Zinc Finger Nuclease或者TALE 能用来做Knockin么？ - 未名空间MITBBS历史存档

Zinc Finger Nuclease或者TALE 能用来做Knockin么？# Biology - 生物学

a*t2013-03-04 08:03

1 楼

【以下文字转载自 SanDiego 讨论区】
发信人: akt (akt), 信区: SanDiego
标题: 换护照得多久？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 20 21:31:57 2010, 美东)
有效期到明年一月份，
想10月初回国，
不知能否在回国前（还有40天左右）拿到新护照？
还有旧护照会被收走吗？
旧护照上还有没过期的签证。。
谢谢

a*92013-03-04 08:03

2 楼

价格一样
是不是crucial的可靠性差点？

o*42013-03-04 08:03

3 楼

我想给某个基因加上GFP的marker，用这个技术可以么？
据说这个东西特别贵？

A*T2013-03-04 08:03

4 楼

来得及
通常不到一个月
可以加急，1周内拿到
旧护照会剪掉一个脚还给你，里面写cancelled

【以下文字转载自 SanDiego 讨论区】
发信人: akt (akt), 信区: SanDiego
标题: 换护照得多久？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 20 21:31:57 2010, 美东)
有效期到明年一月份，
想10月初回国，
不知能否在回国前（还有40天左右）拿到新护照？
还有旧护照会被收走吗？
旧护照上还有没过期的签证。。
谢谢

【在 a*t 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 SanDiego 讨论区】
: 发信人: akt (akt), 信区: SanDiego
: 标题: 换护照得多久？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 20 21:31:57 2010, 美东)
: 有效期到明年一月份，
: 想10月初回国，
: 不知能否在回国前（还有40天左右）拿到新护照？
: 还有旧护照会被收走吗？
: 旧护照上还有没过期的签证。。
: 谢谢

z*i2013-03-04 08:03

5 楼

530 is better than m500
520 is much better than 530

b*k2013-03-04 08:03

6 楼

现在已经没必要再搞ZFN了 TALE的精度和效率都好得多
要KI的话没有直接的办法，至少目前没有。但是也有几个组报道可以先KI个段序列，
loxP/FRT/AttP这种然后再插入就容易了

【在 o**4 的大作中提到】

: 我想给某个基因加上GFP的marker，用这个技术可以么？
: 据说这个东西特别贵？

a*i2013-03-04 08:03

7 楼

nyc是2周左右，没有加急业务了。

【在 A*T 的大作中提到】

: 来得及
: 通常不到一个月
: 可以加急，1周内拿到
: 旧护照会剪掉一个脚还给你，里面写cancelled
:
: 【以下文字转载自 SanDiego 讨论区】
: 发信人: akt (akt), 信区: SanDiego
: 标题: 换护照得多久？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 20 21:31:57 2010, 美东)
: 有效期到明年一月份，

a*92013-03-04 08:03

8 楼

谢谢

【在 z********i 的大作中提到】

: 530 is better than m500
: 520 is much better than 530

o*42013-03-04 08:03

9 楼

用TALE的话，最多能插入多大的片段到基因组呢？
用这个技术加个Flag tag之类的可行吗？

【在 b******k 的大作中提到】

: 现在已经没必要再搞ZFN了 TALE的精度和效率都好得多
: 要KI的话没有直接的办法，至少目前没有。但是也有几个组报道可以先KI个段序列，
: loxP/FRT/AttP这种然后再插入就容易了

A*A2013-03-04 08:03

10 楼

物种不同难度也不同。TALEN自己做不贵。
可以参考最近的Zebrafish的文章
Nature Methods | Brief Communication
TALEN-mediated precise genome modification by homologous recombination in
zebrafish
Nature Methods
(2013)
doi:10.1038/nmeth.2374

o*42013-03-04 08:03

11 楼

想做人跟小鼠的

【在 A****A 的大作中提到】

: 物种不同难度也不同。TALEN自己做不贵。
: 可以参考最近的Zebrafish的文章
: Nature Methods | Brief Communication
: TALEN-mediated precise genome modification by homologous recombination in
: zebrafish
: Nature Methods
: (2013)
: doi:10.1038/nmeth.2374

A*A2013-03-04 08:03

12 楼

给你篇review看看：
Nature Reviews Molecular Cell Biology 14, 49-55 (January 2013) | doi:10.1038
/nrm3486
TALENs: a widely applicable technology for targeted genome editing
J. Keith Joung1 & Jeffry D. Sander1

a*o2013-03-04 08:03

13 楼

上CRISPR吧，简单多了。
http://www.addgene.org/browse/article/6213/

o*42013-03-04 08:03

14 楼

方法这么多啊，晕了，
这个能做knockin吗？

【在 a***o 的大作中提到】

: 上CRISPR吧，简单多了。
: http://www.addgene.org/browse/article/6213/

a*o2013-03-04 08:03

15 楼

可以，你好好看看最近那几篇crispr有关的paper。两篇Nat biotech，两篇Science
，还有一篇cell，都是今年发表的，hot hot hot

【在 o**4 的大作中提到】

: 方法这么多啊，晕了，
: 这个能做knockin吗？

o*42013-03-04 08:03

16 楼

可以自己弄吗？

【在 a***o 的大作中提到】

: 上CRISPR吧，简单多了。
: http://www.addgene.org/browse/article/6213/

p*e2013-03-04 08:03

17 楼

looks amazing, mark~

【在 a***o 的大作中提到】

: 上CRISPR吧，简单多了。
: http://www.addgene.org/browse/article/6213/

w*r2013-03-04 08:03

18 楼

zhang feng 实在太牛了

【在 a***o 的大作中提到】

: 上CRISPR吧，简单多了。
: http://www.addgene.org/browse/article/6213/

a*o2013-03-04 08:03

19 楼

他下手比较快，不过idea是从Charpentier那抢来的，也不是什么太光彩的事。不过也
不知道Charpentier在等啥，据说去年夏天开会时就说就已经有genome editing的data
了，结果现在悲剧了。

【在 w********r 的大作中提到】

: zhang feng 实在太牛了

a*o2013-03-04 08:03

20 楼

人家开会听了一耳朵，半年就发了science，您我就不说啥了，呵呵。

【在 o**4 的大作中提到】

: 可以自己弄吗？

z*t2013-03-04 08:03

21 楼

问个问题哈，talen切割后不是通过引入的片段同源重组来edit genome么？
楼主若是相加个gfp在同时转针对特定序列的taln + 两侧用同源片段flank的GFP
plasimid就可以了？

【在 b******k 的大作中提到】

: 现在已经没必要再搞ZFN了 TALE的精度和效率都好得多
: 要KI的话没有直接的办法，至少目前没有。但是也有几个组报道可以先KI个段序列，
: loxP/FRT/AttP这种然后再插入就容易了

f*u2013-03-04 08:03

22 楼

我记得在哺乳细胞里面已经做到用GFP去tag内源蛋白了，
忘了是ZFN还是TALEN了，不过应该差不太多吧。
其他物种好像还没看到。

【在 b******k 的大作中提到】

: 现在已经没必要再搞ZFN了 TALE的精度和效率都好得多
: 要KI的话没有直接的办法，至少目前没有。但是也有几个组报道可以先KI个段序列，
: loxP/FRT/AttP这种然后再插入就容易了

f*u2013-03-04 08:03

23 楼

你确定有人做了knockin吗？修改几个base pair的不算。
这些文章我就算没全看也看了大部分，没记得有楼主问的那种KI。

Science

【在 a***o 的大作中提到】

: 可以，你好好看看最近那几篇crispr有关的paper。两篇Nat biotech，两篇Science
: ，还有一篇cell，都是今年发表的，hot hot hot

f*u2013-03-04 08:03

24 楼

理论上是这样，但是已经发表了的成功例子寥寥无几。
也许今后一段时间会井喷吧。

【在 z*t 的大作中提到】

: 问个问题哈，talen切割后不是通过引入的片段同源重组来edit genome么？
: 楼主若是相加个gfp在同时转针对特定序列的taln + 两侧用同源片段flank的GFP
: plasimid就可以了？

l*12013-03-04 08:03

25 楼

RE:
adeno (天夺其魄) 的post:
不是吧,
Jennifer A. Doudna HHMI
UC Berkeley组 &瑞典于默奥大的 Charpentier组的 manuscript 被 Sci magazine
accepted for publication
2012 summer n天后的
conference 上 Emma Charpentier (she) will like to note it, isn't it?
Feng Zhang 的2013 Sci magazine paper adeno (天夺其魄) 您看了全文后
看了全部references 它们的whole abstract parts 了吗?
pls refer
Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems
Science. (2013) 339: 819-23.
by
Le Cong F. et al. and Feng Zhang
web link:
>HTTP://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23287718
its Reference list
No
12.
M. Jinek et al., A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive
bacterial immunity.
Science 337, 816 (2012)
To whom correspondence should be addressed.
E-mail:
doudna [at] berkeley.edu (J.A.D.);
emmanuelle.charpentier (at) mims.umu.se
>HTTP://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22745249
from
CRISPR/Cas: RNA-mediated interference in immunity
ignored
We are interested in deciphering the molecular mechanisms involved
in the adaptation, expression and interference phases of the immune system
and pursuing the detailed analysis of the recently discovered Cas9-tracrRNA:
crRNA genome editing device.
>HTTP://www.mims.umu.se/en/groups/emmanuelle-charpentier.html
and
>HTTP://www.mims.umu.se/en/groups/emmanuelle-charpentier/charpentier-publications.html
>

>>
发信人: adeno (天夺其魄), 信区: Biology
标题: Re: Zinc Finger Nuclease或者TALE 能用来做Knockin么？
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 5 00:38:09 2013, 美东)
他下手比较快，不过idea是从Charpentier那抢来的，也不是什么太光彩的事。不过也
不知道Charpentier在等啥，据说去年夏天开会时就说就已经有genome editing的data
了，结果现在悲剧了。
>>>
----
ps:
Jennifer A. Doudna HHMI
UC Berkeley
>HTTP://mcb.berkeley.edu/index.php?option=com_mcbfaculty&name=doudnaj
>HTTP://rna.berkeley.edu/publications.html
>HTTP://rna.berkeley.edu/files/jinek_etal_elife_2013.pdf
one cent:
今后if Cas9-tracrRNA:
crRNA genome editing device
评Laskar 奖啥的 first credit is not belong to Feng Zhang also not
Emmanuelle Charpentier
but Jennifer A. Doudna HHMI
pls refer:
>Doudna is one of two corresponding authors of a paper in the journal
Science describing this work titled "A
programmable dual RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity
." The second
corresponding author is Emmanuelle Charpentier of the Laboratory for
Molecular Infection Medicine at
Sweden's Umea
cited from
>HTTP://phys.org/pdf260114289.pdf

【在 a***o 的大作中提到】

: 人家开会听了一耳朵，半年就发了science，您我就不说啥了，呵呵。

s*r2013-03-04 08:03

26 楼

这些方法就是在想要的位点切一刀，用剪刀，水果刀，杀猪刀反正只要把dna切断了，
之后的都是同源重组，没有区别

【在 f**u 的大作中提到】

: 你确定有人做了knockin吗？修改几个base pair的不算。
: 这些文章我就算没全看也看了大部分，没记得有楼主问的那种KI。
:
: Science

w*r2013-03-04 08:03

27 楼

谢谢review
只是大概扫了一眼Zhang Feng的paper，没有仔细挖这个的进展

喽

【在 l**********1 的大作中提到】

: RE:
: adeno (天夺其魄) 的post:
: 不是吧,
: Jennifer A. Doudna HHMI
: UC Berkeley组 &瑞典于默奥大的 Charpentier组的 manuscript 被 Sci magazine
: accepted for publication
: 2012 summer n天后的
: conference 上 Emma Charpentier (she) will like to note it, isn't it?
: Feng Zhang 的2013 Sci magazine paper adeno (天夺其魄) 您看了全文后
: 看了全部references 它们的whole abstract parts 了吗?

l*12013-03-04 08:03

28 楼

De rien.

【在 w********r 的大作中提到】

: 谢谢review
: 只是大概扫了一眼Zhang Feng的paper，没有仔细挖这个的进展
:
: 喽

z*t2013-03-04 08:03

29 楼

我印象中David Allis group用GFP tag过H3.3。是不是indel的关系？
Caspir的indel在feng zhang那篇paper看起来还是挺明显的。

【在 f**u 的大作中提到】

: 理论上是这样，但是已经发表了的成功例子寥寥无几。
: 也许今后一段时间会井喷吧。

a*o2013-03-04 08:03

30 楼

赞，还以为charpentier 和 doudna 是一伙的，总算明白了。 doudna的human cell
study发在elife只有寥寥四五个图，相比church和张的，被scoop也在情理之中。

【在 l**********1 的大作中提到】

: RE:
: adeno (天夺其魄) 的post:
: 不是吧,
: Jennifer A. Doudna HHMI
: UC Berkeley组 &瑞典于默奥大的 Charpentier组的 manuscript 被 Sci magazine
: accepted for publication
: 2012 summer n天后的
: conference 上 Emma Charpentier (she) will like to note it, isn't it?
: Feng Zhang 的2013 Sci magazine paper adeno (天夺其魄) 您看了全文后
: 看了全部references 它们的whole abstract parts 了吗?

b*n2013-03-04 08:03

31 楼

你牛，一个机器人的帖子还看出门道来了

magazine

【在 a***o 的大作中提到】

: 赞，还以为charpentier 和 doudna 是一伙的，总算明白了。 doudna的human cell
: study发在elife只有寥寥四五个图，相比church和张的，被scoop也在情理之中。

m*e2013-03-04 08:03

32 楼

Kao, Zhang Feng is SO BULL!!
He is from Deisseroth lab with lots of optogenetics bull paper, then go for
genetic editing area with bull paper.
I am wondering how he learn to pick labs, he must have a huge sense of
science.

l*12013-03-04 08:03

33 楼

sure :-)
btw,
bulletin (bulletin)
one ask:
recently discrete math or combinatorial math? applied in Comp Biology?
which is better? for stochastic and deterministic human neural circuit?
what is your suggestion/opinion?
reference:
同主题阅读：Re: 请教一下CS的同学，组合数学和离散数学有什么区别？ (转载
[版面:数学][首篇作者：Aciclovir] , 2008年07月13日16:00:53
0
[ 1 ]
发信人: Aciclovir (笨笨), 信区: Mathematics
标题: Re: 请教一下CS的同学，组合数学和离散数学有什么区别？ (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 13 16:06:24 2008), 转信
侧重点不一样，本质上都在讲同一个东西
combinatorial math and discrete math主要讲一些结构上的性质
combinatorial opt 主要讲具有组合性质的一些问题
discrete opt and integer opt是相对于continuous opt来讲的
归结到具体问题跟组合优化没啥区别
http://www.mitbbs.com/article_t/Mathematics/31160430.html
or
HTTPS: //www.math.ucdavis.edu/research/group/?area=discrete

【在 b******n 的大作中提到】

: 你牛，一个机器人的帖子还看出门道来了
:
: magazine

o*42013-03-04 08:03

34 楼

我想给某个基因加上GFP的marker，用这个技术可以么？
据说这个东西特别贵？

b*k2013-03-04 08:03

35 楼

现在已经没必要再搞ZFN了 TALE的精度和效率都好得多
要KI的话没有直接的办法，至少目前没有。但是也有几个组报道可以先KI个段序列，
loxP/FRT/AttP这种然后再插入就容易了

【在 o**4 的大作中提到】

: 我想给某个基因加上GFP的marker，用这个技术可以么？
: 据说这个东西特别贵？

o*42013-03-04 08:03

36 楼

用TALE的话，最多能插入多大的片段到基因组呢？
用这个技术加个Flag tag之类的可行吗？

【在 b******k 的大作中提到】

: 现在已经没必要再搞ZFN了 TALE的精度和效率都好得多
: 要KI的话没有直接的办法，至少目前没有。但是也有几个组报道可以先KI个段序列，
: loxP/FRT/AttP这种然后再插入就容易了

A*A2013-03-04 08:03

37 楼

物种不同难度也不同。TALEN自己做不贵。
可以参考最近的Zebrafish的文章
Nature Methods | Brief Communication
TALEN-mediated precise genome modification by homologous recombination in
zebrafish
Nature Methods
(2013)
doi:10.1038/nmeth.2374

o*42013-03-04 08:03

38 楼

想做人跟小鼠的

【在 A****A 的大作中提到】

: 物种不同难度也不同。TALEN自己做不贵。
: 可以参考最近的Zebrafish的文章
: Nature Methods | Brief Communication
: TALEN-mediated precise genome modification by homologous recombination in
: zebrafish
: Nature Methods
: (2013)
: doi:10.1038/nmeth.2374

A*A2013-03-04 08:03

39 楼

给你篇review看看：
Nature Reviews Molecular Cell Biology 14, 49-55 (January 2013) | doi:10.1038
/nrm3486
TALENs: a widely applicable technology for targeted genome editing
J. Keith Joung1 & Jeffry D. Sander1

a*o2013-03-04 08:03

40 楼

上CRISPR吧，简单多了。
http://www.addgene.org/browse/article/6213/

o*42013-03-04 08:03

41 楼

方法这么多啊，晕了，
这个能做knockin吗？

【在 a***o 的大作中提到】

: 上CRISPR吧，简单多了。
: http://www.addgene.org/browse/article/6213/

a*o2013-03-04 08:03

42 楼

可以，你好好看看最近那几篇crispr有关的paper。两篇Nat biotech，两篇Science
，还有一篇cell，都是今年发表的，hot hot hot

【在 o**4 的大作中提到】

: 方法这么多啊，晕了，
: 这个能做knockin吗？

o*42013-03-04 08:03

43 楼

可以自己弄吗？

【在 a***o 的大作中提到】

: 上CRISPR吧，简单多了。
: http://www.addgene.org/browse/article/6213/

p*e2013-03-04 08:03

44 楼

looks amazing, mark~

【在 a***o 的大作中提到】

: 上CRISPR吧，简单多了。
: http://www.addgene.org/browse/article/6213/

w*r2013-03-04 08:03

45 楼

zhang feng 实在太牛了

【在 a***o 的大作中提到】

: 上CRISPR吧，简单多了。
: http://www.addgene.org/browse/article/6213/

a*o2013-03-04 08:03

46 楼

他下手比较快，不过idea是从Charpentier那抢来的，也不是什么太光彩的事。不过也
不知道Charpentier在等啥，据说去年夏天开会时就说就已经有genome editing的data
了，结果现在悲剧了。

【在 w********r 的大作中提到】

: zhang feng 实在太牛了

a*o2013-03-04 08:03

47 楼

人家开会听了一耳朵，半年就发了science，您我就不说啥了，呵呵。

【在 o**4 的大作中提到】

: 可以自己弄吗？

z*t2013-03-04 08:03

48 楼

问个问题哈，talen切割后不是通过引入的片段同源重组来edit genome么？
楼主若是相加个gfp在同时转针对特定序列的taln + 两侧用同源片段flank的GFP
plasimid就可以了？

【在 b******k 的大作中提到】

: 现在已经没必要再搞ZFN了 TALE的精度和效率都好得多
: 要KI的话没有直接的办法，至少目前没有。但是也有几个组报道可以先KI个段序列，
: loxP/FRT/AttP这种然后再插入就容易了

f*u2013-03-04 08:03

49 楼

我记得在哺乳细胞里面已经做到用GFP去tag内源蛋白了，
忘了是ZFN还是TALEN了，不过应该差不太多吧。
其他物种好像还没看到。

【在 b******k 的大作中提到】

: 现在已经没必要再搞ZFN了 TALE的精度和效率都好得多
: 要KI的话没有直接的办法，至少目前没有。但是也有几个组报道可以先KI个段序列，
: loxP/FRT/AttP这种然后再插入就容易了

f*u2013-03-04 08:03

50 楼

你确定有人做了knockin吗？修改几个base pair的不算。
这些文章我就算没全看也看了大部分，没记得有楼主问的那种KI。

Science

【在 a***o 的大作中提到】

: 可以，你好好看看最近那几篇crispr有关的paper。两篇Nat biotech，两篇Science
: ，还有一篇cell，都是今年发表的，hot hot hot

f*u2013-03-04 08:03

51 楼

理论上是这样，但是已经发表了的成功例子寥寥无几。
也许今后一段时间会井喷吧。

【在 z*t 的大作中提到】

: 问个问题哈，talen切割后不是通过引入的片段同源重组来edit genome么？
: 楼主若是相加个gfp在同时转针对特定序列的taln + 两侧用同源片段flank的GFP
: plasimid就可以了？

l*12013-03-04 08:03

52 楼

RE:
adeno (天夺其魄) 的post:
不是吧,
Jennifer A. Doudna HHMI
UC Berkeley组 &瑞典于默奥大的 Charpentier组的 manuscript 被 Sci magazine
accepted for publication
2012 summer n天后的
conference 上 Emma Charpentier (she) will like to note it, isn't it?
Feng Zhang 的2013 Sci magazine paper adeno (天夺其魄) 您看了全文后
看了全部references 它们的whole abstract parts 了吗?
pls refer
Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems
Science. (2013) 339: 819-23.
by
Le Cong F. et al. and Feng Zhang
web link:
>HTTP://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23287718
its Reference list
No
12.
M. Jinek et al., A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive
bacterial immunity.
Science 337, 816 (2012)
To whom correspondence should be addressed.
E-mail:
doudna [at] berkeley.edu (J.A.D.);
emmanuelle.charpentier (at) mims.umu.se
>HTTP://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22745249
from
CRISPR/Cas: RNA-mediated interference in immunity
ignored
We are interested in deciphering the molecular mechanisms involved
in the adaptation, expression and interference phases of the immune system
and pursuing the detailed analysis of the recently discovered Cas9-tracrRNA:
crRNA genome editing device.
>HTTP://www.mims.umu.se/en/groups/emmanuelle-charpentier.html
and
>HTTP://www.mims.umu.se/en/groups/emmanuelle-charpentier/charpentier-publications.html
>

>>
发信人: adeno (天夺其魄), 信区: Biology
标题: Re: Zinc Finger Nuclease或者TALE 能用来做Knockin么？
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 5 00:38:09 2013, 美东)
他下手比较快，不过idea是从Charpentier那抢来的，也不是什么太光彩的事。不过也
不知道Charpentier在等啥，据说去年夏天开会时就说就已经有genome editing的data
了，结果现在悲剧了。
>>>
----
ps:
Jennifer A. Doudna HHMI
UC Berkeley
>HTTP://mcb.berkeley.edu/index.php?option=com_mcbfaculty&name=doudnaj
>HTTP://rna.berkeley.edu/publications.html
>HTTP://rna.berkeley.edu/files/jinek_etal_elife_2013.pdf
one cent:
今后if Cas9-tracrRNA:
crRNA genome editing device
评Laskar 奖啥的 first credit is not belong to Feng Zhang also not
Emmanuelle Charpentier
but Jennifer A. Doudna HHMI
pls refer:
>Doudna is one of two corresponding authors of a paper in the journal
Science describing this work titled "A
programmable dual RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity
." The second
corresponding author is Emmanuelle Charpentier of the Laboratory for
Molecular Infection Medicine at
Sweden's Umea
cited from
>HTTP://phys.org/pdf260114289.pdf

【在 a***o 的大作中提到】

: 人家开会听了一耳朵，半年就发了science，您我就不说啥了，呵呵。

s*r2013-03-04 08:03

53 楼

这些方法就是在想要的位点切一刀，用剪刀，水果刀，杀猪刀反正只要把dna切断了，
之后的都是同源重组，没有区别

【在 f**u 的大作中提到】

: 你确定有人做了knockin吗？修改几个base pair的不算。
: 这些文章我就算没全看也看了大部分，没记得有楼主问的那种KI。
:
: Science

w*r2013-03-04 08:03

54 楼

谢谢review
只是大概扫了一眼Zhang Feng的paper，没有仔细挖这个的进展

喽

【在 l**********1 的大作中提到】

: RE:
: adeno (天夺其魄) 的post:
: 不是吧,
: Jennifer A. Doudna HHMI
: UC Berkeley组 &瑞典于默奥大的 Charpentier组的 manuscript 被 Sci magazine
: accepted for publication
: 2012 summer n天后的
: conference 上 Emma Charpentier (she) will like to note it, isn't it?
: Feng Zhang 的2013 Sci magazine paper adeno (天夺其魄) 您看了全文后
: 看了全部references 它们的whole abstract parts 了吗?

z*t2013-03-04 08:03

55 楼

我印象中David Allis group用GFP tag过H3.3。是不是indel的关系？
Caspir的indel在feng zhang那篇paper看起来还是挺明显的。

【在 f**u 的大作中提到】

: 理论上是这样，但是已经发表了的成功例子寥寥无几。
: 也许今后一段时间会井喷吧。

a*o2013-03-04 08:03

56 楼

赞，还以为charpentier 和 doudna 是一伙的，总算明白了。 doudna的human cell
study发在elife只有寥寥四五个图，相比church和张的，被scoop也在情理之中。

【在 l**********1 的大作中提到】

: RE:
: adeno (天夺其魄) 的post:
: 不是吧,
: Jennifer A. Doudna HHMI
: UC Berkeley组 &瑞典于默奥大的 Charpentier组的 manuscript 被 Sci magazine
: accepted for publication
: 2012 summer n天后的
: conference 上 Emma Charpentier (she) will like to note it, isn't it?
: Feng Zhang 的2013 Sci magazine paper adeno (天夺其魄) 您看了全文后
: 看了全部references 它们的whole abstract parts 了吗?

b*n2013-03-04 08:03

57 楼

你牛，一个机器人的帖子还看出门道来了

magazine

【在 a***o 的大作中提到】

: 赞，还以为charpentier 和 doudna 是一伙的，总算明白了。 doudna的human cell
: study发在elife只有寥寥四五个图，相比church和张的，被scoop也在情理之中。

m*e2013-03-04 08:03

58 楼

Kao, Zhang Feng is SO BULL!!
He is from Deisseroth lab with lots of optogenetics bull paper, then go for
genetic editing area with bull paper.
I am wondering how he learn to pick labs, he must have a huge sense of
science.

l*12013-03-04 08:03

59 楼

sure :-)
btw,
bulletin (bulletin)
one ask:
recently discrete math or combinatorial math? applied in Comp Biology?
which is better? for stochastic and deterministic human neural circuit?
what is your suggestion/opinion?
reference:
同主题阅读：Re: 请教一下CS的同学，组合数学和离散数学有什么区别？ (转载
[版面:数学][首篇作者：Aciclovir] , 2008年07月13日16:00:53
0
[ 1 ]
发信人: Aciclovir (笨笨), 信区: Mathematics
标题: Re: 请教一下CS的同学，组合数学和离散数学有什么区别？ (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 13 16:06:24 2008), 转信
侧重点不一样，本质上都在讲同一个东西
combinatorial math and discrete math主要讲一些结构上的性质
combinatorial opt 主要讲具有组合性质的一些问题
discrete opt and integer opt是相对于continuous opt来讲的
归结到具体问题跟组合优化没啥区别
http://www.mitbbs.com/article_t/Mathematics/31160430.html
or
HTTPS: //www.math.ucdavis.edu/research/group/?area=discrete

【在 b******n 的大作中提到】

: 你牛，一个机器人的帖子还看出门道来了
:
: magazine

s*82013-03-04 08:03

60 楼

懂行的来说说这个Crispr相比Talen来说的优点是?

j*i2013-03-04 08:03

61 楼

TALEN之前的ZFN已经可以做到定点修饰了差不多有十年了吧但是没火起来因为zfn
巨难设计一个repeat识别三个bases 但是对应性很差成功率很低普通实验室根本耗
不起时间 sigma虽有卖但是一对一万人刀吧买不起买了也不是百分百能用 talen才
出现几年但是因为容易设计一个repeat识别一个base 对应性很好自己addgene买个
kit就能鼓捣了一个星期就能拿到一对有效的talen 当然那是得有相当经验的人
crispr的文章去年才出来了敏感的人去年就意识到这个东西厉害了现在也不算晚拿
来放到自己的project里应该还能发好文章 crispr厉害的地方只要合成20个bases的
oligo就够了－当然为了方便克隆还是两头要加一些东西的这太逆天了比较明显的缺
点就是只能识别23个bases 更多缺点还有待发现

b*k2013-03-04 08:03

62 楼

crispr确实神。要是再有几篇各种动物里PoC的paper出来，TALEN可能也要像ZFN一样进
博物馆了，呵呵

zfn

【在 j******i 的大作中提到】

: TALEN之前的ZFN已经可以做到定点修饰了差不多有十年了吧但是没火起来因为zfn
: 巨难设计一个repeat识别三个bases 但是对应性很差成功率很低普通实验室根本耗
: 不起时间 sigma虽有卖但是一对一万人刀吧买不起买了也不是百分百能用 talen才
: 出现几年但是因为容易设计一个repeat识别一个base 对应性很好自己addgene买个
: kit就能鼓捣了一个星期就能拿到一对有效的talen 当然那是得有相当经验的人
: crispr的文章去年才出来了敏感的人去年就意识到这个东西厉害了现在也不算晚拿
: 来放到自己的project里应该还能发好文章 crispr厉害的地方只要合成20个bases的
: oligo就够了－当然为了方便克隆还是两头要加一些东西的这太逆天了比较明显的缺
: 点就是只能识别23个bases 更多缺点还有待发现

o*42013-03-04 08:03

63 楼

crispr这个东西，能用来做knockin插入1-200bp的片段到基因组吗？

zfn

【在 j******i 的大作中提到】

: TALEN之前的ZFN已经可以做到定点修饰了差不多有十年了吧但是没火起来因为zfn
: 巨难设计一个repeat识别三个bases 但是对应性很差成功率很低普通实验室根本耗
: 不起时间 sigma虽有卖但是一对一万人刀吧买不起买了也不是百分百能用 talen才
: 出现几年但是因为容易设计一个repeat识别一个base 对应性很好自己addgene买个
: kit就能鼓捣了一个星期就能拿到一对有效的talen 当然那是得有相当经验的人
: crispr的文章去年才出来了敏感的人去年就意识到这个东西厉害了现在也不算晚拿
: 来放到自己的project里应该还能发好文章 crispr厉害的地方只要合成20个bases的
: oligo就够了－当然为了方便克隆还是两头要加一些东西的这太逆天了比较明显的缺
: 点就是只能识别23个bases 更多缺点还有待发现

o*42013-03-04 08:03

64 楼

没太明白，crispr比talen好在哪儿呢？
操作简单一些吗？

【在 b******k 的大作中提到】

: crispr确实神。要是再有几篇各种动物里PoC的paper出来，TALEN可能也要像ZFN一样进
: 博物馆了，呵呵
:
: zfn

b*k2013-03-04 08:03

65 楼

talen的cloning还是稍微麻烦了点，因为同源重复序列特别的多。目前有几种不同的克
隆路径，大家都能用但是还是花时间比较长，印象里要几周？。crispr基本就是几天的
工作量

【在 o**4 的大作中提到】

: 没太明白，crispr比talen好在哪儿呢？
: 操作简单一些吗？

o*42013-03-04 08:03

66 楼

能做knockin插入1-200bp到基因组吗？

【在 b******k 的大作中提到】

: talen的cloning还是稍微麻烦了点，因为同源重复序列特别的多。目前有几种不同的克
: 隆路径，大家都能用但是还是花时间比较长，印象里要几周？。crispr基本就是几天的
: 工作量

j*i2013-03-04 08:03

67 楼

理论上可以的原理就是double strand break 然后利用细胞自身的同源重组机制只要
把你的片段放到一般几百个bp的同源臂之间就能精确插入

【在 o**4 的大作中提到】

: crispr这个东西，能用来做knockin插入1-200bp的片段到基因组吗？
:
: zfn

b*k2013-03-04 08:03

68 楼

这个有paper么？我记得ZFN有，TALEN和crispr还没有吧？
话说我曾经的一个想法是ZF/TALE后面接recombinase, transposase,或者别的啥酶替代
nuclease，这样也许可以提高KI的效率。最近1年没怎么跟这方面的工作了，不知道有
没有类似的办法出来

【在 j******i 的大作中提到】

: 理论上可以的原理就是double strand break 然后利用细胞自身的同源重组机制只要
: 把你的片段放到一般几百个bp的同源臂之间就能精确插入

o*42013-03-04 08:03

69 楼

不需要1-3kb的同源臂了吧？
很烦扩增基因组片段啊，做cloning好烦，
你说的这个是不是可以直接合成片段就行了呢？
谢谢

【在 j******i 的大作中提到】

: 理论上可以的原理就是double strand break 然后利用细胞自身的同源重组机制只要
: 把你的片段放到一般几百个bp的同源臂之间就能精确插入

s*82013-03-04 08:03

70 楼

Talen 已经有了.

【在 b******k 的大作中提到】

: 这个有paper么？我记得ZFN有，TALEN和crispr还没有吧？
: 话说我曾经的一个想法是ZF/TALE后面接recombinase, transposase,或者别的啥酶替代
: nuclease，这样也许可以提高KI的效率。最近1年没怎么跟这方面的工作了，不知道有
: 没有类似的办法出来

s*82013-03-04 08:03

71 楼

才发现zebrafish里的CRISPR一月份就发出来了.
http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n3/full/nbt.2501.html

j*i2013-03-04 08:03

72 楼

已经有用zf和rep来retarget transposase的文献了 transposase效率是高但是off
target太多了除非把它本身dna结合部位去掉我们这里有人用tal来retarget
transposase 还是有同样的问题就精确性来讲还是同源重组最好了虽然效率低很多

【在 b******k 的大作中提到】

: 这个有paper么？我记得ZFN有，TALEN和crispr还没有吧？
: 话说我曾经的一个想法是ZF/TALE后面接recombinase, transposase,或者别的啥酶替代
: nuclease，这样也许可以提高KI的效率。最近1年没怎么跟这方面的工作了，不知道有
: 没有类似的办法出来

o*42013-03-04 08:03

73 楼

效率不关键，可以筛选细胞系吧？
这个有筛选标记吧？

多

【在 j******i 的大作中提到】

: 已经有用zf和rep来retarget transposase的文献了 transposase效率是高但是off
: target太多了除非把它本身dna结合部位去掉我们这里有人用tal来retarget
: transposase 还是有同样的问题就精确性来讲还是同源重组最好了虽然效率低很多

s*g2013-03-04 08:03

74 楼

有人已经做过了
http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n8/full/nbt.1927.html

s*g2013-03-04 08:03

75 楼

有人已经做过了knockin
http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n8/full/nbt.1927.html

o*42013-03-04 08:03

76 楼

这个是基因修饰吧，不是knockin吧？

【在 s*****g 的大作中提到】

: 有人已经做过了knockin
: http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n8/full/nbt.1927.html

s*g2013-03-04 08:03

77 楼

有人做过knockin了
http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n8/full/nbt.1927.html

d*i2013-03-04 08:03

78 楼

mark一下，这个要学习！

g*x2013-03-04 08:03

79 楼

mark mark

g*52013-03-04 08:03

80 楼

mark it , too.

l*12013-03-04 08:03

81 楼

Barbas已经做了。。。

【在 b******k 的大作中提到】

: 这个有paper么？我记得ZFN有，TALEN和crispr还没有吧？
: 话说我曾经的一个想法是ZF/TALE后面接recombinase, transposase,或者别的啥酶替代
: nuclease，这样也许可以提高KI的效率。最近1年没怎么跟这方面的工作了，不知道有
: 没有类似的办法出来

g*52013-03-04 08:03

82 楼

CAN I introduce some dynamic mutation into the mammalian cell?

g*52013-03-04 08:03

83 楼

one more question, does Talen break all two allele genes?

s*x2013-03-04 08:03

84 楼

周围有人做TALEN，在fish里面同源重组效果好像还可以，但是会引入mutation，就是
说要做protein fusion的小心了。在果蝇里前一阵子听talk说HR效率非常低，比ZNF的
HR低很多，不知道什么机制。
总之现在最看好CRISPR。

f*u2013-03-04 08:03

85 楼

有证据证明CRISPR同源重组效率不低吗？反正已发表的文章里好像没有。

【在 s********x 的大作中提到】

: 周围有人做TALEN，在fish里面同源重组效果好像还可以，但是会引入mutation，就是
: 说要做protein fusion的小心了。在果蝇里前一阵子听talk说HR效率非常低，比ZNF的
: HR低很多，不知道什么机制。
: 总之现在最看好CRISPR。

t*t2013-03-04 08:03

86 楼

Mark,学习