好，但是不知道自己能不能做到，我还没领悟到那层境界。
: 另外，您还没告诉我之前您所说的死会呢？
主见（不像俺，呼呼，俺是随便怎样都行，最好能替我拿主意算了），那某些方面，或
者细节问题，你就呵呵一笑随她去吧。她笑她闹都随她，笑了陪着一起笑，闹了别生气
，想办法哄她就好了。
不要想着“我得忍她，忍她，忍她”，这种是非常负面的情绪，你以为你在迁就她，你
觉得是对你们这种relationship好，但其实你是在积累怒气，积累到一定阶段，那就得
爆炸了。
我个人觉得，你们在某个时机比较成熟的情况下，最好能开诚布公的谈一谈各自的底线
，男朋友啊老公啊需要调教成好男人，女朋友啊媳妇啊其实也一样的。
人其实是贪婪的我觉得，你一直都忍受，任由她闹，她根本不知道做啥事了你会生气，
以为你一直都是这样可以忍受她，于是越来越闹腾，而这边你又在含着气的忍受，总有
一天会忍无可忍，那就必定两败俱伤。让她知道你的底线，珍惜这段感情的人，是不会
故意触碰的。
在底线以内，你就真的该放宽心了。
【在 j*****g 的大作中提到】
: 恩，我现在还是在容忍她。但是不知道能忍多久，毕竟总是忍受，很多事由着她来，违
: 背我自己的意愿，心理总会有点不舒服的。有时候会担心自己，不知道这样能忍多久，
: 能忍一辈子当然好，但是不知道自己能不能做到，我还没领悟到那层境界。
: 另外，您还没告诉我之前您所说的死会呢？
l*e
40 楼
太可爱了，让阿姨蹂躏以下
j*g
41 楼
这周就去泰国了，期待中~
l*e
42 楼
过路的看客，多谢点拨。
爱是基于理解。
事，
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
爱是基于理解。
事，
【在 S*****i 的大作中提到】
: 呵呵,年轻人,不要怕争吵.
: 关键是看为什么吵,吵完了以后,你们的关系是不是又进一层了.说实在话,你们激烈的争
: 吵是两人必要经历的阶段,能处理好,关系才会又深入一层了.
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