问个whole exome capture之后出来的data要怎么分析# Biology - 生物学
f*h
1 楼
请问大家 REU Supplements 的截止日期跟REU Site的是一样的吗？
刚刚才看到REU Site的截止日期是８／２８.
REU Supplements 是什么时候都能交吗？如果也是8/28的话就可能来不及了.....
刚刚才看到REU Site的截止日期是８／２８.
REU Supplements 是什么时候都能交吗？如果也是8/28的话就可能来不及了.....
u*h
2 楼
自己没车，每次请她看电影都要她载我去。
刚来又对周围环境不了解，每次请她吃放都要她决定去哪，
这样是不是很失败啊
怎么办呢？
难啊。。。。
刚来又对周围环境不了解，每次请她吃放都要她决定去哪，
这样是不是很失败啊
怎么办呢？
难啊。。。。
w*i
3 楼
我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
a*2
4 楼
你确定是你在追她
d*e
5 楼
you need someone help you go through all of these.
【在 w*****i 的大作中提到】
: 我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
: 大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
: 掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
: 一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
【在 w*****i 的大作中提到】
: 我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
: 大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
: 掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
: 一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
s*g
6 楼
Tell her to come to your place to have dinner.
A*n
7 楼
你要是作exome sequencing的话，一般来说你不用关心图像识别，basecalling这些阶
段的，
如果是facility作的测序，他们会提供fastq序列文件，从这里开始分析就可以了。
如果是outsource到华大什么测序的话，他们一般会在fastq序列的基础上提供一些初步
的分析结果。
【在 w*****i 的大作中提到】
: 我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
: 大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
: 掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
: 一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
段的，
如果是facility作的测序，他们会提供fastq序列文件，从这里开始分析就可以了。
如果是outsource到华大什么测序的话，他们一般会在fastq序列的基础上提供一些初步
的分析结果。
【在 w*****i 的大作中提到】
: 我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
: 大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
: 掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
: 一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
f*e
8 楼
只要你在。。。上做领导，就可以了。
n*7
9 楼
假设你是solexa，拿到fastq，有时候可能要预处理，trim一下，然后用bowtie/BWA
align到reference genome，然后找个工具call SNP/indel什么的，据说现在最好的
caller是dindel
align到reference genome，然后找个工具call SNP/indel什么的，据说现在最好的
caller是dindel
T*8
10 楼
那你就先装乖一段日子，只要两个人是在一起相处就行了
等以后你有了车。。。咔咔
等以后你有了车。。。咔咔
e*e
11 楼
You can take a look at the article "Best Practice Variant Detection with the GATK" from the Broad Institute http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Best_Practice_Variant_Detection_with_the_GATK_v2#Initial_read_mapping. This should give you some idea about how to proceed.
Honestly, if you have no experience with NGS data analysis and there is nobody to guide you, it could take months before you get anywhere.
Good luck.
【在 w*****i 的大作中提到】
: 我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
: 大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
: 掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
: 一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
Honestly, if you have no experience with NGS data analysis and there is nobody to guide you, it could take months before you get anywhere.
Good luck.
【在 w*****i 的大作中提到】
: 我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
: 大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
: 掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
: 一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
w*y
12 楼
最简单的办法：花钱请人分析
硬件和系统维护， pipeline里参数的理解和选择，pipeline的优缺点
对不是专门做这个的都不是件容易的事
【在 w*****i 的大作中提到】
: 我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
: 大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
: 掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
: 一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
硬件和系统维护， pipeline里参数的理解和选择，pipeline的优缺点
对不是专门做这个的都不是件容易的事
【在 w*****i 的大作中提到】
: 我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
: 大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
: 掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
: 一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
p*s
13 楼
"图像识别，把图像转换成序列" =》 sequencing
align => mapping
basecalling => SNV & Indel detection
【在 w*****i 的大作中提到】
: 我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
: 大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
: 掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
: 一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
align => mapping
basecalling => SNV & Indel detection
【在 w*****i 的大作中提到】
: 我到另外一个实验室去问了，可是没听懂
: 大概是图像识别，把图像转换成序列，basecalling(这个用中文怎么说？），然后过滤
: 掉街头，文件转换格式，然后align,然后发现variation...等等
: 一个印度人跟我讲的，实在没听懂，问问这里有没有人详细的给我说说？
e*e
14 楼
有人推荐么？
我最近也在处理大量ＮＧＳ数据，我们的bioinformatician不得力阿
【在 w******y 的大作中提到】
: 最简单的办法：花钱请人分析
: 硬件和系统维护， pipeline里参数的理解和选择，pipeline的优缺点
: 对不是专门做这个的都不是件容易的事
我最近也在处理大量ＮＧＳ数据，我们的bioinformatician不得力阿
【在 w******y 的大作中提到】
: 最简单的办法：花钱请人分析
: 硬件和系统维护， pipeline里参数的理解和选择，pipeline的优缺点
: 对不是专门做这个的都不是件容易的事
d*j
15 楼
哪个公司的分析服务比较好？BGI分析的结果似乎不大好，很多都无法验证
【在 w******y 的大作中提到】
: 最简单的办法：花钱请人分析
: 硬件和系统维护， pipeline里参数的理解和选择，pipeline的优缺点
: 对不是专门做这个的都不是件容易的事
【在 w******y 的大作中提到】
: 最简单的办法：花钱请人分析
: 硬件和系统维护， pipeline里参数的理解和选择，pipeline的优缺点
: 对不是专门做这个的都不是件容易的事
o*e
16 楼
www.data2bio.com
【在 d*******j 的大作中提到】
: 哪个公司的分析服务比较好？BGI分析的结果似乎不大好，很多都无法验证
【在 d*******j 的大作中提到】
: 哪个公司的分析服务比较好？BGI分析的结果似乎不大好，很多都无法验证
e*e
17 楼
ft, $200/lane, I can do it in several hrs, and still do my experiment on the
bench
【在 o****e 的大作中提到】
: www.data2bio.com
bench
【在 o****e 的大作中提到】
: www.data2bio.com
A*n
18 楼
如果自己不会编程的话
至少可以先试试galaxy或者broad的gene pattern中的NGS模块
【在 e****e 的大作中提到】
: 有人推荐么？
: 我最近也在处理大量ＮＧＳ数据，我们的bioinformatician不得力阿
至少可以先试试galaxy或者broad的gene pattern中的NGS模块
【在 e****e 的大作中提到】
: 有人推荐么？
: 我最近也在处理大量ＮＧＳ数据，我们的bioinformatician不得力阿
g*t
19 楼
让你老板把bioinformatician给炒了，雇一个给力的。关键是要有经验，没经验白瞎。
【在 e****e 的大作中提到】
: 有人推荐么？
: 我最近也在处理大量ＮＧＳ数据，我们的bioinformatician不得力阿
【在 e****e 的大作中提到】
: 有人推荐么？
: 我最近也在处理大量ＮＧＳ数据，我们的bioinformatician不得力阿
w*i
20 楼
这几天忙，上来看到这么多回复真感动。。。
谢谢大家提供的信息
我拿到手的是.bcl的文件，我现在已经知道用BCLConveter 转成.qseq files. 然后再
creating sequence files from the .qseq files。接下来怎么做就不知道了。。。估
计如大家所说的，我要自学成才没有几个月不行的
同鄙视华大 据说，我也是听说他们给的结果验证不出来。这个是测序问题呢还是结果
分析的问题呢
谢谢大家提供的信息
我拿到手的是.bcl的文件，我现在已经知道用BCLConveter 转成.qseq files. 然后再
creating sequence files from the .qseq files。接下来怎么做就不知道了。。。估
计如大家所说的，我要自学成才没有几个月不行的
同鄙视华大 据说，我也是听说他们给的结果验证不出来。这个是测序问题呢还是结果
分析的问题呢
w*i
21 楼
不好意思，bowtie/BWA 是啥意思？ call是啥意思啊？
【在 n******7 的大作中提到】
: 假设你是solexa，拿到fastq，有时候可能要预处理，trim一下，然后用bowtie/BWA
: align到reference genome，然后找个工具call SNP/indel什么的，据说现在最好的
: caller是dindel
【在 n******7 的大作中提到】
: 假设你是solexa，拿到fastq，有时候可能要预处理，trim一下，然后用bowtie/BWA
: align到reference genome，然后找个工具call SNP/indel什么的，据说现在最好的
: caller是dindel
d*e
22 楼
这些东西，三言两语说不清楚。如果真的要学，自己去看这些软件的主页吧。
要完全自己动手的话，最好具备以下的条件：
1 有能够提供并行运算的服务器，单机运行不现实
2 基于1，要会基本的linux命令和习惯command-line interface
3 会写简单的script，去处理数据和提交任务
如果不行，最好找人带着做，否则很花时间。
【在 w*****i 的大作中提到】
: 不好意思，bowtie/BWA 是啥意思？ call是啥意思啊？
要完全自己动手的话，最好具备以下的条件：
1 有能够提供并行运算的服务器，单机运行不现实
2 基于1，要会基本的linux命令和习惯command-line interface
3 会写简单的script，去处理数据和提交任务
如果不行，最好找人带着做，否则很花时间。
【在 w*****i 的大作中提到】
: 不好意思，bowtie/BWA 是啥意思？ call是啥意思啊？
m*T
23 楼
bowite/BWA是alignment工具。如果你连这两个软件和call的意思都不明白，那你离真
正能自己分析data还有相当的距离。建议你找个这方面的人带带你，即可入门，也可
少走些弯路。
【在 w*****i 的大作中提到】
: 不好意思，bowtie/BWA 是啥意思？ call是啥意思啊？
正能自己分析data还有相当的距离。建议你找个这方面的人带带你，即可入门，也可
少走些弯路。
【在 w*****i 的大作中提到】
: 不好意思，bowtie/BWA 是啥意思？ call是啥意思啊？
A*n
24 楼
你们不会是自己实验室有hiseq机器吧？连bcl这一步都得自己做？
这样的话有钱买仪器，更应该有钱买软件或者培训人啦。
华大的数据质量不清楚，不过几个大公司sequencing倒都是外包到华大，然后自己做后
续分析的。
【在 w*****i 的大作中提到】
: 这几天忙，上来看到这么多回复真感动。。。
: 谢谢大家提供的信息
: 我拿到手的是.bcl的文件，我现在已经知道用BCLConveter 转成.qseq files. 然后再
: creating sequence files from the .qseq files。接下来怎么做就不知道了。。。估
: 计如大家所说的，我要自学成才没有几个月不行的
: 同鄙视华大 据说，我也是听说他们给的结果验证不出来。这个是测序问题呢还是结果
: 分析的问题呢
这样的话有钱买仪器，更应该有钱买软件或者培训人啦。
华大的数据质量不清楚，不过几个大公司sequencing倒都是外包到华大，然后自己做后
续分析的。
【在 w*****i 的大作中提到】
: 这几天忙，上来看到这么多回复真感动。。。
: 谢谢大家提供的信息
: 我拿到手的是.bcl的文件，我现在已经知道用BCLConveter 转成.qseq files. 然后再
: creating sequence files from the .qseq files。接下来怎么做就不知道了。。。估
: 计如大家所说的，我要自学成才没有几个月不行的
: 同鄙视华大 据说，我也是听说他们给的结果验证不出来。这个是测序问题呢还是结果
: 分析的问题呢
w*i
25 楼
谢谢大家。。。我们实验室是新买了hiseq,目前还在调试，主要是样本处理这一阶段。
结果分析说是要找人合作的，估计老板正在找吧，还没人做。我就一步一步学着该怎么
做。这个我是一点基础都没有，做bench work倒是不在话下。看大家给我介绍的这些，
我。。。我还是放弃了吧。。。
结果分析说是要找人合作的，估计老板正在找吧，还没人做。我就一步一步学着该怎么
做。这个我是一点基础都没有，做bench work倒是不在话下。看大家给我介绍的这些，
我。。。我还是放弃了吧。。。
M*n
26 楼
靠，大家一窝蜂都上hiseq了
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