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TCGA 数据库求助： BRCA1突变肿瘤下两种subsets药物敏感度比较

TCGA 数据库求助： BRCA1突变肿瘤下两种subsets药物敏感度比较# Biology - 生物学

x*32014-05-02 07:05

1 楼

目前文章在一顶级杂志revise中，准备一个月内修回，其他实验都好办，唯独我们用的
药物临床数据是个问题，制药公司效率比较低，一个月之内不可能给我们相应的数据。
我决定尝试用其他类似的药物的临床数据（reviewer知道并且也建议这么做），不知道
TCGA
能不能解决我的问题？我现在看到下面这篇文章应该能给我足够多的BRCA1-MUTANT病
例（~40 patients）和对carboplatin的response。
https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/ov_2011/
现在我想将他们分为两组根据我的研究的基因的表达高低，然后比较药物敏感度。
如果数据能用，我不介意增加co-author （需要跟老板商量一下，但基本上我可以决定
，老板非常好说话），但是至少会acknowledgement。
其实我们有自己的生物信息部门，但是我希望能找到一个长久合作的人士，以后不管回
国还是在国外建组时能够相互合作。
如果你觉得你有朋友可能感兴趣的的话请转告一下。不胜感激！

x*32014-05-02 07:05

2 楼

顶一下

x*32014-05-02 07:05

3 楼

再顶

R*n2014-05-02 07:05

4 楼

简单，我能做。是要survival还是boxplot。

low

【在 x******3 的大作中提到】

: 再顶

x*32014-05-02 07:05

5 楼

非常感谢。已站内信。如没有收到，请您发邮件给我把。k********[email protected]

【在 R****n 的大作中提到】

: 简单，我能做。是要survival还是boxplot。
:
: low

x*32014-05-02 07:05

6 楼

今天终于有人联系我，非常感谢。但我不知道回信成功了没？（请联系我的邮箱
K********[email protected] ）因为前几天一直没有人答复我，很着急，所以我今早去找了
我们的生物信息学部门谈了合作，不然这个周末都过不好了。但是我不知道他们能不能
帮的到我？他们说下周四之前跟我说。不知道还有人愿不愿意帮我看一下（可能只能
acknowledgement）？
另外，如果您能找到除了下面这篇文章以外的TCGA数据库或者其他数据（BRCA1-MUTANT
肿瘤, 对cisplatin或者carboplatin的生存期）并且能用的话，我们还是很愿意加入进
去的 (可以 co-author)。
我们会在三个月内再投一篇,我希望可以找到一个可以长期合作的伙伴。
I am wondering whether you have time to discuss with the data analysis on
the BRCA1-mutant tumors from the following paper https://tcga-data.nci.nih.
gov/docs/publications/ov_2011/”). In that paper they analyzed the response
to carboplatin of about 40 brca1 mutated/downregulated tumors.
We found that REV7 (mad2l2) loss causes PARP inhibitor resistance of mouse
BRCA1-deficient mammary tumors, so we want to compare the survival/response
to carboplatin between MAD2L2-high and mad2l2 low expression BRCA1-mutant
tumors.
Thank you for your time.

R*n2014-05-02 07:05

7 楼

已经发信到你gmail了

MUTANT

【在 x******3 的大作中提到】

: 今天终于有人联系我，非常感谢。但我不知道回信成功了没？（请联系我的邮箱
: K********[email protected] ）因为前几天一直没有人答复我，很着急，所以我今早去找了
: 我们的生物信息学部门谈了合作，不然这个周末都过不好了。但是我不知道他们能不能
: 帮的到我？他们说下周四之前跟我说。不知道还有人愿不愿意帮我看一下（可能只能
: acknowledgement）？
: 另外，如果您能找到除了下面这篇文章以外的TCGA数据库或者其他数据（BRCA1-MUTANT
: 肿瘤, 对cisplatin或者carboplatin的生存期）并且能用的话，我们还是很愿意加入进
: 去的 (可以 co-author)。
: 我们会在三个月内再投一篇,我希望可以找到一个可以长期合作的伙伴。
: I am wondering whether you have time to discuss with the data analysis on