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问个DNA甲基化研究的技术问题
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问个DNA甲基化研究的技术问题# Biology - 生物学
b*y
1 楼
刚才（夜里12点半），有个女孩子打电话过来说他们捡到Lion了。其实就在我家门口不远的地方，因为当时周围都没有人，她害怕Lion被车撞，所以就带走了。后来在CL上看到我的帖子，就打电话过来。还半夜给我送过来，真是好人啦。
多谢各位朋友的祝福，派慈版的祝福真的特别灵。鉴于现在时间太晚，明天上午晚一点的时候再来发包子。祝大家晚安！
——————————————————————————————————————
今天朋友带着她家的两个孩子来看狗狗。大家一起跟狗玩了很久，我看差不多吃饭了，
就去做饭，让朋友带孩子们到厅里看会儿电视。谁知道，朋友家的儿子很喜欢我家的狗
，就偷偷地又跑到院子里去跟狗玩。也不知道他究竟怎么想的，反正他把我家锁好的院
子门打开，然后把狗放走了。至于是不小心打开的，还是别的原因，他自己不肯说。反
正等到我们吃饭的时候才发现两只狗都不见了，后院的门大开着。大家赶紧开车出去找
。结果只找到Jenna，没有看到Lion。比较糟糕的是，当时他们来的时候我正巧给两狗
梳毛，所以项圈没有给他们带上。
现在天已经黑了，周围该找的地方也找过了，就是没有Lion的踪影。我们只要寄希望有
人
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t*t
2 楼
我的理解，DNA甲基化修饰更倾向发生在CpG岛区域。为什么我看到的文献中经常出现
的实际情况是实验中图表中秀的是三五个CpG 位点的甲基化差异？
另外一个随之而来的问题， 这些零星位点的甲基化修饰即使真实发生了，又能对长
达几个Kb的cDNA的表达有多大程度的影响？ 我想只有连续的/密集的CpG区域比如CpG岛
的甲基化修饰才能对基因的表达产生明显差异吧？
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p*d
3 楼
oh, big big bless!
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i*y
4 楼
CpG island methylation is indeed highly repressive. But it doesn't happen
very often in normal cells. Most CpG island-methylated genes are germ-line-
specific genes or transposable elements.
The effect of sparse mCpG is still debated. There are also regions with
intermediate densities (e.g. CpG shores), where methylation anticorrelates
with gene expression.
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m*j
5 楼
怎么会这样!
bless
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b*r
6 楼
只做几个是因为做多个太贵呀，lol
不过作为玩了甲基化dna几年的苦逼可以负责任地说，常识上认为产品island里各个c的
甲基化状态比较均一，这个说法是相当靠谱的，所以基本上确实没有必要在一个island
测很多个

【在 t*****t 的大作中提到】
: 我的理解，DNA甲基化修饰更倾向发生在CpG岛区域。为什么我看到的文献中经常出现
: 的实际情况是实验中图表中秀的是三五个CpG 位点的甲基化差异？
: 另外一个随之而来的问题， 这些零星位点的甲基化修饰即使真实发生了，又能对长
: 达几个Kb的cDNA的表达有多大程度的影响？ 我想只有连续的/密集的CpG区域比如CpG岛
: 的甲基化修饰才能对基因的表达产生明显差异吧？
:
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a*y
7 楼
天啊
bless~bless~bless~~
pat pat,或许lion认得家，饿了就会回来的
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l*y
8 楼
搭车问个问题，是不是所有的C都有可能被甲基化？以前一直以为CpG位点才能被甲基化
的。
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p*d
9 楼
唉，jenna媽媽真是辛苦了，上次是Jenna走失，這次是Lion，兩個都是淘氣孩子啊
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t*t
10 楼
常识上认为产品island里各个c的
甲基化状态比较均一
--------------
各个C的甲基化状态比较均一是什么意思？ 能展开说说吗？
谢谢 ！

island

【在 b****r 的大作中提到】
: 只做几个是因为做多个太贵呀，lol
: 不过作为玩了甲基化dna几年的苦逼可以负责任地说，常识上认为产品island里各个c的
: 甲基化状态比较均一，这个说法是相当靠谱的，所以基本上确实没有必要在一个island
: 测很多个
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w*y
11 楼
bless lion再点回家
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t*t
12 楼
Most CpG island-methylated genes are germ-line-
specific genes or transposable elements.
---------
这个信息很重要，谢谢！ 先前我倒没有注意到

【在 i**y 的大作中提到】
: CpG island methylation is indeed highly repressive. But it doesn't happen
: very often in normal cells. Most CpG island-methylated genes are germ-line-
: specific genes or transposable elements.
: The effect of sparse mCpG is still debated. There are also regions with
: intermediate densities (e.g. CpG shores), where methylation anticorrelates
: with gene expression.
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t*n
13 楼
怎么会这样，big bless，今天版上都怎么了....
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b*r
14 楼
就是说一个island里的CpG，要不都被甲基化，要不都不甲基化，不一致的情况总是比
较少的，比如说一个C甲基化，一个不甲基化，一个甲基化，一个不甲基化这样的情况
我反正没见过

【在 t*****t 的大作中提到】
: 常识上认为产品island里各个c的
: 甲基化状态比较均一
: --------------
: 各个C的甲基化状态比较均一是什么意思？ 能展开说说吗？
: 谢谢 ！
:
: island
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b*y
15 楼
唉，有时候觉得这就是家里人多的麻烦。Jenna才来的时候我家孩子和LD还没有习惯要
随手关门，注意关窗。现在好不容易家里的人都知道小心了，那知道客人们不清楚。其
实他们跟狗玩的时候我已经很小心地把院子门特地锁上，并且吩咐孩子们不要去开那扇
门的，就不知道那孩子是怎么想的？朋友已经很自责了，我也不能再说什么了。自己孩
子还可以抱怨一下，别人的孩子我还不敢说重了。
其实Lion根本不敢自己跑，都是Jenna带着他才会跑。

【在 p***d 的大作中提到】
: 唉，jenna媽媽真是辛苦了，上次是Jenna走失，這次是Lion，兩個都是淘氣孩子啊
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b*r
16 楼
CpG里的C被甲基化的可能性要高多了，也比较稳定，比较conserve

【在 l*******y 的大作中提到】
: 搭车问个问题，是不是所有的C都有可能被甲基化？以前一直以为CpG位点才能被甲基化
: 的。
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y*l
17 楼
bless
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s*s
18 楼
不知道你看的啥。反正我的经验是这样的很多见，而且同一盘细胞里面每个细胞都不一样

【在 b****r 的大作中提到】
: 就是说一个island里的CpG，要不都被甲基化，要不都不甲基化，不一致的情况总是比
: 较少的，比如说一个C甲基化，一个不甲基化，一个甲基化，一个不甲基化这样的情况
: 我反正没见过
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p*d
19 楼
pat pat
如果是Jenna帶Lion一起跑路，Lion會不會還是在發現Jenna的附近區域？ 可能Lion比
較會偽裝躲起來了，不像Jenna那樣傻姑娘在大街逛。 不知Jenna能不能幫你們找回
Lion呢？ 看來你們家還要再養一隻比利時瑪連萊犬才得，專門幫你們看住兩個淘氣狗
狗。

【在 b*******y 的大作中提到】
: 唉，有时候觉得这就是家里人多的麻烦。Jenna才来的时候我家孩子和LD还没有习惯要
: 随手关门，注意关窗。现在好不容易家里的人都知道小心了，那知道客人们不清楚。其
: 实他们跟狗玩的时候我已经很小心地把院子门特地锁上，并且吩咐孩子们不要去开那扇
: 门的，就不知道那孩子是怎么想的？朋友已经很自责了，我也不能再说什么了。自己孩
: 子还可以抱怨一下，别人的孩子我还不敢说重了。
: 其实Lion根本不敢自己跑，都是Jenna带着他才会跑。
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b*r
20 楼
我一般看到的是一大串甲基化/不甲基化的CpG里，一个例外的CpG
而且这个现象也不是我发现的啊，要是一个island里面那么不均一，那还能叫做island
吗，那只能叫做海里散开的几块石头了

一样

【在 s******s 的大作中提到】
: 不知道你看的啥。反正我的经验是这样的很多见，而且同一盘细胞里面每个细胞都不一样
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c*e
21 楼
也別怪孩子了。。。。小孩子是真不懂
還好有chip，lion那麽漂亮，一定會吸引別人注意的。有人能帶到shelter就有消息了

【在 b*******y 的大作中提到】
: 唉，有时候觉得这就是家里人多的麻烦。Jenna才来的时候我家孩子和LD还没有习惯要
: 随手关门，注意关窗。现在好不容易家里的人都知道小心了，那知道客人们不清楚。其
: 实他们跟狗玩的时候我已经很小心地把院子门特地锁上，并且吩咐孩子们不要去开那扇
: 门的，就不知道那孩子是怎么想的？朋友已经很自责了，我也不能再说什么了。自己孩
: 子还可以抱怨一下，别人的孩子我还不敢说重了。
: 其实Lion根本不敢自己跑，都是Jenna带着他才会跑。
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s*5
22 楼
ISLAND又不是根据均匀的甲基化定义的，所谓一个岛内不均匀的多了
如果不只是你一个人发现的这种均匀的现象，给个文献？

island

【在 b****r 的大作中提到】
: 我一般看到的是一大串甲基化/不甲基化的CpG里，一个例外的CpG
: 而且这个现象也不是我发现的啊，要是一个island里面那么不均一，那还能叫做island
: 吗，那只能叫做海里散开的几块石头了
:
: 一样
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p*d
23 楼
打擊啊，我一直希望日後養一隻husky，再加一隻蘇牧，現在發現，原來兩個都喜歡離
家出走啊...
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s*5
24 楼
零星位点不一定就作用小，因为他可能正好在重要的转录因子结合点上，使之完全不能
结合。另外一两个点就可能影响整个区域的三维折叠，使conformation完全改变。

【在 t*****t 的大作中提到】
: Most CpG island-methylated genes are germ-line-
: specific genes or transposable elements.
: ---------
: 这个信息很重要，谢谢！ 先前我倒没有注意到
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c*e
25 楼
好主意，帶Jenna一起去找找看

【在 p***d 的大作中提到】
: pat pat
: 如果是Jenna帶Lion一起跑路，Lion會不會還是在發現Jenna的附近區域？ 可能Lion比
: 較會偽裝躲起來了，不像Jenna那樣傻姑娘在大街逛。 不知Jenna能不能幫你們找回
: Lion呢？ 看來你們家還要再養一隻比利時瑪連萊犬才得，專門幫你們看住兩個淘氣狗
: 狗。
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u*d
26 楼
re
典型的H19 gene imprinting

【在 s******5 的大作中提到】
: 零星位点不一定就作用小，因为他可能正好在重要的转录因子结合点上，使之完全不能
: 结合。另外一两个点就可能影响整个区域的三维折叠，使conformation完全改变。
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d*s
27 楼
bless.
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t*t
28 楼
谢谢解惑 . 这个解释很靠谱 .

【在 s******5 的大作中提到】
: 零星位点不一定就作用小，因为他可能正好在重要的转录因子结合点上，使之完全不能
: 结合。另外一两个点就可能影响整个区域的三维折叠，使conformation完全改变。
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u*y
29 楼
怎么会这样啊，希望能顺利找到！
Bless!

【在 b*******y 的大作中提到】
: 唉，有时候觉得这就是家里人多的麻烦。Jenna才来的时候我家孩子和LD还没有习惯要
: 随手关门，注意关窗。现在好不容易家里的人都知道小心了，那知道客人们不清楚。其
: 实他们跟狗玩的时候我已经很小心地把院子门特地锁上，并且吩咐孩子们不要去开那扇
: 门的，就不知道那孩子是怎么想的？朋友已经很自责了，我也不能再说什么了。自己孩
: 子还可以抱怨一下，别人的孩子我还不敢说重了。
: 其实Lion根本不敢自己跑，都是Jenna带着他才会跑。
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t*2
30 楼
一般正常细胞的cpg岛是不被甲基化的，基因组的启动子区通常存在cpg岛，基因组的甲
基化是广泛存在于基因组的，包括基因内部甲基化，有些并没有功能。目前的认知是甲
基化只在cpg的c，
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l*o
31 楼
bless!
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b*h
32 楼
问个相关问题： CpG 和 GpC 中，哪一个甲基化强？为什么？谢谢。

【在 i**y 的大作中提到】
: CpG island methylation is indeed highly repressive. But it doesn't happen
: very often in normal cells. Most CpG island-methylated genes are germ-line-
: specific genes or transposable elements.
: The effect of sparse mCpG is still debated. There are also regions with
: intermediate densities (e.g. CpG shores), where methylation anticorrelates
: with gene expression.
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c*e
33 楼
你傢老raf最近穩定了嗎？

【在 p***d 的大作中提到】
: 打擊啊，我一直希望日後養一隻husky，再加一隻蘇牧，現在發現，原來兩個都喜歡離
: 家出走啊...
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i*y
34 楼
what do you mean by "强"? endogenous abundance? or repressive effect?

【在 b***h 的大作中提到】
: 问个相关问题： CpG 和 GpC 中，哪一个甲基化强？为什么？谢谢。
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x*u
35 楼
bless
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b*h
36 楼
甲基化频率 和 repressive effect。
Is GpC endogenous abundance lower than CpG? Thanks.

【在 i**y 的大作中提到】
: what do you mean by "强"? endogenous abundance? or repressive effect?
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P*o
37 楼
...bless
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r*a
38 楼
Dna甲基化酶的底物是CpG序列，有其特异性

【在 b***h 的大作中提到】
: 甲基化频率 和 repressive effect。
: Is GpC endogenous abundance lower than CpG? Thanks.
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h*o
39 楼
啊！怎么会这样，Bless！
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z*t
40 楼
Non-CG methylation happens a lot in plant. But lots of data now shows non-CG
methylation in mammalian cells.
Jaenisch once showed non-CG methylation is decrease in Dnmt3a KO ES cells.
Yang Shi is also trying to find enzymes catalyze the non-CG methylation.

【在 r**a 的大作中提到】
: Dna甲基化酶的底物是CpG序列，有其特异性
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u*y
41 楼
3rd this idea.

【在 c*******e 的大作中提到】
: 好主意，帶Jenna一起去找找看
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i*y
42 楼
it doesn't happen much in metazoan cells unless it's GCG. CpGs are the
canonical substrates for DNA methyltransferases.
Repressive effect is currently unknown.

【在 b***h 的大作中提到】
: 甲基化频率 和 repressive effect。
: Is GpC endogenous abundance lower than CpG? Thanks.
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b*y
43 楼
几个大人在附近找了不下10圈了。LD刚才又出去跑了一圈。大家估计被人带走的可能性
比较大，因为我们问看到他们的人都说看到两只狗是在一起的，但后来我们只看到了
Jenna。大家估计可能是Jenna看起来比较凶，所以没有人敢接近。而Lion看起来就是一
副好脾气的样子，所以被带走了。

【在 p***d 的大作中提到】
: pat pat
: 如果是Jenna帶Lion一起跑路，Lion會不會還是在發現Jenna的附近區域？ 可能Lion比
: 較會偽裝躲起來了，不像Jenna那樣傻姑娘在大街逛。 不知Jenna能不能幫你們找回
: Lion呢？ 看來你們家還要再養一隻比利時瑪連萊犬才得，專門幫你們看住兩個淘氣狗
: 狗。
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a*a
44 楼
grimmt做过rDNA的转录调控
-133一个位点被甲基化就可以极大抑制转录
凭记忆说的。
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p*d
45 楼
但一定要拉緊leash才行啊，Jenna這個淘氣大王...

【在 c*******e 的大作中提到】
: 好主意，帶Jenna一起去找找看
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a*a
46 楼
不只是CpG, 大多数C都能被甲基化，
好像09年ren bing出过篇文章， base solution mC xxxx 神马的
记不清了

【在 l*******y 的大作中提到】
: 搭车问个问题，是不是所有的C都有可能被甲基化？以前一直以为CpG位点才能被甲基化
: 的。
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f*n
47 楼
应该没问题，希望明天早上就有电话来说lion正在某邻居家里大吃大喝呢。。。
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s*s
48 楼
感觉应该opposite吧？CpG被甲基化以后有变成TpG的危险，
所以频率应该低于多数其他的dinucleotide

【在 b***h 的大作中提到】
: 甲基化频率 和 repressive effect。
: Is GpC endogenous abundance lower than CpG? Thanks.
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p*d
49 楼
藥貓經有前天的update, umm, 等下發包子

【在 c*******e 的大作中提到】
: 你傢老raf最近穩定了嗎？
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C*4
50 楼
这个说法不是错的么
以前说ES里有很多单个的C（非CpG）的甲基化
但是Dirk Schübeler去年的那篇nature不是这么个结论？

【在 a*******a 的大作中提到】
: 不只是CpG, 大多数C都能被甲基化，
: 好像09年ren bing出过篇文章， base solution mC xxxx 神马的
: 记不清了
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j*u
51 楼
Lion快回家。
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u*d
52 楼
后者没说前者错。后者说他们得到的pattern和前者大体一致，但是因为non-CpG甲基化
发生的地方一般已经有CpG甲基化，而且non-CpG甲基化频率远低于CpG的，所以他们就
只考虑CpG甲基化了。

【在 C********4 的大作中提到】
: 这个说法不是错的么
: 以前说ES里有很多单个的C（非CpG）的甲基化
: 但是Dirk Schübeler去年的那篇nature不是这么个结论？
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p*d
53 楼
汗，原來老美也怕husky呀...
如果是被人帶走倒也好，打電話等電話外加貼尋狗啟事吧，先從發現JENNA的地方貼起
。 GOOD LUCK LION!

【在 b*******y 的大作中提到】
: 几个大人在附近找了不下10圈了。LD刚才又出去跑了一圈。大家估计被人带走的可能性
: 比较大，因为我们问看到他们的人都说看到两只狗是在一起的，但后来我们只看到了
: Jenna。大家估计可能是Jenna看起来比较凶，所以没有人敢接近。而Lion看起来就是一
: 副好脾气的样子，所以被带走了。
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m*b
54 楼
Yang Shi在干这个？很有意思啊
植物里倒是有多种DNA MTase
各司其职，各有个的序列特异性
动物中de novo的就DNMT3a/b两种吧
基因组也侧过序了
DNA MTase序列上还是很保守的
难道还可能有别的DNA MTase没被发现？

CG

【在 z*t 的大作中提到】
: Non-CG methylation happens a lot in plant. But lots of data now shows non-CG
: methylation in mammalian cells.
: Jaenisch once showed non-CG methylation is decrease in Dnmt3a KO ES cells.
: Yang Shi is also trying to find enzymes catalyze the non-CG methylation.
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m*t
55 楼
bless!!!!!!!!!!!!
avatar
b*h
56 楼
Thank you very much!
One more question. Is there any good program to predict CpG island, or non-
CpG methylation site? Thanks again.

【在 i**y 的大作中提到】
: it doesn't happen much in metazoan cells unless it's GCG. CpGs are the
: canonical substrates for DNA methyltransferases.
: Repressive effect is currently unknown.
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i*i
57 楼
bless~~~赶快找回来
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s*s
58 楼
你要这样想，这种methylation很多的都是调控区，细胞特异性的。
所以，你如果不考虑cell type, 那么肯定能predict, 不过这些predict
出来的显然不是很重要的调控元件，真正重要的没法predict

【在 b***h 的大作中提到】
: Thank you very much!
: One more question. Is there any good program to predict CpG island, or non-
: CpG methylation site? Thanks again.
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y*u
59 楼
哎，區那個甚麼lost pets的網站查查你們附近的電話，打電話登記一下。
今天版上的消息一條比一條驚人。
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z*t
60 楼
Yang Shi自己post在research的介绍中哈
我也觉得是很risky的，这种non-CG methylation可能就是噪音。可能3a/3b是非特异性
的催化？
Yang Shi敢把这个project放在自己实验室的网页上还是证明这东西比较risky或者他们
已经有了发现哈

【在 m*b 的大作中提到】
: Yang Shi在干这个？很有意思啊
: 植物里倒是有多种DNA MTase
: 各司其职，各有个的序列特异性
: 动物中de novo的就DNMT3a/b两种吧
: 基因组也侧过序了
: DNA MTase序列上还是很保守的
: 难道还可能有别的DNA MTase没被发现？
:
: CG
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m*O
61 楼
bless

【在 b*******y 的大作中提到】
: 几个大人在附近找了不下10圈了。LD刚才又出去跑了一圈。大家估计被人带走的可能性
: 比较大，因为我们问看到他们的人都说看到两只狗是在一起的，但后来我们只看到了
: Jenna。大家估计可能是Jenna看起来比较凶，所以没有人敢接近。而Lion看起来就是一
: 副好脾气的样子，所以被带走了。
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l*i
62 楼
问一个幼稚的问题：
正义链和反义链中同一位置的CpG是同时（去）甲基化吗？如果不同，这中间是怎么调
控的？
avatar
s*M
63 楼
我的老天爷！！
1。要不也带简妮出去找
2。赶快在小区发广告
3。苏木脾气好，众所周知，咱加上莱西的宣传，有可能被带走
我们在lulu之前也丢过一只苏木
不过是意外，宠物店弄丢的年
是因为急于找主人的缘故
所以。苏木不太可能无缘无故的离家出走
出去找的时候，叫叫名字
avatar
z*t
64 楼
CpG甲基化是对称的。
hydroxylmethylation（目前人们认为去甲基化中的一步）在正义链和反义链上不是对
称分布的。Wolf Reik 2011年的nature就发现了这个现象，调控机制目前没人知道。。。

【在 l*******i 的大作中提到】
: 问一个幼稚的问题：
: 正义链和反义链中同一位置的CpG是同时（去）甲基化吗？如果不同，这中间是怎么调
: 控的？
avatar
a*8
65 楼
哎呀， 今天是怎么了，希望lion早日回家， 明天早上就接到电话了。
avatar
i*y
66 楼
there is annotation for CpG islands in the UCSC genome browser, which is
based on CpG frequency. Adrian Bird has a paper in Plos Genetics where they
used CXXC1 to experimentally determine unmethylated CpG islands.
there is no prediction for the location of non-CpG methylation. in ES cells
it's mostly in CAG motif.

【在 b***h 的大作中提到】
: Thank you very much!
: One more question. Is there any good program to predict CpG island, or non-
: CpG methylation site? Thanks again.
avatar
m*h
67 楼
bless
小孩一定要有大人看着
avatar
i*y
68 楼
presumably not, especially if BER (single-strand break) is involved. the
plant demethylases have higher activity towards mCpG/mCpG than hemi-
methylated CpG, so it won't induce BER on both strands at the same time.
in animals, it is unclear. the problem now is that there is no good in vivo
system to study bona fide demethylation anymore, after the discovery of hmC,
fC and caC.

【在 l*******i 的大作中提到】
: 问一个幼稚的问题：
: 正义链和反义链中同一位置的CpG是同时（去）甲基化吗？如果不同，这中间是怎么调
: 控的？
avatar
y*u
69 楼
Re

【在 m***h 的大作中提到】
: bless
: 小孩一定要有大人看着
avatar
b*h
70 楼
It is very interesting.
Thanks.

they
cells

【在 i**y 的大作中提到】
: there is annotation for CpG islands in the UCSC genome browser, which is
: based on CpG frequency. Adrian Bird has a paper in Plos Genetics where they
: used CXXC1 to experimentally determine unmethylated CpG islands.
: there is no prediction for the location of non-CpG methylation. in ES cells
: it's mostly in CAG motif.
avatar
L*i
71 楼
BLESS
我觉得如果没有被人带走，狗狗会自己找回家的。。。。
那小孩子真是该揍一顿！
avatar
z*t
72 楼
can u talk more about the in vivo system demethylation？

vivo
hmC,

【在 i**y 的大作中提到】
: presumably not, especially if BER (single-strand break) is involved. the
: plant demethylases have higher activity towards mCpG/mCpG than hemi-
: methylated CpG, so it won't induce BER on both strands at the same time.
: in animals, it is unclear. the problem now is that there is no good in vivo
: system to study bona fide demethylation anymore, after the discovery of hmC,
: fC and caC.
avatar
b*y
73 楼
唉，我在做饭。朋友看5个孩子确实有点吃力。而且她很喜欢我家老三，就忽视了她家
儿子。

【在 m***h 的大作中提到】
: bless
: 小孩一定要有大人看着
avatar
a*a
74 楼
额。。 你是说什么结论是错的？
Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic
differences
James A. Thomson5,6,7,8, Bing Ren2,3 & Joseph R. Ecker1
里面提到mCHG mCHH之类的都可以存在

【在 C********4 的大作中提到】
: 这个说法不是错的么
: 以前说ES里有很多单个的C（非CpG）的甲基化
: 但是Dirk Schübeler去年的那篇nature不是这么个结论？
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l*o
75 楼
bless
avatar
a*a
76 楼
The role of Tet3 DNA dioxygenase in epigenetic reprogramming by oocytes.
Nature, 477,606-610.
在oocyte里面做的比较多， 不过实验材料不好搞做起来很麻烦。

【在 z*t 的大作中提到】
: can u talk more about the in vivo system demethylation？
:
: vivo
: hmC,
avatar
q*p
77 楼
bless
avatar
i*y
78 楼
All the evidence in this paper (as well as many other papers) can also be
interpreted as mC to fC/caC conversion. Nobody can show that mC is really
converted to unmethylated C in vivo, which is the definition of "
demethylation".

【在 a*******a 的大作中提到】
: The role of Tet3 DNA dioxygenase in epigenetic reprogramming by oocytes.
: Nature, 477,606-610.
: 在oocyte里面做的比较多， 不过实验材料不好搞做起来很麻烦。
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h*n
79 楼
天啊～～～
Lion快快回家吧！！！
avatar
z*t
80 楼
I think that's because no in vivo system can indicate the change from mC->
hmC-> fC-> C. The current system only allow us to catch one step in the
process. But I think in the system we know for sure active demethylation is
existing(like zygotic paternal DNA following natural fertilization). Tet KO
is quite indicative.
Also if an active demethylation exist in other tissue known can happen in
timely manner. We can follow and check different C modification in timely
manner to see whether the these conversion in demthylation is existing.

【在 i**y 的大作中提到】
: All the evidence in this paper (as well as many other papers) can also be
: interpreted as mC to fC/caC conversion. Nobody can show that mC is really
: converted to unmethylated C in vivo, which is the definition of "
: demethylation".
avatar
s*5
81 楼
bless~
avatar
i*y
82 楼
what's the evidence that active demethylation does occur in zygotes?

is
KO

【在 z*t 的大作中提到】
: I think that's because no in vivo system can indicate the change from mC->
: hmC-> fC-> C. The current system only allow us to catch one step in the
: process. But I think in the system we know for sure active demethylation is
: existing(like zygotic paternal DNA following natural fertilization). Tet KO
: is quite indicative.
: Also if an active demethylation exist in other tissue known can happen in
: timely manner. We can follow and check different C modification in timely
: manner to see whether the these conversion in demthylation is existing.
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l*n
83 楼
Bless
avatar
c*a
85 楼
bless!
我想还是贴一些广告出去吧
应该没有走远的
明天一早带jenna去附近常去的地方常走的路线再走一次
希望狮子早点回家
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t*e
87 楼
bless
avatar
z*t
88 楼
That figure describe change of methylation level during early development. I
don't know whether that figure can be called as a "model" or a "fact"...
Then how do you think this PNAS paper?
http://www.pnas.org/content/108/9/3642.full
Also, since I'm not reading a lot... do you have evidence to prove or
disprove the active demethylation happens in zygotes?

【在 i**y 的大作中提到】
: that's a model, not evidence
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p*i
89 楼
lion看起来非常纯，大家一看见纯种狗，而且又是照应的很好的那种，肯定会带到vet
那里，因为这种狗一般都有microchip.
别担心，估计明天就有vet来电话了。这种狗都丢不了的。
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i*y
90 楼
you may know that fC/caC behaves like unmethylated C in bisulfite sequencing
. therefore what the PNAS paper reported maybe just mC/hmC becoming fC/caC,
instead of unmethylated C.
simply put, there is really not much solid evidence so far that proves
active demethylation actually happens in vivo. (although i personally
believe that it does)

I

【在 z*t 的大作中提到】
: That figure describe change of methylation level during early development. I
: don't know whether that figure can be called as a "model" or a "fact"...
: Then how do you think this PNAS paper?
: http://www.pnas.org/content/108/9/3642.full
: Also, since I'm not reading a lot... do you have evidence to prove or
: disprove the active demethylation happens in zygotes?
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b*y
91 楼
打了一些彩色的，打算明天天亮就贴出去。
Lion应该跟Jenna在一起的，除非被人带走。明天打算给shelter打电话。

【在 c*****a 的大作中提到】
: bless!
: 我想还是贴一些广告出去吧
: 应该没有走远的
: 明天一早带jenna去附近常去的地方常走的路线再走一次
: 希望狮子早点回家
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a*a
92 楼
似乎active demethylation现在主要的证据有两个
一个是bisulfite, 另一个是immunofluorescence
现在的抗体技术可以很特异的分清mC和hmC
也许再过一阵子就有mC和fC的抗体比较了。
单分子测序也许也能分的开
我觉得从技术上讲应该能观测到变化的。
当然oocyte取材操作什么的都比较麻烦， 不好做

sequencing
,

【在 i**y 的大作中提到】
: you may know that fC/caC behaves like unmethylated C in bisulfite sequencing
: . therefore what the PNAS paper reported maybe just mC/hmC becoming fC/caC,
: instead of unmethylated C.
: simply put, there is really not much solid evidence so far that proves
: active demethylation actually happens in vivo. (although i personally
: believe that it does)
:
: I
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c*g
93 楼
希望Lion认得路，自己跑回家~~~
avatar
C*4
94 楼
如果真的有主动去甲基化
那还有能进一步催化fC/CaC到C的酶咯 有人纯化吗
Tet不能全做这些事吧，尤其到C
没有主动的去甲基化其实也make sense啊
hmC fC CaC在后续的分裂过程中被稀释
到底MeCP2之类的MBD还能否bind hmC？
有没有像MBD一样的hmC binder？

sequencing
,

【在 i**y 的大作中提到】
: you may know that fC/caC behaves like unmethylated C in bisulfite sequencing
: . therefore what the PNAS paper reported maybe just mC/hmC becoming fC/caC,
: instead of unmethylated C.
: simply put, there is really not much solid evidence so far that proves
: active demethylation actually happens in vivo. (although i personally
: believe that it does)
:
: I
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Y*H
95 楼
bless
一定能找到的，铃铛MM别急
SAM也跑丢两次，后来都找到了，毕竟经常带出去溜，对附近还是熟悉的
avatar
D*a
96 楼
外行问，现在很多paper说epigenetics影响可以到两三代甚至四五代，那是因为去甲基
化不完全？但是我不能理解的是对亲代的各种stress等等会改变精子和卵子的甲基化？
它们不是受保护的吗？
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b*i
97 楼
he will be back.

【在 b*******y 的大作中提到】
: 打了一些彩色的，打算明天天亮就贴出去。
: Lion应该跟Jenna在一起的，除非被人带走。明天打算给shelter打电话。
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l*1
98 楼
Please DIY from below papers:
a,
DNA Methylation Dynamics during In Vivo Differentiation of Blood and Skin
Stem Cells.
Bock C, Beerman I, Lien WH, Smith ZD, Gu H, Boyle P, Gnirke A, Fuchs E,
Rossi DJ, Meissner A.
Mol Cell. 2012 Aug 24;47(4):633-47. Epub 2012 Jul 26.
PMID: 22841485 [PubMed - in process]
b.
In vivo control of CpG and non-CpG DNA methylation by DNA methyltransferases.
Arand J, Spieler D, Karius T, Branco MR, Meilinger D, Meissner A, Jenuwein T
, Xu G, Leonhardt H, Wolf V, Walter J.
PLoS Genet. 2012 Jun;8(6):e1002750. Epub 2012 Jun 28.
PMID: 22761581 [PubMed - in process] Free PMC Article
c.
Sequential ChIP-bisulfite sequencing enables direct genome-scale
investigation of chromatin and DNA methylation cross-talk.
Brinkman AB, Gu H, Bartels SJ, Zhang Y, Matarese F, Simmer F, Marks H, Bock
C, Gnirke A, Meissner A, Stunnenberg HG.
Genome Res. 2012 Jun;22(6):1128-38. Epub 2012 Mar 30.
PMID: 22466170 [PubMed - in process]
link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Search&amp=&amp=&d
if still not get point please send mail to him,
Alex Meissner
Broad Institute Harvard University
Department of Stem Cell and Regenerative Biology
link:
http://www.hsci.harvard.edu/people/alex-meissner-phd
for discussion and others.
Ps: or attend below 2013 June ISSCR Boston conference by Duaself
Track B: Epigenetics of Stem Cells
DNA METHYLATION DYNAMICS IN STEM CELLS AND DEVELOPMENT
Alexander Meissner, SCRB, Harvard University, USA
http://www.isscr.org/Abstract_Selected_Speakers.htm

【在 D*a 的大作中提到】
: 外行问，现在很多paper说epigenetics影响可以到两三代甚至四五代，那是因为去甲基
: 化不完全？但是我不能理解的是对亲代的各种stress等等会改变精子和卵子的甲基化？
: 它们不是受保护的吗？
avatar
b*y
99 楼
其实Jenna我现在一点都不担心，她来我家已经一年多了，每次她逃跑都跑不远。其实
这次我就是在我家前面的停车场找到她的。因为隔着铁丝网她过不来，所以就站在铁丝
网那边看着我家大门。可是Lion来我家才2个月，而且第一个月因为生病和手术根本就
很少出门，后来出门也长期是跟Jenna跑，我担心他对我家不熟悉，找不到回家的路。

【在 Y**H 的大作中提到】
: bless
: 一定能找到的，铃铛MM别急
: SAM也跑丢两次，后来都找到了，毕竟经常带出去溜，对附近还是熟悉的
avatar
u*d
100 楼
methylation sensitive restriction endonuclease digestion

【在 a*******a 的大作中提到】
: 似乎active demethylation现在主要的证据有两个
: 一个是bisulfite, 另一个是immunofluorescence
: 现在的抗体技术可以很特异的分清mC和hmC
: 也许再过一阵子就有mC和fC的抗体比较了。
: 单分子测序也许也能分的开
: 我觉得从技术上讲应该能观测到变化的。
: 当然oocyte取材操作什么的都比较麻烦， 不好做
:
: sequencing
: ,
avatar
R*C
101 楼
BLESS LION快点回家
avatar
i*y
102 楼
what about non-dividing cells?
fC and caC are substrates for TDG in vitro, which presumably induces BER.
MBDs bind to hmC with much lower affinity than mC.

【在 C********4 的大作中提到】
: 如果真的有主动去甲基化
: 那还有能进一步催化fC/CaC到C的酶咯 有人纯化吗
: Tet不能全做这些事吧，尤其到C
: 没有主动的去甲基化其实也make sense啊
: hmC fC CaC在后续的分裂过程中被稀释
: 到底MeCP2之类的MBD还能否bind hmC？
: 有没有像MBD一样的hmC binder？
:
: sequencing
: ,
avatar
c*a
103 楼
jenna真乖。赞一个，知道恋家了

【在 b*******y 的大作中提到】
: 其实Jenna我现在一点都不担心，她来我家已经一年多了，每次她逃跑都跑不远。其实
: 这次我就是在我家前面的停车场找到她的。因为隔着铁丝网她过不来，所以就站在铁丝
: 网那边看着我家大门。可是Lion来我家才2个月，而且第一个月因为生病和手术根本就
: 很少出门，后来出门也长期是跟Jenna跑，我担心他对我家不熟悉，找不到回家的路。
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a*a
104 楼
epigenetics不止是dna的甲基化。
我觉得stress可能通过某种感受器调节各种修饰酶的表达情况，
修饰酶调节genome wide表达情况，影响子代。这个过程就说不清楚了。
这篇讲stress和rDNA表达的，由于靶位点单一，还算能说清楚。
Epigenetic Control of rDNA Loci in Response to Intracellular Energy Status
Cell 133, 627–639, May 16, 2008
子代的概念也有模糊的地方，到底是分裂以后的daughter cell就是子代呢，还是一定
要子代动物？
没考虑noncodingRNA怎么调控

【在 D*a 的大作中提到】
: 外行问，现在很多paper说epigenetics影响可以到两三代甚至四五代，那是因为去甲基
: 化不完全？但是我不能理解的是对亲代的各种stress等等会改变精子和卵子的甲基化？
: 它们不是受保护的吗？
avatar
p*f
105 楼
祝福 lion 早点回家。
avatar
a*a
106 楼
如果走ber的话就没意思了。。。

【在 i**y 的大作中提到】
: what about non-dividing cells?
: fC and caC are substrates for TDG in vitro, which presumably induces BER.
: MBDs bind to hmC with much lower affinity than mC.
avatar
y*u
107 楼
如果是下雨天，雨水会把狗的气味冲刷掉，加大狗找路回家的困难。晴天对狗来说容易
一些

【在 b*******y 的大作中提到】
: 其实Jenna我现在一点都不担心，她来我家已经一年多了，每次她逃跑都跑不远。其实
: 这次我就是在我家前面的停车场找到她的。因为隔着铁丝网她过不来，所以就站在铁丝
: 网那边看着我家大门。可是Lion来我家才2个月，而且第一个月因为生病和手术根本就
: 很少出门，后来出门也长期是跟Jenna跑，我担心他对我家不熟悉，找不到回家的路。
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a*a
108 楼
=.= 把这个简单粗暴的方法忘了。。

【在 u**********d 的大作中提到】
: methylation sensitive restriction endonuclease digestion
avatar
p*d
109 楼
讃JENNA有長進了！

【在 b*******y 的大作中提到】
: 其实Jenna我现在一点都不担心，她来我家已经一年多了，每次她逃跑都跑不远。其实
: 这次我就是在我家前面的停车场找到她的。因为隔着铁丝网她过不来，所以就站在铁丝
: 网那边看着我家大门。可是Lion来我家才2个月，而且第一个月因为生病和手术根本就
: 很少出门，后来出门也长期是跟Jenna跑，我担心他对我家不熟悉，找不到回家的路。
avatar
s*s
110 楼
这玩意儿的evidence到底多strong. 我是不太信的。再说，搞下去，
最后和social status也能表观遗传一类的，又要political incorrect

【在 D*a 的大作中提到】
: 外行问，现在很多paper说epigenetics影响可以到两三代甚至四五代，那是因为去甲基
: 化不完全？但是我不能理解的是对亲代的各种stress等等会改变精子和卵子的甲基化？
: 它们不是受保护的吗？
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q*u
111 楼
啊？bless！不过俺猜如果明天早上还没找到的话，他会自己回来的。。。

【在 b*******y 的大作中提到】
: 其实Jenna我现在一点都不担心，她来我家已经一年多了，每次她逃跑都跑不远。其实
: 这次我就是在我家前面的停车场找到她的。因为隔着铁丝网她过不来，所以就站在铁丝
: 网那边看着我家大门。可是Lion来我家才2个月，而且第一个月因为生病和手术根本就
: 很少出门，后来出门也长期是跟Jenna跑，我担心他对我家不熟悉，找不到回家的路。
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w*e
112 楼
你什么意思啊，island定义跟甲基化没半毛钱关系。
你说的我不怎么同意。

island

【在 b****r 的大作中提到】
: 我一般看到的是一大串甲基化/不甲基化的CpG里，一个例外的CpG
: 而且这个现象也不是我发现的啊，要是一个island里面那么不均一，那还能叫做island
: 吗，那只能叫做海里散开的几块石头了
:
: 一样
avatar
c*t
113 楼
天哪,祝福Lion赶紧回家~~
avatar
A*u
114 楼
祝福!

今天朋友带着她家的两个孩子来看狗狗。大家一起跟狗玩了很久，我看差不多吃饭了，
就去做饭，让朋友带孩子们到厅里看会儿电视。谁知道，朋友家的儿子很喜欢我家的狗
，就偷偷地又跑到院子里去跟狗玩。也不知道他究竟怎么想的，反正他把我家锁好的院
子门打开，然后把狗放走了。至于是不小心打开的，还是别的原因，他自己不肯说。反
正等到我们吃饭的时候才发现两只狗都不见了，后院的门大开着。大家赶紧开车出去找
。结果只找到Jenna，没有看到Lion。比较糟糕的是，当时他们来的时候我正巧给两狗
梳毛，所以项圈没有给他们带上。
现在天已经黑了，周围该找的地方也找过了，就是没有Lion的踪影。我们只要寄希望有
人捡到他，并且知道把他带到vet那里去。因为Lion身上有microchip，但愿他们能从这
里知道我家的地址。
发20个包子，给我家Lion挣挣狗品，但愿他能早点回家。如果Lion回家，我再发20个。
谢谢大家！

【在 b*******y 的大作中提到】
: 其实Jenna我现在一点都不担心，她来我家已经一年多了，每次她逃跑都跑不远。其实
: 这次我就是在我家前面的停车场找到她的。因为隔着铁丝网她过不来，所以就站在铁丝
: 网那边看着我家大门。可是Lion来我家才2个月，而且第一个月因为生病和手术根本就
: 很少出门，后来出门也长期是跟Jenna跑，我担心他对我家不熟悉，找不到回家的路。
avatar
z*e
115 楼
哇！big big bless！
这个以后我们也要引以为戒啊！
avatar
l*d
116 楼
pray for lion！！
赶紧回家吧，lion！！

【在 b*******y 的大作中提到】
: 其实Jenna我现在一点都不担心，她来我家已经一年多了，每次她逃跑都跑不远。其实
: 这次我就是在我家前面的停车场找到她的。因为隔着铁丝网她过不来，所以就站在铁丝
: 网那边看着我家大门。可是Lion来我家才2个月，而且第一个月因为生病和手术根本就
: 很少出门，后来出门也长期是跟Jenna跑，我担心他对我家不熟悉，找不到回家的路。
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d*t
117 楼
希望lion像上次jenna走丢那样早点回家！
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b*y
118 楼
刚才在CL上发了帖子，就接到一个好心人的电话，是collie rescue的人。她告诉了我
好些方法，而且提醒我赶紧给mircochip的公司打电话说Lion丢了，刚才打过电话了，
对方告知一旦有report，就立即通知我。
另外fidofinder上有七天free的post，同时可以通知相关的shelter。明天再去贴poster
。刚才电话给我的lady说，最好大一点，醒目一点。
我做我能做到的最大的努力，Lion你一定要回来啊。
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p*d
119 楼
good news

poster

【在 b*******y 的大作中提到】
: 刚才在CL上发了帖子，就接到一个好心人的电话，是collie rescue的人。她告诉了我
: 好些方法，而且提醒我赶紧给mircochip的公司打电话说Lion丢了，刚才打过电话了，
: 对方告知一旦有report，就立即通知我。
: 另外fidofinder上有七天free的post，同时可以通知相关的shelter。明天再去贴poster
: 。刚才电话给我的lady说，最好大一点，醒目一点。
: 我做我能做到的最大的努力，Lion你一定要回来啊。
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b*w
120 楼
bless.
上次我也差点把我们家狗狗搞丢。
我们周末早上偷懒，放了Tiger去后院，自己在床上多赖会儿。睡得正香呢，就听见狗
叫，我迷迷糊糊地问我bf,这么狗叫怎么听起来很遥远。他说tiger在院子那一头呢。然
后两个人又昏睡过去。在然后被敲门惊醒，原来是邻居发现Tiger在外面晃荡，她们帮
着把他赶回我们家后院了。据说小家伙还冲人家凶来着。后来我察看了一下，是我自己
前一天没把后院门栓好。后来想起来，又惭愧又后怕。觉得自己真后妈啊。
不过好在好心人很多，比如我们的邻居。希望Lion也能被好心人带回家。
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Z*i
121 楼
人多确实事情多阿。。。
祝愿Lion早日回家
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j*c
122 楼
还好找到了，下次干什么也不能摘项圈了
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p*f
123 楼
一大早看到好消息，高兴。
这世界上好人还是不少的。
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y*u
124 楼
好消息呀，

不远的地方，因为当时周围都没有
人，她害怕Lion被车撞，所以就带走了。后来在CL上看到我的帖子，就打电话过来。还
半夜给我送过来，真是好人啦。
点的时候再来发包子。祝大家晚安！

【在 b*******y 的大作中提到】
: 刚才（夜里12点半），有个女孩子打电话过来说他们捡到Lion了。其实就在我家门口不远的地方，因为当时周围都没有人，她害怕Lion被车撞，所以就带走了。后来在CL上看到我的帖子，就打电话过来。还半夜给我送过来，真是好人啦。
: 多谢各位朋友的祝福，派慈版的祝福真的特别灵。鉴于现在时间太晚，明天上午晚一点的时候再来发包子。祝大家晚安！
: ——————————————————————————————————————
: 今天朋友带着她家的两个孩子来看狗狗。大家一起跟狗玩了很久，我看差不多吃饭了，
: 就去做饭，让朋友带孩子们到厅里看会儿电视。谁知道，朋友家的儿子很喜欢我家的狗
: ，就偷偷地又跑到院子里去跟狗玩。也不知道他究竟怎么想的，反正他把我家锁好的院
: 子门打开，然后把狗放走了。至于是不小心打开的，还是别的原因，他自己不肯说。反
: 正等到我们吃饭的时候才发现两只狗都不见了，后院的门大开着。大家赶紧开车出去找
: 。结果只找到Jenna，没有看到Lion。比较糟糕的是，当时他们来的时候我正巧给两狗
: 梳毛，所以项圈没有给他们带上。
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m*j
125 楼
good news
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O*n
126 楼
恭喜恭喜！虚惊一场！最近忙得一塌糊涂，大家都好嗎！

不远的地方，因为当时周
围都没有人，她害怕Lion被车撞，所以就带走了。后来在CL上看到我的帖子，就打电话
过来。还半夜给我送过
来，真是好人啦。
点的时候再来发包子。祝
大家晚安！

【在 b*******y 的大作中提到】
: 刚才（夜里12点半），有个女孩子打电话过来说他们捡到Lion了。其实就在我家门口不远的地方，因为当时周围都没有人，她害怕Lion被车撞，所以就带走了。后来在CL上看到我的帖子，就打电话过来。还半夜给我送过来，真是好人啦。
: 多谢各位朋友的祝福，派慈版的祝福真的特别灵。鉴于现在时间太晚，明天上午晚一点的时候再来发包子。祝大家晚安！
: ——————————————————————————————————————
: 今天朋友带着她家的两个孩子来看狗狗。大家一起跟狗玩了很久，我看差不多吃饭了，
: 就去做饭，让朋友带孩子们到厅里看会儿电视。谁知道，朋友家的儿子很喜欢我家的狗
: ，就偷偷地又跑到院子里去跟狗玩。也不知道他究竟怎么想的，反正他把我家锁好的院
: 子门打开，然后把狗放走了。至于是不小心打开的，还是别的原因，他自己不肯说。反
: 正等到我们吃饭的时候才发现两只狗都不见了，后院的门大开着。大家赶紧开车出去找
: 。结果只找到Jenna，没有看到Lion。比较糟糕的是，当时他们来的时候我正巧给两狗
: 梳毛，所以项圈没有给他们带上。
avatar
Z*i
127 楼
好消息，好消息
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s*M
128 楼
太好了太好了！！！！
我就担心碰到坏人把lion骗走！！！！！！
因为collie一般都很乖的，不会自己到处逛
lion妈妈，回头让我们看看狗狮子同学吧
呵呵
好久没见了
审视想念
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w*y
129 楼
gxgx
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d*t
130 楼
恭喜恭喜，遇到好人了
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c*a
131 楼
太好了！
还是好人多呀！
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t*u
132 楼
才看到幸亏找到了
我觉得你有必要带着你家狗狗到周边邻居家做自我介绍了，介绍大家认识以下
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a*t
133 楼
真好 不担心了~~找到了
pat pat lion
avatar
b*y
134 楼
谢谢大米妈的建议，是个好主意。虽然有好些邻居已经知道他们了，但不是每个人都知
道。趁现在是周末，让大家认识认识他们。

【在 t*****u 的大作中提到】
: 才看到幸亏找到了
: 我觉得你有必要带着你家狗狗到周边邻居家做自我介绍了，介绍大家认识以下
avatar
i*i
135 楼
哈哈哈哈，找到就好，太开心了
avatar
O*s
136 楼
cong!
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j*u
137 楼
太好了。
avatar
s*l
138 楼
cong
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Y*H
139 楼
恭喜恭喜啊
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